NatureMethods|郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C数据信号探测的模型和算法，但由于Hi-C数据深度测序成本巨大，而大部分检验结果无法进行实验验证真伪，因而迫切需要一个稳定的Hi-C数据模拟方法来进行基准测试和评估。目前，只有一个系统的Hi-C 数据模拟方法即Sim3C【4】，却由于三维基因组数据结构过于复杂，Sim3C模型无法捕获所有Hi-C数据的基本特征，再加上参数模型强加的一系列假设，使得模拟出来的Hi-C数据矩阵与真实Hi-C数据矩阵相差甚远（下图）。此外降采样（downsampling）和生物样本间置换（permutation）作为常见的测试方法，也有各自无法避免的局限。 ......阅读全文
研究揭示拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
重磅！首个北京鸭三维基因组研究登顶Nature子刊
相关研究成果An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks于7月17日在自然子刊《Nature Communications》在线发表，并被列为该期
“海龙”工具测试成功，我国这项技术取得新突破
1月29日，中国海油首套HAILOONG TOOLS（“海龙”工具）中空电机式井下流量控制阀研制成功，顺利通过连续72小时各项功能测试，标志着我国海上井下流量控制技术取得新的突破，进一步加快我国海上油田智能完井进程，对保障国家能源安全，推动海上油田增储上产具有重要意义。 据介绍，目前流量控制阀
细胞遗传学家的新工具和新希望
细胞遗传学意在确定一个基因组中与众不同的结构特征。这说起来容易，做起来难。多年来，研究人员手头的工具很有限，只有吉姆萨染色、FISH和DNA芯片。新兴的DNA测序技术将细胞遗传学的分辨率提高到前所未有的水平，缩小了分子细胞遗传学和分子遗传学之间的距离。 然而，测序，想说爱你不容易。测序读长
反刍动物甲烷排放有了新检测工具
近日，中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所承担的农业部“948”项目——“六氟化硫示踪法检测牦牛藏羊甲烷排放技术的引进研究与示范”通过验收。农业部科教司组织的专家在项目验收时表示，该项研究结合青藏高原传统的畜牧业发展模式，采取可行措施控制其温室气体的排放，集成创新走出一条符合我国国情的低碳畜牧业发
一种新的控制阀测试的工具
自动化阀门测试可快速筛查问题而无需拆下阀门进行检查智能比例控制阀在过程工业中发挥着关键作用。然而，准确地评估阀门性能可能是一个麻烦的日程工作，因为这经常会产生大量的停机时间以及需要从生产线上卸下阀门。阀门按比例打开和关闭，并根据 4 至 20 mA 输入信号改变其开度。许多阀门都有一个反馈信号，用于
Nature－Methods介绍细胞生物学新研究工具
来自阿尔伯塔大学的研究人员开发出了一种使用光控制生物细胞水平的新方法。这种工具被称为光可切割蛋白（photocleavable protein）：PhoCl，也就是当暴露于光线时，蛋白会裂解开来，这样科学家们就能以新的方式来研究和操纵细胞内活性。 这一研究成果公布在3月的Nature Meth
异交植物基因高效定位新算法工具开发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519329.shtm近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜分子设计育种创新团队联合马铃薯遗传育种与栽培创新团队，通过解析异交（异花授粉）植物杂交1代分离群体的遗传特点，开发了一套新算法工具OcBSA，该工
科学家研发国际首个整合宏微观基因组综合分析工具
近日，记者从中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室、方宗熙海洋生物进化与发育研究中心获悉，中国工程院院士包振民和教授王师团队在基因组系统解析工具开发方向取得重要进展。据悉，团队开发出国际首个整合宏观/微观进化基因组和功能基因组的综合分析工具PanSyn，研究成果发表在《自然协议》。PanS
中国科研团队研发出精准检测评估基因组组装新工具
近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种不依赖参考基因组的组装质量评估新工
空间中心利用三维Hall－MHD模拟嫦娥二号穿越月球微磁层
月球作为一个既没有全球性磁场又没有明显大气层的星体，一直以来都认为太阳风是直接作用在月球向阳面且被完全吸收。然而近年来，越来越多的观测与模拟结果表明，太阳风与月表的相互作用由于月表局地磁异常的存在而出现一些”例外”，在一定条件下，可以形成月表微磁层（LMM）。 近日，中国科学院国家空间科学中心
空间中心实现月球极区撞击坑迷你尾迹的三维混合PIC模拟
月球是距离地球最近的自然天体，也是人类深空探索的第一站。近年来，月球极区撞击坑的永久阴影区可能存在水冰分布的观点，成为国际月球探测和研究的热点。然而，由于地形遮挡，极区撞击坑附近的空间环境比较复杂。一方面一部分太阳风离子可通过双极扩散进入阴影区内，形成迷你等离子尾迹结构，并通过溅射作用造成月面物
三维手术模拟辅助人工全髋关节置换术治疗侏儒症合并...
