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10XGenomics的技术助力单细胞RNASeq方法的开发

生物通报道 10X Genomics和Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员近日开发出一种新的单细胞RNA测序方法,可实现数千个免疫细胞的分析。这项成果于本周发表在《Nature Communications》上。 以往的群体分析掩盖了单细胞的异质性,而单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够揭开转录异质性,有助于发现新的细胞类型,并深入了解发育过程中的调控网络。然而,以往的scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在不足。 于是,10X Genomics和Fred Hutch的团队利用基于液滴的方法,让单细胞转录组学得以加速。他们使用了一种微流体平台,这个平台基于GemCode技术,将带有条形码、索引分子、引物及其他的凝胶珠与单细胞混合。每个液滴内开展逆转录反应,以产生测序所用的带有条形码的cDNA。 据研究人员介绍,这种细胞封装大约有50%的捕获效率,可在6分钟内发生。它能够分析来自29个不同样品的......阅读全文

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

2017单细胞扩增测序技术的最新进展

  细胞是构成生命体的结构和功能的基本单位,不同类型的细胞形态迥异,功能也各不相同。即使是同类细胞间看似相同,相互间也存在着广泛的细胞异质性。传统的群体细胞分析检测能更快速方便的获得大量数据并利于进行有效的统计学分析,但是随着研究的深入,这种基于群体细胞分析所获得的平均性数据,往往忽略了细胞个体间的

肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能

  近年来,随着测序技术的迅猛发展,单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年,单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测,都是在大量细胞宏观水平上,对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上,对其遗传物质进行检测,从

单细胞研究指南:测序方法大比拼

  多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过,近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们,每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制,即使是同类型细胞,基因表达也会出现差异。  那么,细胞之间的哪些差异有生物学意义,哪些差异来自于技术偏好呢?要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢?这

单细胞研究指南:测序方法大比拼

  多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过,近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们,每一个细胞都是独一无二的。The Scientist杂志最近联系了单细胞研究领域的一些专家,请他们分享了在单细胞中进行转录研究的秘诀。希望帮助研究者们更好地构建文库,处理和分析结果数据。  那么,细胞之间的哪

多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果

  本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习!  【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传

9102,《Nature Methods》上scRNA-seq“天天”见

  《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域,截至2019年9月,Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期,小编和大家一起分享这些重要的研究成

9102,《Nature Methods》上scRNA-seq“天天”见

  《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域,截至2019年9月,Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期,小编和大家一起分享这些重要的研究成

单细胞测序技术“遍地开花”,精准医疗“如虎添翼”!

作者:Carrie  单细胞测序技术  基因测序在体外诊断市场中的重要性日益突出。其中,单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、S

RNA测序深入了解疱疹病毒

  近日,发表在《Nature Communications》上的一项研究中,研究人员利用单细胞RNA测序深入了解了疱疹病毒,为预防疱疹感染带来了新的见解。  如果你的嘴唇开始刺痛发痒,通常意味着你将患上唇疱疹,这是一种小而令人疼痛的水泡,里面充满了具有高度传染性的单纯疱疹病毒(HSV)。 单纯疱疹

Nat Methods: 2014年值得关注的技术

  单细胞测序被评为2013年年度技术   2014 年首刊,《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时,杂志还介绍了2014年值得关注的技术,包括

人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果

人脑是由多种不同类别细胞组成的极其复杂的器官。传统的细胞分类方法只能根据少数已知的细胞的标记分子(marker)对细胞进行分类,对每一类细胞的认识也非常有限。斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其团队利用单细胞测序技术,对466个人大脑皮层的单细胞进行了转录组测序,通过数据分析发

单细胞RNA测序,众多研究都pick它

  多细胞测序和单细胞测序,你pick谁?如今,大多数研究人员也许会选择后者,因为不一样的角度,会带来不一样的见解。  多细胞测序和单细胞测序,你pick谁?如今,大多数研究人员也许会选择后者,因为不一样的角度,会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究,可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环

Science最新报道:单细胞测序助跑癌症精准分型

  麻省综合医院(MGH)、MIT布罗德研究所、哈佛大学近日在Science杂志上发表了一篇文章(3月31日),使用单细胞RNA测序技术,并结合癌症基因组图谱分析了星形细胞瘤(astrocytomas)和少突神经胶质瘤(oligodendrogliomas)两种脑神经胶质瘤(gliomas)的细胞组

