让基因组测序绕过PCR

在基因组测序中,PCR扩增似乎是绕不过去的一步。然而,PCR也带来一些问题,包括不均匀扩增,导致某些序列的比例过高。对目前的新一代测序(NGS)平台而言,测序某些碱基组成上存在严重偏向的基因组区域仍是一大挑战。在GEN杂志上,Patricia Fitzpatrick Dimond博士介绍了PCR-Free的基因组测序。文库制备的变革2009年,Sanger研究院的Iwanka Kozarewa博士及其同事介绍了一种无需扩增的Illumina文库制备方法(Nature Methods 2009;6:291–295)。他们表示,GC偏向的基因组的定位和组装有所改善。这种方法采用簇扩增步骤来富集完全连接的模板链,降低了重复序列的发生率,改善了序列定位和SNP检出。这种方法的核心是采用no-PCR接头,它们包含额外的序列,让模板能够与流动槽表面直接杂交,这样就不再需要PCR步骤。作者表示,通过此方法产生的DNA模板量低于PC......阅读全文

降落PCR(Touchdown-PCR)的原理

Touchdown PCR是指每隔一个循环降低1°C反应退火温度,直至达到“Touchdown”退火温度,然后以此退火温度进行10个左右的循环。该方法最初出现是为了避开确定最佳退火温度而进行的复杂的反应优化过程。正确和非正确退火温度之间的任何差异将造成每个循环PCR产物量的两倍差异(每摄氏度造成4倍

一文知晓PCR,定量PCR,数字PCR方法选择

从1985年至今的30多年时间里,PCR分析经历了三代技术的发展。diyi代传统PCR技术,采用琼脂糖凝胶电泳的方法对PCR产物进行定性分析。第二代荧光定量PCR技术,通过在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的积累实时监控PCR进程,最后用Cq值对基因进行定量分析。第三代数字PCR技术,通过

普通PCR仪/梯度PCR仪/实时荧光定量PCR仪/原位PCR仪应用对比

PCR:聚合酶链式反应。是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。PCR原理示意图:PCR仪的种类有:常规的普通PCR仪,梯度PCR仪,原位PCR仪,实时荧光定量PCR仪四类!1、普通PCR仪一般把一次PCR

普通PCR仪/梯度PCR仪/实时荧光定量PCR仪/原位PCR仪应用对比

PCR:聚合酶链式反应。是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。 PCR原理示意图: 1589863475231958.jpg PCR仪的种类有:常规的普通PCR仪,梯度P

普通PCR-梯度PCR-荧光定量PCR仪的区别及运用

PCR:即合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction),利用DNA在体外95℃时解旋(变性),55℃时引物与单链按碱基互补配对的原则结合(退火),再调温度至72℃左右,DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链(延伸)。PCR仪实际就是一个温控设

PCR,RTPCR,实时荧光定量PCR的区别与联系

1、所说的PCR应该就是最常规的PCR,以DNA为模板,通过上下游引物,实现DNA的扩增。2、RT-PCR一般情况下是指反转录PCR(reverse transcription),尽管有些资料上说实时荧光定量PCR也(realtime fluores-cence quantitative PCR)也

普通-PCR、实时荧光定量-PCR-和数字-PCR-对比分析

 提起 PCR,在生物及其相关行业内可谓如雷贯耳,无人不知无人不晓,其影响之深,应用之广可见一斑。    1985 年,美国 PE-Cetus 公司的 Mullis 等人发明了聚合酶链反应(PCR),实现了在试管中模拟细胞内的 DNA 复制。然而,采用 E-coli DNA 聚合酶进行 PCR,由于

PCR,RTPCR,实时荧光定量PCR的区别与联系

1、所说的PCR应该就是最常规的PCR,以DNA为模板,通过上下游引物,实现DNA的扩增。2、RT-PCR一般情况下是指反转录PCR(reverse transcription),尽管有些资料上说实时荧光定量PCR也(realtime fluores-cence quantitative PCR)也

普通-PCR、实时荧光定量-PCR-和数字-PCR-对比分析

  提起 PCR,在生物及其相关行业内可谓如雷贯耳,无人不知无人不晓,其影响之深,应用之广可见一斑。    1985 年,美国 PE-Cetus 公司的 Mullis 等人发明了聚合酶链反应(PCR),实现了在试管中模拟细胞内的 DNA 复制。然而,采用 E-coli DNA 聚合酶进行 PCR,由

