Science:利用基因共同进化揭示蛋白相互作用网络
如今,在一项新的研究中,来自美国华盛顿大学和哈佛大学的研究人员找到了一种从已被测序的DNA中提取有用信息的新方法。通过对细菌中成对基因之间共享的细微进化特征进行编目,他们够发现数百种之前未知的蛋白相互作用。这种方法当前正应用于人类基因组,并且可能产生关于人类蛋白如何相互作用的新见解。相关研究结果发表在2019年7月12日的Science期刊上,论文标题为“Protein interaction networks revealed by proteome coevolution”。图片来自Institute for Protein Design 论文通讯作者、华盛顿大学医学院生物化学教授David Baker说道,“蛋白-蛋白相互作用是生物功能的基础。如今能够使用近年来产生的大量基因组序列数据来预测它们,这是非常了不起的。” 细胞中充满着蛋白,其中的许多蛋白必须在物理上相互作用才能发挥作用。这意味着它们聚集在一起复制DNA......阅读全文
厦门大学Science文章:令人惊奇的基因组
甲藻(dinoflagellate)并不快乐。在好的时候,这些微小的海洋生物自由漂浮生活在海洋中,或是与珊瑚(corals)共生,成为一大群软体动物、小鱼和珊瑚物种的午餐。其中的一些甲藻能够生物发光,因此会在夜里发光。但在不好的时候,甲藻会用赤潮毒害贝类养殖区,抛弃珊瑚礁让其缓慢地白化死亡。
Science:新方法在活细胞中改变基因组
来自MIT Broad研究所和Rockefeller大学的研究者发展了一种新的方法,能够在活细胞内精确地增减基因,从而操作基因组。研究人员称,这项技术可以提供一种简单易行,并且相对低价的方法来从事各项研究,包括设计能够产生生物能源的有机体,设计动物模型来研究人类疾病,发展新的治疗方法等。
Science:应为广泛的癌症基因组测试提供医保覆盖
美国前国家癌症研究所主任Harold Varmus和密歇根大学法学院教授Rebecca Eisenberg在Science期刊上发表一篇政策论坛论文,主张让癌症患者更好地使用基因组测试。他们建议政府和私人支付者(保险公司)更好地利用数据库和登记处来确定基因组测试是否能够用于癌症患者的个人化治疗。
Science:绘制一张复杂疾病基因组图谱
尽管研究人员已经利用全基因组关联研究(GWAS)确定了与人类疾病相关的遗传因素,但是要解释这些数据,还需要清楚的了解这些新的风险基因是如何被调控的。 近期Science杂志发布了最新研究成果,解析了人类天然免疫系统中的遗传调控网络,并且也指出了这些信息如何能直接用于理解自身免疫疾病的遗传学
Science封面头条:十年破译采采蝇基因组
采采蝇可以在人类和牲畜中传播,分别引起人类非洲锥虫病(也叫做昏睡病)和那加那加病(Nagana)。在整个撒哈拉以南非洲地区,当前有7000 万人面临着致命感染的危险。人类非洲锥虫病是世界卫生组织(WHO)列表中被忽视的一种热带病,自2013年以来其成为了根除的一个目标。了解采采蝇,破坏其传播
Science新闻:英国公布大型全基因组测序计划
基因分析技术在快速发展,昨日英国首相宣布了一项大型计划,将对患有癌症及罕见疾病的十万英国人进行全基因组测序。现在许多国家都在为治疗疾病而努力解码国民的DNA,而英国这一新项目的不同之处在于,其测序的是全基因组而非基因组个别区域。 英国首相David Cameron在声明中称,英国国民医
遗传学大牛Science重磅成果:改写活体基因组
遗传密码通常包含64个密码子, 但现在来自哈佛大学的研究人员和同事们设计出了只包含57个密码子的大肠杆菌基因组。在发表于8月18日《科学》(Science)杂志上的一篇论文中,该研究小组描述了这一计算机生成的基因组,并报告了在实验室中合成它的第一阶段。 论文的共同作者、哈佛大学George C
Science:华大参与三种鳄鱼基因组测序
最近,德克萨斯理工大学的生物学家带领一个50多名科学家的研究小组,测定了三种鳄鱼——美洲鳄、咸水鳄和印度鳄的基因组序列。 生物学副教授David Ray指出,通过测定这些基因组序列,科学家们可以更好地了解鸟类的进化,它们是这类食肉动物的最近亲缘种。该研究小组完成了这三种鳄鱼的基因组,可以说真正
Science:“复活”人类基因组中的古老DNA
尽管尼安德特人(Neanderthal)已经在三万年前灭绝,但其基因组片段仍在现代人群中延续。科学家们通过新分析法,研究了665名欧洲和东亚人的全基因组测序数据,这些数据来自于千人基因组计划。研究显示,显示超过20%的尼安德特人基因组仍存在于现代人群中。文章于一月二十九日发表在Science杂志
