PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列

来自中科院遗传与发育生物学研究所,四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章,对一个籼稻基因组蜀恢498(R498)进行PacBio单分子测序,结合遗传图谱和fosmid文库测序,并利用了BioNano光学图谱的验证,最后得到一个长度为390.3 Mb的基因组。 这一研究成果公布在5月4日在Nature Communications杂志上,文章的通讯作者是遗传发育所的梁承志研究员和四川农业大学水稻研究所的李仕贵教授。这项研究表明在现有的技术条件下,得到一个接近完成并在染色体水平上具有连续序列的高质量参考基因组是可行的,对于提高目前高等动植物基因组的组装质量具有重要的指导意义。 随着PacBio单分子实时(SMRT)测序技术的发展,利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而,这些草......阅读全文

PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列

  来自中科院遗传与发育生物学研究所,四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章,对一个籼稻基因组蜀恢498(R498)进行PacBio单分子测序,结合遗传图谱和

-震惊!Genbank参考基因组序列多处错误!

 震惊!Genbank参考基因组序列多处错误!   随着基因组测序技术的飞速发展以及测序成本的快速降低,全基因组数据也在急速增加。尽管参考基因组数据是非常有价值的资源,但是由于测序过程中的外源污染或者研究者对数据组装方法的误用,使得基因组数据面临很多问题。  近日,约翰霍

草鱼全基因组序列图谱绘制完成

  近日,记者从中国科学院水生生物研究所获悉,该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成,相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。  据该所研究员汪亚平介绍,该研究采用鸟枪法测序策略,分别对一

牡蛎全基因组序列图谱绘制完成

牡蛎基因组部分序列及其分析牡蛎基因组计划(OGP)团队成员在深圳华大基因研究院讨论项目中国科学院海洋研究所和深圳华大基因研究院签约仪式牡蛎是产量最大的海水养殖动物  牡蛎养殖  近日,牡蛎基因组计划(Oyster Genome Project,OGP)项目组宣布,

科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列

  随着PacBio单分子实时(SMRT)测序技术的发展,利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而,这些草图序列中仍然存在多种错误,比如序列中会包含有很多嵌合体(即不同位置的序列连接到了一起)或是组装质量比较差的区域等,特别是重复序列区域有的没有组装出来,有的组装出来多个序列,而且这些错误通

我国完成朱鹮全基因组序列图谱绘制

       4月15日,深圳华大基因研究院与西安交通大学联合在西安公布了濒危野生动物朱鹮的全基因组序列图谱,这是继鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后,我国完成 的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱。朱鹮这种被称为“东方宝石”的珍稀鸟类目前世界仅存千余只,这一研究成果将对于挽救和保护朱

我国自主完成首个果树作物基因组序列图谱

  华中农业大学今天透露,该校科研人员经过一年多努力,已绘制完成甜橙的全基因组序列图谱。这是我国自主完成的第一个果树作物基因组序列图谱。这一农业科技基础研究成果,将对加快我国柑橘品种改良,改变柑橘品种大量依赖进口的状况,提升我国柑橘产业的核心竞争力起到重要作用。  据悉,柑橘是世界栽培面积

我国完成世界首张西瓜基因组序列图谱

  我国主导完成世界首张西瓜基因组序列图谱的绘制与破译,相关研究成果于北京时间11月26日凌晨在国际学术顶级刊物《自然·遗传学》上在线发表。   西瓜是全球重要的经济作物和夏季消暑水果,但就是这样一种常见的水果,人们却始终未能从内到外了解它。过去,各国科学家虽然知道栽培西瓜遗传多样性狭窄是制约西瓜

我国完成世界首张-西瓜基因组序列图谱

  由北京市农林科学院蔬菜平台牵头,联合了中国农业科学院、深圳华大基因科技有限公司、美国康奈尔大学、荷兰瑞克斯旺等优势单位,共同完成了世界首张西瓜基因组序列图谱绘制与破译,获得了高质量的西瓜基因组序列图谱,成为由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列

