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《Nature》:新方法提高单细胞蛋白质组学质谱定量准确度

单细胞蛋白质组学在蛋白丰度检测、转录修饰和翻译后修饰方面填补了单细胞转录组学的空白。单细胞蛋白质组学质谱(SCoPE-MS)是近年来兴起的一种定量分析多功能单细胞蛋白质组的方法,这种方法采用同位素标记和载体蛋白质组学来分析单个细胞【1】。同位素标记具有相同质量的化学标签,其中包含了独特的质量条码,这些条码能够通过肽片段化显示出来,进而进行定量分析,它的优点是所有样品中的肽在质谱图中均显示一个峰,从而增加了信号强度,并且能够同时分离肽离子【2】(图1)图1. 图解单细胞蛋白质组学质谱技术 SCoPE-MS利用这一特性,通过将“载体”样品加入单细胞蛋白质组100倍至200倍水平,可以分析单细胞蛋白质组【1,3】。虽然这项技术的出现令人鼓舞,但是当载体蛋白质组加入的量过高时,从单细胞组获得的数据准确性和它的生物学结论都大打折扣。 近日,来自Genentech的Christopher M. Rose与慕尼黑工业大学Bernhar......阅读全文

布鲁克与Evosep联合宣布“真”单细胞蛋白组学重大突破

  德国马克斯•普朗克生物化学研究所Matthias Mann团队近日发表的最新文章显示其团队在单细胞蛋白质组学领域取得重大突破,实现了在真实的单细胞水平的定量蛋白质组学分析,单细胞蛋白质组学可帮助解决细胞生物学和单细胞病理生物学中的重要问题。蛋白组学和RNA在单细胞水平测定显示出很大差异,这意味着

Nature Methods | 朝思暮想:单细胞蛋白质组测序之梦

  近期,Nature Methods 杂志技术编辑Vivien Marx发表文章 A dream of single-cell proteomics,探讨了单细胞蛋白组学的发展,提出了该技术有可能会面对的问题和潜在解决方案。单细胞蛋白质组测序的梦想并不遥远(Credit: S. Larochell

4D-蛋白质组学:如何通过软件创新变得更强大?

  在过去的二十年中,新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展,蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。  当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得

通过软件创新打造更强大的4D-蛋白质组学技术

  在过去的二十年中,新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展,蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。  当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得

精彩不断,ASMS 2020 11大主题探讨质谱应用最新进展

  分析测试百科网讯 2020年6月2日,万众瞩目的美国质谱年会如期举行。在今天的大会上,颁发了AI Yergey质谱科学家奖和JOHN B. FENN杰出贡献奖,以奖章对质谱科学研究有重大贡献的学者。今年的AI Yergey质谱科学家奖是加州大学洛杉矶分校的Rachel O. Loo教授。JOHN

单细胞基因组,一个新时代的到来

  单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。  2012年7月,Nature Biote

单细胞蛋白质定量技术解析干细胞异质性

干细胞是具有自我更新和多向分化潜能的未分化细胞。体内或体外研究表明, 干细胞具有表型及功能的异质性, 这一特性也决定了其不同的分化和再生能力。越来越多的证据表明, 干细胞自我更新及分化的分子机制以及与干细胞功能失调的相关疾病的产生都是在单细胞水平发生的, 基于异质性的干细胞群体的研究结果

单细胞基因组,一个新时代的到来

  单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。  2012年7月,Nature Biote

第五届金属组学国际研讨会大会报告(四)

  分析测试百科网讯 2015年9月9日-12日,第五届金属组学国际研讨会在北京西郊宾馆召开,会议由中国科学院科院高能物理研究所、清华大学共同主办,来自世界各地的近200位金属组学领域的专家学者汇聚一堂,探讨金

总裁专访 | 蛋白质组学新里程

  2020年是蛋白质组学发展关键的一年,全球新冠疫情突显了蛋白质组学在应对公共卫生危机中的临床应用。人类可以从这次新冠疫情中汲取许多经验,毫无疑问地,这些将在未来几年内影响蛋白质组学发展。近日,Technology Networks与布鲁克·道尔顿生命科学质谱执行副总裁Rohan Thakur博士

布鲁克4D-蛋白质组学新技术斩获HUPO 2020科学技术奖

  摘要prm-PASEF®方法大幅提高4D-靶向蛋白质组学定量能力Matthias Mann 实验室利用dia-PASEF®、超低流量Evosep色谱和TIMS/PASEF装置的进一步的改进实现单个细胞鉴定超过1000种蛋白质布鲁克获得Albert Heck实验室的PhoX交联剂许可,caps-P

