如何科学合理地对待分子对接结果?

这不是一个简单的问题,我没有做过系统性的研究,仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论,各抒己见。将问题分解一下,本文主要回答两个问题:A、如何判断结合模式好坏?B、如何评价结合能力高低?讨论的重点是结合模式的判断,因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限,而且一般情况下是我们不能左右的。由于研究对象千差万别、研究内容错综复杂,很难有一个公认的标准去判断对错。我们对待分子对接结果的总原则是,尽可能多地获得来自实验方面的可靠信息,然后根据你对该体系的了解,做出合理的判断。若没有明确证据支持你排除某个结果,就接受它;从众多结果中,选择最合理的那个。以下探讨,是在没有实验数据、文献参考的情况下进行的,因此,可用信息不多,这也是大家普遍遇到的情况。1、针对单个配体的分析根据“锁钥原理”和“诱导契合”理论,配体分子能够正确结合在蛋白口袋内,其在形状上和静电分布上应当与口袋吻合(互补),并有足够多或强的相互作用力来维持。其中,疏水作用......阅读全文

分子对接技术研究D7152441-抑制剂与PB2蛋白的结合模式-二

4、 准备受体分子与配体不同,受体分子通常是生物大分子,无法通过手绘准备。平台提供了其他输入方式。点击上传文件,选择刚才下载的4cb4.pdb文件,然后按提示进行下去。通常来说,从PDB库下载的晶体结构文件里边包含了很多组分,不仅有(单条或多条)肽链,通常还有有机小分子和溶剂分子(水分子、金属离子)

分子对接技术研究D7152441-抑制剂与PB2蛋白的结合模式--一

【前言】从本期起,小编将带领大家使用殷赋云计算平台(http://cloud.yinfotek.com/)来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果,看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6,是典型的“实验+计算”模式,比较接近大多数

分子对接技术研究D7152441-抑制剂与PB2蛋白的结合模式-二

6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式,这里稍微解释一下。在各种模式中,蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接,而是采用其模型(正是前面生成的格点)。根据配体运动的方式,分为下面几种情况:1) 柔性配体对接,即配体在对接过程中是柔

吉林:化工新材料项目“产学研金”对接

  12月15日,吉林省化工新材料主题项目对接会在吉林省科技大市场举行。吉林省政府此前拿出19.2亿元的产业发展基金,与国内知名基金公司合作,基金规模可达到150亿元左右。对接成功的企业,既可以寻求银行贷款,亦可找基金公司进行股权投入、风险投资。   对接会上有53个可转化的科技成果,主要是高性能高

创新券京津冀对接会召开

   为落实全国科技创新大会精神,推动京津冀协同创新发展,9月19日,由北京市科委牵头的创新券京津冀对接会召开。   此次会议讨论了建立共同支持互相衔接的创新券合作机制,科技部资源配置与管理司、财政部相关负责人、北京市科委、天津市科委、河北省科技厅相关负责人与工作人员出席,并就构建合作机制、明确重点

我国首次实现月球轨道交会对接

  北京时间12月6日5时42分,嫦娥五号上升器成功与轨道器和返回器组合体交会对接,并于6时12分将样品容器安全转移至返回器中。这是我国首次实现月球轨道交会对接。 从上升器进入环月飞行轨道开始,通过远程导引和近程自主控制,轨道器和返回器组合体逐步靠近上升器,以抱爪的方式捕获上升器,完成交会对接。

沈阳分院与鞍钢集团开展技术对接

  8月1日,在辽宁省科技厅组织下,中国科学院沈阳分院、金属研究所、沈阳自动化研究所等单位院士、专家团队赴鞍钢集团公司开展定向科技成果发布和专题对接。中国工程院院士柯伟、沈阳分院副院长马越红、金属所副所长谭若兵等14位沈阳分院系统院士、专家参加了对接活动。来自鞍钢集团公司、鞍山钢铁公司、鞍钢矿业公司

世界最大跨度铁路转体连续梁成功对接

  8月19日凌晨3:20,由铁道部第三勘察设计院设计、中铁十二局集团承建的京石铁路客运专线滹沱河特大桥分别平行于京广铁路两侧的单体主跨128米、转体重量12000吨预应力混凝土连续梁,通过千斤顶的连续牵引,相向转过25度和18度之后在京广铁路上空成功对接,标志着我国高速铁路桥梁施工技术取

中青报:高校志愿服务亟需与公益项目对接

  “我们学校不缺有公益心的志愿者,但是特别缺乏好的公益项目。”在11月16日举办的北京高校志愿服务社团联谊活动上,来自北京科技大学青年志愿者协会的陈伟杰说。   北京高校志愿服务社团联谊活动由中国青年报社主办,中青公益、海巢HOT社区青年汇承办。北京航空航天大学、北京科技大学、中国传媒大学、北京

