PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和fosmid文库测序，并利用了BioNano光学图谱的验证，最后得到一个长度为390.3 Mb的基因组。 这一研究成果公布在5月4日在Nature Communications杂志上，文章的通讯作者是遗传发育所的梁承志研究员和四川农业大学水稻研究所的李仕贵教授。这项研究表明在现有的技术条件下，得到一个接近完成并在染色体水平上具有连续序列的高质量参考基因组是可行的，对于提高目前高等动植物基因组的组装质量具有重要的指导意义。 随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草......阅读全文
最大动物基因组图谱——南极磷虾基因组图谱破译
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495141.shtm ? Cell官网截图。黄海水产研究所供图 日前，由中国水产科学研究院黄海水产研究所联合青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德?魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学
我国科学家开发高质量基因组组装软件
11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale c
我国学者研究的高质量基因组组装软件在Nature子刊发表！
中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI:10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale contigs
中科院，上海师范大学Nature－Genetics发文：
来自中科院植物生理生态研究所，上海师范大学生命与环境科学学院等处的研究人员发表了题为“Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice”的文章，通过泛基因组分析揭示
武汉植物园等完成中国莲基因组框架图谱绘制
中科院武汉植物园与美国、澳大利亚科学家合作完成了对中国古代莲的基因组测序和分析，相关研究成果已于5月10日刊登在《基因组生物学》杂志上。 研究人员利用全基因组鸟枪测序法完成了对中国莲(Nelumbo nucifera)基因组的测序。结果显示，莲基因组大约有2.7万个基因，全长9.3亿个
上海生科院合作完成世界首例双峰驼全基因组序列图谱
11月13日，中国科学院上海生命科学研究院/中国科学院系统生物学重点实验室李亦学研究员课题组与内蒙古农业大学、上海交通大学、南开大学等研究机构的科研人员合作完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作，成果在Nature Communications（DOI: 10.103
我国获得国际首个染色体级别的橡胶树GT1参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的
历时6年－获首个染色体级别的橡胶树参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的
中国获首个染色体级别橡胶树参考基因组图谱－利于育种
从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的染色体进化
莲遗传连锁图谱研究取得进展
遗传连锁图谱是研究植物基因组结构、进化的有力工具，是基因定位、克隆和分子标记辅助育种的重要基础。但作为被子植物中起源最早的植物之一，且素有“活化石”之称的莲，其基因组学研究却明显滞后。因此，构建莲遗传连锁图谱有助于莲基因组学研究的快速发展，为莲重要经济性状的分离和克隆提供依据，从而有利于进一步探
基因组序列草图的概念
中文名称基因组序列草图英文名称draft genome sequence定 义已测定序列占到90%以上、测序精度在1%的基因组序列图。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
解析现代月季基因组序列
科学家研究现代月季基因。图片来源：monticelloshop.org 近日，法国农业科学研究院、里昂大学、法国国家科学研究中心的研究人员解密了现代月季的基因组序列。现代月季拥有独特的颜色与香味，广受称赞，这项研究帮助人们从分子角度了解这背后的基因和代谢流程。4月30日，相关论文在线刊登于《自然
我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱绘制
2010年8月，中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心中科院“百人计划”和云南省首届高端科技人才入选者研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队，历时一年，运用新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析，对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。日前
武汉植物园莲遗传连锁图谱研究取得进展
遗传连锁图谱是研究植物基因组结构、进化的有力工具，是基因定位、克隆和分子标记辅助育种的重要基础。但作为被子植物中起源最早的植物之一，且素有“活化石”之称的莲，其基因组学研究却明显滞后。因此，构建莲遗传连锁图谱有助于莲基因组学研究的快速发展，为莲重要经济性状的分离和克隆提供依据，从
我国科学家绘制出世界首个石斑鱼类基因组序列图谱
3月18日，中山大学和深圳华大基因研究院召开新闻发布会，宣布石斑鱼基因组序列图谱绘制完成。这是中国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱，也是世界上首个鲈形目鮨科石斑鱼类基因组序列图谱。图谱的建立，对建立鱼类性别控制的生物技术途径和揭示整个脊椎动物性别决定机制的形成及进化途径