普通PCR-梯度PCR-荧光定量PCR仪的区别及运用

 PCR:即合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction),利用DNA在体外95℃时解旋(变性),55℃时引物与单链按碱基互补配对的原则结合(退火),再调温度至72℃左右,DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链(延伸)。PCR仪实际就是一个温控

普通PCR、实时荧光定量PCR、数字PCR技术的功能区别

   一、普通PCR技术    KARY MULLIS (1944.12.28-2019.8.7)    Kary Mullis于1983年发明了聚合酶链式反应法(polymerase chain reaction ,PCR),据说是载着女友开车的时候,忽然灵光一闪,想到了PCR原理(论开车的好处)

间接原位PCR(原位杂交PCR)

与直接原位PCR所不同的是,靶基因在扩增时不进行标记基团的掺入,而是标记一段与扩增片段互补的探针,在扩增结束后,应用此探针进行原位杂交。因此,此处主要介绍原位杂交,其余方法同原位PCR。实验材料组织或细胞样品试剂、试剂盒SSC硫酸葡聚糖甲酰胺脱脂奶粉Denhardt’s 液SDS变性的鲑鱼精DNAR

PCR技术(六):PCR技术应用进展

PCR技术自1985年建立以来,发展之迅速、应用之广泛,表明其具有强大的生命力.近些年来,基于PCR的基本原理,许多学者充分发挥创造性思维,对PCR技术进行研究和改进,使PCR技术得到了进上步地完善,并在此基础上派生出了许多新的用途. 原位PCR技术  原位PCR就是在组织细胞里进行PCR反应,它结

什么是免疫PCR(immunoPCR)?

1.定义:免疫-PCR(immuno-PCR)它利用抗原-抗体反应的特异性和PCR扩增反应的极高灵敏性来检测抗原,尤其适用于极微量抗原的检测。是新近建立的一种灵敏、特异的抗原检测系统。主要步骤有三个:①抗原-抗体反应,②与嵌合连接分子结合,③PCR扩增嵌合连接分子中的DNA(一般为质粒DNA)。 2

PCR技术(四):PCR污染与对策

PCR反应的最大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性,但令人头痛的问题是易污 染,极其微量的污染即可造成假阳性的产生.一、污染原因  (一)标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染,或标本放置时,由于 密封不严溢于容器外,或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染;标本核酸模板在提 取过程中,由

定量PCR实验技术-QPCR

Quantitative PCRJoseph SambrookPeter Maccallum Cancer Institute and The University of Melbourne, AustraliaDavid W. RussellUniversity of Texas Southwes

反向PCR-(inversePCR)实验步骤

nverse-PCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。通常采用的Tail-PCR假阳性太多,而Inverse-PCR一般只要有特异条带,基本上就是目的片段。基本步骤如下:1、反向PCR(Inverse PCR)原理:反向PCR是克隆T-DNA插入位点侧翼DNA序列非常有效的方法。a. 选择合适的

Real-Time-PCR—Cycleave-PCR法原理

■ CycleavePCR法原理 CycleavePCR法是由RNA和DNA构成的杂合Cycling 探针与RNase H组合使用的高灵敏度检测方法,能够高效率地检出目的基因。Cycling 探针内部夹有RNA部分,5′端标记荧光物质,3′端标记淬灭物质,当探针处于完整状态时,由于荧光淬灭作

什么是免疫PCR(immunoPCR)?

