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PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列

来自中科院遗传与发育生物学研究所,四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章,对一个籼稻基因组蜀恢498(R498)进行PacBio单分子测序,结合遗传图谱和fosmid文库测序,并利用了BioNano光学图谱的验证,最后得到一个长度为390.3 Mb的基因组。 这一研究成果公布在5月4日在Nature Communications杂志上,文章的通讯作者是遗传发育所的梁承志研究员和四川农业大学水稻研究所的李仕贵教授。这项研究表明在现有的技术条件下,得到一个接近完成并在染色体水平上具有连续序列的高质量参考基因组是可行的,对于提高目前高等动植物基因组的组装质量具有重要的指导意义。 随着PacBio单分子实时(SMRT)测序技术的发展,利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而,这些草......阅读全文

2018年基因组测序盘点——各种新鲜的植物

  作为人类的主要食物,植物在我们的生活中扮演着重要角色。然而,由于植物基因组比较大,表现出多种倍性,还存在着大量的重复区域,故植物基因组的测序工作一直进展缓慢。  如今,得益于新型的测序技术,比如PacBio和Oxford Nanopore的长读长测序技术,许多植物在2018年收获了基因组,或者说

DNA测序40周年:DNA测序的过去、现在和未来(上篇)

  在DNA测序过去的40年中,我们见证了诸多技术的变革和测序规模的极度增长。从几千个碱基到第一个人体基因组,乃至当前数以万计的人体和无数其它的基因组。包括作为大量分子现象的“计数器”在内,DNA测序被广泛和创造性地应用于各个领域。从长远来看,我们可以预测DNA测序技术所带来的影响将会与显微镜的使用

2449.8万!这所高校发布采购建设分析测试中心平台

  分析测试百科网讯 近日,海南省教学仪器设备招标中心受招标人海南大学委托,采购场发射透射电子显微镜、基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱仪、纳米喷雾干燥仪、石英晶体微天平、多功能样品前处理平台、热重-红外图像-气质联用原位反应系统、显微傅里叶变换红外光谱仪+光声光谱检测器、差示扫描量热

大跃进 | 中国学者CNS发表超过100篇生命科学领域研究成果

  【50】2019年4月12日,中科院上海药物所徐华强,王明伟,浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r

2016科学仪器重大专项指南发布

  分析测试百科网讯 今天,科技部发布了《“重大科学仪器设备开发”重点专项2016年度申报指南》,详情如下。  附1:申报相关要求和规定  附2:“重大科学仪器设备开发”重点专项2016年度申报指南  科学仪器设备是科学研究和技术创新的基石,是经济社会发展和国防安全的重要保障。为

EST技术及其在基因全长cDNA克隆上的应用策略

第二军医大学细胞生物学教研室;上海200433 何志颖;姚玉成(综述);胡以平(审校)关键词:EST技术;“电子”基因克隆;生物信息学;基因摘要: 随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的数据,从ES

国内三代测序技术瞄准遗传病诊断

  在过去的2016年,第三代测序获得了完美突破,首次登上了太空,首次完成人类基因组测序,首次确定了二代测序未能检测到的致病性大片段缺失突变,最终确诊了一种罕见遗传病......第三代测序也被Science纳入2016年十大科学突破之一。  第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点,在临床上具有无

实质等同性(转录组学)实验

实验材料:小麦  试剂、试剂盒:β-巯基乙醇                                   &nb

昆明植物所等首次成功破译茶树基因组

  茶是世界上最为古老也是最为广泛饮用的含咖啡因软饮料,目前全球160多个国家的30亿人喝茶爱茶。普遍认为,茶树起源于中国的云南、四川等地;作为传播中国文化的使者,在茶从中国起身向世界各地传播的数千年的漫长历程里,与全球100多个国家多元的文化邂逅交融,发展形成了地球上复杂而美妙的茶文化。除了因为迷

中国基因测序仪往事

  9月9日,来自深圳的消息,国产基因测序仪DNBSEQ-T7(原命名MGISEQ-T7)正式交付商用。从去年10月发布以来,诸多业内人士和媒体将T7誉为中国基因产业突破上游技术壁垒,实现跨越发展的现实注脚。  从关山难越,到部分引领,中国基因测序仪的研制开发攀越关山、跋涉荆棘,经历了起伏跌宕的20

生物谷7月份结构生物学研究进展一览

  1. Cell:中科院生物物理所王艳丽/章新政课题组从结构上揭示Cas13a切割RNA机制  doi:10.1016/j.cell.2017.06.050  CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统,被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CR

新一代测序在农业领域大放光彩

  普通农夫的谷仓里肯定没有最新款的HiSeq测序系统。不过,这并不意味着新一代测序(NGS)在农业领域就不如医学领域那么重要。  乔治亚大学的特聘教授Andrew Paterson就利用NGS来捕获群体的多样性,他将基因型与参考基因组进行比较。他领导的植物基因组作图实验室也利用NGS从不同个体中获

2016全球最受公众关注的科学成果

  中国科学院科技战略咨询研究院战略情报研究所研制的“2016全球最受公众关注的科学成果”,通过计量统计遴选出天文学与天体物理[1]、物理学、化学、地球科学、生命科学这五个学科中受到科技界热切关注的科学成果,及中国研究者参与的每个学科TOP30受公众关注的科学成果,为科技工作者把握最新的科学研究热点

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

《自然—遗传学》发表我国科学家水稻研究成果引关注

  由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》,日前在线发表在《自然—遗传学》(Nature Genetics)杂志上。  该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱,并对籼稻