“神九”有望有人对接“天宫一号”

  据中国军网8月6日消息,执行天宫一号飞行任务的各大系统参试人员和飞行产品此前已集结酒泉发射场,目前各项准备工作进展顺利。   据了解,长征二号F运载火箭运抵酒泉卫星发射中心,与“天宫一号”会合。据中国载人航天工程网消息,酒泉卫星发射中心已对载人航天发射场设施设备进行全面检修检测和质量评审,完成

镇江50家高校院所对接科技合作

  近日江苏镇江举办科技合作对接会,推进与宁镇扬三地近50家高校院所的科技合作。会上,镇江市政府与江苏大学、江苏科技大学、南京师范大学、南京工业大学、南京邮电大学、扬州大学6家高校签订全面合作协议,新一代新能源汽车电控系统关键技术开发”等36个科技合作项目集中签约。   “十二五”期间,镇江市加快企

海西研究院项目专场对接会举办

  为了充分发挥中科院在福建省科技成果转化的重要窗口作用,为福建省光电产业的健康快速发展提供科技支撑,福建省光电行业协会于7月18日举办了中科院海西研究院项目专场对接会。福建省光电行业协会会长邓电明,海西研究院建设工作组常务副组长、中科院福建物质结构研究所副所长、省光电行业协会常务副会长兰国政以及福

中科院产学研合作对接会举行

  日前,由中科院、浙江省科技厅、地方政府共同主办的产学研合作专场对接会先后分别在湖州、绍兴两地举行。   中科院与浙江省有着良好的合作传统,2009年院省签定新一轮的合作协议,双方的合作进一步加强和深化,在院省双方领导的高度重视下,院省合作关系更加紧密,合作成果丰硕喜人。目前,

京津冀多项科技成果-互动对接

  6月7日,在北京市科委和中国科学院北京分院的支持下,北京科学技术开发交流中心成功主办“京津冀科技成果转化高峰论坛”。京津冀三地科技企业、中科院在京科研院所、高校、金融投资机构以及国内外科技成果转化机构100余家单位、200余人到场参加。  本次论坛开设了“京津冀项目推介、路演和成果对接”以及“农

京津冀产业协同发展对接加速

  随着京津冀协同发展战略的不断深入,北京、天津、河北三地如何实现产业协同发展更加备受瞩目。8月19日,京津冀协同发展国家(玉田)农业园区招商推介会在北京举行。包括洛娃科技实业集团、北京首农物流有限公司、庆丰包子等10家农业产业化龙头和中华老字号企业与当地政府签订了投资或战略合作协议,总投资25.6

2020郑州工博会线下供求对接信息展示墙

2020郑州工博会线下供求对接信息展示墙 活动背景:随着中部崛起、一带一路政策、东部产业转移等的强劲实施,河南以其较强的工业基础、较全的产业链体系,促使工业领域市场占有比重越来越高,且政府对企业智能化改造力度的加大,使企业对各类工业设备的需求不断升级,加之外部环境正面领重大变化,全球制造业供应链体系

高端芯片领域技术创新对接会举行

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519629.shtm高端芯片是人工智能等产业高质量发展的重要硬件基础,成都高端芯片产业如何加快发展形成新质生产力?围绕这一问题,3月22日,由成都市科学技术局、成都高新区科创局主办的高端芯片领域技术创新对

青岛市全面开展产学研对接专项行动

  为贯彻落实新旧动能转换重大工程总体部署,深化产学研结合,实现科技成果供给与企业需求精准对接,加快科技成果本地转化,青岛市首次组织全要素、广渠道、多形式的产学研对接专项行动,5月份,召开了新闻发布会和动员部署会,在全市迅速掀起开展产学研对接活动的热潮。   开展产学研对接是促进高校院所科技成果走出

深圳空气质量对接国际标准

   在空气质量率先全面达到国家标准的基础上,广东省深圳市又把空气质量目标对准了国际高标准。  深圳市人居委近日在其组织召开的大气治理专题研讨会上提出,至2020年,空气质量优良天数比例达到98%以上,力争大气各项污染物浓度全面达到世界卫生组织空气质量准则的第二阶段过渡目标值(PM2.5浓度达到25