Science:人巨细胞病毒病毒基因组测序
人巨细胞病毒是一种很常见的疱疹病毒,感染约50-100%的成人,但通常没有不良影响,并且它可以保持潜伏多年。人巨细胞病毒感染是比较常见的,发展中国家感染人数比发达国家人数多。 该病毒可导致出新生儿生缺陷和免疫系统受损,可能会导致致命疾病。该病毒也与癌症发展有关联。这项新的研究分析了病毒的蛋
Science:华大参与三种鳄鱼基因组测序
最近,德克萨斯理工大学的生物学家带领一个50多名科学家的研究小组,测定了三种鳄鱼——美洲鳄、咸水鳄和印度鳄的基因组序列。 生物学副教授David Ray指出,通过测定这些基因组序列,科学家们可以更好地了解鸟类的进化,它们是这类食肉动物的最近亲缘种。该研究小组完成了这三种鳄鱼的基因组,可以说真正
基因组学大牛Science发布癌症重大成果
Whitehead研究所的科学家们发现,称作为“隔绝邻域”的环状染色质结构遭到破坏可以激活能够推动侵袭性肿瘤生长的癌基因。这一研究发现对于癌症诊断及治疗均具有重大的意义。相关论文发布在《科学》(science)杂志上。 领导这一研究的是Whitehead生物医学研究所的Richard A Yo
2年Science基因组学文章引用次数高达100
据The Scientist报道,一篇发表在Science杂志上的基因组学文章成为基因组学领域热门的文章,从2007年发表后,总的引用次数高达100次。 这篇文章即是:V. Nene et al., “Genome sequence of Aedes aegypti, a major ar
Science:新生儿测序遇冷,“基因组计划”行路难
新生儿测序是近年来比较热门的话题,中国新生儿基因组也于今年8月份正式起航,不过在此之前,美国已经开展了一项名为“BabySeq”的新生儿测序计划。10月19日,在加拿大温哥华召开的美国人类遗传学协会(ASHG)年会上,科学家们表示首个探讨利用新生儿基因测序来指导健康护理的研究项目——BabySe
Science:重磅!西安交大叶凯团队成功破译罂粟基因组
在一项新的研究中,来自中国西安交通大学、上海海洋大学;英国约克大学、威康基金会桑格研究所;澳大利亚太阳制药私人有限公司的研究人员破译出罂粟(opium poppy)基因组的DNA密码,揭示出这种植物产生用于制造重要药物的药用化合物的关键步骤。这一发现可能为科学家们提高这种药用植物的产量和抗病性铺
Nature,Science两大顶级杂志聚焦“第二基因组”
人体内有两个基因组,一个是从父母那里遗传来的人基因组;另一个则是出生以后才进入人体、特别是肠道内的多达1000多种的共生微生物,其遗传信息的总和叫“微生物组”,也可称为“元基因组”,相当于人的第二个基因组,它们所编码的基因有100万个以上。两个基因组相互协调、和谐一致,保证了人体的健康。
Science:利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究,从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型,而在此之前,它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较,从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
中国学者连发Science,GenomeRes参与国际基因组项目
生物通报道:在2001年,人类基因组计划产生了近乎完整的人类DNA。但是研究人员还希望了解这些GS,CS,和TS是如何利用,控制或组织,比它们少得多的编码区域,造就活生生的人。9月,一个聚集了422位科学家的国际团队,在经过十年的努力后,完成了解析基因组剩余部分(非编码区域)的工作,宣布了
王文研究组连发Science,Nature子刊文章解析基因组
在“973”项目的支持下,中国科学院昆明动物研究所研究员王文领导的团队继2013年解析山羊基因组揭示羊绒生长的基因基础之后,近日再次携手华大基因研究院、澳大利亚联邦科学与工业研究组织等国内外机构“破译”了绵羊基因组。至此,所有重要家畜动物的基因组密码全部告破。 山羊和绵羊是反刍动物的典型代表动
中国科学家发表在《Nature》《Science》封面的基因组文章
