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华大基因再出手单细胞转录组学测序技术的系统分析

单细胞转录组测序(Single-cell RNA-seq)是在单细胞水平对转录组(mRNA)进行测序的一项新技术,可发现细胞群体中真正起作用的细胞,特别适合对高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体进行研究,认识细胞分子机制和基因调控网络。单细胞RNA-seq技术需要在测序前制备文库。 2019年4月9日,华大基因的研究团队在Genome Biology上发表了题为“Comparativeanalysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics”的研究论文。该论文提供了标准化的scRNA-seq资源,其可用于新的scRNA-seq文库制备方案和测序平台进行基准测试。 于此同时,2019年4月2号,深圳华大基因研究院在Genome Research上在线发表了题为Efficient and unique co-barcoding of......阅读全文

BRAIN计划:为创建大脑的神经元目录而努力

  大脑是人体中最复杂的组织,也是当今科学中最大的挑战之一。尽管神经科学近年来已经飞速发展,但大多数神经和精神疾病的内在原因仍不清楚。为了开发有效的疗法,研究人员需要更多的工具和信息,才能了解大脑在健康和疾病状态下如何工作。  为了解决这些挑战,美国前总统奥巴马在2013年4月启动了推动创新神经技术

超1.7亿 7大生物医学“重大研究计划”2017年度项目指南出炉

  自1月22日以来,国家自然科学基金委员会官网已先后公布了16个重大研究计划2017年度项目指南,其中与生物医学相关的共7个。具体如下:  备注:血管稳态与重构的调控机制重大研究计划拟资助总直接费用并未在指南中直接标出,是根据信息计算所得  何为“重大研究计划”?  据悉,国家自然科学基金委员会于

北大汤富酬课题组发表单细胞表观多组学测序技术新成果

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

通过序列杂交和条形码进行单细胞原位分析

  现代系统生物学有两种革新技术:基因组学和单细胞生物学,前者具备同时监测生物体中所有基因和蛋白质的能力,后者则可以在自然微环境中跟踪单细胞的一些特定基因。  两种技术都很强大,但具有互补的局限性:基因组学平均了一个细胞群的异质性和空间复杂性,而单细胞技术一次只能探测几个基因。因此,将基因组学与单细

盘点:分子诊断常用技术50年的沿革与进步

  一、基于分子杂交的分子诊断技术  上世纪60年代至80年代是分子杂交技术发展最为迅猛的20年,由于当时尚无法对样本中靶基因进行人为扩增,人们只能通过已知基因序列的探针对靶序列进行捕获检测。其中液相和固相杂交基础理论、探针固定包被技术与cDNA探针人工合成的出现,为基于分子杂交的体外诊断方法进行了

揭秘效应性T细胞和耗竭性T细胞早期命运决定

  T细胞耗竭(T cell exhaustian)是广泛存在于慢性感染和癌症环境中的一种现象。在慢性系统性炎症疾病中,耗竭性T细胞(Tex cells)是控制抗原的主要参与者之一,其高表达免疫抑制分子诸如PD-1, Tim-3 和Lag-3。治疗药物如Anti-PD-1 blockade Nivo

新一代的遗传筛查 – CIRSPR与单细胞测序的强强联合

  遗传筛查是研究哺乳动物细胞中基因功能的强大工具。将基因扰动与细胞表型相关联,目前主要有两种方法:芯片筛查和混合筛查。芯片筛查能揭示高分辨率的表型,但其通量有限且价格不菲。混合筛查则能够快速筛查数千个扰动,效率高,扩展性好,但它不能揭示每个扰动的详细表型。  如今,四项近期发表的研究为遗传筛查带来

《Nature》:2019年需要关注的7大技术

  7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学  Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗

Nature期刊评选出2019年需要关注的7大技术

  7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学  Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗

北大乔杰、汤富酬、黄岩谊发表环状RNA新成果

  早在几十年前,生物学家们就发现了环状RNA。与线性RNA相比,环状RNA受到的关注比较少,一直被认为是剪切过程中发生的错误。随着二代测序的发展,近几年人们意识到环状RNA其实是非常普遍的。这些分子广泛存在于多种生物的细胞中(从古生菌、酵母、小鼠到人类),能够通过不同途径影响基因表达,很可能在细胞

空间蛋白质组学:一种强大的细胞生物学发现工具

真核细胞高度区室化,生物过程被分隔在不同的区室进行。蛋白质功能与亚细胞定位密切相关,不同的区室提供不同的化学环境(例如pH和氧化还原条件)、不同的潜在作用配体或底物。因此,对蛋白质亚细胞定位的严格控制是细胞生理学的重要调控内容。大多数细胞生物学过程涉及蛋白质亚细胞定位的变化,例如转录因子在细胞核-胞

Nat Rev Genetics | 环状RNA的合成与功能

  环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明,环状RNA具

单细胞技术让这些研究成为现实

  生物通报道 如今,细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上,Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。  2015年底,巴西卫生部门和世界卫生组织报告,新生儿中小头症的发病率急剧增加

