科学家找到深度学习基因组学应用的一顶“黑帽子”
研究人员首次将深度学习与贝叶斯假设检验结合，利用深度学习强化RNA可变剪接分析的准确性。 在生命科研领域，常有人说深度学习的基因组学应用好比是“一个盲人在一间黑暗的房子里寻找一顶并不存在的黑色帽子”。言下之意，是遗憾深度学习的基因组学应用并没有给人们带来太多惊喜。不过，近日宾夕法尼亚大学和费城儿童医院教授邢毅团队的一项研究，找到了这样一顶“黑帽子”。 这项发表在《自然—方法》上的论文成果，提出了一种新的计算框架——DARTS（“利用深度学习强化对RNA-seq的可变剪接分析”英文的首字母缩写）。该计算框架首次将深度学习与贝叶斯假设检验结合，用于RNA可变剪接分析。这种结合使得它即使对于测序深度不那么高的样品，也能有效提高RNA-seq定量差异剪接的准确度。 清华大学生命科学学院教授张强锋点评道：“DARTS综合了深度学习和贝叶斯假设检验统计模型的优点，为那些低测序深度的数据提供了更好的做可变剪接分析的手段，拓展了传统......阅读全文
科学家破译蓝鲸基因组
新华社柏林４月８日电 蓝鲸是地球上现存体型最大的动物。德国和瑞典研究人员最新报告说，他们破译了蓝鲸以及其他３种须鲸的完整基因组。 研究团队在新一期美国《科学进展》杂志上发表了相关论文。他们认为，这将有助于科学界以“前所未有的细节”追寻蓝鲸及其“亲戚”的进化历程。 须鲸包括蓝鲸、座头鲸
科学家破译蓝鲸基因组
蓝鲸是地球上现存体型最大的动物。德国和瑞典研究人员最新报告说，他们破译了蓝鲸以及其他３种须鲸的完整基因组。 研究团队在新一期美国《科学进展》杂志上发表了相关论文。他们认为，这将有助于科学界以“前所未有的细节”追寻蓝鲸及其“亲戚”的进化历程。 须鲸包括蓝鲸、座头鲸、灰鲸、长须鲸等种类。来自
科学家进行基因组测序－成功破译金雕基因组
作为一种知名度极高的猛禽，金雕经常以威猛霸气的形象出现在影视作品和小说中。现在，英国研究人员完成了对金雕的基因组测序工作，希望从基因层面深入了解这一物种，以便更好地保护它们。 金雕以巨大的体型和敏捷有力的飞行等特征而著名，其成鸟的翼展平均超过2米，体长可达1米。金雕一般生活于多山或丘陵地区
科学家成功解码“材料基因组”
科技日报北京7月7日电（记者张梦然）在最新一期《自然·材料》杂志上的一篇论文中，澳大利亚悉尼大学团队报告了一种解码“材料基因组”的新方法。该方法能检测晶体材料原子级结构的微小变化，提高了人们理解材料特性和行为基本起源的能力。这一突破对于开发创新材料至关重要，将推动人们开发用于航空航天业的更坚固且更轻
我科学家破译龙眼基因组
记者11日从福建农林大学获悉，该校赖钟雄科研团队的论文于牛津大学出版社出版的《Giga Science》杂志上在线发表。这是首次在国际公布的龙眼全基因组数据库，也是无患子科植物第一个全基因组数据库，标志着我国在相关领域的研究处于国际领先水平。 据赖钟雄研究员介绍，龙眼与近缘属果树荔枝、红毛丹
科学家完成柑橘基因组测序
美国佛罗里达大学研究人员带领的一个国际研究小组日前完成了对甜橙和克莱门氏小柑橘（为柑橘与酸柑杂交的品种）树的基因测序工作，并公布了相关基因图谱，这在柑橘属果树中尚属首次。 研究人员称，该基因图谱的公布将有助于科学家找到新方法来对抗包括柑橘黄龙病（又称黄枯病、青果病，对柑橘危
中国科学家领衔“破译”绵羊基因组
由中国科学家领衔的一个国际科研小组5日宣布，历经5年时间，他们完成了对绵羊基因组的测序、组装及分析工作。这项成果使人们对反刍动物生物学有了崭新认识。更重要的是，中国是绵羊和山羊饲养及羊肉消费大国，新研究将促进选育出更优秀的肉羊新品种。 绵羊基因组的测序工作在2009年正式启动，其中中国科学院昆
我国科学家完成谷子基因组测序
5月14日由深圳华大基因和河北省张家口市农科院等单位完成的谷子基因组研究成果于《自然·生物技术》在线发表。科研人员成功构建了谷子全基因组序列图谱，为揭示谷子抗旱节水、丰产、耐瘠和高光合作用效率等生理机制的研究提供了新的途径，并为高产优质、抗逆谷子新品种的培育奠定了坚实的基础。
多国科学家联合破译蓝鲸基因组
蓝鲸是地球上现存体型最大的动物。德国和瑞典研究人员最新报告说，他们破译了蓝鲸以及其他３种须鲸的完整基因组。图片来源于网络 研究团队在新一期美国《科学进展》杂志上发表了相关论文。他们认为，这将有助于科学界以“前所未有的细节”追寻蓝鲸及其“亲戚”的进化历程。 须鲸包括蓝鲸、座头鲸、灰鲸、长须鲸等