三维手术模拟辅助人工全髋关节置换术治疗侏儒症合并双侧髋关节发育不良病例报告先天性髋关节发育不良（DDH）指在生长发育过程中股骨头和髋臼的发育异常、髋关节半脱位以及髋关节脱位等。由于股骨髓腔形态异常、髋臼骨质缺损及髋臼旋转中心改变导致双下肢不等长以及髋关节周围软组织不平衡等因素，行人工全髋关节置换术（
北京基因组研究所Plant－cell基因组研究新成果
来自中科院北京基因组研究所、荷兰瓦赫宁根大学和中科院/马普学会等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组，通过测序及分析醉蝶花(Tarenaya hassleriana)的基因组提供了关于十字花科植物繁殖性状和基因组进化的新认识。相关研究发表在植物学权威期刊The Plant Cell杂志上
2025蛋白质组学大会之跨物种蛋白质组学研究
2025年10月14日下午，第12届AOHUPO大会、第8届AOAPO大会、π-HuB国际大科学计划第三届全球峰会暨第13届CNHUPO大会“Cross-species Proteomics（跨物种蛋白质组学）”分会场于广州白云国际会议中心国际会堂顺利举行。会议由中国科学院北京基因组研究所 （国
高效水溶性双光子引发剂及水相聚合三维水凝胶研究进展
富含网络结构的水凝胶具有良好的生物相容性，而具有高精细度的三维水凝胶结构能够更好地模拟细胞生长环境，在生物组织工程领域具有巨大的应用潜力。基于非线性光学效应的双光子聚合技术为制备高精细三维水凝胶结构提供了强有力的手段。但由于现有双光子引发剂的水溶性差、双光子聚合引发效率低，需要在加工前驱体材料中
单细胞基因组突变检测新突破
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是Lola和Saul Kramer分子遗传学主席Jan Vijg博士。 在科学家可以分析单个细胞的基因组之前，
Nature发布轮虫基因组研究新成果
有一群动物放弃了性，但却在进化过程中生成了460多种物种。本周的《自然》(Nature)杂志上发表了一篇关于蛭形轮虫(bdelloid rotifer)全基因组的研究论文，为揭示这一进化机制减少了些许神秘。 Woods Hole海洋生物学实验室(MBL)David Mark Wel
华大基因发布基因组测序新成果
来自深圳华大基因研究院的研究人员，对4种代表性的弹涂鱼（mudskippers）进行了基因组测序，由此阐明了两栖鱼类适应陆地生活环境的分子机制。相关研究论文发布于12月2日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。 深圳华大基因研究院的石琼(Qiong Shi)研究员
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
黄超兰、郑敏合作揭示新冠康复患者血清蛋白分子图谱
当前，新型冠状病毒肺炎（COVID-19）仍在全球范围内持续威胁着人类的健康，截止到2021年6月初，新冠肺炎确诊病例已多达1.72亿，死亡人数超过370万。新冠爆发早期的研究主要集中在探索流行病学和发病机制上，随着人们对新冠病毒的认识逐渐加强，越来越多的临床专家开始关注新冠康复患者的预后评估。
郑人高义，树木树人——活跃的“80后”郑树教授近年活动小传