单细胞基因组,一个新时代的到来

  单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。  2012年7月,Nature Biote

Nature重磅!利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱

  肝脏是人体最大、功能最多的器官之一,在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是,肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%,就能够完全再生的内脏器官。另外,包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一,也是导致死亡的主要原因。  尽管肝脏对人类健康极为重要,但健康

单细胞测序的重要性及应用方向(二)

3 在神经科学中的应用单细胞测序技术帮助科学家更深入的了解大脑神经细胞。2017年,Salk生物研究所领导的团队根据甲基化和调控特征,区分小鼠和人类大脑样本中的神经元亚型,并鉴定出人类额叶皮质中一组新的神经元[6]。研究人员利用单细胞甲基化测序分析小鼠和人类额叶皮质样本中近6200个神经元,并根据甲

Nature重磅!利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱

  肝脏是人体最大、功能最多的器官之一,在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是,肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%,就能够完全再生的内脏器官。另外,包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一,也是导致死亡的主要原因。  尽管肝脏对人类健康极为重要,但健康

Science子刊:消除测序偏好的有效方法

  苏黎世联邦理工学院(ETH Zurich)的研究人员开发了确保测序质量的有效方法,并在此基础上获得了全面且准确的抗体图谱。这项研究发表在最近的Science Advances杂志上。  为了跟踪免疫系统激活后的抗体生成情况,研究人员对携带抗体生产指令的mRNA进行了测序分析。“近年来测序技术取得

2018年8月NCS测序前沿研究一览

  行将结束的8月,Nature、Cell、Science杂志有哪些前沿研究的重大发现或新闻呢?以下为您精选几篇供快速浏览。  1  基因组和转录组的演变能够改变癌细胞的药物反应  —Genetic and transcriptional evolution alters cancer cell l

Nature:RNA 修饰研究有助表观转录组学进一步发展

  这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图,该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。  随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘,帮助我们了解表观转录组学(epitranscriptomics)的工具也变得越来越多了。  2004 年,以色列特拉维夫大学(Tel Aviv University

单细胞转录组测序(scRNA-seq)的十个问答解惑

  高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编

单细胞测序新突破: 北大绘制出人类胚胎基因调控图谱

  北京大学第三医院的汤富酬研究员等采用先进的单细胞RNA测序技术,绘制出人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组图谱,有望在干细胞领域改善人类辅助生殖技术,以及预测潜在遗传病产生的健康影响。研究成果发表在8月11日《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecu

多篇文章解读近期测序领域重要研究成果!

  如今,科学家们应用测序技术在多项研究领域都取得了显著的成果,那么近期他们又取得了哪些成果呢?本文中,小编就对相关研究结果进行整理,分享给大家!  【1】Science:便携式DNA测序仪在检测病毒疫情中大显身手  doi:10.1126/science.aau9343  在一项新的研究中,来自美

Nature新技术:CRISPR+单细胞测序=?

CRISPR-Cas9“基因剪刀”的基因组编辑技术是生物研究和新型靶向药物研发的有力工具。比如利用CRISPR筛选基因(pooled CRISPR screens),可以通过CRISPR gRNAs靶向成百上千个不同的基因,同时编辑许多细胞,然后实验筛选编辑细胞,gRNA可以帮助确定哪些基因对于生物

华大智造发布“桌面”测序仪等3款产品 构建测序“生态”

2019年10月25日于深圳召开的第十四届国际基因组学大会(ICG-14)上,华大智造发布三款新产品,分别是其自主研发的新型“桌面”一站式测序解决方案、便携式单细胞组学产品及CoolMPS高通量测序试剂套装。新产品聚焦便携式、智能化、自动化等未来发展方向,打破传统测序的时间、空间、人员限制,进一步满

强!中国学者用最短时间突破100篇CNS生命科学领域成果

  截止2020月7月27日,中国学者在Cell,Nature 及Science 发表了共计102项生命科学的研究成果,其中新冠肺炎领域占了近一半(共43篇)。iNature系统总结了这些研究成果:   按杂志来划分:Cell 发表了30篇,Nature 发表了45篇,

比单细胞DNA测序更胜一筹,准确描述单个癌细胞特征

  德克萨斯大学医学院安德森癌症中心的研究人员研发了一种新技术,并由此构建了新型遗传模型,解释了一种常见的早期乳腺癌(乳腺导管内原位癌(ductal carcinoma in situ,DCIS))是如何发展为更具侵袭性的癌症形式。  这一研究成果公布在1月4日的Cell杂志上。  这项研究为了解D