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大规模高通量方法在蛋白质相互作用研究中的应用*

摘要 随着后基因组时代的到来,阐明蛋白质间相互作用关系成为蛋白质研究的又一热点,促进了相关技术的不断产生、发展和完善. 其中涉及到诸多大规模高通量的方法,如双杂交系统、噬菌体展示、质谱、蛋白质芯片以及生物信息学等,这为系统分析蛋白质相互作用提供视点,有望在蛋白质组学研究中发挥重要作用. 每种方法各有其优缺点且适用范围不同,在一定程度上各方法的实验结果互为补充. 现拟就这些大规模高通量方法的研究进展及其在蛋白质相互作用研究中的应用作一综述.点击这里进入下载页面:进入下载页面......阅读全文

大规模蛋白质相互作用研究方法进展(一)

 来源:生命科学 关 薇, 王 建, 贺福初*(军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京 100850)  摘 要:随着2000 年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用研究成为生命科学领域的又一个研究热点。酵母、果

赛默飞世尔科技“蛋白质组学解决方案”网络视频讲座

  3月30日下午,赛默飞世尔科技蛋白质组学市场专员唐佳向大家作了题为《蛋白质组学研究方法和Thermo蛋白质组学解决方案》的报告

科学仪器学科与技术进展的研究报告

  2.蛋白质组学技术与仪器   (1)以高准确度质谱技术为核心的规模化蛋白质鉴定技术与仪器   为了适应蛋白质组研究的需要,从高分辨率、高灵敏度的蛋白质分离与鉴定的线性离子阱-质谱仪(LTQ)到2005年刚推出的LTQ-Orbitrap质谱仪,以及具有小于2ppm的准确度的傅里叶变换离子回

科学仪器学科与技术进展的研究报告(九)

  C)Nanopore sequencing (纳米孔测序方法)  采用完全不同的方法来鉴别DNA分子上的单个碱基,被称为纳米测序。以4种碱基间的物理性质差别为基础,将这种差别转变成为可以检测的信号,从而进行测序。此方法测序的是单个DNA分子,并不需要DNA的扩增。此方法目前还处于理论阶

生物芯片技术在药物R&D中的应用(三)

2 生物芯片作为超高通量筛选平台的应用  在过去的十几年里,随着科学的进步以及在巨大的经济利益驱使下,药物筛选技术得到了飞速的发展。在80年代中期(高通量筛选形成之初),每天只能筛选30种化合物,到90年代中期,每天可筛选1,500种化合物,而如今每天可筛选超过 100,000个化合物。高速

蛋白质谱分析方法特点及其在蛋白组学研究领域中的应用

褚福亮,王福生, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室 北京市 100039项目负责人 王福生, 100039 ,北京市丰台路26号, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室. fswang@public.b

Yeast基因文库的分类和选择

自1995 年成立以来,Dharmacon 提供各种用于批量研究基因功能的工具,支持最多从全基因组范围到信号通路、基因家族方面研究基因与疾病、表型、分子机理对应的关系。近年来随着高端酶标仪、高通量显微镜、自动化流式细胞仪、高内涵等设备的普及和技术更新,Dharmacon 文库在各个领域中

Yeast基因文库的分类和选择

文库种类Dharmacon酵母资源包括多个酵母基因组文库,包括ORF文库、基因敲除(Knock Out)菌株、蛋白质相互作用文库、突变菌株和各种筛选文库等。除此之外,Dharmacon 针对Saccharomyces cerevisiae 研究领域提供了Zoonome siRNA 文库。酵母

蛋白质组与蛋白质芯片研究现状及应用

摘要: 蛋白质组研究目的在于从蛋白水平阐明基因的功能,这对于探索生命的奥秘具有重要的意义。蛋白质芯片是近年来兴起的一种强有力的高通量研究方法, 能够一次平行分析成千上万的蛋白样品, 具有很高的敏感度与准确性。它将成为蛋白质组学研究中的强有力的研究方法, 并最终架起基因组学与蛋白质组学的桥梁。1  研

蛋白质组学实用分析技术一览

分析其实也属于技术的一部分,且在蛋白质组学研究中显得尤为重要,因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的,而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性,因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。

蛋白质组学概念的起源和发展

  蛋白质组学的诞生和发展,离不开多学科和技术的逐渐交叉融合。这些学科技术包括(但不限于)基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学。近年来,分子医学、大数据技术和人工智能的发展,进一步加速推动了蛋白质组学的成长,使之在精准医疗领域展示出越来越大的应

液相芯片技术的原理与应用

液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible MultiAnalyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原抗体、酶底物、配体

蛋白质组学技术的功能介绍

  “读”,在字典里的意思是识取、读取,放在蛋白研究中可以理解为对生物样本中未知单一蛋白或复杂蛋白的筛选、鉴定或者定量检测。    自2003年4月14日人类基因组计划(HGP)宣告完成以来,基因组研究取得了举世瞩目的成就。基因组学虽然在基因活性和疾病的相关性方面为人类提供了有力证据,但实际上绝大

聚焦单克隆抗体药物技术瓶颈

  抗体是由B细胞转化而来的浆细胞分泌的,每个B细胞株只能产生一种它专有的、针对一种特异性抗原决定簇的抗体。这种从一株单一细胞系产生的抗体就叫单克隆抗体(McAb),简称单抗。第一代单抗来自于Koehler和Milstein于1975年开发出的杂交瘤(hybridoma)抗体技术:在细胞融合技术的基

