NatureMethods:提高Cas9靶向范围和精度的突破性技术

由麻省大学医学院分子、细胞和癌症生物学副教授Scot A Wolfe领导的一个研究小组报告称,他们开发了一项新技术通过融合可编程的DNA结合结构域(pDBD)和Cas9,可显著提高Cas9的精度及扩大它的靶向范围。这项研究成果发布在10月19日的《自然方法》(Nature Methods)杂志上。 由于其易于使用且高效,CRISPR-Cas9基因组工程系统正在彻底地改变生物科学。最常研究的Cas9核酸酶(SpCas9)来自化脓链球菌。SpCas9和它的相关导向RNA基于两个阶段的序列审查才会向一段DNA序列颁发切割许可证:首先,要求前间区序列邻近基序(PAM)元件兼容PAM互作结构域(PAM-interacting domain)的特异性;第二,要求导向RNA序列与靶位点互补。 由于是通过导入一段互补的单导向RNA(sgRNA),直接重编程Cas9来切割期望的靶位点,存在可兼容的PAM元件是限制Cas9靶向一个重要因素......阅读全文

Rosa2基因组中的安全位点

当我们提到“safe harbour”,你首先想到的什么呢?我们今天要讨论的不是船只安全停泊的港口,而是小鼠基因组中外源基因定点整合的安全位点。接下来就让我们一起探索小鼠基因组中的最经典的安全位点之一:Rosa26,作为基因组中的安全位点是种怎样的体验吧。 Rosa26:安全这块我拿捏的死死地! 随

CRISPR新工具开辟更多可编辑基因组位点

  据最新一期《科学进展》报道,美国麻省理工学院(MIT)研究人员发现了一种可靶向几乎一半基因组位点的Cas9酶,从而极大地扩展了基因编辑工具的适用范围。  尽管基因编辑工具近年来取得了相当大的成功,但CRISPR-Cas9在基因组上可访问的位点数量仍然有限。这是因为CRISPR需要在基因组靶向位点

识别位点

中文名称识别位点英文名称recognition site定  义限制性内切酶特异结合的核苷酸序列。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞遗传(二级学科)

剪接位点

中文名称剪接位点英文名称splicing site;splice site定  义剪接体可识别的RNA前体中内含子和外显子连接边界的序列和接头位点。根据位置不同可以分为供体和接纳体剪接位点。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)

进入位点

中文名称进入位点英文名称entry site定  义特指氨酰tRNA进入核糖体的部位。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科) 

加帽位点

中文名称加帽位点英文名称cap site定  义mRNA中加帽结构的部位,该位点在前体mRNA的5'端。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

人类基因组“primiRNA”剪切位点图谱绘制

  人体的基因表达是一个复杂的过程,那么多的基因不可能都总是持续表达。指挥基因表达的功臣之中就包括几种RNA分子。MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,它是一种古老的、生死攸关的基因调节因素,30-60%的哺乳动物蛋白质编码基因都受miRNA的调控(主要是基因沉默调控

盘点全基因组检测CRISPR脱靶位点的几种重要技术

  在2013年,来自麻省总医院的研究人员发现使用CRISPR-Cas RNA引导性核酸酶的一个重要局限:会在预期靶点以外的位点上生成多余的DNA突变。此后陆续有研究直接说明了CRISPR/Cas9存在严重的脱靶性,即该技术可以发生非特异性切割,引起基因组非靶向位点的突变,这样会造成研究结果的不确定

晒黑还是晒伤-全基因组研究揭示晒黑相关基因位点

  英国《自然·通讯》杂志近日在线发表的一项基因学研究显示,暴露于阳光下的皮肤会晒伤而不是晒黑,正是皮肤癌的主要风险因素,而新近一项176678人参与的全基因组关联研究(GWAS),在过去研究的基础上,鉴定出了可能与晒黑反应相关的额外基因位点。  晒黑是皮肤在紫外线的作用下生成黑色素,造成皮肤颜色变

nut-位点的定义

中文名称nut 位点英文名称nut site定  义噬菌体基因组中抗终止因子N蛋白的识别位点。N蛋白对nut位点的识别和随之发生的相互作用,使RNA聚合酶能忽略终止信号而持续通过终止子。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

什么是活性位点

者一般用在大分子化学中,活性位点指的是可以发生化学反应的集团。活性位点少,发生有效碰撞的机率就少,也就是说反应比较单一,容易被控制

磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定

实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一些通用方法;磷酸化蛋白质被纯化,如果可能蛋白质要均一;磷蛋白被特异性的化学或酶反应切断、产生肽混合物,其中含有一到两个磷酸肽不同之处在干其分离磷酸肽的策略是为了确定氨基酸序列,定位肽段内磷酸化的残基。上面所述的分离方法, 2D-PP 作图、 HPLC 或 l

磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定

磷酸肽的化学测序 磷酸肽的质谱分析 源后衰变 用酶和化学方法去磷酸化             实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一

阴离子位点显示实验

实验方法原理 实验材料 组织样品试剂、试剂盒 磷酸缓冲液阳离子化铁蛋白液体戊二醛锇酸实验步骤 1. 0.1 mol/L磷酸缓冲液配制阳离子化铁蛋白,浓度为0.2~0.5 mg/ml。2. 组织样品悬浮于阳离子化铁蛋白液体中,室温下反应30 min。3. 0.1 mol/L磷酸缓冲液充分漂洗。4. 3

SNP位点的选择原则

1,如果是检测基因的所有已知的SNP,那么首先要去了解并查询到这些SNP位点,SNP位点可以通过查询dbSNP数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)和TSC(The SNP Consortium)数据库(http://snp.cshl.org/),可以获知基因及上

序列标签位点的简介

任何DNA序列,只要知道它在基因组中的位置,都能被用作STS标签。作为基因组中的单拷贝序列,是新一代的遗传标记系统,其数目多,覆盖密度较大,达到平均每1kb一个STS或更密集。这种序列在染色体上只出现一次,其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测出STS来,STS适宜于作为人类基因组的一种

加帽位点的概念

中文名称加帽位点英文名称cap site定  义mRNA中加帽结构的部位,该位点在前体mRNA的5'端。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

细胞化学词汇nut-位点

中文名称:nut 位点英文名称:nut site定  义:噬菌体基因组中抗终止因子N蛋白的识别位点。N蛋白对nut位点的识别和随之发生的相互作用,使RNA聚合酶能忽略终止信号而持续通过终止子。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

无嘌呤位点的定义

中文名称无嘌呤位点英文名称apurinic site定  义核酸中脱去嘌呤碱的部位。产生的醛基,易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

序列标签位点的定义

序列标签位点(sequence-tagged site),是已知核苷酸序列的DNA片段,是基因组中任何单拷贝的短DNA序列,长度在100~500bp之间。

无嘧啶位点的概念

中文名称无嘧啶位点英文名称apyrimidinic site定  义核酸中脱去嘧啶碱的部位。产生的醛基,易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

无碱基位点的定义

中文名称无碱基位点英文名称abasic site定  义核酸中失去碱基的部位。该部位碱基失去后,产生一个醛基,易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

什么是序列标签位点?

序列标签位点(sequence-tagged site),是已知核苷酸序列的DNA片段,是基因组中任何单拷贝的短DNA序列,长度在100~500bp之间。

核糖体结合位点

核糖体结合位点(ribosomebinding site,简称RBS),是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处,存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-,可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。

改进的CRISPRCas9,可靶向整个基因组中的任何位点

  许多基础研究人员和临床研究人员正在测试利用一种简单有效的基因编辑方法来研究和校正导致从失明到癌症等各种疾病的致病突变的潜力,但是这种技术受到一定限制,即必须在基因编辑位点附近存在某个较短的DNA序列。  如今,来自美国麻省总医院(MGH)的研究人员对这个基因编辑系统进行了改进,使得它几乎不再受到

降水监测降水采样点监测点位环境要求

①采样点应位于开阔、平坦的地区,测点周围的下垫面无裸露上壤,以免风沙扬尘的影响。②采样点应避开局地污染排放源,包括排放酸碱物质的烟尘、粉尘和生活排放源、废物堆积场、停车场以及交通T线等。③采样点周应无遮挡雨、雪的障碍物,其中包括房屋、桥梁、高大树木等。障碍物与采样器之间的水平距离不得小于该障碍物高度

北京基因组所等发现八个人类头发曲直相关新位点

  人类头发形状是一种高度遗传的表型。作为人类最明显的外部可见特征之一,头发形状在不同的大陆之间表现出显著的多样性。图片来源于网络  中国科学院北京基因组研究所刘凡研究组、荷兰伊拉斯姆斯大学,联合其他国家的研究人员,合作进行一项基于大样本的人类头发曲直的全基因组研究。科研人员通过问卷和专家评估相结合

位点专一诱变的概念

中文名称位点专一诱变英文名称site-specific mutagenesis;site-directed mutagenesis定  义使DNA分子中某一特定的核苷酸序列发生改变。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

大脑RNA编辑位点“辞典”发布

美国西奈山伊坎医学院研究人员对大脑中的数千个位点进行了编目,在这些位点中,RNA在整个人类生命周期中被修饰,这个过程被称为腺苷到肌苷(A-to-I)编辑,其为理解大脑发育的细胞和分子机制以及它们如何影响健康和疾病提供了重要的新途径。在《细胞报告》上发表的论文中,研究团队描述了大脑中RNA编辑的速率如

序列标签位点图的定义

中文名称序列标签位点图英文名称sequence tagged site map定  义标明序列标签位点在基因组上位置的物理图。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)