美科学家完成高粱基因组测序
美国能源部联合基因组研究所等机构的科学家日前完成了高粱的全基因组测序和分析，相关研究成果已刊登在1月29日出版的《自然》杂志上。 科学家利用全基因组鸟枪测序法完成了对高粱基因组的测序。结果显示，高粱基因组大约有3万个基因，有7.3亿个核苷酸，比大米约多75%。科学家以及工业界人士认为，高粱
《自然》：科学家成功测序水螅基因组
一个国际科研小组日前完成了水螅基因组的测序工作，相关成果3月14日公布在英国《自然》杂志网络版上。 水螅是一种腔肠动物，大多雌雄同体，通常进行无性生殖，夏初或秋末进行有性生殖。测序结果显示，水螅基因数目与人类基因相似，二者也分享了诸多相同基因。令科学家们惊讶的是，水螅也存在与亨廷顿舞蹈症以
科学家完成迄今最大基因组测序
火炬松的基因组有221.8亿个碱基对——约为人类基因组的7倍多，是目前已完成测序的最大基因组生长在美国佐治亚州奥古斯塔国家高尔夫俱乐部第17号洞附近的火炬松（Pinus taeda）曾挡住了美国前总统德怀特·戴维·艾森豪威尔的很多杆球。1956年，他曾试图砍掉这棵树。如今，火炬松正在
科学家完成玉米全基因组测序
美国研究人员11月19日宣布，他们已经完成了玉米的全基因组测序工作，这一成果有望用于培育更高产的玉米品种。 来自美国圣路易斯华盛顿大学、亚利桑那大学等机构的150名研究人员历时4年多完成了这一项目。他们以代号为B73的玉米品种为研究对象进行测序。结果显示，玉米共有10对染色体，约3.2
科学家启动“狮虎豹基因组计划”
日前，我国科学家在深圳宣布启动“狮虎豹基因组计划”，将在1年内完成狮虎豹基因组的序列框架图，并且在行为科学和保护生物学等众多学科领域探索基因组测序成果的应用。计划由深圳华大基因研究院、北京大学、黑龙江虎林园、中科院昆明动物所、美国圣·迭亚哥动物保护研究所等中外科学家共同发起并承担。 深圳华
《科学》：科学家完成牛基因组测序
有助于优质肉、奶生产 一个国际科学家团队4月23日说，他们已完成了牛的基因组测序工作，这一成果将有助于生产质量更好的牛肉和牛奶。 在美国农业研究局和贝勒医学院的领导下，来自25个国家的300多位科学家以海福特牛为样品牛，历经6年完成了基因组测序工作。24日出版的新一期美国《科学》杂志
科学家完成古老绿藻基因组测序
已知最小的真核生物Micromonas之一的电子断层切片( 0.5微米厚) 一个国际研究小组日前对两株被认为属于同一种藻类的古老绿藻进行了基因组测序，结果发现二者的基因只有90%相同。由于研究所用的绿藻位于真核生物生命树底部，科学家认为，这一发现为研究藻类以及陆地植物的进化提供了新线索
科学家破译“橡胶草”基因组
天然橡胶是与石油、钢铁、煤炭并重的世界四大工业原料之一，而中国是天然橡胶消费大国，目前对外依赖度超80%。记者从中国科学院遗传与发育生物学研究所了解到，我国科学家已成功绘制出橡胶草基因组草图。该成果将加快橡胶草替代橡胶树，成为新的橡胶“生产者”的进程。 据了解，巴西三叶橡胶树一直是天然橡胶的主
科学家成功解析大型褐藻基因组
日前，中国水产科学研究院黄海水产研究所海藻研究团队与中科院北京生命科学院等单位合作，成功解析了大型褐藻——海带的基因组，阐述了其进化和适应的分子机制，揭示了我国养殖海带群体生物多样性不足的现状，为大型褐藻种质资源研究和利用提供了新的数据和启示。相关成果发布在《自然—通讯》杂志上。 大型褐藻是
中国科学家NatureGenetics发布西瓜基因组草图
来自北京农林科学院、康奈尔大学、深圳华大基因研究院、复旦大学等10多家机构的研究人员组成的一个国际研究小组成功破译了西瓜的遗传密码，绘制出世界上第一张西瓜(watermelon)基因组序列草图。相关论文发表在11月25日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上 北京农林
科学家破译枸杞子基因组图谱
枸杞作为传统的药食同源植物，含有丰富的果胶多糖。枸杞果胶多糖（LBPPs）是重要的生物活性成分，具有抗氧化、免疫调节、抗衰老等功效。尽管枸杞在健康领域应用较多，但对枸杞的遗传图谱、枸杞活性成份LBPPs的合成过程和调控机制知之甚少。这在很大程度上制约了枸杞的分子育种发展与推广。 近日，中国科学院院
