测序污染有多危险,如何防范与去除[实验手册]

一些研究表明,目前已经公布的基因组存在多种污染,随着这个问题越来越突出,我们需要找出方法来应对 生物通报道:Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微生物的代谢途径,但后来他发现了几乎无处不在的序列,“我以为我们发现了一些新的东西,”他回忆道,“在这些不同的微生物中,这整个噬菌体基因组是完整地保留下来的。” 但当Mukherjee一开始分析这个噬菌体序列时,他就知道这就是 PhiX 序列,一种Illumina公司测序试剂盒中用做标准品的噬菌体。PhiX 本来是作为一种质控检测指标,用于追踪每个测序过程中出现的错误率的,但在上百个案例中,Mukherjee发现研究人员都没有从其公布的基因组序列中剔除Phi X的序列。 并不是只有Mukherjee一人发现此种情况,最近......阅读全文

环保部:臭氧没有严重污染,更没出现爆表

  刚刚过去的这个夏天留给京津冀的记忆是,蓝天多了。但每每天空通透、阳光灿烂的时刻,空气质量指数中的臭氧指标就会悄悄攀升。  这个看不见摸不着的污染不动声色地拉低了空气质量,刺激着人类的呼吸道黏膜。与臭氧指数起起伏伏相伴的是学者们的担忧与发声。  近地面臭氧是引发光化学烟雾的元凶之一,上世纪50年代

受沙尘天气影响-北方地区出现空气污染过程

中国环境监测总站最新研判结果显示,受今年第三轮沙尘天气影响,今天(3月25日)至明天,我国华北地区PM10浓度可能出现短时高值,河北北部和山西中北部可能出现短时重度污染。此次沙尘过程强度总体较弱,持续时间较短,影响范围主要集中在西北地区东部和华北中西部地区,北京受其影响可能出现短时中度污染。从监测数

交通污染或可导致人体外周血多条通路出现紊乱

  近日,复旦大学公共卫生学院阚海东教授、陈仁杰教授课题组,带领博士后杜喜浩、张庆丽等,在国家自然科学基金项目和上海市三年公共卫生行动计划的资助下,通过一项随机交叉对照研究,首次采用多组学检测技术,探索了交通相关空气污染暴露对人体的负面影响,结果发现交通污染或可导致外周血多条通路出现紊乱而致病。该研

受沙尘天气影响-北方地区出现空气污染过程

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/3/476261.shtm中国环境监测总站最新研判结果显示,受今年第三轮沙尘天气影响,今天(3月25日)至明天,我国华北地区PM10浓度可能出现短时高值,河北北部和山西中北部可能出现短时重度污染。此次沙尘过程强

国人体内出现转基因作物中常见基因纯属谣言

  近日,微信公众号“奇闻趣事糗事”的一篇文章《英国研究:中国人体内已出现转基因作物中常见的基因,请当心下一代!》在微信朋友圈广泛传播。  事实真是这样吗?并非如此。这实则是用有关转基因的钓鱼文和谣言文拼凑起来,为非转基因食品杂货店站台的广告文。  世博会指定的食用油均包括转基因大豆油  这篇文章中

国人体内出现转基因作物中常见基因?纯属谣言

  近日,微信公众号“奇闻趣事糗事”的一篇文章《英国研究:中国人体内已出现转基因作物中常见的基因,请当心下一代!》在微信朋友圈广泛传播。  事实真是这样吗?并非如此。这实则是用有关转基因的钓鱼文和谣言文拼凑起来,为非转基因食品杂货店站台的广告文。  世博会指定的食用油均包括转基因大豆油  这篇文章中

生物显微镜会经常出现的问题

问题一:镜筒松动,出现间隙解决方法:看两个粗调手轮是否没有旋紧,如果没有的话,请用双手旋紧手轮,若问题还没解决,去找一把专用的双柱板手,把一个粗调手轮旋下,如果还是不行,可以在中间加一片摩擦片根据间隙选择不同厚度的。调整好距离后,注意找到仪间中间的齿轮、齿条相接处加一些中性润滑脂,让镜筒上下移动几下

什么是水污染指示生物?