青岛市全面开展产学研对接专项行动

  为贯彻落实新旧动能转换重大工程总体部署,深化产学研结合,实现科技成果供给与企业需求精准对接,加快科技成果本地转化,青岛市首次组织全要素、广渠道、多形式的产学研对接专项行动,5月份,召开了新闻发布会和动员部署会,在全市迅速掀起开展产学研对接活动的热潮。   开展产学研对接是促进高校院所科技成果走出

2010年水博览会参展企业对接会

  为更好的为参展企业服务, 2010中国水博览会将组织供需双方对接活动。预报名的专业观众,将成为VIP观众。VIP观众可免费参加所有对接活动,并可获得到一份精美礼品。  对接会安排:  一、水务投资运营企业与供应商见面会  会议时间:2010年11月18日上午9:50―11:30  会议

天宫与神九手控交会对接成功

  神舟九号航天员6月24日驾驶飞船与天宫一号目标飞行器顺利对接,我国首次空间手控交会对接试验成功。  这一操作是由43岁的航天员刘旺实施的。12时许,他通过手柄控制飞船的姿态、速度和方向,使神舟九号从140米外向天宫一号缓缓接近,最终成功捕获天宫一号。  24日早上刚刚分开的神舟九号与天

新型金属材料研发与产业对接报告

  理财周报材料科学实验室主要关注新型金属材料,包括特种金属材料和高端金属材料。  “金属”会使人条件反射地联想到金光闪闪的“金子”,总是会招人喜欢的,更甚是具备某种特种功能的金属,资本市场也从来不缺乏对于金属的关注度。  而理财周报材料科学实验室主要关注新型金属材料,包括特种金属材料和高端金属材料

俄货运飞船与空间站成功对接

  俄罗斯地面飞行控制中心4日发布消息说,日前与国际空间站对接失败的俄“进步M-06M”货运飞船当天晚间与空间站成功实现对接,飞船为国际空间站送去多种给养及设备。   该中心发言人伦金介绍说,莫斯科时间4日20时17分(北京时间5日零时17分),“进步M-06M”货运飞船与国际空间

对接率不高-部分海归项目堪比作秀场

  “不管是打国际牌的人才交流大会,还是地方举办的留学生交流会、‘海归’创业周,都面临一个共性问题,即‘海归’项目对接率不高。”日前,中部某省海外人才服务中心主任在北京参加一个引进海内外高层次人才的新闻发布会时,对中国青年报记者说:“各省市组团队伍浩浩荡荡,活动耗资甚多,但‘海归’与企业沟

京津冀30个优秀科技项目实行对接

  9月2日,京津冀科技成果转化平台秦皇岛成果推介暨服务河北对接会在秦皇岛开发区举行,涉及环保、大数据、医疗、农业、食品等领域的30个优秀科技项目对外发布和推介,将为促进地区产业转型升级,加快科研成果转化、推动京津冀协同发展提供有力科技支撑。  30个重点项目包括:高效超级计算机CPU冷却系统、压缩

煤制油技术走出实验室-精准对接产业需求

   2016年12月21日,贺兰山下,宁东能源化工基地。  10时30分,神华宁煤400万吨/年煤制油工程加氢裂化装置引精制尾油升温,19时,裂解反应开始,20时30分,产出高品质清洁柴油,23时50分,各项指标分析合格并向成品油罐区送料。这标志着全球单套装置最大的煤制油工程打通全厂工艺流程,实现

首届粮食科技成果转化对接推介活动举行

  今天,由国家粮食局与中国科学技术协会联合主办,湖北省粮食局和武汉轻工大学承办的“第十一届粮食科技活动周——首届粮食科技成果转化对接推介活动”在武汉举行。活动主题是“加快粮食科技成果转化,促进粮食产业经济发展”。  据悉,此前,国家粮食局在全国广泛征集了企业难题和技术需求,可面向粮食企业提供转化的

京津冀技术成果交流对接会举行

   “基于吸收式换热的热电联产集中供热技术”能够从根本上取缔供暖燃煤锅炉、“低温空气源热泵系统”可以冬季供暖夏季供水”——日前,96项来自京津冀的高新技术汇聚天津,在“2016年京津冀技术成果交流对接会(天津站)”上亮相。  为推动京津冀协同创新共同体建设,促进三地产业技术联合创新,搭建产学研交流

曲面工件对接焊接接头检测条件的选择

曲面工件是指直径小于或等于500mmd的承压设备,其检测方法基本与平板对接接头的检测方法类似,但曲面工件纵缝和环缝因其曲率的原因,有其自身特点。一、检测条件的选择1、探头   应根据工件的曲率和材料厚度选择探头K值,为了达到较好的耦合宜选用小晶片探头。   纵缝:同管材纵向缺陷检测类似,应考虑几何临