PNAS：全基因组测序鉴定非洲结核杆菌病原体早期感染

　　最近，发表在PNAS的一项研究检查了南非地区爆发的广泛耐药结核病流行株LAM4 / KZN的进化和流行病学历史。

　　该菌株首次报道于2005年在夸祖鲁-纳塔尔省的图格拉渡轮，此后已在全省广泛传播。这项新研究确定了促进XDR-TB菌株疫情爆发的关键宿主，病原体和环境因素，以及可以采取的早期发现和遏制未来流行病的步骤。

　　由哥伦比亚大学领导的这项研究由来自南非，美国和挪威的多机构研究人员组成，他们使用基因组，空间和蛋白质模型来回答这种菌株何时何地出现以及如何进行广泛传播。

　　研究人员将该菌株的地理起源定位在与莫桑比克和eSwatini接壤的一个农村地区，耐药结核病的高发病率位于距首次报告LAM4 / KZN爆发地点400公里处。结果还表明，该病毒株在1990年代初出现，并快速获得了关键的有利突变。此外，研究表明，这种菌株的快速和广泛传播具有周期性的城乡迁移现象。

　　文章作者，来自哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院流行病学助理教授，首席研究员Barun Mathema博士说：“我们的结果表明，这种XDR-TB菌株的世纪出现时间比公共卫生学相关报告中记载的还要早大约12年出。我们的研究表明，必须结合多种环境以及病原体的因素，才能使这些病原体持续传播并跨越地理屏障。”

　　Mathema观察到：“将全基因组测序用于公共卫生监测可以使我们能够更好地了解检测疫情前期的流行病学状况，并为早期识别和遏制病原体提供策略。”