科学家构建鹰嘴豆属超级泛基因组
鹰嘴豆是世界第三大豆类作物，具有重要的经济价值和营养价值，其固氮能力能改善土壤肥力，具有独特的生态价值。但鹰嘴豆的遗传背景相对狭窄、抵抗生物或非生物胁迫的能力不足，限制了它的育种改良。 5月29日，华大生命科学研究院联合国际半干旱热带作物研究中心、西澳大学、莫道克大学等单位的研究成果发表于《自
科学家完成糜子全基因组精细图谱
1月25日，《自然-通讯》（Nature Communications）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海植物逆境生物学研究中心张蘅研究组和朱健康研究组题为The genome of broomcorn millet 的研究论文。该研究完成了糜子基因组精细图
科学家完成辣椒全基因组序列测定
由我国科技人员主导完成的“栽培种和野生种辣椒的全基因组测序揭示辣椒属的驯化与特异性”研究论文，今年3月在国际著名期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)刊发。该论文的正式发表，标志着辣椒基因组序列成功解码，我国辣椒基础性研究取得重大进展，进入分子育种阶段。 美国农艺学会主席、新墨西哥州立大学
中国科学家成功绘制人参基因组图谱
3月4日，在钓鱼台国宾馆中国人参基因组图谱新闻发布会上，中科院基因组所副所长、世界知名基因组学专家于军向媒体公布：经过吉林省通化市政府、中科院北京基因组研究所、吉林紫鑫药业的共同努力，于2月底成功绘制出人参基因组图谱，揭开了人参的神秘面纱，为人参的种植、防病、开发与人参产业发展振兴提供
Nature：科学家完成云杉超大基因组草图
在超过两亿年的历史中，极具生态重要性的松柏类植物在森林中占据着统治地位。 现在，瑞典斯德哥尔摩大学生命科学实验室(Science for Life Laboratory)和于默奥植物科学中心(Umeå Plant Science Centre)的科学家完成了对挪威云杉(Picea
我国科学家首提“人类泛基因组”
人类基因组存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因 经过不懈研究和攻关，我国科研人员在人类基因组研究中获得新的重大进展――发现人类基因组中存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因。科研人员还首次提出了“人类泛基因组”的概念。 由深圳华大基因研究院领衔，华南理工大学参与的研
中韩科学家主导破译小须鲸基因组
2013年11月25日，来自韩国海洋科学技术研究所、深圳华大基因研究院等单位的科研人员成功破译了小须鲸全基因组图谱，并对鲸类独特生理习性的遗传学机制进行了研究分析。据了解，小须鲸全基因组图谱是目前测序深度最高的海洋哺乳动物基因组图谱。最新研究成果已于《自然•遗传学》杂志上在线发表. 一直以
科学家质疑全基因组关联研究意义
外围遗传突变对疾病影响甚微 全基因组关联研究通过大量人群寻找与疾病或性状相关的DNA变异 对于某种疾病而言，当比较足够多的患病与不患病人群基因组后，与疾病相关的遗传变异便有可能脱颖而出。这也是全基因组关联研究（GWAS）背后运行的哲学——十多年来，研究人员利用它来寻找包括精神分裂症和类风湿
科学家破译枸杞子基因组图谱
枸杞作为传统的药食同源植物，含有丰富的果胶多糖。枸杞果胶多糖（LBPPs）是重要的生物活性成分，具有抗氧化、免疫调节、抗衰老等功效。尽管枸杞在健康领域应用较多，但对枸杞的遗传图谱、枸杞活性成份LBPPs的合成过程和调控机制知之甚少。这在很大程度上制约了枸杞的分子育种发展与推广。近日，中国科学院院士、
美科学家绘制出瓜类基因组图谱
炎炎夏日，以西瓜为代表的各种瓜类成为人们最爱。美国科研人员最新报告说，他们绘制出了西瓜等瓜类的基因组图谱，将来有望利用基因技术开发出更甜、更可口、更健康的瓜类新品种。 得克萨斯农机大学科研人员在新一期《美国园艺科学协会杂志》上报告说，此前法国和西班牙研究人员曾经完成了瓜类某些DNA(脱氧核