随着测序技术的便捷化、廉价化进程的推进,中国已经逐步进入基因组测序普及化的时代,目前,我国已经获得多个物种的基因组图谱。 其中,影响比较大的基因组图谱成果都发表在国际一流期刊《Nature》或《Science》的封面上。 2002年 水稻基因组图谱 《Science》 《Nat
科学怪咖Science革命性成果:构建最小的基因组
Craig Venter博士被誉为是21世纪最顶尖的科学家之一。除了一些科学上的重要头衔,他还是一位企业家,是J. Craig Venter研究所(JCVI)的创始人总裁兼CEO。在基因组学和合成生物学领域,Craig Venter一直是先行者。由于在人造人,以及对基因研究等方面的偏执热爱,其因
Science:缺乏母爱竟会改变基因组-影响大脑神经元
今日,《科学》杂志上刊发了一项重量级研究:来自Salk研究所的团队发现,缺乏母爱的小鼠其基因组会出现明显改变,且这种改变集中在影响情感和记忆的海马体中。这一发现支持了“童年环境会影响人类大脑发育”的观点。什么?出生后的动物还会出现基因组的明显改变?Salk研究所的过渡所长,该研究的通讯作者Rusty
Science:科学家挖掘冠状病毒基因组,寻找源头线索
中国科学家正在研究从广东捕捉到的蝙蝠,图源ECOHEALTH ALLIANCE 2020年1月31日,世界顶级期刊Science发布了一篇有关此次新冠病毒的最新科学报道,该报道指出,科学家们正在不断努力挖掘新冠病毒的基因组,通过对病毒基因组的探究,从而试图了解2019-nCoV的起源以及其是否与蝙
谢晓亮教授Science报道新型单细胞基因组线性扩增法
谢晓亮教授在4月14日的Science上发表文章报道了实验室的最新研究:一种新型的单细胞基因组线性扩增的方法——转座插入(LIANTI,Linear Amplification with Transposon Insertion)。LIANTI法在检测拷贝数目变异和单核苷酸变异上的准确度都优于以
Science:重大突破!揭示piRNA建立安全系统保护基因组机制
数以千计的具有不同核苷酸序列的短RNA分子起着安全卫士的作用,能够识别和沉默侵入基因组的企图,比如病毒或被称为转座子的寄生元件插入到宿主基因组中的DNA。 这些不同的小RNA分子,被称为与Piwi蛋白相互作用的RNA(Piwi-interacting RNA, piRNA),是由各种动物(如从
Science:鉴定出保持细菌基因组完整性的关键分子ppGpp
在一项新的研究中,来自美国纽约大学朗格尼医学中心和俄罗斯科学院的研究人员发现一种关键的生物化学分子ppGpp能够让细菌修复它们DNA上的致命性损伤,包括抗生素导致的DNA损伤。相关研究结果发表在2016年5月20日那期Science期刊上,论文标题为“ppGpp couples transcri
Science封面6连发:人类最完整的基因组测序完成!
全世界科学家近40年的努力,今天终于圆满了!Science连发6篇封面文章,宣布人类完整基因组测序计划正式完成。 据路透社、Science等报道,这项成果填补了前人几十年努力后仍然存在的空白,为全球 79 亿人中寻找有关致病突变和遗传变异的线索提供了新的希望。 算起来,距离人类最早讨论基因组
Science封面6连发:人类最完整的基因组测序完成!
全世界科学家近40年的努力,今天终于圆满了!Science连发6篇封面文章,宣布人类完整基因组测序计划正式完成。 据路透社、Science等报道,这项成果填补了前人几十年努力后仍然存在的空白,为全球 79 亿人中寻找有关致病突变和遗传变异的线索提供了新的希望。 算起来,距离人类最早讨论基因组
Science里程碑成果:谱写真菌基因组百科全书
由包括美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)在内的20多家机构的研究人员组成的一个国际研究小组近日完成了对数十种真菌(fungi)完整基因组比较的综合性研究,从而谱写出了真菌基因组百科全书第一章。相关论文发布在最新一期(6月29日)的《科学》(Science)杂志上。 研究数据表
Science:人黏连蛋白通过DNA环挤压折叠基因组机制被揭示
为了将大约两米长的人DNA携带的遗传信息包装到细胞核中,人细胞所要完成的工作相当于将80公里长的线放入一个足球大小的球体中。早在1882年,德国生物学家Walther Flemming便通过显微镜进行了观察,发现了有关这种包装是如何实现的线索。他当时观察到位于卵细胞细胞核内的DNA环,这让他想起