南京农业大学Nature子刊发布遗传学新成果

  来自南京农业大学、中科院上海生命科学研究院的研究人员,在新研究中揭示出了棉花腺毛(glandular trichome)形成的遗传基础。这项研究工作发布在1月22日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。  南京农业大学的张天真(Tian-Zhen Zhang)教授,

NGS检测试剂生产应获得《医疗器械生产许可证》

  为加强第二代测序技术检测试剂的规范和指导,进一步保证和提高相关产品的质量,8月8日,中国食品药品检定研究院(中检院)组织制定了《第二代测序技术检测试剂质量评价通用技术指导原则》(下称《指导原则》)。  该文件是中检院发布的首个质量评价技术指导原则,旨在对产品设计、研发及验证的各关键环节进行规范,

中检院发布二代测序试剂质量评价通用原则

  一.前言  本指导原则主要针对第二代测序(next generation sequencing,NGS)技术检测试剂(以下简称“NGS检测试剂”)产品质量提出指导性要求,涉及基本原则、主要原材料、检测流程及性能评价等方面。  本指导原则是对企业和检验人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政

ICAS 2017分会(二):无处不在的质谱分析

  分析测试百科网讯 2017年5月7日,由国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)和中国化学会(CCS)主办的2017 年国际分析科学大会(ICAS 2017)质谱分析分会在海南国际会展中心举行。分会邀请了复旦大学教授杨芃原、俄罗斯科学院院士Evgeny Nikolaev、香港浸会大学化学系教授蔡宗

分子标记

内容:一、遗传标记 二、DNA分子标记 三、染色体原位杂交 四、DNA分子标记的应用 长期以来,植物育种中选择都是基于植株的表型性状进行的,当性状的遗传基础较为简单或即使较为复杂但表现加性基因遗传效应时,表型选择是有效的。但水稻的许多重要农艺性状为数量性状,如

盘点2019我国农业领域9大突破

  2019年,中国农业科学院基础研究不断深入,全年共发表科技论文6429篇,其中SCI/EI收录论文3094篇,同比增长8.3%。在《Science》《Nature》《Cell》《PNAS》四大刊物上发表高水平论文12篇,处于国内领先地位。涌现了非洲猪瘟病毒结构及装配机制解析、二倍体马铃薯自交不亲

绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱完成

  绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱已经由中国烟草完成。这是全球第一套烟草全基因组序列图谱,也是继马铃薯和番茄基因组之后全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。该绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。绒毛

复旦钟扬教授Nature子刊基因组测序成果

  青藏高原(Qinghai-Tibet Plateau,QTP)引起极端环境而具有最高的生物多样性,为研究适应性进化提供了一个理想的天然实验室。近期,来自复旦大学、云南大学、青海民族大 学、中科院水生生物研究所、牛津大学等处的研究人员,在Nature子刊《Scientific Reports》在线

武汉植物园葡萄基因组学研究取得新进展

  葡萄是世界上第二大果树作物,鲜果及用其加工品葡萄酒一直广受消费者喜爱。随着社会对葡萄需求量进一步增加,如何高效快速地培育优良葡萄品种是目前葡萄产业发展的瓶颈。近年来,通过新一代测序技术和生物信息学手段相结合,对植物基因组结构和特点深入解析,将获得的信息应用于分子辅助或基因工程育种

现场同步直播 目击中国化学会第31届学术年会全过程

  分析测试百科网讯 2018年5月5日,中国化学会第31届学术年会在浙江省杭州市杭州国际博览中心盛大开幕。  在全国化学工作者的支持和积极参与下,中国化学会学术年会规模不断扩大,影响力不断提升,已经成为化学及相关领域门类最全、规模最大、水平最高的学术交流平台。中国化学会第 31 届学术 年会设

当中草药“大腕”邂逅基因产业“弄潮儿”

  中药是中华名族的瑰宝。从《神农本草经》,到《本草经集注》,再到《新修本草》,直至巨著《本草纲目》的问世,智慧的祖先们从未停止过对中草药的探索。如今,高通量技术的发展给中草药的研究带来了新的契机。今天,带大家盘点一下中草药“大腕”们的全基因组。   铁皮石斛  铁皮石斛被称为自唐代以来“中国最为名

周晓光:MALDI诞生30年小记

  基质辅助激光解吸电离(也就是通常所说的MALDI)于1987年首次由Hillenkamp 及Karas提出,如今已经30年。从那时起,通过应用这一“软电离”技术与飞行时间质谱(MALDI -TOF MS)的结合,成功地实现了为生物大分子提供快速和高度可靠检测手段的目的,同时也为生命科学领域提供了

细胞治疗类产品可按药品进行注册上市

  为贯彻落实中共中央办公厅、国务院办公厅《关于深化审评审批制度改革鼓励药品医疗器械创新的意见》(厅字〔2017〕42号)和《国务院关于改革药品医疗器械审评审批制度的意见》(国发〔2015〕44号),国家食品药品监督管理总局组织对《药品注册管理办法》进行了修订,起草了《药品注册管理办法(修订稿)》,

科学家获取染色体级别的高质量橡胶树参考基因组图谱。

   橡胶树(Hevea brasiliensis (Willd. ex A. Juss.) Muell. Arg. )是大戟科(Euphorbiaceae)植物。在植物界大约2,500种产胶植物中(如杜仲Eucommia ulmoides Oliver和橡胶草 Taraxacum kok-sagh

基因芯片技术及其研究现状和应用前景

  生物芯片技术是随着"人类基因组计划"(human genome project, HGP)的进展而发展起来的,它是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,它融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值,又具有