单细胞RNA性能分析新方法
人体由130亿个细胞按不同功能、分门别类顺序组成，每个细胞都有其独特的分子“指纹”，即使是坐落于同一族群之中的细胞也可以彼此不同。并且它们的活动也会随时间变化。单细胞分析工具的应运而生就是为了解决细胞-细胞间非均质的复杂机制。正如德国慕尼黑大学（LMU）分子生物学家Wolfgang Enard教授在他们新发表的论文写道“单细胞技术对生命科学来说是一场变革，”他的课题组利用这项技术最近刚在《Molecular Cell》发表了一篇文章。 mRNA是细胞用于将DNA遗传信息转化为编码蛋白的转录本，它们是核糖体构建细胞实体的基本蓝图。因此，每个细胞的mRNA列表相当于该细胞正在合成的蛋白质列表，可以提示细胞当时的功能和状态。通过鉴定当时处于活跃的基因，也可以从侧面反映基因是被如何调控的，特别是在疾病或感染等特殊时期。 测序单个细胞内所有mRNA是一项艰巨的任务，具体实施涉及几种不同方法。一切方法需要先始于利用逆转录酶将分离的m......阅读全文
单细胞RNA测序发现新视网膜神经节细胞亚型
单细胞测序技术填补了生命科学领域的许多空白，依靠这项技术，康涅狄格大学健康中心和杰克逊实验室（JAX）的研究人员已经鉴定出了40种视网膜神经节细胞（retinal ganglion cells，RGCs）亚型，以及用于区分它们的遗传标记和转录因子。 得益于液滴单细胞RNA测序技术（drople
北京大学Nature子刊单细胞RNA测序新成果
来自北京大学第三医院、教育部辅助生殖重点实验室的研究人员，采用先进的单细胞RNA测序技术绘制出了人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组全景图，这一重要的研究成果发表在8月11日的《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。
单细胞基因组测序测的是什么dna还是rna
深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将dna打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。至于是mapping到基因组还是dna基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要rna反转，这其实要看你想做什么分析，如做转
单细胞RNAseq发现调节干细胞发育的新基因
最近，Wellcome Genome Campus的一项新研究演示了单细胞基因组学的力量，揭示了它如何能帮助科学家了解细胞的早期发育。这项研究发现了参与干细胞调控网络的新基因，以及新 的细胞亚群，可让我们深入了解干细胞多能性——成为几乎所有不同类型细胞的能力。研究人员还为干细胞群落开发了新的资源
单细胞－RNA－测序揭示了体内不同的细胞异质性
植入体内的生物材料和设备具有广泛的临床应用，如组织再生和细胞移植。在细胞微环境的组成部分中，结构特征（宏观，微观和纳米特征）在指导细胞行为方面起着至关重要的作用。 2021年5月26日，四川大学满毅团队在Science Advances 在线发表题为“Dissecting the microe
单细胞基因组测序测的是什么dna还是rna
深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将dna打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。至于是mapping到基因组还是dna基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要rna反转，这其实要看你想做什么分析，如做转
单细胞RNA测序发现新视网膜神经节细胞亚型
单细胞测序技术填补了生命科学领域的许多空白，依靠这项技术，康涅狄格大学健康中心和杰克逊实验室（JAX）的研究人员已经鉴定出了40种视网膜神经节细胞（retinal ganglion cells，RGCs）亚型，以及用于区分它们的遗传标记和转录因子。 得益于液滴单细胞RNA测序技术（drople