单细胞技术让这些研究成为现实

  如今,细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上,Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。  2015年底,巴西卫生部门和世界卫生组织报告,新生儿中小头症的发病率急剧增加。没过多久,

酵母双杂交技术及其在蛋白质组研究中的应用

摘要  蛋白质组学是在后基因组时代出现的一个新兴的研究领域, 它的主要任务是识别鉴定细胞、组织或机体的全部蛋白质, 并分析蛋白质的功能及其模式。 因此, 揭示蛋白质组中蛋白质间的相互作用关系也是蛋白质组学的重要内容之一。 酵母双杂交技术是用来检测蛋白质间是否相互作用的一

《自然》杂志展望2018年生物医学技术突破

  15年前,对人类基因组进行测序需要花费大约30亿美元,而今只需数千美元。科技发展日新月异,新的一年又会有哪些令人期待的突破?英国《自然》杂志近日采访了生物医学领域的专家,为人们梳理出有望改变2018年生命科学研究面貌的技术和课题,其中包括为转录组绘图、促进癌症疫苗研发、建立科学物联网等。  为转

酵母双杂交技术及其在蛋白质组研究中的应用

     作为后基因组时代出现的新兴研究领域之一, 蛋白质组学(proteomics)正受到越来越多的关注。 蛋白质组学的研究目标是对机体或细胞的所有蛋白质进行鉴定和结构功能分析。 蛋白质组学的研究不局限任何特定的方法。 高分辨率的蛋白质分离技术如二维凝胶电泳和高效液相

谢晓亮院士:单分子技术透视生命之谜

  2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差异。  MAL

北大谢晓亮教授:单分子技术透视生命之谜

2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差

基因筛查进入单细胞时代

  遗传筛选是生物学中最有力的工具,它可以阐明复杂的生物过程。最近四项研究已经开发了一个新的遗传分析方法,通过使用单个细胞作为微观实验室,测定扰动。这些研究开发了CROP-seq、PERTURB-seq和CRISP-seq技术,克服了现有基因筛查方法的局限性,并且可以分析一些原本无法分析的样本。  

杨辉组/高彩霞组发现单碱基编辑系统存在严重脱靶效应

  2016年,David Liu团队在 Nature 期刊上首次报道了基于胞嘧啶脱氨酶APOBEC1(能催化C脱氨基变成U,而U在DNA复制过程中会被识别成T)和尿嘧啶糖基化酶抑制剂UGI(能防止尿嘧啶糖基化酶将U糖基化引起碱基切除修复)的单碱基编辑工具(BE3)首次实现可以在不引入DNA双链断裂

下一代测序技术临床应用现状和发展趋势

  自DNA双螺旋结构解析开始,人们在探究健康与疾病基因组复杂性与差异性上付出巨大努力,测序通量限制和高昂成本成为人们深入分析基因组的首要障碍,2005年推出高通量测序技术初步解决了这个问题,人类基因组测序成本迅速下降,由此产生一个新名词:下一代测序(next-generation sequenci

2019年度黑龙江省自然科学基金项目拟立项名单公示

序号项目名称联合单位301籽鹅开产节律基因的筛选、功能验证及调控机制黑龙江八一农垦大学302承载三明治式免疫激活因子的LTB-MEP-PEI纳米微球免疫活性研究黑龙江八一农垦大学303玉米移栽生物质钵育秧盘制备方法及成型机理研究黑龙江八一农垦大学304黑龙江主产区稻米有机挥发性成分分布特征及影响因子

Science十大科学突破之单细胞水平细胞谱系追踪

  理解任何多细胞生命系统的前提是理解“细胞”,今天,单细胞研究已经不再只是纸上谈兵了,全球已经有许多实验室展开了单细胞研究。  生物通报道:12月21日Science杂志公布了2018年度十大科学突破。今年的Science十大科学突破之首是单细胞水平细胞谱系追踪技术,除此之外,今年的十大科学突破中

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

产研结合的典范:苦味素----从科学发现到产业转化之路

  《韩非子·外储说左上》有云 :“夫良药苦于口,而智者劝而饮之,知其入而已己疾也”,良药苦口由此而来。最近,国内研究团队揭开了这类“苦口良药”的神秘面纱,成果相继发表在Nature Genetics(2013)、Science(2014)和Nature Plants(2016)等国际知名学术期刊上

一个完全不同的视野——单细胞研究最新进展

  由冷泉港亚洲主办的单细胞基因组学前沿学术会议(Frontiers in Single Cell Genomices)日前在苏州独墅湖会议酒店举行。美国科学院院士、斯坦福大学Stephen Quake教授作为本次会议的重要特邀嘉宾,在会上做了精彩演讲。  Quake教授谈到,近几年随着单细胞测序技

抗疟疾领域最新研究进展一览

  本期为大家带来的的抗疟疾领域的最新研究进展,希望读者朋友们能够喜欢。  1. Science:重大突破!根治疟疾有戏!选择性抑制PfCLK3蛋白可杀死处于各个发育阶段的疟原虫  doi:10.1126/science.aau1682.  在一项新的研究中,来自苏格兰格拉斯哥大学等研究机构的研究人

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大