有关UCSFDOCK6、AUTODOCK与AUTODOCKVINA对接准确率的探讨
1A:有没有关于主流对接软件的横评的综述啊,我看很多CNS级别的文章也在引用autodock还有vina,对接的准确与否一般是怎么定义的呢?答:这样的文章(文献)有很多,到pubmed搜一下就有了。之前群里有人发了一篇文章,说到vina的准确率比dock6高。我对此持怀疑态度。我只凭经验判断,没有重现过人家的结果,也没有去仔细研究人家的研究过程。有两个方面,我认为dock6更好:1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果,只是我自己做的多了,渐渐发现dock6明显更可靠。这个比那些测评更实际。2、dock6的打分与实验活性的相关性能够达到0.9,v......阅读全文
检验试剂集中采购模式的探讨与实践体会
作者单位:225001 江苏扬州,江苏省苏北人民医院 【摘要】 医疗机构医用耗材集中招标采购是医药卫生体制改革的重要内容。根据三级医院具体采购需求,我院从2007年起对检验试剂实行了集中采购配合竞价谈判方式。整个过程操作规范,监管严格,堵塞采购中可能出现的漏洞,避免不必要的浪费,最大限度降低采购
《大学大城》:探讨大学与城市的互相赋能
高等教育、城市建设是社会各界普遍关注的话题。卢晓梅新著《大学大城》将二者结合起来进行研究,探讨城市与大学如何协同发展、互相赋能。作者发挥长期聚焦高等教育研究的学术积累,同时凭借自身理工科功底,捧出扎实数据和精到分析,给读者以启发。 作者作为工学博士,曾在复旦大学等国内外多所大学学习、工作和访问
人体尿液中管型的检验与探讨(2)
人体尿液中管型的正常参考范围 因为在不同的地区和不同的实验室是否使用同样的技术和手段,检验技术人员是否具有一定的临床经验其对检验结果值的差异影响很大,用低倍显微镜来观察视野和表述的方法并不精确,用定量法德报告方式也因个体差异其结果差别很大。如Wenk于1981年提出正常人应少于1~2个/ml,而
血流变中血沉测定方法的比较与探讨
血流变分析仪目前为了方便检测血流中的血沉常采用温氏法或动态血沉仪法,但均采用魏氏法正常参考值。其结果经常与临床表现不符,对疾病的诊断不能提供及时正确的参考。现将我室动态血沉仪法和温氏法结果做一比较,旨在说明两者的差异,阐明原因,以资探讨。血沉测定在一定程度上可以反映红细胞的聚集性,红细胞聚集性是非牛
分子对接计算中如何确定对接口袋?(一)
在一般的分子对接计算中,一个不可或缺的步骤是定义配体分子(通常为有机小分子)的结合位置,即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构,口袋内就有一个配体,它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构,我们该如何确定对接口袋呢?更一般地,对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋?(二)
3、从返回的结果中找到Output files,下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件(我们输入了PDB ID,POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件),文件②是我们需要的输出结果,包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来,然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。(P
细数与草莓有关的种种传言的真伪
春天,又到了草莓陆续上市的时节,一些关于草莓的传言也“重出江湖”。比如:草莓色泽太过鲜红,是被染了色;草莓的个头一个比一个大,是因为使用了膨大素;有些草莓尖端发白,是种植过程中使用了激素……这些传言都是真的吗?记者就这些问题采访了科信食品与营养信息交流中心科学技术部主任、中国互联网联合辟谣平台专
有关PCR技术的dNTP的质量与浓度
dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系,dNTP粉呈颗粒状,如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP溶液呈酸性,使用时应配成高浓度后,以1M NaOH或1M Tris。HCL的缓冲液将其PH调节到7.0~7.5,小量分装,-20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反应中,dNT
神八与天宫一号明晨交会对接
据央广《中国之声》报道 昨日(11月1日)5时58分07秒,酒泉卫星发射中心载人航天发射场,中国“长征二号F”遥八运载火箭点火起飞,将“神舟八号”飞船发射升空。中国载人航天工程总指挥常万全宣布,“神舟八号”飞船已进入预定轨道,发射圆满成功。 根据轨道计算结果,神舟八号飞船于昨日6时7
山西与中科院举办科技成果对接会
“我去化学所老师在的会议室,了解一下绿色制版技术。”“过程所的技术能把煤热效率从40%提升到70%,我得去他们在的会议室进一步沟通。”“我们已经和理化所建立了战略合作关系,我直接去所里调研,就不去分院会议室了。” 7月6日,山西省人民政府与中国科学院科技成果对接会在中科院北京分院举行。太重集团、
广东举办场景机会项目供需对接与路演活动
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/511989.shtm
安徽工业大学与企业实现人才“空中对接”
4月15日,安徽工业大学党委书记陆林在线参加了该校材料学院与江苏申源集团有限公司、苏州昀冢电子科技股份有限公司、晶澳(扬州)新能源有限公司、天华院(南京)智能制造有限公司等四家企业专场“空中双选会”。 参会企业介绍了企业发展概况、市场前景和企业的核心竞争力,详细宣讲了岗位需求、薪资待遇和发
安徽工业大学与企业实现人才“空中对接”
4月15日,安徽工业大学党委书记陆林在线参加了该校材料学院与江苏申源集团有限公司、苏州昀冢电子科技股份有限公司、晶澳(扬州)新能源有限公司、天华院(南京)智能制造有限公司等四家企业专场“空中双选会”。 参会企业介绍了企业发展概况、市场前景和企业
以色列发现与慢性疼痛有关基因
以色列希伯来大学亚历山大·希尔伯曼生命科学研究院的科学家发现了一个与慢性疼痛有关的基因。他们认为,这一发现将有助于了解引起慢性疼痛的原因和开发新的治疗手段。 科学家在对实验鼠的研究中发现,其第15染色体的一个区域可能存在引起疼痛的变异基因。他们采取精细定位方法将变异基因的位置缩小到含
薄膜应力大小与厚度有关吗
薄膜引力大小,一个电视和后头有相关的越厚的薄膜应力应该越大,这是一个基本的常识。
帕金森氏症与基因变异有关
美国科学家最新研究发现,帕金森氏症的病因与控制多巴胺传导的“LRRK2”基因发生变异有关。 美国西奈山医学院的研究人员在新一期美国《神经科学杂志》上发表了上述研究成果。这一成果将有助于研究帕金森氏症的病理,寻找新的预防和治疗方法。 研究人员在研究经过基因改造的实验鼠时发
滴酒不沾与基因有关?
科学家指出,他们已经确定了一类基因变异,可以抑制饮酒的欲望。 他们称这项发现可能促使控制饮酒的药物的开发。 这种 β -Klotho 基因变异是在通过对超过105000例轻度饮酒和重度饮酒人群的遗传研究中发现的。酗酒者未列入研究范畴,研究人员说。 参与者提供了基因样本,并完成了对每周饮酒习
微RNA与癌细胞转移有关
一种正常作用之一可能是帮助细胞从胚胎的一部分向另一部分运动的微RNA,被发现在侵略性人类乳腺癌中高度表达,调控乳腺癌细胞的迁移、入侵和转移。微RNA(自然出现的单链RNA分子,参与基因调控)以前曾被发现能引起癌症,但这是首次关于它与癌细胞转移有关的报告。微RNA的功能目标似乎是HoxD10基因,它是
维京“海盗”扩张与贸易有关
12月23日出版的《自然》杂志发表的一篇论文指出,对丹麦一个中世纪人工制品的精确测年显示,维京时代初期的远程贸易一直延伸到了挪威北极地区和中东。维京斯堪的纳维亚出现中东串珠以及制作贝达尔风格胸针的精确年代为公元785年至810年。该研究结果表明,维京时代的开启或许与争夺通商航路有关。维京时代远程交流
春茶品质与叶绿素含量有关系?
