有关UCSFDOCK6、AUTODOCK与AUTODOCKVINA对接准确率的探讨

1A:有没有关于主流对接软件的横评的综述啊,我看很多CNS级别的文章也在引用autodock还有vina,对接的准确与否一般是怎么定义的呢?答:这样的文章(文献)有很多,到pubmed搜一下就有了。之前群里有人发了一篇文章,说到vina的准确率比dock6高。我对此持怀疑态度。我只凭经验判断,没有重现过人家的结果,也没有去仔细研究人家的研究过程。有两个方面,我认为dock6更好:1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果,只是我自己做的多了,渐渐发现dock6明显更可靠。这个比那些测评更实际。2、dock6的打分与实验活性的相关性能够达到0.9,v......阅读全文

有关沉降菌的术语与定义

沉降菌通过使用专门的培养基,并按照以下标准提及的方法,收集空气中的活微生物粒子,在适宜的条件下,繁殖到肉眼可见的菌落数。通过自然沉降原理收集在空气中的生物粒子于培养基平皿,经若干时间,在适宜的条件下让其繁殖到可见的菌落进行计数,以平板培养皿中的菌落数来判定洁净环境内的活微生物数,并以此来评定洁净室(

对于“子宫肌瘤与妊娠关系”的再探讨

今天在中华妇产科杂志2018年8月第53卷第8期上看到一篇文章,题目是:DDI在预测子宫肌瘤剔除术后自然妊娠结局中的应用。文章的探讨目是:分析“子宫肌瘤腹腔镜剔除术手术难度评分系统(DDI)”在预测子宫肌瘤剔除术后自然妊娠结局中的应用价值;结果是:随访1~10年,共入组118例患者,术后自然妊娠率为

人体尿液中管型的检验与探讨

作者:1朱东,2陈红芸    作者单位:1、新疆和田地区皮山县疾病预防控制中心2、新疆和田地区皮山县人民医院  关键词 尿液,管型,检验  人体尿液管型是临床上常规检验项目之一,它是反映人体肾脏病变严重程度的重要指标,其镜检结果具有重要的临床意义。尿管型是由德国学者Vigla和Rayer首先发现

探讨“哲学与科技”的未来发展方向

近日,由曲阜师范大学政治与公共管理学院与华南理工大学哲学与科技高等研究所联合主办的第七届哲学与科技高层学术论坛在曲阜师范大学日照校区举行,论坛以“当代科技诠释学与科技前沿的哲学问题”为主题,旨在对当代科技诠释学与其他科技哲学前沿问题凝聚共识、推动理论创新,探讨“哲学与科技”的未来发展方向,为新时代的

气体分析仪检定装置建标(复查)考核中有关问题的探讨

  一、有关计量术语及技术规范要求  1.有证标准物质  附有由权威机构发布的文件,提供使用有效程序获得的具有不确定度和溯源性的一个或多个特性量值的标准物质。例如,在所附证书中,给出空气中异丁烷气体浓度赋值(1×10-6mol/mol)及其测量不确定度(Urel=2%,k=2)的GBW(E)0603

耳缺陷与多动症行为有关

  新的小鼠研究显示,内耳中的一种遗传缺陷可能会造成具有严重听力丧失的儿童的多动症行为。从前对儿童多动症的解释主要着眼于那些很难确认的社会-环境因素。这些发现为多动症可能有神经生物学的基础——而这开启了发现治疗新标靶的可能性——提供了早期的证据。Jean Hébert及其同事在年幼小鼠的内耳中通

慢性睡眠障碍与肝癌有关?

  自20世纪80年代以来,肝癌的发病率增加了两倍,日前,有研究表明,对小鼠进行持续的睡眠剥夺会导致其罹患肝脏疾病并最终导致肝癌。  由来自德克萨斯贝勒医学院的一个研究团队将其最新研究发表在《癌症细胞》杂志上。  “最新研究表明,在美国超过80%人口采用的生活方式导致他们的睡眠时间表逐渐被扰乱直至中

癌症与某些“垃圾DNA”有关

  英国研究人员日前报告说,人类基因组中一些“垃圾DNA”产生的物质与乳腺癌等癌症存在相关性,这项发现有助于研发新的癌症治疗方法。   英国诺丁汉大学等机构研究人员在美国《基因组学》(Genomics)杂志上报告说,他们发现人类基因组中名为L1的DNA序列会导致生成一些反常产物,而这些产物多见于乳

哪些疾病与胃穿孔有关?