蛋白质组学技术的功能介绍

“读”,在字典里的意思是识取、读取,放在蛋白研究中可以理解为对生物样本中未知单一蛋白或复杂蛋白的筛选、鉴定或者定量检测。自2003年4月14日人类基因组计划(HGP)宣告完成以来,基因组研究取得了举世瞩目的成就。基因组学虽然在基因活性和疾病的相关性方面为人类提供了有力证据,但实际上绝大多数疾病并不是

肿瘤标志物 7 种检测方法大比拼

  肿瘤具有高死亡率、高转移率和高复发率,是危害人类健康的重大疾病。诊断肿瘤的传统方法有病理组织活检、核磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)、电子计算机断层扫描(computed tomography,CT)、B 超、X 线胸片、内镜检查等。这些检查对于肿瘤早期

肿瘤标志物 7 种检测方法大比拼

  肿瘤具有高死亡率、高转移率和高复发率,是危害人类健康的重大疾病。诊断肿瘤的传统方法有病理组织活检、核磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)、电子计算机断层扫描(computed tomography,CT)、B 超、X 线胸片、内镜检查等。这些检查对于肿瘤早期

2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP)学术报告(二)

  2014年11月12日, “2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP)”在中国科学院计算技术研究所举行。CN

液相芯片技术的原理与应用进展

   液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible Multi Analyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原 抗体、酶 底物、配体 受体的结合

蒋华良研究组合作发表最新PNAS文章:蛋白互作界面预测

来自中科院上海药物研究所,美国莱斯大学的研究人员报道了最新研究成果,在可药性蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)界面预测与识别计算方法发展方面取得重要进展。这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上,文章的通讯作者是上海药物研究所蒋华良研究员,以及莱斯大学José N. Onuchic博

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基因型-表型关系仍

生物芯片技术的应用

生物芯片(biochip)是指采用光导原位合成或微量点样等方法,将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物(如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体)的表面,组成密集二维分子排列,然后与已标记的待测生物样品中靶分子杂交,通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描或

蛋白质浓缩和溶质的去除实验

预计在新奇的一级分子和生物仿制药实体方面将会有突出的增长。一些进步的是改良的分析、开发和相互作用。现在已有许多用于去除關的方法,包括冻干、反向萃取、溶质析出,precipitation、透析(溶剂交换) 、超滤和层析技术。值得注意的是,在众多微和设备发展的支持下,小型化和高通量的蛋白质分析取得了极大

用于蛋白质表达的标签实验

实验步骤 一、设计具有标签的蛋白质时需要考虑的因素 亲和力和可溶性的选择 在大肠埃布氏菌中生产外源蛋白时面临两个挑战: 一? 是所用蛋白质表达系统的表达水平很低; 二是所表达的蛋白质被错误折叠进不溶性的聚集体—包涵体中。弱启

亲和质谱技术:药物靶标配体的高通量筛选

  疾病相关的药物靶标蛋白与小分子化合物的亲和作用研究是当今开发新药分子的热点领域。亲和质谱技术(Affinity Selection Mass Spectrometry)作为一种间接筛选小分子配体的方法,已经成功应用于许多受体、酶等靶蛋白的配体的筛选,并且得到了广泛的应用。  亲和质谱分析的基本原

首届尿液生物标志物研讨会 Urimarker 2015 在京举办

  分析测试百科网讯 2015年4月25日,首届尿液生物标志物研讨会在北京师范大学举办,会议旨在建立一个平等、自由、高效的学术交流与合作的平台,促进基础研究团队和临床医师合作,促进新的尿液标志物的产生和研究成果转化。会议由高友鹤教授发起,赛默飞世尔科技赞助,邀请了具有临床生物标志

别人家的实验室:植物园里的逆境生物学研究中心

  ——走进上海中科院植物逆境生物学研究中心   分析测试百科网讯 中国科学院上海植物逆境生物学研究中心坐落于风景优美的上海辰山植物园内,由中央“千人计划”顶尖人才、美国科学院院士朱健康教授领衔,是在中国科学院、上海市和国家有关部委联合支持下,依托中国科学院上海生命科学研究院研究平台,与上

14年,人类肝脏蛋白质组计划干了哪些事儿

   全球每年约有70万例左右的新发肝癌病人,其中35万例以上在中国。中国是肝病大国,同时也是肝癌大国。一直以来,人类和肝病的斗争不曾停歇。  “得了肝癌不可怕,怕的是其复发转移,要抑制肿瘤的复发和转移,需要对其表达的标志蛋白分子进行监测和预警。如果执行肝脏基本代谢及解毒功能的蛋白质表达量降低,而与

多项仪器研发项目列入863计划和2014备选项目

  一、前沿生物技术主题  1.蛋白质测序新技术新装备及配套试剂国产化  (1)阵列毛细管柱蛋白质分离-阵列点样装置  研制二维阵列毛细管分离新装置,第一维分离柱可分离48个馏分,第二维维阵列毛细管分离柱可同时分离48个流份;开发阵列紫外检测器; 研制多柱点样头并行点样器和流份收集器;开发