决定茶叶品质的主要是影响色泽的叶绿素,以及影响口感的茶多酚、氨基酸和一些脂类物质。叶绿素(叶绿素含量的测定可通过SPAD502叶绿素仪或者又叫做spad值来测定)是光和作用的主要场所,它的含量多少,直接影响着光合作用的进行。而光合作用又是植物储存能量的过程。由于春天的太阳光还不甚强烈,所以新长出的茶
原初黑洞与暗物质有关吗?
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/497780.shtm 英国杜伦大学3月29日宣布,由该校牵头的一项研究利用引力透镜效应发现了一个超大黑洞,其质量约为太阳质量的300亿倍。 这一研究将黑洞再一次带到了人们面前。在庞大的黑洞家族中,
自闭症与δcatenin丧失有关
男性比女性受自闭症影响的更多,所以根据多因素遗传假设,女性只有在她们越过某一生物学高限时才会受到影响。Tychele Turner等人假设,保守残基上的有害变异体因此在多人患有严重疾病的女性较多家庭的受严重影响的家庭成员身上会富集,从而有助于在较少数量的病例中检出关键自闭症
比旋光度与什么因素有关
物质的旋光度与哪些因素有关的热门新闻旋光仪的基本应用原理用一个叫做比旋度[α]tλ的量来表示某种物质的旋光能力。 [α]tλ的表示单位长度的某种旋光物质,温度为t℃时,对波长为λ的平面偏振光的旋光度。 旋光度与平面偏振光所经过的旋光物质的长度L有关,这样在温度为t℃时,长度为L,具有旋光仪的基本应用
绝对湿度与温度有关吗
1、定义:空气的“绝对湿度”是指每立方米空气中所含水蒸气的质量。2、结论:“空气的绝对湿度同温度有关。”这句话是错误的。3、论证过程:设想在一个密闭容器内,随着温度的升高,容器内每立方米空气中所含水蒸气的质量(数量)不变,故绝对湿度不变。所以空气的绝对湿度同温度无关。4、容易钻牛角尖的地方:有时会想
最大吸收波长是否与浓度有关?
没有关系。对于物质的光谱,无论浓度多少,它的光谱都是特定的,不随物质含量的多少而变化。如果变化得话,光谱就不能进行物质分析与鉴别了。
薄膜应力大小与厚度有关吗
薄膜引力大小,一个电视和后头有相关的越厚的薄膜应力应该越大,这是一个基本的常识。
调整保留时间与什么有关
一般来说液相的操作不会导致保留时间的变化。首先你得保证流动相是同一个。如果换过流动相就没有可比性了,因为配制过程会有误差的。第二,你得保证平衡。有的时候色谱柱和缓冲液平衡相对较慢。通常半小时平衡好的,但是有的时候需要一小时。如果没有平衡好就进样了,那么保留时间就会不准确。最好再连续进样几次,看看保留
关节炎与牙龈疾病有关
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494450.shtm一项研究表明,口腔细菌可以进入血液,触发与类风湿关节炎相关的免疫活动,这支持了牙龈疾病可能导致关节疼痛的观点。相关研究结果发表于《科学—转化医学》。 ?图片来源:Prost
比旋光度与什么因素有关
物质的旋光度与哪些因素有关的热门新闻旋光仪的基本应用原理用一个叫做比旋度[α]tλ的量来表示某种物质的旋光能力。 [α]tλ的表示单位长度的某种旋光物质,温度为t℃时,对波长为λ的平面偏振光的旋光度。 旋光度与平面偏振光所经过的旋光物质的长度L有关,这样在温度为t℃时,长度为L,具有旋光仪的基本应用
表面张力与重力有关吗
无关。表面张力实质是水的分子间作用力,是一种电磁力,是任何时候都存在的。重力实质是万有引力的一个分力,是需要有另一个物体的,远距离时可以忽略不计。完全失重有三种基本情况:外太空不受万有引力,自由落体运动,匀速圆周运动。这三种情况下,没有重力的平衡作用,水是完全的球形状态,只有这样各方面的表面张力才能