空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数据还原，结合已有认知可以大概推断出来不同的细胞类群在原有组织中的情况。但真实的组成我们不能清晰描绘。因此，面对这样的现状，有没有更好的解决方案呢？当二代测序近乎完胜基因芯片时，谁也不会想到，芯片会有一个华丽转身，而这次，基因芯片将为二代测序的拓展研究发挥决定性的作用，这就是空间转录组测序研究的横空出世--10x Genomics Visium空间基因表达解决方案。空间转录组测序以冰冻切片为材料，解决了细胞解离和细胞活性要求的限制，也将样本取下后到单细胞测序建库留有足够的时间。通过将冰冻切片进行组织染色和芯片的细胞捕获，实现了同时对空间位置......阅读全文
布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略
摘要 * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学（SSCM）能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像； * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict
基因组所发布全转录组关联研究知识库
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的全转录组关联研究知识库正式上线。该研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”为题在
“空间定位组学”和“4D组学”建起科学研究与疾病治疗的桥梁
分析测试百科网讯 布鲁克一直以MALDI技术闻名全球，并已在成像领域占据领导地位；自去年推出timsTOF Pro创新组学系统后，在深度覆盖和高通量蛋白质组学分析中取得了突破性的进展，并且迅速和国内院校和企业开展了一系列深度的合作。比如timsTOF系列，已和北京大学、清华大学、复旦大学、厦门大
专访空间转录组学技术的探路者青年科学家彭广敦
编者按：空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向，也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术， 获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。为此， 生物谷专访了该技术的主要开发者－中国科学院上海生化细胞所彭广敦副研究员 生物谷：彭教授您好，非常
与转录组学和蛋白组学比较，代谢组学有何优点
那年夏天Forever与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有以下优点：①代谢组学放大了基因和蛋白表达的微小变化,从而使检测更容易；②代谢组学的研究不需建立全基因组测序及大量表达序列 标签(EST)的数据库,且代谢产物的种类要远小于基因和蛋白的数目.③ 由于给定的代谢产物在每个组织中都是一样的,所以研究
于军研究组：首次利用RNAseq解析小鼠乳腺转录组学
乳腺是哺乳动物特有的器官, 90%的发育过程集中在出生之后。近期来自中科院北京基因组研究所，中国科学院大学等处的研究人员首次利用RNA-seq技术对小鼠乳腺发育进行转录组学研究, 包括怀孕期、哺乳期和退化期小鼠乳腺的基因表达情况，并解析了怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因。 作为哺乳动
高立志小组油茶转录组学研究获新进展
近日，中科院昆明植物研究所高立志课题组对普通油茶转录组学及其油脂代谢途径进行研究，为油茶享有“东方橄榄油”美誉提供了比较转录组学证据，为进一步开展普通油茶的比较功能基因组学研究与分子育种奠定了重要基础。该研究成果发表在《公共科学图书馆·综合》。 科研人员采用新一代高通量测序技术，率先对普通油茶
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一
人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析研究获进展
细胞在组织和器官内的空间位置，对其发挥特定功能颇为重要。近年来，快速发展的空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术能够同时测量生物组织切片空间位点的基因表达和空间位置信息，为研究人员破译组织的空间结构，探讨周围环境对细胞基因表达的影响提供了条件。中国科学院数学与系统科学研
贺福初院士：“生命组学”研究模式已现端倪
近日，来自军事医学科学院、北京蛋白质组研究中心的贺福初院士介绍了生命科学领域的“大发现时代”，指出集多种组学之大成的“生命组学”研究模式已现端倪，大发现时代将如影随形。相关论文发表在《中国科学: 生命科学》2013年第一期。 自然科学史表明，当人类对某一领域的认知积累到一定程度时，常
张锋等人Cell发表空间基因组学最新成果
如果要观察细胞，我们常常需要显微镜。现在，科学家已经开发出一种方法，可通过细胞自身的遗传物质对细胞进行“拍摄”，进而生成独特的可视化图像。虽然当前该方法生成的图像比传统显微镜图像要模糊，但这种方法或许可以帮助科学家们改进癌症治疗，并探索人类神经系统的形成过程等。 在今日发表于Cell杂志的重磅
研究揭秘机体免疫细胞如何开启“攻击”模式？
近日，一项刊登在国际杂志Immunity上的研究报告中，来自波恩大学的科学家们通过研究发现，巨噬细胞往往拥有两面性，在健康组织中，其能发挥重要作用并支持机体环境；当处于感染状态时，其则会停止工作开始捕捉病原体；一旦接触到细菌，巨噬细胞就会在几分钟内快速改变细胞的代谢状态；相关研究结果或有望帮助开