郑树教授简介： 郑树，肿瘤学专家。浙江大学教授，博士生导师。原浙江医科大学校长，浙江省人大常委会副主任。历任中国抗癌协会副理事长，全国大肠癌专业委员会主任委员，中华医学会常务理事，全国大肠癌专业委员会名誉主委，中华医学会咨询委员会委员，国际大肠癌外科医生协会副主席等职。2005年入选美国外科学
新研究证实周期性模拟禁食有益身体健康
近日，哈尔滨医科大学公共卫生学院牛玉存教授团队在国际期刊《营养评论》刊发综述文章，证实周期性模拟禁食能带来健康“红利”。牛玉存介绍，周期性模拟禁食通俗来讲，就是在控制总热量的情况下，摄入满足基本身体营养需求的水和食物。建议摄取的食物数量少，以蔬菜水果为主，辅以适量鸡蛋、豆制品等优质蛋白，以清淡饮食为
我国研发的模拟移动床色谱分离技术酝酿新突破
我国自主研发的模拟移动床色谱分离技术继成功用于天然产物活性成分提取后，又在酝酿新的突破。日前，黑龙江省八一农垦大学与上海石油化工研究院、华东理工大学石油研究所签订了模拟移动床设备研发合作协议书，将研制适合高温高压条件下使用的烃类化工设备，石油化工、生物产业将成为这一精细分离技术的又一个
西交大研究提出细胞群体运动与变形新模拟方法
西安交通大学徐光魁教授团队结合细胞微纳结构特征和活性分子的力-化学反馈回路，开发出基于结构刚度矩阵的高效离散顶点模拟方法，用于研究细胞群体运动与变形的时空演化过程。近日该研究成果发表在《纳米快报》上。 研究结果表明，该离散模型能够定量地捕捉扩散集体细胞中的一些关键特征，包括X型波和细胞间应力的
新冷泉港实验手册聚焦皮肤癌模拟方法
皮肤癌在美国是最常见的一种人类癌症。为了全面了解人类皮肤癌，科学家就必须利用模型生物如小鼠在实验室研究这种疾病。 这个月发布的新一期《冷泉港实验手册》包括了创造鳞状上皮细胞癌（SCC）小鼠模型的方法。SCC是一种最常见的皮肤癌类型。这个步骤包括给小鼠注射一种叫做DMBA的药物，这种药物能够突变并
西交大研究提出细胞群体运动与变形新模拟方法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/4/520164.shtm西安交通大学徐光魁教授团队结合细胞微纳结构特征和活性分子的力-化学反馈回路，开发出基于结构刚度矩阵的高效离散顶点模拟方法，用于研究细胞群体运动与变形的时空演化过程。近日该研究成果发表在
新研究证实周期性模拟禁食有益身体健康
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518368.shtm
器官芯片技术未来可期
持续跳动的“心脏”、有代谢功能的“肝脏”、会呼吸的“肺”……在巴掌大小的芯片上，先“盖”出模拟人体环境的“房子”，再向其中引入相关细胞，就能部分模拟人体器官功能。器官芯片与微生理系统是当前生命科学领域最具发展潜力的新兴方向之一。它融合了多个学科，可在体外模拟人体器官微环境，形成一种仿生的微生理系统，
杂交猪单倍型分辨率三维基因组特征成功解析
我国是世界第一养猪大国，2023年出栏生猪7.27亿头，占全球总量54.89%。生猪在国计民生、粮食安全和社会稳定中具有重要地位和作用。筛选并鉴定影响猪重要经济性状的关键基因组变异，挖掘育种靶点，创新性运用到实际育种中，能有效加速优质高产猪新品种（系）的培育进程。因此，系统鉴定猪基因组中的调控元件并