  胃溃疡:胃溃疡是胃黏膜发生溃疡的疾病,如果不及时治疗,可能会导致胃穿孔。  胃癌:胃癌是胃部恶性肿瘤,如果肿瘤侵蚀到胃壁,也可能导致胃穿孔。  胃息肉:胃息肉是胃黏膜上的良性肿瘤,如果大小较大或数量较多,可能会增加胃穿孔的风险。  胃肠道炎症:如胃炎、肠炎等炎症性疾病,如果不及时治疗,可能会导致

咖啡与延缓大脑衰老有关

人类似乎特别钟爱咖啡因。茶是全球第二大最常饮用的饮品,仅次于水,而美国大多数成年人每天早上都以咖啡开启新的一天。尽管许多人摄入咖啡因是为了提神醒脑,2月9日发表于《美国医学会杂志》上的一项研究表明,咖啡因还具有更长期的脑部益处,能够帮助我们保持思维敏捷。这项研究提供了迄今关于咖啡因摄入与认知能力之间

柏油便与哪些疾病有关?

  柏油便通常是由于上消化道出血引起的,血液在胃肠道中经过一段时间后被消化,变成了黑色或暗红色的物质。以下是一些与柏油便相关的疾病:  胃溃疡:胃溃疡是胃黏膜受损引起的疾病,常见症状包括上腹痛、恶心、呕吐和柏油便等。  十二指肠溃疡:十二指肠溃疡是小肠近胃端处的溃疡,常见症状包括上腹痛、恶心、呕吐和

红外透过率与什么有关?

  假如待测物中有吸光的杂质成分,那么透射比越低则说明杂质含量高,产品越不好.假如你做的是定性分析,只要在相应的波长处有特征峰即可,峰的高低只能说明待测物质中吸光物质的浓度.相反假如你做定量分析,光透过率越低,待测物质中吸光物质越多.假如产品中要求纯净无吸光物质,则透过率高的产品就好.

红斑与皮肤干燥有关吗?

  红斑与皮肤干燥确实可能存在一定的关联。 皮肤干燥可以导致皮肤屏障功能受损,使得皮肤更容易受到外界刺激,例如过敏原或其他环境因素,从而可能出现红斑现象。此外,皮肤干燥可能表现为干性湿疹,这是湿疹的一种类型,其特征是皮肤干燥、瘙痒和红斑。  如果您的皮肤干燥症状较为严重,并且伴随红斑出现,建议采取一

鼻子麻木与哪些疾病有关?

  神经问题:鼻子麻木可能是由于面部神经受损或受压导致的。例如,三叉神经痛、带状疱疹等疾病可能导致面部神经受损,从而引起鼻子麻木。  鼻部感染:鼻部感染,如鼻窦炎、鼻炎等,可能导致鼻子麻木。感染可能导致鼻部组织肿胀,压迫神经,从而引起麻木感。  鼻部外伤:鼻部外伤,如鼻骨折、鼻部手术等,可能导致鼻子

这些东西与各种疾病有关!

来自南加州大学凯克医学院的研究人员发现,暴露于环境中常见的合成化学品混合物会影响儿童和年轻人的多个关键生物过程。这些过程包括脂肪和氨基酸的代谢。这些生物过程的破坏增加了各种疾病的可能性,包括发育障碍、心血管疾病、代谢性疾病和几种形式的癌症。全氟和多氟烷基物质(PFAS),也被称为"永远的化学品",是

新型金属材料研发与产业对接报告

  理财周报材料科学实验室主要关注新型金属材料,包括特种金属材料和高端金属材料。  “金属”会使人条件反射地联想到金光闪闪的“金子”,总是会招人喜欢的,更甚是具备某种特种功能的金属,资本市场也从来不缺乏对于金属的关注度。  而理财周报材料科学实验室主要关注新型金属材料,包括特种金属材料和高端金属材料

天宫与神九手控交会对接成功

  神舟九号航天员6月24日驾驶飞船与天宫一号目标飞行器顺利对接,我国首次空间手控交会对接试验成功。  这一操作是由43岁的航天员刘旺实施的。12时许,他通过手柄控制飞船的姿态、速度和方向,使神舟九号从140米外向天宫一号缓缓接近,最终成功捕获天宫一号。  24日早上刚刚分开的神舟九号与天

俄货运飞船与空间站成功对接

  俄罗斯地面飞行控制中心4日发布消息说,日前与国际空间站对接失败的俄“进步M-06M”货运飞船当天晚间与空间站成功实现对接,飞船为国际空间站送去多种给养及设备。   该中心发言人伦金介绍说,莫斯科时间4日20时17分(北京时间5日零时17分),“进步M-06M”货运飞船与国际空间

分子对接计算中如何确定对接口袋?

