人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观遗传学中最早被人们认识的现象之一，曾被称为有别于A,C,G,T的“第5种碱基”。在人类基因组中，约70%~80%的CpG处于甲基化状态，即呈现整体甲基化的特点，同时这种甲基化模式存在时间和空间上的差异性。空间上的差异性表现为非甲基化的CpG不是均匀分布在基因组上，而是成簇出现形成CpG密度较高的非甲基化区域，即CpG岛。 DNA甲基化与基因组印迹、干细胞分会化、胚胎发育以及包含癌症在内的多种疾病的发生与发展密切相关。因此，对于DNA甲基化的深入研究受到广泛关注,在2013年汤森路透的生物科学领域重点研究方向排名中，DNA甲基化被认为......阅读全文
最新DNA甲基化测序技术比较研究
在不同疾病中，DNA甲基化具有不同的模式。DNA甲基化的具体模式通常与诸如疾病亚型、疾病预后以及药物反应等临床信息具有一一对应的联系。在多种癌症的治疗过程中，DNA甲基化生物标志物可以帮助临床医生选择恰当的治疗方式。 对于拥有成千上万个样本的大量病人来说，全基因组映射与DNA甲基化分析是非常合
研究揭示合子DNA去甲基化机制
中国科学院生物物理研究所朱冰研究组揭示小鼠母源蛋白Pramel15促进合子DNA去甲基化机制。相关论文8月25日发表于《自然-通讯》。哺乳动物卵细胞受精后形成的受精卵会经历DNA甲基化的重编程，将继承自亲本的基因组甲基化状态重置，为后续的组织分化、胚胎发育做准备。其中，DNA甲基化维持的重要DNA甲
甲基化领域重要研究成果解读！
本文中，小编整理了近年来科学家们在甲基化研究领域取得的重要研究成果，与大家一起学习！ 【1】Science：重大进展！揭示DNA甲基化增强基因转录机制 doi：10.1126/science.aar7854 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不
精氨酸甲基化调控细胞凋亡研究
遗传与发育生物学研究所杨崇林实验室以秀丽线虫为模式，探索蛋白质精氨酸甲基化这一重要的蛋白质翻译后修饰方式在调控DNA损伤诱导的细胞凋亡方面的作用机制。 通过研究发现哺乳动物II型蛋白质精氨酸甲基转移酶PRMT5在线虫中的同源物，即线虫的PRMT-5，参与调控DNA损伤引起的细胞凋亡。在prmt-5基
北京基因组所RNA－m6A甲基化调控mRNA剪切研究获进展
6-甲基腺嘌呤【N6-methyl-adenosine(m6A)】是高等生物mRNA中含量最为丰富的甲基化修饰形式之一，发生于保守序列RRACH（R=G ,A； H=A,C or U）中，富集在mRNA的外显子编码区及3’-非编码区。类似于DNA甲基化修饰，RNA的m6A甲基化修饰也是可逆的，由
2018国自然研究热点二：－RNA甲基化研究深度剖析
一、听说最近 RNA甲基化很火，它是何方神圣？ 1、高分文章频现 说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的，就有高达 17 篇。 图：
RNA－m6A甲基化修饰研究相关研究的应用
如果新冠病毒SARS-CoV-2的大流行对我们有任何启发的话，那么要数对RNA修饰的研究了，此时研究病毒RNA以及其甲基化修饰等功能，显得比以往任何时候都更加重要。 而这是否意味着要研究病毒RNA本身不同的各种突变体或者表观遗传变化如何使这些病毒更灵活和感染力？还是研究从细胞和组织中收集的R
线虫基因组中存在DNA甲基化现象
2012年10月18日，吉林大学和华大基因合作完成的旋毛形线虫不同发育阶段DNA甲基化差异分析的相关研究成果在国际著名期刊《基因组生物学》(Genome Biology)上发表。该研究首次证实了线虫基因组中存在DNA甲基化现象，改写了长期以来认为线虫中没有该表观遗传修饰的历史，同时也使以DN
全基因组测序解读重要甲基化机制
DNA看起来只是AGTC四种碱基的简单排列，可一旦它与组蛋白包装形成染色质，情况就复杂得多了。组蛋白主要有四种，分别是H2A、H2B、H3和H4。这些组蛋白要么令DNA盘绕起来保持沉默，要么将DNA解开允许基因表达。组蛋白上的化学修饰(如甲基化)，能够影响它对基因的控制。 H3K4me3是
RNA甲基化调控基因出核新机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂研究组和郑州大学第一附属医院生殖与遗传专科医院孙莹璞研究组、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究组合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。该研究成果以5-
全基因组甲基化定量检测技术ＬＵＭＡ
LUMA介绍基因组DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的变化被认为是正常和病理细胞过程中的重要的事件，有助于正常发育和分化以及癌症和其他疾病。在此，我们介绍一种新的方法评估全基因组DNA甲基化，称为荧光甲基化检测(Luminometric Methylat
全基因组甲基化定量检测技术ＬＵＭＡ
LUMA介绍 基因组DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的变化被认为是正常和病理细胞过程中的重要的事件，有助于正常发育和分化以及癌症和其他疾病。在此，我们介绍一种新的方法评估全基因组DNA甲基化，称为荧光甲基化检测(Luminometric Methyl
北京基因组所揭示RNA甲基化调控基因剪接机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂课题组在研究m6A甲基化修饰调节mRNA选择性剪接规律过程中，发现了读码器YTHDC1通过招募前体mRNA剪接因子SRSF3同时抑制剪接因子SRSF10与RNA的结合，促进外显子被保留的分子机制。该研究结果于2016