喀斯特植物基因组大小的进化模式研究获进展
基因组大小即物种单倍体的DNA含量，是一个物种基本的生物学特性，也是进化生物学领域的重要理论问题。物种基因组大小的进化包括适应性和非适应性等多种机制，但不同机制在基因组大小进化过程中的重要性却一直存在争议。 喀斯特地区是我国植物多样性和特有性的热点区域，迄今为止没有开展过该地区植物基因组大
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。 研究背景 肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。研究背景肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，由于环境的污染，肺癌
实质等同性（转录组学）实验
实验材料小麦试剂、试剂盒β-巯基乙醇氯仿异戊醇SSTE 缓冲液仪器、耗材SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤3.1 芯片背景我们使用了 19846 个点，包含 9246 个 Unigene 序列的小麦 cDNA 芯片（http://www . cerealsdb. uk. net/index. htm
实质等同性（转录组学）实验
实验材料:小麦 试剂、试剂盒:β-巯基乙醇 氯仿
转录组学方介导的多效调控蛋白－SprA－作用机制研究
Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)为国际工业微生物领域著名杂 志。近期，浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室研究人员在该期刊上发表了题 为"Transcriptome-guided identification of SprA as a pl
转录组学方介导的多效调控蛋白－SprA－作用机制研究
Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)为国际工业微生物领域著名杂 志。近期，浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室研究人员在该期刊上发表了题 为"Transcriptome-guided identification of SprA as a
转录组学方介导的多效调控蛋白－SprA－作用机制研究
Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)为国际工业微生物领域著名杂 志。近期，浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室研究人员在该期刊上发表了题 为"Transcriptome-guided identification of SprA as a pl
科学家构建空间转录组测序新方法
中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组新近创立了一种技术方法，可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱。相关研究成果日前在线发表于《自然—实验室指南》。 无论是体内组织还是体外细胞系，不同细胞之间都存在着差异性，即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的发生、干细胞或前体细胞的多能性与
空间转录组综合资源存储库CROST正式上线！
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心合作开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”为题在国际学术期刊Nucleic
表观基因组学研究指南（一）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
基因组学:－跨越癌症研究国界
1982年11月，在尼日利亚海军医院外足球场上踢球的一名军官，突然摔倒死亡。这名男子被带到急诊室时，当时还是一个新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade医生正在值班。“我们搞不明白为什么他死亡，这让我感到震惊，从那时开始我意识到，我需要做更多的工作来理解和帮助人们。”Ol
表观基因组学研究指南（三）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
空间构象揭示基因组的奥秘
基因组测序项目为人们提供了丰富的信息，让人们可以解析基因表达的调控序列，研究不同基因序列对疾病的影响。不过除了基因组序列之外，还存在着一个关键元素，即基因组的空间构象。空间构象一直被视为基因表达的重要调控因素，在基因组中调控元件往往并不再目标基因附近，近年来科学家们开始借助新兴技术研究远距离染色
千年基因总部助力韩国人胃癌基因组及转录组研究
千年基因总部Macrogen助力研究者完成了韩国人胃癌基因组及转录组微卫星突变的研究，该研究的基因组和转录组测序于Macrogen通过ISO9001 & ISO13485 & CLIA认证的国际最高质量标准的大型基因组学实验室完成，研究成果于6月4日发表于Genome Research。
SUNYBuffalo－曲峻教授：3D打印微支架助力的空间蛋白质组学
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研讨会 由西湖大学Guomics实验室，西湖实验室iMarker实验室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同举办，并由