黄超兰Cell发文 绝对定量质谱揭示CD3ε的多重信号转导功能

2020年7月29日,北京大学医学部精准医疗多组学研究中心黄超兰团队,中科院上海生化与细胞所许琛琦团队、美国加州大学圣地亚哥分校惠恩夫团队,联手在Cell上发表了题为“Multiple signaling roles of CD3ε and its application in CAR-T cell

空间蛋白质组学:一种强大的细胞生物学发现工具

真核细胞高度区室化,生物过程被分隔在不同的区室进行。蛋白质功能与亚细胞定位密切相关,不同的区室提供不同的化学环境(例如pH和氧化还原条件)、不同的潜在作用配体或底物。因此,对蛋白质亚细胞定位的严格控制是细胞生理学的重要调控内容。大多数细胞生物学过程涉及蛋白质亚细胞定位的变化,例如转录因子在细胞核-胞

SLAS 2013分会:微纳米技术探索生物系统

  2013年6月6日,实验室自动化与筛选协会2013亚洲会展在上海金茂君悦大酒店盛大开幕,国内外知名药企、生物医学研究专家、学者等应邀参会。“微纳米技术探索生物系统”分论坛于6月6日下午在B厅举行,由中国科学院化学研究所有机固体院重点实验室研究员王树涛博士、上海交通大学教授施奇惠博士、清华大学医学

我国在单细胞蛋白质组学研究获突破

  浙江大学化学系微分析系统研究所方群教授团队,联合北京大学医学部精准医疗多组学研究中心主任黄超兰教授团队,在单细胞蛋白质组学分析研究领域取得突破性进展。研究论文近日在线发表在美国《分析化学》杂志上。  黄超兰介绍,近年来,基于细胞群体内的蛋白质组学研究,已越来越难以满足对生命功能深入探究的需要。从

白玉副教授团队搭建多维度有机质谱流式细胞分析平台

  近日,北京大学白玉副教授团队在常压质谱免疫分析平台工作的基础上,设计并拓展质谱探针,利用基于狄恩流的微流控芯片实现单细胞排列,结合纳升电喷雾-高分辨质谱(nanoESI-HRMS),搭建了多维度有机质谱流式细胞分析平台(图1)。该平台能够高通量地对单细胞水平的蛋白质和代谢物等多维度信息进行同时获

关注细胞分析!首届微纳流细胞分析学术报告会京召开

  分析测试百科网讯 2018年9月25日,首届微纳流细胞分析学术报告会在北京召开,百余位业内专家学者参与了此次报告会。本次大会为期两天,同期在清华大学化学系举办“第5期微流控芯片质谱联用细胞分析讲习会”。会议围绕着微流控及细胞研究领域的最新研究成果进行交流与探讨,关注微流控细胞分析基础研究与应用开

美《科学家》杂志评选出2016年生命科学领域十大创新产品

  美国著名科普杂志《科学家》(The Scientist)是一份在生命科学方面被广大读者认可,并受业界尊敬的月刊杂志。该杂志一直致力于研究生命科学,为科研人员提供最新的研究动态,科研成果发布等多方面的报道。每年年底,该杂志都会颁发生命科学相关的十大创新产品奖项。  近日,《科学家》公布了其评选的2

定氮仪检测稻米蛋白质含量

  生命起源就是单细胞生物的出现,单细胞是蛋白质的组成,所以,蛋白质对生命的起源与进化是密切相关的,蛋白质是细胞做功的工具。食品中蛋白质含量高低是评价食物营养成份主要标志。食品中蛋白质的多少已经不是单单表示食品品质了,更是关系着人体的健康。    稻米是人类的常见主食之一,稻米蛋白质因其较为合理的蛋

“长安诗会” 第五届中国原位电离质谱会议完美收关

  分析测试百科网讯 由华质泰科生物技术(北京)有限公司主办,北京大分析测试中心、西安交通大学分析测试共享中心、西北大学中草药现代化工程研究中心、广州分析测试中心协办的“2018年第五届中国原位电离质谱会议(AIMS2018)”于2018年4月27日在西安香格里大酒店胜利召开,为期2天。第二日“新技

布鲁克在美国HUPO 2021大会最新成果发布

——深度无偏向性血浆蛋白质组学、PaSER 1.1软件和新型交联耗材的新成果  牛津大学Roman Fischer教授展示了高通量4D-蛋白质组学技术,只需10~20分钟即可在未去高峰度蛋白的血浆样本中检测出大于350种蛋白质,实现了高通量、高度可靠性的生物标记物发现。  OmicEra诊断集团实现

CloneSelect单细胞分离系统用于分选基因编辑的间充质干...