我国完成首部高原濒危物种全基因组序列图谱

  12月25日,由青海大学和深圳华大基因研究院共同发起并承担的藏羚羊基因组序列图谱在青海大学医学院宣告绘制完成,这是世界上第一部绘制完成的高原濒危物种全基因组序列图谱,也是中国科学家对全球基因组科学的又一重大贡献。   藏羚羊是我国青藏高原特有的物种,其生存环境高寒、缺氧,自然条件极为严酷。在喜

蔬菜中心:绘成世界首张西瓜基因组序列图谱

  我国是世界第一西瓜生产与消费大国,但是人们却始终未能从外到内了解它,直到2013年1月,国际学术顶级刊物《自然·遗传学》发表了世界首张西瓜基因组序列图谱(影响因子35.532),标志着人类成功破译了西瓜遗传“密码”。这项由蔬菜中心主任许勇的研究团队牵头进行的科研创新,为高效培育兼具优质、高产、抗

高精度亚洲猪参考基因组图谱绘制成功

  近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物基因工程与种质创新科技创新团队联合北京相关生物企业等单位成功绘制了梅山猪高质量基因组图谱。该图谱是迄今为止精度最高的亚洲猪基因组图谱,为我国地方猪种质资源保护和开发利用奠定了基础。相关成果发表于《分子生态资源(Molecular Ecology Reso

序列图谱的定义

随着遗传图谱和物理图谱的完成,测序就成为重中之重的工作。DNA序列分析技术是一个包括制备DNA片段化及碱基分析、DNA信息翻译的多阶段的过程。通过测序得到基因组的序列图谱。

我国科学家绘制完成鲤鱼全基因组序列图谱

  鲤科鱼类是我国最重要的水产养殖种类,年产量占我国淡水养殖总产量的70%以上,其中鲤鱼不仅是我国也是世界性的重要养殖鱼类。5月6日,中国“鲤鱼基因组计划”学术报告会暨新闻发布会在京举行。由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所和中科院北京基因组研究所共同实施

我国绘制完成世界首个鹅全基因组序列图谱

  6月3日,深圳华大基因研究院和浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所联合召开新闻发布会,宣布“鹅全基因组序列图谱绘制完成”。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱,这一研究成果对于揭示家鹅繁殖、抗逆、生长、肉质、羽色等性状的遗传基础,鹅的驯化、不同鹅种的生物学分类、中国家鹅

我国科学家完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制

   近日,由中国水产科学研究院首席科学家孙效文牵头,中国水产科学研究院联合黑龙江水产研究所、中科院基因组研究所、哈佛大学、奥本大学等单位组建的国际合作研究团队,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,在国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果于9月21日在国际生物学权威期刊《自然—

破译对虾基因组-获国际首个高质量对虾基因组参考图谱

  由中国科学院海洋研究所相建海和李富花研究组主导的研究团队,与国内外多家单位共同合作,历时十年成功破译凡纳滨对虾基因组,获得国际首个高质量对虾基因组参考图谱,研究成果于1月21日在《自然-通讯》(Nature communications)在线发表,为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重

中科院等完成橡胶草基因组序列解析

   中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋研究组与中国农业科学院、中国热带农业科学院等合作,在橡胶草基因组序列解析方面取得重要进展,标志着以橡胶草作为模式植物进行天然橡胶合成研究进入后基因组时代。研究成果近日在线发表在权威学术期刊《国家科学评论》(National Science Review)杂

绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱完成

  绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱已经由中国烟草完成。这是全球第一套烟草全基因组序列图谱,也是继马铃薯和番茄基因组之后全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。该绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。绒毛

我国绘制完成世界首个蒙古族人全基因组序列图谱

  我国科学家绘制完成了全世界首个蒙古族人全基因组序列图谱。这是记者12月18日在内蒙古自治区呼和浩特市召开的“世界首例蒙古族人全基因组序列图谱绘制完成成果发布会”上获得的消息。   据项目总负责人、内蒙古农业大学生命科学学院动物生物技术重点实验室主任周欢敏介绍,这一研究成果是我国科学家首次独立完