单细胞分离技术应用于众多领域的单细胞分析
单细胞分离目前主要有三种选择：手动分离、荧光激活细胞分选和微流体技术。当然，除了成熟的方法，巧妙的新方法也在不断涌现，能以更高的准确性和特异性来分离单细胞。 将细胞分散到悬液中，会失去它们在组织里的位置信息。如果想了解单细胞所处的环境，就需要用到激光捕获显微切割技术，这种技术通过扫描组织切片来
单细胞分析技术的应用前景
单细胞分析技术具有广阔而令人振奋的应用前景，主要体现在以下几个重要方面：癌症研究与治疗：肿瘤异质性分析：能够揭示肿瘤内部不同细胞的基因表达、突变和细胞周期状态等的差异，帮助理解肿瘤的发生、发展、转移机制以及耐药性的产生。精准治疗：指导个性化的癌症治疗方案，例如确定对特定药物敏感的肿瘤细胞亚群，从而提
单细胞分析技术的应用前景
单细胞分析技术具有广阔而令人振奋的应用前景：在医学领域：疾病的早期诊断：能够在疾病症状出现之前检测到细胞层面的细微变化，实现超早期诊断。例如，在癌症的萌芽阶段，识别出具有恶变倾向的单个细胞，大幅提高患者的生存率。精准医疗：根据患者肿瘤细胞的单细胞特征，为其定制个性化的治疗方案，包括选择最有效的药物和
结肠癌亚型单细胞分析
一项由新加坡（通讯作者Shyam Prabhakar和Iain Beehuat Tan）、印度、美国（通讯作者Paul Robson）三国共同开展的计算基因组学项目，鉴定了11种结肠癌肿瘤和附近临近的非癌细胞的细胞组成。为更有针对性的结肠癌诊断和治疗开启了一扇门。 来自杰克逊实验室的科学家，本
单细胞RNA测序新成果－带你解开心脏发育的长久谜题
制造一颗心脏，这不是简单的事情。在子宫内，这个器官开始是一根管，芽珠状的硬块，自动折叠，最终变成了更熟悉的四腔结构。 但确切地说，心脏细胞是如何按照它们的基因程序，来构建这个复杂的、维持生命的泵状器官呢？这仍然是一个谜。哈佛医学院遗传学教授、心脏病学研究员Jonathan Seidman说：“
利用单细胞RNA测序技术阐明机体多种类型味觉细胞机制
日前，一项刊登在国际杂志Scientific Reports上的研究报告中，来自美国滨州莫奈尔中心(Monell Center)的研究人员通过研究开发出了一种新技术能够鉴别出了任何味觉受体细胞的一整套基因，相关研究或能帮助研究人员阐明味觉感受器细胞发挥特殊功能的分子机制。 研究者Sunil S
单细胞RNA测序新成果－带你解开心脏发育的长久谜题
制造一颗心脏，这不是简单的事情。在子宫内，这个器官开始是一根管，芽珠状的硬块，自动折叠，最终变成了更熟悉的四腔结构。 但确切地说，心脏细胞是如何按照它们的基因程序，来构建这个复杂的、维持生命的泵状器官呢？这仍然是一个谜。哈佛医学院遗传学教授、心脏病学研究员Jonathan Seidman说：“
准确高效的单细胞RNA测序的最佳手段—Quartzseq2
为了确保单细胞RNA测序能够使用最好的方法，日前研究人员对13种方法进行了基准性的测试，一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中，来自西班牙的科学家们通过研究发现，日本理化所开发的Quartz-seq2方法或许是进行单细胞RNA测序的最佳手段。图片来源：CC0 P
翟继先团队开发植物单细胞核全长RNA检测技术－
近年来，高通量单细胞转录组测序已广泛应用于动物细胞研究，但只在少数植物物种和组织的研究中存在报道。其主要原因是因为植物细胞比动物多了一层细胞壁，使得植物单细胞RNA-seq必须先消化细胞壁并制备原生质体。而原生质体的制备对于许多组织都非常困难，且制备过程会影响细胞的转录状态而引入不必要的干扰。因
翟继先团队开发植物单细胞核全长RNA检测技术－
近年来，高通量单细胞转录组测序已广泛应用于动物细胞研究，但只在少数植物物种和组织的研究中存在报道。其主要原因是因为植物细胞比动物多了一层细胞壁，使得植物单细胞RNA-seq必须先消化细胞壁并制备原生质体。而原生质体的制备对于许多组织都非常困难，且制备过程会影响细胞的转录状态而引入不必要的干扰。因
引物延伸法－RNA－分析
实验材料 T4 多核苷酸激酶 AMV 反转录酶 酵母 tRNA 试剂、试剂盒 10X 激酶缓冲液
