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新一代测序十年记:后起之秀PacBio

在新一代测序技术崛起的早期,市场主要被Illumina、Life Tech和Roche这三家公司占领。偶尔也有一些新的测序平台出现,但大多是雷声大雨点小,不久便没了下文。面对这些强大、成熟的系统,新平台要想站稳脚跟,的确不是件容易的事。 在2010年的AGBT年会上,Pacific Biosciences的测序仪吸引了众人的注意。这台名为PacBio RS的测序仪被称为第三代测序平台,而有别于之前推出的二代测序平台。至于什么是第三代测序,PacBio当时的CEO Hugh Martin是这样解释的,“它就是在第二代测序(通量、成本)的基础上添加非常长的读长、极低的试剂成本,以及快速的运行时间”。 的确,PacBio RS系统有着其他系统无可比拟的读长,超过1000个碱基。这是因为PacBio的单分子实时(SMRT)测序反应是最接近天然状态的聚合酶反应体系,最大限度地保持了聚合酶的活性。此外,样品制备非常快速,只需要4-6......阅读全文

基因组测序仪简介

  基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器,于2012年12月19日启用。  技术指标  个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。  主要功能  样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库,从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道,以节约试剂用量。

基因组测序

如果楼主指的是人类基因组计划,那时用的方法叫做双脱氧终止法,也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中,DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸)来作为原料,但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的,但与普通PCR不同,它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的

叶面积仪数值与覆盖度之间关系

叶面积仪的测定对象叶面积指数和覆盖度都是衡量春小麦生长状况的重要指标,但有研究表明,仅以植被覆盖度为评价指标,并不能完全反映各种植被状况的其他特征,如水土 保持差异等。在实际中,由于叶面积指数不仅能反映植被的结构、分布密度和生物量信息,且叶面积仪测量设备较为方便、快速。通常更多的是以叶面积指数作为小

RainDance的定向DNA测序方案

  当今,生物医学研究面临的一个主要挑战是确定复杂疾病的特定表型下隐藏的遗传变异。就临床可行性和成本而言,与低覆盖度的全基因组测序、甚至全外显子组测序相比,定向测序是目前最有希望且最可行的方式,有望可靠发现人类基因组中的常见和稀有变异。   定向DNA测序提供了目标区域的更深度覆盖,实现

单细胞的可靠全基因组扩增

目前多种新型分析技术,如新一代测序和芯片,都是为细胞群体而设计的,需要一定的样本量。对于一些临床或法医样本,如肿瘤细胞或循环胎儿细胞等,它们的细胞数量有限,直接限制了其下游应用。例如,在分析肿瘤细胞中的体细胞DNA突变或单个细菌基因组时,单细胞中的DNA无法满足测序的mg级样品量需求。为了从少量样品

新一代测序十年记:后起之秀PacBio

  在新一代测序技术崛起的早期,市场主要被Illumina、Life Tech和Roche这三家公司占领。偶尔也有一些新的测序平台出现,但大多是雷声大雨点小,不久便没了下文。面对这些强大、成熟的系统,新平台要想站稳脚跟,的确不是件容易的事。  在2010年的AGBT年会上,Pacific Biosc

Science:外显子组测序让“生命密码”解读更容易

        简单来说,外显子组就是遗传代码中蛋白质编码的组分,占整个基因组的1%-2%。测序仪每跑一次仅能读取一定数量的碱基,但通过测序外显子组,研究人员能更快地生成更多的碱基。与全基因组相比,它也可以用更低的成本做出更好的分辨率。   位于荷兰内梅亨的拉德伯德大学医学中心转译基因组学教授 J

新突破!掌上测序仪首次完成人类全基因组测序

  最近,英国牛津大学(Oxford University)Wellcome Trust人类遗传学中心(Wellcome Trust Centre for Human Genetics)和在基因组分析领域领先的英国公司Genomics plc宣布,首次使用掌上纳米孔测序仪完成了多个人类全基因组测序和

80后教授研发全球最准三代基因测序仪

   中美科学家近日联合在生物医学杂志BioRxiv上发表论文,展示了使用深圳瀚海基因GenoCare第三代单分子测序仪完成的大肠杆菌基因组测序,准确率达到99.7%,表明这是目前准确率最高的第三代测序仪。18日,这款桌面式测序仪研发带头人,南方科技大学80后教授贺建奎告诉记者,这是目前唯一可以应用

2012最受欢迎的测序文章,点滴决定成败

  作为测序生力军的第三代测序技术能够大大增加测序的效率和通量,不过很显然第二代测序技术仍会继续被广泛采用。近日BioTechniques杂志评出了今年最受欢迎的两篇测序文章以飨读者,而这两篇文章正是目前技术过渡时期的写照。   近年来,基因组学、转录组学和宏基因组学等领域迎来了爆炸式的增长,这都