人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观遗传学中最早被人们认识的现象之一，曾被称为有别于A,C,G,T的“第5种碱基”。在人类基因组中，约70%~80%的CpG处于甲基化状态，即呈现整体甲基化的特点，同时这种甲基化模式存在时间和空间上的差异性。空间上的差异性表现为非甲基化的CpG不是均匀分布在基因组上，而是成簇出现形成CpG密度较高的非甲基化区域，即CpG岛。 DNA甲基化与基因组印迹、干细胞分会化、胚胎发育以及包含癌症在内的多种疾病的发生与发展密切相关。因此，对于DNA甲基化的深入研究受到广泛关注,在2013年汤森路透的生物科学领域重点研究方向排名中，DNA甲基化被认为......阅读全文
研究揭示miRNA参与狼疮低甲基化调控机制
中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所沈南教授领导的研究组整合上海交通大学附属仁济医院风湿科的临床优势和健康所的基础研究力量，继2009年在风湿病学领域最有影响力的杂志ARTHRITIS & RHEUMATISM上报道了miRNA作为负反馈调节分子在狼疮关键致病通路中起了重要作
RNA甲基化（m6A）研究：最前沿表观遗传研究热点（二）
那么如何检测RNA的甲基化水平呢？Epigentek推出市场上唯一一款RNA甲基化定量检测试剂盒：·EpiQuik M6A RNA Methylation Quantification Kit（比色法）是一组优化的、完整的的试剂组合，可以通过比色的方法定量RNA中N6-甲基腺嘌呤（m6A）。它可以直
RNA甲基化（m6A）研究：最前沿表观遗传研究热点（一）
随着表观遗传学研究的不断深入，组蛋白修饰（甲基化，乙酰化，磷酸化…）和DNA甲基化修饰相关的高水平研究成果如雨后春笋般涌现，遍布Nature, Cell和Science等期刊杂志。在分子生物学的中心法则中，遗传信息从DNA、RNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这
人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观
关于基因表观修饰的方式—甲基化检测的程序介绍
1．甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP） 用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能
进行全基因组甲基化检测需要多少钱
建库是5000块钱一个库，测序就是1500每G，看您要测多少G的数据量，信息分析大概要5000块钱左右吧。。。
北京基因组所发表RNA甲基化新发现
在分子生物学的中心法则中，遗传信息从DNA、RNA最后流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可以在不改变DNA序列的基础上调控基因的表达，并由此决定细胞的分化和发育情况。实际上，mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。 N6-methyladenosine（m
吉大和华大基因联合发现线虫基因组中存在DNA甲基化现象
2012年10月18日，吉林大学和华大基因合作完成的旋毛形线虫不同发育阶段DNA甲基化差异分析的相关研究成果在国际著名期刊《基因组生物学》（Genome Biology）上发表。该研究首次证实了线虫基因组中存在DNA甲基化现象，改写了长期以来认为线虫中没有该表观遗传修饰的历史，同时也使以DNA甲基化
北京基因组所揭示半甲基化在基因表达调控中的作用
DNA甲基化是最早发现的表观遗传标记之一，在真核细胞基因表达调控中发挥重要作用。随着DNA甲基化检测技术的进步，研究发现DNA甲基化具有完全甲基化和半甲基化两种状态，以及可以稳定遗传的半甲基化修饰。关于DNA半甲基化是否具有独特的生物学功能仍有争议，因而需要对DNA半甲基化进行研究。此外，传统的
北京基因组所等发现RNA甲基化调控基因出核新机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂研究组和郑州大学第一附属医院生殖与遗传专科医院孙莹璞研究组、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究组合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。该研究成果以5-
不得了，大牛告诉你lncRNA甲基化如何研究
lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能，这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能轻松的变废为宝，竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章，你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。 RNA甲基化，作为最新的国
云序生物最新“RNA－甲基化”研究汇总拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育期，
研究揭示受精卵DNA去甲基化重要机制
近日，中科院上海生科院生化与细胞所一项最新研究发现，小鼠早期胚胎中母源和父源基因组在单细胞的受精卵阶段，均会发生大规模的DNA主动和被动去甲基化，DNA双加氧酶Tet3介导了主动去甲基化的发生，而糖苷酶TDG并不参与该过程。相关研究成果在线发表于学术期刊《细胞—干细胞》。 该研究由中科院上海生
云序生物最新“RNA－甲基化”研究汇总拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育期，
研究发现植物DNA主动去甲基化新机制
