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Science开发创新基因表达研究方法

来自卡罗林斯卡学院和瑞典皇家理工学院(KTH)的科学家们,开发出了一种高分辨率的新方法来研究组织中活化的基因。这种方法可用于所有的组织类型,对于临床前研究和癌症诊断均具有价值。他们的研究结果发布在7月1日的《科学》(Science)杂志上。 疾病会改变组织中一些RNA分子和蛋白质的表达。在实验室与医院中通常是采用显微镜研究组织样本来获得更深入的认识和诊断,然而到目前为止还只能同时确定少数RNA分子的定位。 卡罗林斯卡学院的Jonas Frisén教授与瑞典皇家理工学院的Joakim Lundeberg教授合作开发出了一种新方法,使得能够分析所有RNA分子的数量,提供来自显微镜的空间信息。 Frisén教授说:“通过将组织切片置于一张载玻片上——在载玻片的上面我们已经放置了内置地址标签的DNA链,我们能够标记出活化基因生成的 RNA分子。当我们分析样本中存在的一些RNA分子时,地址标签会显示出这些分子存在于切片中的位置,......阅读全文

RNAi总结

RNA干涉(RNAi)是指双链RNA分子使基因表达沉寂的现象,是在线虫中发现的,在 1998年的一篇Nature论文中被公诸于众。过去几年中,科研工作者已明确转录后基因沉默现象普遍存在于动、植物中,在机体防御病毒入侵和转座子沉默效应中起着重要作用。近年来的研究表明,将与mRNA对应的正义RNA和反义

生物信息分析数据挖掘

DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达,检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化,显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据,仅仅进行差异表达分析还远远不够,如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现

真核细胞表达系统-1

自上世纪70年代基因工程技术诞生以来,基因表达技术已渗透到生命科学研究的各个领域。并随着人类基因组计划实施的进行,在技术方法上得到了很大发展,时至今日已取得令人瞩目的成就 。随着人类基因组计划的完成,越来越多的基因被发现,其中多数基因功能不明。利用表达系统在哺乳动物细胞内表达目的基因是研究基

活体电穿孔法介绍(二)

电 压电穿孔时在能量导入一定的情况下设计施加电压的值。电压过低或过高都会影响外源基因的表达。电压过低时,无法造成细胞膜表面状态的改变,因而外源D不能进入细胞内。电压过高时,局部组织积聚过多热量,造成细胞的死亡或组织失去功能,即使外源基因导入细胞,也无法进行正常的表达。哺乳动物常用的活体电压大多为20

实质等同性(转录组学)实验

实验材料:小麦  试剂、试剂盒:β-巯基乙醇                                   &nb

生物芯片技术在药物R&D中的应用(二)

4 建立病原作基因的表达模型  由于病原体的基因组规模相对较小,可用包含其全部基因的DNA 芯片鉴定那些对人产生毒害作用的基因。异烟肼(isoniazid,INH)是治疗肺结核的常用药物,其治疗结核病的机制是它阻断了分枝茵酸的生物合成途径。Wilson等根据已测序的肺结核杆菌基因组序列,用PCR

棉花耐盐相关基因 GhVP 的表达及功能分析

土壤盐渍化是世界范围内限制农作物产量和品质的重大问题。棉花是改良盐碱地的先锋作物。培育棉花耐盐品种,开发利用大面积盐碱地是棉花种植的必然趋势,通过分子生物学手段挖掘棉花耐盐相关基因,创新棉花种质资源,对棉花耐盐性研究尤为重要。系统进化分析表明 GhVP 与盐生植物盐爪爪、灰绿藜的亲缘关系最近,进一步

RNAi技术的应用

5 RNAi技术的应用5.1 功能基因组和遗传学应用随着各种模式生物和人类基因组测序的完成,基因功能的研究远远落后于大量序列所提供的信息,研究和发现基因功能成为越来越紧迫的任务。长期以来,破坏基因结构或抑制基因表达是研究基因功能的重要方法,如常用的基因敲除技术( gene knock out) 。基

三篇文章聚焦等位基因的随机表达

  我们是二倍体。这意味着我们的每个常染色体基因有两个拷贝,一个来自母亲,另一个来自父亲。遗传学家过去认为,绝大多数人类等位基因在细胞内是均等表达的。幸亏有了新一代测序技术,我们对基因表达的认识才大大改变。通过RNA-seq,我们能够了解究竟是母亲还是父亲的基因拷贝得到了表达。最近,多篇关于单细胞转