水污染指示生物是在一定水质条件下生存,对水体环境质量的变化反应敏感而被用来监测和评价水体污染状况的水生生物。如浮游生物,水生微生物,大型底栖无脊椎动物、硅藻、小球藻等。利用指示生物可以对水体污染程度作出综合判断并进行定性分析,但应注意,生物种类和数量分布也和其他条件如地理、气候以及水体的底质、流速、

生物技术有助控制水污染

  编者按   近年来,全球范围内生物技术和产业呈现加快发展态势,主要发达国家和新兴经济体纷纷对此做出部署,作为获取未来科技经济竞争优势的一个重要领域。为推进我国生物产业持续快速健康发展,我国出台了《生物产业发展“十二五”规划》(以下简称《规划》)。其中指出,到2015年,我国生物产

微生物污染的排除实验

实验方法原理 细胞培养中用抗生素是杀灭微生物的主要手段;但迄今尚无对抗支原体特效抗生素。各种抗生素性的性质不同,联合应用比单用效果好;一般在已发生微生物污染后,再使用抗生素,常难以根除.预防性应用比污染后使用更好。有时抗生素仅对细菌有抑制作用,而无杀灭效应;反复使用抗生索还能使微生物产生抗药性,且对

Nat-Commun:铀污染的生物治理

  据本期Nature Communications上发表的一项研究,来自废弃矿山的铀污染可能会是一个比以前所认为的更大的问题。这一发现可能会导致人们对铀矿治理策略进行修正——这些策略是将铀从被污染的地下水和地表水中清除。   全世界20个国家都开采铀矿石,主要是将其用作生产核能的一种燃料。虽

生物污染器皿的清洗操作步骤

清洗与去污过程包括6个步骤:分类、浸泡、清洗、漂洗、器械清洗后的消毒和干燥。(1)分类:器械使用完毕最好立即进行分类,尽量不要直接用手进行分类;锐利物品必须放在防刺容器内进行运输;污物要保持湿润防止干燥,如不能在1~2h之内及时清洗,须将物品浸于冷水或含酶液体中。(2)浸泡:浸泡可防止污物变干和软化

食品污染有关的生物毒素

  在本节中我们将讨论部分在海洋生物中常见的自然毒素和部分农产品中常见的自然毒素。  前面已讨论过食品中微生物的危害,但并不是所有的食品危害都由微生物直接引起,有些是由于微生物的副产品或食品原料本身所引起的化学危害。  一、海洋毒素  鱼类产品,自然地由于海洋毒素的影响会产生一些独特的食品毒素。我们

预防生物安全柜内的污染

预防生物安全柜内的污染生物安全柜(BSC)有两个主要目的:防止污染以保护您的样品,并保护您和您的环境免受样品污染。大多数生物安全柜采用过滤器和均匀的气流,在柜体的外部和内部之间形成一个不可见的屏障。如果功能正常,这将保护样品不受污染物如微生物和核酸酶的影响。顺其自然使用生物安全柜时,确保样品只能遇到

食品微生物污染控制(二)

  某些微生物生长温度范围如下表:   1、冷藏库   冷藏温度对控制致病菌的生长确实起到了很好的作用,但是一些病菌比如:李斯特菌和耶尔森氏菌在接近冻结点时仍可以生长。冷藏在减慢食品变质、氧化酸败和导致其它质量缺陷的生物的、化学的变化过程方面具有显著作用。   2、时间/温度   食

食品微生物污染控制(一)

  食品加工可以利用水分活度、pH、化学物质及包装来控制病原体生长。而对食品加工来讲,通过控制病原体所需的营养成分,则难以达到目的,因为除特别情形之外,大多数食品为病原体生长产提供了充足的营养。我们还是集中精力通过水分活度、pH、化学物质及包装控制病原体生长。   通过分别控制食品中水分活度和p

食品污染有关的生物毒素

 在本节中我们将讨论部分在海洋生物中常见的自然毒素和部分农产品中常见的自然毒素。  前面已讨论过食品中微生物的危害,但并不是所有的食品危害都由微生物直接引起,有些是由于微生物的副产品或食品原料本身所引起的化学危害。  一、海洋毒素  鱼类产品,自然地由于海洋毒素的影响会产生一些独特的食品毒素。我们应

关于微生物污染的控制

  酶反应器不需要在完全无菌条件下进行,但仍需要控制微生物污染。因为微生物污染会降低酶反应器的生产效率和降低产品质量,不仅会堵塞反应柱,还能使固定化酶活性载体降解,它们产生的酶和代谢物会使产物降解和增加反应副产物,减少产物的产出,增大产物分离难度。因此,应采取适当的方法对底物进行灭菌,酶反应器每次使

生物物理所发现Epg5基因敲除小鼠出现选择性神经系统缺陷

  中科院生物物理研究所张宏研究组以Mice deficient in Epg5 exhibit selective neuronal vulnerability to degeneration为题,在Journal of Cell Biology在线发表了最新研究成果,文中报道了自体吞噬基

港首次出现甲流病毒基因“洗牌”现象

  据香港《明报》报道,科学界关注的猪流感病毒基因洗牌在香港出现!香港大学在一只猪身上验出的一般猪型流感病毒,竟含有人类的甲型H1N1流感(俗称人类猪流感)病毒基因,港大要进一步测试,确定此基因洗牌病毒特性会否更恶更毒。卫生署正密切监察是否已有人中招。   卫生署指出,暂时没有迹象显示香港市民感染