近期《美国国家科学院院刊》（PNAS）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心上海植物逆境生物学研究中心朱健康研究组题为Histone Acetylation Recruits the SWR1 Complex to Regulate Active DNA Demethylation i
研究发现RNA甲基化调控果实成熟的作用机制
8月7日，《国家科学评论》（National Science Review）在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所——马普计算生物学研究所徐书华团队的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing gen
研究发现去甲基化酶REF6是基因组中靶向的重要因素
核小体是真核生物染色质的基本单位，由DNA缠绕组蛋白八聚体构成。组蛋白翻译后共价修饰是表观遗传调控的重要方式之一，通过影响染色质的状态而调控基因表达等过程。组蛋白H3第27位赖氨酸的三甲基化修饰(H3K27me3)通过维持基因的沉默状态，在动植物细胞命运决定以及生长发育中发挥重要的调控作用。基因
dna甲基化与rna甲基化的区别
DNA甲基化和组蛋白修饰的相同点：都有包含甲基化修饰；不同点：修饰对象不同，一个是对DNA修饰，一个是对蛋白：组蛋白修饰。而RNA干扰是对RNA的降解，与前两者差异较大。
上海植物逆境研究中心在植物DNA去甲基化调控研究进展
6月15日，国际权威学术期刊Science在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心、中科院上海生命科学研究院植物生理生态所朱健康课题组的研究论文A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in
研究揭示DNA甲基化调控棉花耐盐性的机制
近日，中国农业科学院棉花研究所功能基因组研究创新团队系统解析了DNA甲基化动态变化在棉花耐盐性中的关键作用，揭示了甲基转移酶基因GhDMT7通过调控淀粉和蔗糖代谢途径增强棉花耐盐性的分子机制。相关研究结果发表在《植物杂志》（The Plant Journal）上。DNA甲基化作为重要的表观遗传修饰，
一文了解甲基化研究领域新进展！
本文中，小编整理了多篇重要研究成果，共同解读科学家们在甲基化研究领域取得的新进展，分享给大家！图片来源：Vossman/ Wikipedia 【1】Nature：母体维生素C调节DNA甲基化重编程和生殖细胞产生 doi：10.1038/s41586-019-1536-1 发育通常被认为是在
朱健康小组植物DNA去甲基化调控研究获进展
6月15日，《科学》杂志在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心、中科院上海生命科学研究院植物生理生态所朱健康课题组的最新成果，他们研究揭示了编码一个组蛋白的乙酰化酶IDM1在植物去甲基化作用机制中的重要作用。这被认为是近年来表观遗传领域的一项重大突破。 DNA甲基化修饰是一种重要的表
华人研究组Nature解析“从头开始的DNA甲基化”
加州大学河滨分校的一个研究小组解析了在DNA甲基化过程中起关键作用的一种酶的晶体结构，这对于了解“从头开始的DNA甲基化”具有重要的意义。 这一研究成果公布在2月7日的Nature杂志上。由加州大学河滨分校的宋继奎（Jikui Song，音译），以及王钢（Gang Greg Wang，音译）领
m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RNA在
研究发现DNA甲基化参与调控柑橘成熟新机制
1月12日，《美国国家科学院院刊》（PNAS）在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海植物逆境生物学研究中心郎曌博研究组题为Global increase in DNA methylation during orange fruit development and r
生态中心在汞的甲基化机理研究中取得突破
甲基汞具有神经毒性，容易在食物链中累积放大，是已知毒性最大、分布最广的有机汞化合物。除去工业生产排放以外，环境中的甲基汞被认为主要来自于微生物对无机汞的生物甲基化。在过去的几十年中，人们对其他的甲基化途径知之甚少。 中国科学院生态环境研究中心江桂斌研究组与美国FIU蔡勇教授通过合作研究，在碘甲
城环所研究揭示蓝藻砷甲基化的分子机制
砷（As）是一种无处不在的有毒元素，砷污染问题已成为当前世界环境研究的热点之一。蓝藻广泛分布在土壤和各种水生环境中。由于它们的环境适应力强，生长速度快，因此是引起水华的主要物种。目前有关蓝藻对砷响应机制的研究还鲜有报道。 中国科学院城市环境研究所城市环境与健康重点实验室朱永官组研究揭示了蓝藻砷
高分辨率熔解曲线分析甲基化研究应用
高分辨率熔解曲线分析甲基化研究应用—表观遗传学中检测CpG位点的一种新技术甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析（MS-Hi-Res Melting®）是一种不需要PCR产物后续操作的，简单且灵敏的检测基因甲基化水平的方法。该方法主要通过比较曲线的熔解温度和峰形得以实现。该方法可以在一系列的CpG位点
华大基因应用粪便DNA甲基化检测技术，赋能肿瘤检测
在浙江宁波，一家庭父子三人接连查出肠癌，其接诊医生团队通过分析他们的家族史和基因检测结果，最终确认致病原因为林奇综合征，即遗传性非息肉病性结直肠癌。医生解释称，大多数林奇综合征患者是从父母遗传而来的，在该病的遗传模式下，即使只有一个基因突变也可能增加患此病的风险。如果夫妻一方携带突变基因，则每个
华大基因中心正研究智商基因
中国有基因中心进行天才基因比对研究，希望解开人类智力密码。相关研究容易引起道德争议，被利用来针对某个族群。亦有学者担心，人类有朝一日会藉研究成果，透过胚胎筛选技术製造天才婴儿。 深圳华大基因中心进行的基因智力专桉，是将从世界各地收集到的2000组聪明人的基因样本，和普通人的基因样本做比对，