毕赤酵母表达(pichia pastoris expression )实验手册(1)

大肠杆菌表达系统最突出的优点是工艺简单、产量高、周期短、生产成本低。然而,许多蛋白质在翻译后,需经过翻译后的修饰加工,如磷酸化、糖基化、酰胺化及蛋白酶水解等过程才能转化成活性形式。大肠杆菌缺少上述加工机制,不适合用于表达结构复杂的蛋白质。另外,蛋白质的活性还依赖于形成正确的二硫键并折叠成高级结构,在

RNAi——双链RNA引起的基因敲除(1)

1995年,康奈尔大学的Su Guo博士用反义RNA阻断线虫基因表达的试验中发现,反义和正义RNA都阻断了基因的表达,他们对这个结果百思不得其解。直到1998年, Andrew Fire的研究证明,在正义RNA也阻断了基因表达的试验中,真正起作用的是双链RNA[1]。这些双链RNA是体外

第二代差异显示系统与传统mRNA差异显示技术

真核生物中,从个体的生长、发育、衰老、死亡,到组织的分化、凋亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答,本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30 000个不同的基因,但在生物体内任意细胞中只有10%的基因得以表达,而这些基因的表达是按事件和空间顺序有序地进行着,这种表达的方式即为基因的差异

点评Nature背靠背 |浙大教授解释基因敲除为何没有表型

  Robustness指一个复杂系统适应和应对内部和外界扰断而行使正常功能的能力。遗传系统健壮性(genetic robustness)指一个生命体能缓冲基因组中有害突变的能力。突变是生命进化的原动力,而有害突变是致死。一个稳定的遗传系统既能缓冲突变同时进行世代更迭,这样本体能维持正常功能,突变在

棉花耐盐相关基因 GhVP 的表达及功能分析

土壤盐渍化是世界范围内限制农作物产量和品质的重大问题。棉花是改良盐碱地的先锋作物。培育棉花耐盐品种,开发利用大面积盐碱地是棉花种植的必然趋势,通过分子生物学手段挖掘棉花耐盐相关基因,创新棉花种质资源,对棉花耐盐性研究尤为重要。系统进化分析表明 GhVP 与盐生植物盐爪爪、灰绿藜的亲缘关系最近,进一步

传统mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)和第二代差异显示系统

真核生物中,从个体的生长、发育、衰老、死亡,到组织的分化、凋亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答,本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30 000个不同的基因,但在生物体内任意细胞中只有10%的基因得以表达,而这些基因的表达是按事件和空间顺序有序地进行着,这种表达的方式即为基因的差异表达。其

高海拔野生鸟类在序列和表达水平协同改变适应性进化

  高海拔环境的选择压力会驱动生物体表型和遗传的适应。研究组早期的研究表明不同高海拔物种在形态、生理、生化等表型特征出现趋同(Zhu et al. 2018. PNAS),而这种趋同表型的遗传适应机制是多样的,可能受到系统发育背景的严重影响。同时,由于野生鸟类采样困难且转录组测序样品质量要求较高,早

基因治疗又现曙光,关于地贫你知多少

  12月7日-10日,一年一度的美国血液学会(ASH)如期而至,盛会上来自全世界的血液学工作者发表着最新进展。如拜耳公布了其AAV基因疗法在A型血友病的1/2期临床试验中取得积极数据,Sangamo公布针对β地贫的1/2期临床最新数据,这是继CRISPR Therapeutics和Vertex P

几种蛋白表达系统优缺点分析

  蛋白表达是指用模式生物如细菌、酵母、动物细胞或者植物细胞表达外源基因蛋白的一种分子生物学技术。蛋白表达系统是指由宿主、外源基因、载体和辅助成分组成的体系,通过这个体系可以实现外源基因在宿主中表达的目的。   1、宿主。表达蛋白的生物体。可以为细菌、酵母、植物细胞、动物细胞等。由于各种生物的特性

GTEx项目检测遗传学效应

  组织内的转录本表达丰度在不同个体之间存在着差异。目前,研究者们对这种个体差异的遗传基础进行了分析。  研究者们在过去的几年里开展了大量的基因组分析,并从中获得了诸多经验,其中一条经验是:如果由大型研究团队开展一系列设计严谨、目标宏大、分析周全的遗传学研究的话,将会推动该研究领域取得巨大的飞跃。这