中国科研团队研发出新工具，精准检测评估基因组组装质量
京10月19日电 (记者 孙自法)近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种
补全中国人“拼图”－《自然》发表中国人群泛基因组参考图谱
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/502872.shtm6月14日，《自然》期刊在线发表了西安交通大学、复旦大学、中国医学科学院等26家单位联合发布的中国人泛基因组联盟（CPC）一期研究进展——《基于36个族群的中国人泛基因组参考图谱》。人
中国科学家开发出高质量基因组组装软件
高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展，已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而，这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误，比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些
Genome－Biology：普通小麦精细表观组图谱绘制成功
7月15日，Genome Biology期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组与南京农业大学张文利研究组等合作完成的研究论文。该工作生成并绘制普通小麦精细的表观组图谱，以此为基础针对性开发整合计算流程对全基因组顺式调控元件进行了系统的挖掘与鉴定，并初步探索
Science绘制新型神经元参考图谱
报道 神经科学家们获得了一份新的指南，可为他们开展研究工作了解果蝇神经结构的功能提供参考。来自霍华德休斯医学研究所和约翰霍普金斯大学的研究人员，记录了整个果蝇幼虫大脑活化神经元的行为效应并对其进行了分类。研究人员还发现，幼虫大脑的1万个神经元大多数为活化细胞。他们的研究成果在线发表在3月27
华南植物园等完成麻疯树基因组组装及高密度遗传图谱构建
麻疯树(Jatropha curcas L.)为大戟科木本油料植物，是生产生物柴油的重要能源植物之一。 中国科学院华南植物园研究员吴国江团队联合国内多家单位完成了麻疯树全基因组测序和组装，组装基因组大小为320.5 Mbp，在基因组中共发现了27,172个蛋白编码基因。另外研究人员构建了以麻疯
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
燕麦基因组草图绘制并解析出燕麦素的生物合成基因簇
5月7日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心（CEMPS）、中科院-英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心（CEPAMS）韩斌研究团队与英国约翰英纳斯中心John Innes Centre（JIC）Anne Osbourn研究团队合作完成了禾本科、燕麦属一年生草本植物二倍体燕麦Avena
我国科研人员绘制和破译世界首例双峰驼全基因组序列图谱
记者11月17日从内蒙古农业大学获悉，我国科研人员近日完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作。专家表示，这项成果将对野生骆驼保护和家养骆驼品种改良起到重要指导作用，并将进一步推动骆驼产业的健康发展。 据了解，这个研究项目由内蒙古农业大学、上海交通大学、中国科学院上海生命科学研究
我国科学家揭秘家鸭抗禽流感“超能力”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517384.shtm流感病毒对家禽业构成了巨大威胁，然而令人困惑的是，尽管家鸭也容易感染这种病毒，但通常不会出现严重的症状。为了解开这一谜团，7日，记者从中国农业大学获悉，该校生物学院教授黄银花与动物医学
金鱼草：植物遗传学研究的“先驱者”
大约5-6千万年前，具有两列对称花的显花植物金鱼草的“祖先”出现了。 经历数千万年的进化，今日所见的金鱼草诞生了，其花色愈发多样，“颜值”越来越高。绽放之时，花瓣“裂”为上下两唇，上唇为对称的两裂，下唇3裂，酷似一条金鱼，也因此得名为“金鱼草”。 金鱼草因何“降生”在这个世界？金鱼草花体变
概述酿酒酵母的基因组序列
1996年6月，在国际互联网的公共数据库中公布了酿酒酵母的完整基因组顺序，它被称为遗传学上的里程碑。因为首先，这是人们第一次获得真核生物基因组的完整核苷酸序列；其次，这是人们第一次获得一种易于操作的实验生物系统的完整基因组。 [10] 在酿酒酵母测序计划开始之前，人们通过传统的遗传学方法已确定
首次测定玉米蛇基因组序列
在现有的5000种哺乳动物中，有超过100种已经进行了基因组测序，但是，只有9种爬行动物（在10000个物种当中）的基因组对科学界来说是可用的。最近，瑞士日内瓦大学（UNIGE）的一个研究小组，构建了一个大的数据库，其中就包括一种爬行动物——玉米蛇的新基因组测序，这种蛇越来越多地被用来了解爬行动
中国科研团队研发出精准检测评估基因组组装新工具
近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种不依赖参考基因组的组装质量评估新工
Nature公布大麦基因组图谱
大麦是世界上最重要的粮食作物之一，17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程，在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下，历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值