  在一般的分子对接计算中,一个不可或缺的步骤是定义配体分子(通常为有机小分子)的结合位置,即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构,口袋内就有一个配体,它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构,我们该如何确定对接口袋呢?更一般地,对于核酸

主体分子β环糊精(βCD)与客体分子cinnarizine的对接研究

  1.项目说明   研究主体分子β-环糊精(β-CD)与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。   图1.cinnarizine   2.计算方法   从Crystallography Open Database(http://www.crystallograp

主体分子β环糊精(βCD)与客体分子cinnarizine的对接研究

1.项目说明研究主体分子β-环糊精(β-CD)与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database(http://www.crystallography.net/) 下载β-环糊精(CO

美发现与肌肉耐力有关的基因

  据美国《大众科学》网站7月18日报道,发表在18日美国《临床研究》杂志上的最新研究显示,移除IL-15Rα(白细胞介素-15受体阿尔法)基因会增强老鼠的耐力。也许在不久的将来,人类能通过让某种基因变异来提高身体耐力。   该研究由美国宾夕法尼亚大学的生理学家特耶沃·库拉纳领导的科

天平的不准是否与环境有关

精密天平,容易受到外界环境因素的影响产生误差,因此需要找出这些误差的来源,这样才能减少误差得出更的结果。1.要选防尘、防震、防潮、防止温度波动的房间作为天平室,对准确度较高的天平还应在恒温室中使用。2.天平应安放在牢固可靠的工作台上,并选择适当的位置安放,以便于操作。安装时,应参照天平的说明书,正确

与细胞迁移有关的生理过程

细胞迁移是多种生理过程的前提,例如创伤恢复,神经嵴细胞的移行,急性炎症中白细胞的渗出还有癌细胞的转移。胚胎发生高等动植物成体的结构非常复杂,但都是来自于一个受精卵。受精卵不断分裂,所得出的细胞会移动,还会通过基因的开启或关闭进入分化途径,形成特异的细胞,执行其被指定的功能。胚胎发生(Embryoge

与细菌吞噬作用有关的结构

是荚膜某些细菌在细胞壁外包绕的一层界限分明、且不易洗脱的黏稠性物质,具有抗吞噬、抗有害物质损伤和抗干燥的功能。细菌主要由细胞壁、细胞膜、细胞质、核质体等部分构成,有的细菌还有荚膜、鞭毛、菌毛、纤毛‘等特殊结构。绝大多数细菌的直径大小在0.5~5μm之间。

Science:鱼的味道与被杀情况有关

         如果你是一个具有生态保护意识的食客,你可能已经问过你吃的鱼是如何从大海游到了河道。但你可曾过问它是怎么死的?研究人员已经证明,在重压下遭到宰杀的鱼的肉质保质期可能比那些被快速宰杀的鱼肉的保质期更短,而且味道更糟。在这项即将发表在2016年1月1日出版的《食物科学》的研究中,研究团队

有关痛风的诊断与治疗问题思考

在痛风病人的发病过程中,会出现一种坚硬如石的结节,称为“痛风石”,又名痛风结节。是尿酸钠结晶沉积于软组织,引起慢性炎症及纤维组织增生形成的结节包块。由于部位隐匿或局部的病变易于被人们忽视,但却是诊断痛风的重要线索。 病例回顾一、浮肿、关节痛,病史提示肾病患者,男,52岁,

与细胞迁移有关的生理过程

细胞迁移是多种生理过程的前提,例如创伤恢复,神经嵴细胞的移行,急性炎症中白细胞的渗出还有癌细胞的转移。  胚胎发生  等动植物成体的结构非常复杂,但都是来自于一个受精卵。受精卵不断分裂,所得出的细胞会移动,还会通过基因的开启或关闭进入分化途径,形成特异的细胞,执行其被指定的功能。胚胎发生(Embry

新技术精准区分肿瘤与正常组织,准确率超97%

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人体尿液中管型的检验与探讨(2)

人体尿液中管型的正常参考范围  因为在不同的地区和不同的实验室是否使用同样的技术和手段,检验技术人员是否具有一定的临床经验其对检验结果值的差异影响很大,用低倍显微镜来观察视野和表述的方法并不精确,用定量法德报告方式也因个体差异其结果差别很大。如Wenk于1981年提出正常人应少于1~2个/ml,而