基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..（三）
此外，根据细胞类型分类，我们也可以将差异基因沿着拟时间轨迹绘制不同类型细胞基因表达散点图：图8差异基因拟时间表达轨迹图最后，根据拟时间序列轨迹，我们把特征差异基因表达变化进行聚类，以热图形式展示基因的变化过程： 图9 差异基因聚类热图因此，通过拟时间序列分析，我们可实现构建细胞变化轨迹途径，并能找到特征差异基因的轨迹变化过程，这将为我们深入理解不同基因在某个细胞变化过程中的重要调控作用提供依据。......阅读全文
用单细胞测序绘制人胚胎脊髓发育“时间表”
中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员戴建武再生医学团队与南京鼓楼医院教授胡娅莉团队合作，首次通过单细胞转录组技术对早中孕期的人胚胎脊髓进行单细胞测序分析，为了解人类脊髓发育、研究脊髓再生修复、探索体外脊髓制造策略中种子细胞的选择提供了理论支持。相关研究近期发表于EMBO Reports
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
SD序列的形成过程
在原核生物中，起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合，这个区称为SD序列（Shine—Dalgarno sequence），它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。在起始复合物形成过程中，
SD序列的形成过程
在原核生物中，起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合，这个区称为SD序列（Shine—Dalgarno sequence），它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。在起始复合物形成过程中，
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
基于拉曼组的单细胞快检技术可同时定量检测
通过光合作用固定的二氧化碳与太阳能在生物体内有三种主要的存储形式：多糖、油脂和蛋白质，共同构成了生物碳存储与生物能源产业的物质基础。目前，对细胞中这三类高含能储碳分子的识别、表征和定量极为繁琐，通常难以在单个细胞精度测量，这限制了光合固碳细胞工厂的筛选与改造效率。中国科学院青岛生物能源与过程研究
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集群进
Nature：科学家构建人类发育细胞图谱
目前，发育生物学的研究主要基于模式生物。由于实践上存在的挑战，人类的胚胎发育（从受精卵到胎儿出生）仍是一个知之甚少的“黑匣子”。近期，来自多国研究机构的一项联合研究阐述了人类发育细胞图谱及妊娠期参考图谱构建的路线图，相关成果发表在《Nature》杂志，标题为“A roadmap for the
Nature：科学家构建人类发育细胞图谱
目前，发育生物学的研究主要基于模式生物。由于实践上存在的挑战，人类的胚胎发育（从受精卵到胎儿出生）仍是一个知之甚少的“黑匣子”。近期，来自多国研究机构的一项联合研究阐述了人类发育细胞图谱及妊娠期参考图谱构建的路线图，相关成果发表在《Nature》杂志，标题为“A roadmap for the
一种基于随机序列数据库的密码系统的建立方法获ZL
3月1日获悉，由中国科学院华南植物园曾纪晴、张明永等科研人员完成的“一种基于随机序列数据库的密码系统的建立方法”获国家发明ZL授权（ZL号：ZL201110364005.9）。此前，该课题组已获两项信息安全领域国家发明ZL。 植物学领域与信息安全领域似乎风马牛不相及，然而该课题组从对基因芯片和
Namocell单细胞分离仪应用——单细胞测序
2018年11月，Namocell与CZ-Biohub（Chan Zuckerburg Biohub）合作，在单细胞测序领域做出了新的尝试。CZ-Biohub利用Namocell单细胞分离仪分选出目的B细胞，并且将其进行单细胞测序，为抗体新药的发现迈出了重要一步。单细胞RNA测序（scRNA-s
青藏高原所揭示高寒植物物候序列对气候变化的响应过程
8月18日，《自然-通讯》（Nature Communications）杂志发表了中国科学院青藏高原研究所、青藏高原地球科学卓越创新中心汪诗平研究组题为Responses of sequential and hierarchical phenological events to warming
单细胞测序为免疫学带来数据驱动型革新
免疫系统由大量在宿主免疫系统发挥独特作用的特定细胞类型组成。在适应性免疫系统中，T和B淋巴细胞（T和B细胞）表达特定表面受体（T细胞受体[TCR] 和B细胞受体[BCR]），通过主要组织相容性复合体（MHC）识别并结合在抗原呈递细胞表面存在的特定抗原。通常，基于特定的表面分子标记，通过FAC
从3D类器官到单细胞（三）
后续的研究中，作者借助PerkinElmer Xenogen IVIS成像系统，在胃癌NSG小鼠模型中进一步进行验证，同样证明与meso1 CAR T细胞相比，meso3 CAR T细胞介导的抗肿瘤反应更强。我们进一步确定meso3 CAR T细胞可以有效地抑制体内大卵巢肿瘤的生长。
中科院青岛能源所发明工业微藻高产油新技术