1.定义:免疫-PCR(immuno-PCR)它利用抗原-抗体反应的特异性和PCR扩增反应的极高灵敏性来检测抗原,尤其适用于极微量抗原的检测。是新近建立的一种灵敏、特异的抗原检测系统。主要步骤有三个:①抗原-抗体反应,②与嵌合连接分子结合,③PCR扩增嵌合连接分子中的DNA(一般为质粒DNA)。 2

PCR技术(七):mRNA差异PCR技术

生物界的丰富多彩很大程度上取决于严格调控下的基因的选择性表达。高等生物的细胞内约含有105个不同的基因,而主 基因在某个特定的细胞中,只有占15%的一小部分表达。而且在不同的细胞中,选择性表达的基础也是不同的。正是这些基因的选择不同决定了整个生命的过程:如细胞的生长分化,激素和细胞困子对细胞的作用、

间接原位PCR(原位杂交PCR)

与直接原位PCR所不同的是,靶基因在扩增时不进行标记基团的掺入,而是标记一段与扩增片段互补的探针,在扩增结束后,应用此探针进行原位杂交。因此,此处主要介绍原位杂交,其余方法同原位PCR。一、预杂交1. 试剂与配制2×SSC50%去离子甲酰胺:用4×SSC配制(v/v)预杂交液:2×SSC,5%硫酸葡

间接原位PCR(原位杂交PCR)

间接原位PCR(原位杂交PCR)             实验材料 组织或细胞样品 试剂、试剂盒

PCR技术(十):PCR产物克隆方法

平端连接  通常情况下,PCR产物可直接与平端载体DNA进行连接,但其连接效 率效低。因为TaqDNA聚合酶具有非模板依赖性末端转移酶活性,能 在两6条DNA链的3'末端加上一个多余的碱基,使合成的PCR产物成为 3'突出一个碱基的DNA分子。这种DNA分子的连接效率很低。由于PCR

反向PCR-(inversePCR)实验步骤

inverse-PCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。通常采用的Tail-PCR假阳性太多,而Inverse-PCR一般只要有特异条带,基本上就是目的片段。基本步骤如下:1、反向PCR(Inverse PCR)原理:反向PCR是克隆T-DNA插入位点侧翼DNA序列非常有效的方法。a. 选择合适

反向PCR-(inversePCR)实验步骤

inverse-PCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。通常采用的Tail-PCR假阳性太多,而Inverse-PCR一般只要有特异条带,基本上就是目的片段。基本步骤如下:1、反向PCR(Inverse PCR)原理:反向PCR是克隆T-DNA插入位点侧翼DNA序列非常有效的方法。a. 选择合适

逆转录PCR(RTPCR)

实验四 逆转录PCR (RT-PCR )【实验目的】1.了解用逆转录PCR 法获取目的基因的原理。2.学习和掌握逆转录PCR 的技术和方法。【实验原理】聚合酶链式反应(PCR)过程利用模板变性,引物退火和引物延伸的多个循环来扩增DNA序列。因为上一轮的扩增产物又作为下一轮扩增的模板,是一个指数增长的

影响PCR及荧光PCR-的因素

   引物的设计和选择符合荧光PCR的探针并进行设计对于实时荧光PCR尤其重要。可以说,不合理的设计意味着绝对的失败。但是,好的设计并不等于好的实验结果,影响PCR和荧光PCR的因素非常多,下面择其重要进行介绍。    3.1 引物退火温度    引物的一个重要参数是熔解温度(Tm)。这是当50%的

菌落PCR(Colony-PCR)具体方法

菌落PCR(Colony PCR)可不必提取基因组DNA,不必酶切鉴定,而是直接以菌体热解后暴露的DNA为模板进行PCR扩增,省时少力。建议使用载体上的通用引物。通常利用此方法进行重组体的筛选或者DNA测序分析。最后的PCR产物大小是载体通用引物之间的插入片断大小。具体方法:1、PCR混合物的制

PCR新手指南:快速PCR技术与快速PCR仪的区别

 在PCR仪上完成一个PCR反应所需要的时间决定于以下几个因素:1、模块升温和降温时间2、模块与PCR管内温度平衡时间3、延伸时间4、循环次数下面就以上几点做一点分析,以便大家了解快速PCR技术与快速PCR仪的区别。1、模块升温和降温度时间PCR仪一般会标明升温速度和降温速度,但标的大多是zui大变

知晓PCR,定量PCR与数字PCR的实验方法与选择

从1985年至今的30多年时间里,PCR分析经历了三代技术的发展。一代传统PCR技术,采用琼脂糖凝胶电泳的方法对PCR产物进行定性分析。第二代荧光定量PCR技术,通过在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的积累实时监控PCR进程,最后用Cq值对基因进行定量分析。第三代数字PCR技术,通过将PC