海洋所科研人员绘制完成牡蛎全基因组序列图谱

  近日,牡蛎基因组计划(Oyster Genome Project,OGP)项目组宣布,历时两年的牡蛎基因组序列图谱终于绘制完成。这是世界上第一张养殖贝类的全基因组序列图谱,标志着基于短序列的高杂合度基因组拼接和组装技术获得了重大突破。据悉,目前的基因组图谱已达到国际领先的基因组图

Frontiers-in-Genetics首个非性逆转黄鳝高质量基因组参考图谱

  中国水产科学研究院长江水产研究所水产养殖与遗传育种研究室科研人员在国际期刊《遗传学前沿》(Frontiers in Genetics)发表题为《Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Non-Sex-Reversal Fem

pUCmT质粒图谱和序列

pUC质粒载体是重要的大肠杆菌质粒载体之一,一起看下pUCm-T质粒图谱  和序列吧。 pUCm-T质粒图谱 pUCm-T载体  序列

科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱

新华网深圳10月11日电  题:科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱     新华社记者 彭勇     中国科学家11日在深圳宣布:世界首张大熊猫基因组序列图谱绘制完成。科学家们说,它将为保护和人工繁育这个被称为“中国国宝”的濒危物种提供新的途径,以及推进针对大熊猫的其他科学研究。

我国科学家完成大黄鱼全基因组序列图谱绘制

  浙江省科技厅、上海市科委30日在浙江省舟山市共同宣布,来自浙江海洋学院、复旦大学、上海交通大学等院所的科学家已绘制完成大黄鱼的全基因组测序、组装和序列图谱。   据介绍,这是我国科学家完成的第二个鱼类基因组序列图谱,也是世界上首个石首鱼科鱼类基因组序列图谱。   大黄鱼属硬骨鱼

深圳华大基因研究院完成大熊猫基因组序列图谱

揭开大熊猫黑眼圈的奥秘 深圳华大基因研究院十月十一日在深圳第十届“高交会”上宣布,大熊猫“晶晶”基因组框架图绘制完成,这是世界首例用短序列进行新物种测序与组装新技术完成的大型基因组序列图。 据深圳华大基因研究员王俊博士介绍,大熊猫有二十一对染色体,基因组大小与人相似,约为三十亿个碱基对,包含二到

我国绘制并破译世界首例双峰驼全基因组序列图谱

  记者17日从内蒙古农业大学获悉,我国科研人员近日完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作。专家表示,这项成果将对野生骆驼保护和家养骆驼品种改良起到重要指导作用,并将进一步推动骆驼产业的健康发展。   据了解,这个研究项目由内蒙古农业大学、上海交通大学、中国科学院上海生命科学研究院、南

蒙古高原四个特色物种全基因组序列图谱绘制完成

  内蒙古农业大学和深圳华大基因研究院8月9日在呼和浩特市联合宣布,蒙古羊、蒙古牛、蒙古马和阿拉善双峰驼全基因组序列图谱绘制完成。这是我国科学家首次独立完成蒙古高原物种全基因组序列图谱,标志着我国地方畜种研究进入基因组水平。  蒙古羊、蒙古牛、蒙古马、阿拉善双峰驼是我国古老的原始品种和畜牧

《自然》发表中国人泛基因组参考图谱,26家单位联合研究

近日,复旦大学、西安交大、中国医学科学院等26家单位联合发布了中国人群泛基因组联盟(CPC)一期研究进展。6月14日,相关成果以《基于36个族群的中国人泛基因组参考图谱》为题发表于《自然》(Nature)主刊。这是我国学者领导的人群基因组研究首次发表在《自然》主刊。这项研究初步构建了我国人群的泛基因

中国学者运用Bionano光谱分析研究此类植物

  被子植物分为四大核心分支,即ANA被子植物基部类群、木兰类植物、单子叶植物和真双子叶植物。马兜铃属(Aristolochia)是木兰类植物,该属的植物具有极强欺骗性的“诱捕—囚禁—释放”传粉系统,独特的花形态是引诱传粉者的重要“诱饵”,同时还具有备受争议的药用价值。马兜铃属植物因此备受争议和关注