BLIO技术助力微藻服务碳达峰与碳中和 单细胞中心供图微藻是地球上最主要的初级生产者之一，在全球碳循环中扮演重要角色。通过光合作用，微藻把光能和CO2转化为油脂（甘油三酯；TAG）等高能储碳物质，因此可在“碳固定”的同时助力“碳减排”。但是微藻切实服务双碳行动的潜力，一直受限于其油脂生产率、
中科院青岛能源所发明工业微藻高产油新技术
BLIO技术助力微藻服务碳达峰与碳中和 单细胞中心供图微藻是地球上最主要的初级生产者之一，在全球碳循环中扮演重要角色。通过光合作用，微藻把光能和CO2转化为油脂（甘油三酯；TAG）等高能储碳物质，因此可在“碳固定”的同时助力“碳减排”。但是微藻切实服务双碳行动的潜力，一直受限于其油脂生产率、
蓝光特异性诱导的工业微藻高产油技术
微藻是地球上主要的初级生产者之一，在全球碳循环中扮演重要角色。通过光合作用，微藻将光能和CO2转化为油脂（甘油三酯，TAG）等高能储碳物质，可在“碳固定”的同时助力“碳减排”。然而，微藻切实服务“双碳”行动的潜力，受限于其油脂生产率、规模培养工艺等影响能源微藻经济性的关键因素。近日，中国科学院青
HMG：利用干细胞理解AD疾病过程和研究新疗法
阿尔茨海默氏病（AD）是老年痴呆症中最常见的形式，是一种复杂的神经 系统退行性疾病。65岁以前发病者，称早老性痴呆；65岁以后发病者称老年性痴呆。AD以细胞外β淀粉样蛋白斑块和细胞内过度磷酸化tau蛋白缠结为特 征。有老年性痴呆家族史的人易患老年性痴呆，是一般人的4.3倍。近年来对这种疾
基于液质联用的单细胞蛋白质组学研究进展
摘要 蛋白质是细胞功能的主要执行者，由于其无法在体外进行扩增，单细胞蛋白质组学技术相较单细胞基因组学和转录组学技术而言发展相对滞后。传统的蛋白质组学技术可获得大量细胞蛋白表达的平均值，但忽略了细胞亚型及细胞异质性等信息。单细胞水平的蛋白质分析有助于阐明细胞不同表型与异质性的分子基础。随着质谱仪
单细胞染色质图谱|揭示转录因子网络和细胞谱系关系
2019年10月8日，美国圣地亚哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl团队在Cell Reports杂志上发表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
基于PET成像的技术实时准确监控体内T细胞密度变化
通过PET成像非侵入性以及定量追踪CD8+T细胞是一种潜在的监控免疫治疗疗效的方法。为了检验这种方法是否有效，来自加州大学戴维斯分校等单位的研究人员使用了64Cu标记的抗CD8 cys双特异性抗体评估了PET成像在正常组织和病变组织的灵敏度，相关研究成果于近日发表在《Clin Cancer Re
百花齐放的单细胞分析技术
世界上没有完全相同的两片树叶，世界上也没有两个相同的细胞，单个细胞都是dute的，它们在大小、蛋白质水平和所表达的RNA转录子方面都可能相差甚远。单细胞分析（Single Cell Analysis ，SCA）即是对单个细胞进行研究，研究单个细胞不仅可以很好的认识到细胞异质性，而且可以更好的对疾病进
CloneSelect 单细胞分离系统 OR 传统单细胞克隆方法
CloneSelect™ Single-Cell Printer™ f.sight™ （ f.sight ）被开发用于满足这些需求， 它可以柔和地接种单个细胞至微孔，同时记录整个细胞接种过程，提供单克隆性的图像证据以及优异的接种后细胞生长用于细胞株开发在这个研究中，我们开展了六组实验，用无血清培养基
中国科学家发表泛癌症T细胞单细胞图谱
T细胞单细胞图谱的研究框架和主要发现。（张泽民供图） 12月17日，北京大学生物医学前沿创新中心教授张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在《科学》上发表了泛癌症T细胞图谱。结合基因表达谱和T细胞受体序列，研究者系统刻画了肿瘤浸润性T细胞的异质性和动态变化，并系
简述SD序列的形成过程
在原核生物中,起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合,这个区称为SD序列（Shine—Dalgarno sequence）,它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。在起始复合物形成过程
基于大数据的健康未来
顾东君在担任九阳股份公司新闻发言人五年后，终于转换自己的人生主战场，成立了一家名叫微酷客的互联网科技公司。用顾东君自己的话说，她将“全面拥抱互联网和大数据时代”。 味库APP，正是搭载顾东君追赶这个时代浪潮的列车。它兼具美食、购物与社交功能，与众多美食类APP不同，味库反其道而行，它需要用户通
回顾：单细胞转录组技术发展之十年历程
俗话说，十年是个风水岭，单细胞转录组技术发展至今十年间，在促进对生物学和疾病的认识上发挥出的巨大潜力有目共睹。那么，十年间单细胞转录组是如何发展至今的？又取得了哪些新的进展呢？今天，让我们跟随Sarah Aldridge和Sarah Teichmann两位大神，一起来回顾单细胞转录组学技术十年发
多阶段单细胞转录数据的基因识别统计方法问世
近日，西安交通大学公共卫生学院孙世权教授团队开发了一种高效灵活的非参数方法，用于检测多个时间点上的基因表达模式。该方法称为TDEseq，即时间序列scRNA-seq数据的时间差异表达基因，近日该成果发表于《基因组生物学》上。TDEseq采用线性可加混合模型（LAMM）来拟合单个基因表达值和时间点的关