环状－RNA－测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
RNA分离与分析实验
暂未评分点评实验，有机会获丁当奖励 +收藏 1人收藏RNA分离与分析实验标签： RNA
RNA分离与分析实验
实验材料 标记细胞试剂、试剂盒 乙酸缓冲液仪器、耗材 漩涡器实验步骤 1. 收获标记细胞。2. 小心处置上清液，用含 0.3% SDS 的 10 mmol/L 乙酸缓冲液悬浮细胞沉淀，每 1 ml 压积细胞用 10 ml 缓冲液。3. 于室温用漩涡器振荡裂解细胞。4. 加等体积的水饱和酚，充分混匀，
引物延伸法－RNA－分析
实验材料 T4 多核苷酸激酶AMV 反转录酶酵母 tRNA试剂、试剂盒 10X 激酶缓冲液 5X 杂交缓冲溶液 Tris-HCl MgCl2 DTT 放线菌酮 D dNTP RNasin 甲酰胺上样染液 SephadexG-25 NaAc 乙醇 [r-32P]ATP仪器、耗材 水浴 杂交炉 电泳设备
单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多个发育轨迹和
革命性工具：更快捷－更准确的单细胞RNA测序处理方法
2018年12月，《Science》杂志称，如果没有基于scRNA-seq的可视化技术，一个细胞一个细胞地跟踪胚胎发育就不可能实现，因此这是今年最大的突破这一。2019年，研究人员写道，毫无疑问，FIt-SNE将加速发育生物学、神经科学以及癌症研究等领域的进一步工作。 就像从针孔相机到偏光片一
10X－Genomics的技术助力单细胞RNASeq方法的开发
生物通报道 10X Genomics和Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员近日开发出一种新的单细胞RNA测序方法，可实现数千个免疫细胞的分析。这项成果于本周发表在《Nature Communications》上。 以往的群体分析掩盖了单细胞的异质性，而单细胞RNA测序（scRN
Dolomite微流控芯片成功用于高通量单细胞DNA/RNA测序
随着现代生物学的发展，细胞群体的研究已不再能满足科研需求。单细胞测序通过对单个细胞进行测序，解决了用组织样本测序或样本少时无法解决的细胞异质性难题，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。 2011 年，《自然方法》杂志( Nature Methods )将单细胞测序列为年
刘澎涛博士：单细胞RNAseq解析干细胞异质性
最近，在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表的一项研究中，来自英国威康信托基金会桑格研究所、剑桥大学、上海交通大学等处的研究人员，采用单细胞转录组分析来解析造血干细胞（HSCs）的分子异质性。这项研究论证了单细胞转录学用于解析干细胞区室中的细胞过程和谱系异构性的效用。 英国威康
新平台让单细胞RNAseq进一步升级
最近，麻省理工学院的研究人员，通过将复杂的RNA测序技术与分离单个细胞及其后代的新装置相结合，可追踪来自一个“祖先”的几代细胞的详细谱系。 这种技术——可随着细胞的分化跟踪基因表达的变化，对于研究干细胞或免疫细胞如何成熟，可能是特别有用的。它还可以阐明癌症是如何发展的。 相关研究结果发表在1
单细胞分析揭示癌症异质性
2013年度基因组生物学大会(The Biology Of Genomes 2013)于5月7日晚在美国纽约冷泉港实验室召开。这是基因组学领域最大的会议之一，吸引了多个著名研究所的大牛参加。会议主题包括高通量基因组学和遗传学、复杂性状的遗传学、功能和癌症基因组学、计算基因组学、进化基因组学以
单细胞分析之全攻略（上）
均值虽然有用，但无法准确反映单个细胞的表型，它们有时差异甚大。而这些表达上的差异也许包含了重要的信息，有助于我们了解癌症、确定治疗是否有效、鉴定免疫反应等。近两年，单细胞分析发展迅速，文章数以每年40%的速度增长。单细胞方法让微生物学家能够着手研究无法培养且数量有限的微生物，同时也让干细胞研究人员能