FDA警告称产前基因检测可出现错误结果

  美国食品和药物管理局近日发布了一份安全通讯,警告人们基因无创产前筛查测试(NIPT)可能提供错误的结果,需要进一步的诊断确认。  虽然医疗保健提供者经常使用 NIPT,但 FDA 尚未授权、清除或批准其中任何一个,该机构也没有评估其准确性和性能。作为筛查测试,NIPT 可以衡量胎儿发生某些遗传异

测序基因组勘探食品污染

   上周,两家公司因李斯特菌食品感染发令召回其所有产品。Sabra Dippin召回30,000例鹰嘴豆泥制成的食品,至今疾病防治中心未发现因食用该公司食品造成的食物中毒或死亡的病例。然而,堪萨斯州的蓝铃冰激淋工厂(Blue  Bell Creameries)已确认有少量食品原料已感染李斯特菌,目

污泥农用致土壤抗性基因污染

  日前,中国科学院城市环境研究所城市土壤和生物地球化学研究组朱永官团队采用高通量荧光定量PCR系统和高通量测序,研究了长期使用污泥和鸡粪对土壤抗生素抗性基因丰度和多样性的影响。研究成果近日发表在《国际环境》杂志上。  抗生素抗性基因(ARGs)污染的两个主要源头是集约化养殖业和城市污水处理系统。未

水环境污染生物监测——生物测试法(一)

水环境污染生物监测——生物测试法利用生物受到污染物危害或毒害后所产生的反应或生理机能的变化来评价水体污染状况,确定毒物安全浓度的方法称为生物测试法。该方法有静水式生物测试和流水式生物测试两种。前者是把受试生物放于不流动的试验溶液中,测定污染物的浓度与生物中毒反应之间的关系,从而确定污染物的毒性;后者

哪些生物可以作为大气污染的指示生物?

生物可以作为大气污染的指示生物:地衣:对二氧化硫、氟化物等污染物非常敏感。地衣的种类和生长状况可以反映大气污染的程度。苔藓:和地衣类似,对二氧化硫等污染物较为敏感,其生长和分布情况能指示大气质量。某些敏感植物:例如唐菖蒲、烟草、菠菜等,在受到大气污染物侵害时会表现出明显的可见症状,如叶片斑点、枯萎等

水环境污染生物监测——生物测试法(二)

2、发光细菌法(1)方法原理发光细菌是一类非致病的革兰氏阴性微生物,它们在适当的条件下能发射出肉眼可见的蓝绿色光(450~490nm)。当样品毒性组分与发光细菌接触时,可影响或干扰细菌的新陈代谢,使细菌的发光强度下降或不发光。在一定毒物浓度范围内,有毒物质浓度与发光强度成负相关线性关系,因而可使用生

蓬莱193油田BC平台均有溢油出现-污染面积增大

  记者28日从国家海洋局北海分局了解到,蓬莱19-3油田溢油事故发生已近两个月,但海监执法人员最新监视监测发现,B、C平台仍有溢油出现,污染海域面积较前几日有所增大。  据介绍,海监执法人员根据中国海监15船、17船、18船监视情况以及现场值守情况确定,B平台溢油点仍有油花和气泡间歇性溢出,附近发

哈药总厂新厂区落户阿城承诺不出现“污染转移”

  14日,哈药集团制药总厂与哈尔滨市阿城区政府正式签订合作建设哈药总厂新厂区项目协议。此间,哈药股份公司董事长、总经理张利君就哈药总厂设备检修期间出现的排放超标事故致歉,并承诺“哈药搬迁绝不会是污染转移”。   哈药股份公司董事长、总经理张利君表示,此项协议的签署标志着哈药总厂新厂区项目落户阿城

实验室设备超纯水设备出现严重污染的处理办法

1、首先用性能优良的备用膜元件替换反渗透系统上的待清洗膜元件,以保证反渗透系统不停止运行,保证整个生产工艺的持续稳定。  2、RO反渗透膜元件性能测试:  ①对每一支膜元件单独测试其各项性能指标,包括:脱盐率、产水量、压差、重量等,并作好测试前记录。  ②脱盐率、产水量和压差测试条件:符合不同类型膜

京津冀及周边地区持续出现空气重污染

  环境保护部有关负责人今日向媒体通报,4月14日,我国京津冀及周边地区部分城市持续出现空气重污染。   这位负责人说,4月14日,京津冀及周边地区开展空气质量新标准监测的39个城市中,有4个城市出现重度污染,较4月13日减少9个,无严重污染城市。与4月13日相比,北京、廊坊、邢台3个城市空气质量