CloneSelect单细胞分离系统用于分选基因编辑的间充质干细胞 图1:CloneSelect f.sight单细胞分离系统 最近发表的一篇文章(Characterization of CRISPR/Cas9 RANKL knockout mesenchymal stem

地球生命从何而来?美国科学家揭示生命起源的奥秘

  据科学日报报道, 万物之初只有简单的化学物质,然后产生了氨基酸,后者最终形成创造单细胞必需的蛋白质,然后单细胞逐渐形成植物和动物。近期的研究揭示了原始汤是如何创造氨基酸建造单元的,且从单一细胞进化到植物和动物的过程已经达成了普遍的科学共识。然而,至于这些建造单元最初是如何装配成蛋白质的,目前仍是

以单细胞的视角重新审视生命——Fluidigm CyTOF实验...(一)

很容易想象Sean Bendall博士被列入全美“40 Under 40“名录(每年评选40个在各领域有突出表现的的年轻人);他曾经在斯坦福Nolan实验室任助理教授,这个实验室位于美国Palo Alto小镇,隶属于加州蛋白质组研究中心的国家心肺和血液研究所(NHLBI)。Bendall不愧

CyTOF:以单细胞的视角重新审视生命

  【摘要】Fluidigm公司的CyTOF实验系统,不但使原来复杂的工作流程得到了简化,同时也将单细胞研究提升到了一个新的水平。基于此,Bendall和他 具有前瞻性思维的同事们已经获得了诸多新发现。他们的研究对象是人的免疫系统,相对于成熟的免疫系统,其发育的动态过程更加的复杂,他们正在利用 Cy

中国化学会第22届全国色谱会大腕共享色谱分析新技术

  分析测试百科网讯 2019年4月21日,中国化学会第22届全国色谱学术报告会及仪器展览会在上海光大会展中心国际大酒店盛大召开(相关链接:第22届全国色谱会在沪召开 5位专家获中国色谱贡献奖)。大会开幕式后,南京大学陈洪渊院士、中国科学院生态环境研究中心江桂斌院士、复旦大学张祥民教授、国家纳米科学

质谱流式细胞仪:蛋白水平的单细胞技术

  【摘要】在蛋白质水平,流式一直是最为常用的单细胞分析手段。但是由于串色等问题的困扰,流式通常只能进行6~10种蛋白的同时检测。质谱流式技术的出现给研 究者带来了惊喜。利用分辨力超强的质谱技术以及独特的金属标记抗体,CyTOF2质谱流式细胞仪在检测通道数量和信号质量两方面都有了质的提升。

质谱流式技术——蛋白水平的单细胞技术

摘要:在蛋白质水平,流式一直是最为常用的单细胞分析手段。但是由于串色等问题的困扰,流式通常只能进行6~10种蛋白的同时检测。质谱流式技术的出现给研究者带来了惊喜。利用分辨力超强的质谱技术以及独特的金属标记抗体,CyTOF2质谱流式细胞仪在检测通道数量和信号质量两方面都有了质的提升。单细胞技术在近年来

简述细胞蛋白水平与mRNA丰度间的依赖关系

  近20年来,高通量技术的发展支持了大规模的基因组、转录组和蛋白质组定量分析。这些数据被用来分析在不同系统和条件下转录组与蛋白质组的定量关系。这些研究有时候会导致一些冲突的结论,尤其是究竟在何种程度上mRNA的量控制了蛋白质的量。    基础生命科学研究和转化生命科学研究的一个核心问题是:基因组

细胞蛋白水平与mRNA丰度间的依赖关系(二)

在稳定状态的时候,mRNA的水平决定了蛋白质的水平,而且蛋白质的合成会有延迟(Figures 3A and 3B)。很难严格地定义“稳定的状态”,姑且认为我们通常做组学实验时收集的细胞,如果在某个时间段内(通常几小时)的蛋白或者mRNA水平保持相对恒定,则被看做是 “稳定的状态”。在短暂的适