GTEx项目检测遗传学效应

  组织内的转录本表达丰度在不同个体之间存在着差异。目前,研究者们对这种个体差异的遗传基础进行了分析。  研究者们在过去的几年里开展了大量的基因组分析,并从中获得了诸多经验,其中一条经验是:如果由大型研究团队开展一系列设计严谨、目标宏大、分析周全的遗传学研究的话,将会推动该研究领域取得巨大的飞跃。这

组蛋白修饰分工调控基因表达水平和基因表达噪音

  基因表达过程依赖于转录因子、染色质调控因子和染色质等生物大分子在布朗运动过程中的随机碰撞,因此,即使是基因型和分化类型完全相同的细胞在相同环境下也存在基因表达的差异,被称为基因表达噪音。研究基因表达噪音,对研究干细胞增殖分化、个体发育、病原菌的抗药性以及农作物的稳产有着重要的意义,而其在人类早期

RNAi的功能

1.高通量的研究基因功能在后基因组时代,需要大规模高通量的研究基因的功能,由于RNAi能高效特异的阻断基因的表达,因而RNAi成为研究基因功能的很好的工具。研究者将线虫三号染色体上2232个基因对应的dsRNA合成出来,并注射到线虫性腺内,然后观察子代细胞分裂时出现的异常表型,结果发现了133个基因

中国科学家打开人类胚胎“基因表达”的认知大门

  记者从中国科学院北京基因组所获悉,由该所研究员刘江团队与山东大学附属生殖医院陈子江团队、广州医科大学刘见桥团队合作,在国际上首次研究出人类胚胎合子基因组的激活机制,进而揭示了人类胚胎发育和进化的奥秘,相关研究已于3月9日在国际顶级学术期刊《细胞》(CELL)发表。人类的生命始于受精卵,

【人民日报海外版】中国科学家揭开人类胚胎奥秘

  记者近日从中国科学院获悉,该院北京基因组所与国内多家科研机构合作,在国际上首次揭示了人类胚胎进行有序基因表达、发育进化的奥秘。研究成果于3月9日发表于国际顶级学术期刊《细胞》上。  人类的生命从受精卵开始,一个受精卵如何发育成一个含有200多种细胞类型、36个重要器官的复杂有机体,是生命科学最大

几种蛋白表达系统优缺点分析

蛋白表达是指用模式生物如细菌、酵母、动物细胞或者植物细胞表达外源基因蛋白的一种分子生物学技术。蛋白表达系统是指由宿主、外源基因、载体和辅助成分组成的体系,通过这个体系可以实现外源基因在宿主中表达的目的。1、宿主。表达蛋白的生物体。可以为细菌、酵母、植物细胞、动物细胞等。由于各种生物的特性不同,适合表

Science:新的基因从何而来,为何而来?

  近日来自加州大学戴维斯分校的研究人员发现了在6株果蝇株系中全部或部分表达的142个转录子,对应于果蝇参考基因组(reference genome)中基因间序列,这第一次利用群体遗传学的方法,尝试探索从头起源的基因在群体中扩散、尚未固定之前的表达和结构,以及这些基因受到的选择和调控情况。  

Nature重要发现:长基因的祸患

   甲基化CpG结合蛋白2基因(MECP2)突变是破坏性儿童神经系统疾病——Rett综合征(RTT)的病因。尽管数十年来研究人员付出了巨大的努力,仍然难以确定MECP2的确切功能。在Rett综合征研究信托机构(RSRT)和美国国家神经系统疾病及中风研 究所(NINDS)的资助下,发表在3月11日《

专访赵莉:新的基因从何而来

  疾病基因,外貌基因,冒险基因……“基因”这个词近几十年来不仅出现在越来越多的科研成果中,也出现在许多大众媒体上,成为了大家耳熟能详的一个名称,但是正如我们对于宇宙的大爆炸起源尚不清楚一样,基因是如何产生,尤其是从头起源的基因如何产生的,还并未被了解透彻。   近日来自加州大学戴维斯分校的研究人

活体电穿孔法介绍(一)

1、什么是活体电穿孔活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105~1

活体电穿孔法介绍-1

1、什么是活体电穿孔活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105~1