科学研究揭示DNA甲基化的秘密
甲基化指 DNA 的化学修饰，这种修饰发生在 DNA 序列的数百万个位置上。直到现在，科学家们相信这种表观遗传学的现象减少了一些基因的表达。 近日，来自UNIGE大学的研究团队们，发现 DNA 甲基化在基因调节中扮演着积极和消极的角色。 DNA 序列的变异性与基因表达之间的关系也
DNA甲基化研究方法的回顾与评价
摘要： DNA甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。这些方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲
基因组所等在RNA甲基化表观遗传新机制研究中获重要进展
11月21日，中国科学院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室 “百人计划”研究员杨运桂研究组，与美国芝加哥大学何川教授实验室和奥斯陆大学Arne Klungland教授合作完成的“RNA甲基化表观遗传新机制研究项目”取得重要进展，相关学术论文在《细胞》子刊《分子细胞》
揭示全基因组DNA甲基化、半甲基化与遗传突变的新方法
5月31日，中国科学院北京生命科学研究院研究员孙中生团队与北京大学肿瘤医院合作，在Briefings in Bioinformatics上，发表了题为A new approach to decode DNA methylome and genomic variants simultaneousl
《自然》首次证实：基因甲基化缺失是致癌重要成因
人体每个细胞都含有完整的DNA基因，其不仅含有人体所有遗传信息，而且基因中的所谓甲基基团是人体组织的必要成分。德国耶拿人体老化研究所研究人员首次证实，DNA出错并甲基化缺失是导致癌症的一个重要成因。这项研究结果刊登在最新出版的《自然》杂志上。 人体每个组织由特定属性的组织特异细胞构成。基因选择
关于基因表观修饰的方式—甲基化检测的介绍
DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现对基
基因组直接测序法检测DNA的甲基化
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解反应
基因组直接测序法检测甲基化的介绍
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解
研究揭示miRNA参与狼疮低甲基化调控机制
中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所沈南教授领导的研究组整合上海交通大学附属仁济医院风湿科的临床优势和健康所的基础研究力量，继2009年在风湿病学领域最有影响力的杂志ARTHRITIS & RHEUMATISM上报道了miRNA作为负反馈调节分子在狼疮关键致病通路中起了重要作
Nature：10000人最大研究！“超重”改变DNA甲基化
12月21日，发表在Nature杂志上题为“Epigenome-wide association study of body mass index, and the adverse outcomes of adiposity”的研究证实，节假日养出的“肉”（biao）除了会让你看起来更bigge
DNA甲基化研究方法的回顾与评价(图)
摘要： DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。这些方法概括起来可分为三类：整体水平的甲
研究揭示肠癌DNA甲基化调控新机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/508004.shtm
植物DNA甲基化的调控研究获重要进展
近日，中国科学院华南植物园农业与生物技术中心研究员陈琛、副研究员王昌虎团队与合作者，在国家自然科学基金面上项目和青年项目、广州市科技计划项目的资助下，对植物DNA甲基化的调控研究取得重要进展。相关成果发表于《自然-通讯》（Nature Communications）。DNA甲基化是表观遗传修饰中的一
植物DNA甲基化的调控研究获重要进展
近日，中国科学院华南植物园农业与生物技术中心研究员陈琛、副研究员王昌虎团队与合作者，在国家自然科学基金面上项目和青年项目、广州市科技计划项目的资助下，对植物DNA甲基化的调控研究取得重要进展。相关成果发表于《自然-通讯》（Nature Communications）。 DNA甲基化是表观遗传修
拟南芥RNA核糖甲基化修饰研究方面获进展
3月30日，中国科学院生物物理研究所研究员叶克穷课题组、北京大学现代农学院博士王玉秋和中科院遗传与发育研究所研究员李家洋课题组合作在Nucleic Acids Research上发表了题为Profiling of RNA ribose methylation in Arabidopsis tha
m6A“RNA甲基化”研究汇总—癌症篇
一个月发表30多篇10分以上的文章，到底是何方神圣？答案：RNA甲基化。今天小编先来介绍一下m6A RNA甲基化。m6A是真核细胞中mRNAs丰度最高的甲基化修饰，在包括组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克以及DNA损伤应答，母本合子(maternal-to-zygotic)转化等多个重要的生物学
m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇
RNA甲基化领域是当前最耀眼的国际科研明星，也是国自然申请的大热点；究其原因，是因为最近一两年，RNA甲基化的功能与分子机制方面取得了巨大的进展。RNA甲基化已被证实在癌症发生发展，病毒感染，神经发育，干细胞分化等过程中发挥着关键作用。今天，我们承接上一期的癌症篇，为您带来病毒领域的RNA甲基化研究