ctDNA（羟）甲基化测序案例分享（一）
新型肿瘤标志物筛选利器-----ctDNA（羟）甲基化测序cfDNA（Cell free DNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。最新的报道表明：ctDNA（羟）甲基化不仅可以作为肿瘤分子标志物，还可用于追溯肿瘤细胞的组织来源。在精准医疗大趋势下，ctDNA（羟）甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进精准医疗临床实践的巨大潜能，为实现肿瘤临床治疗的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA（羟）甲基化测序，仅凭一管液体就可以进行肿瘤诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。图1. ctDNA（羟）甲基化来源最具临床应用前景的分子标志物---ctDNA（羟）甲基化图2. ctDNA（羟）甲基化研究应用范围1.癌症早筛利器：ct......阅读全文
液体活检技术将迎来全新时代
第十四届全国大肠癌学术会议期间，北京大学首钢医院院长顾晋表示：“目前，ctDNA（循环肿瘤基因）这种检测技术在临床已经开始应用，常常用在检测肿瘤治疗药物反应、监测肿瘤耐药突变、评估手术效果等方面。” 无独有偶，中国医学科学院肿瘤医院内科主任王洁在第一届海峡肺癌国际高峰论坛暨第六届肺癌精准诊
术前术后一管血，众望所归液体活检技术将迎来全新时代
第十四届全国大肠癌学术会议期间，北京大学首钢医院院长顾晋表示：“目前，ctDNA（循环肿瘤基因）这种检测技术在临床已经开始应用，常常用在检测肿瘤治疗药物反应、监测肿瘤耐药突变、评估手术效果等方面。” 无独有偶，中国医学科学院肿瘤医院内科主任王洁在第一届海峡肺癌国际高峰论坛暨第六届肺癌精准诊疗研
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）
甲基化是目前的研究热点，就我所做的一点工作并其中一点心得，与大家分享。希望能够对大家有所帮助。 第一部分 基因组DNA的提取。 这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应
云序生物独家首发m5C－RNA甲基化测序
m5C RNA甲基化简介 通过分析近几年的国自然立项，可以发现RNA甲基化这两年的基金项目呈指数级增长的趋势：特别是从2015年的5项到2017年的25项，项目增长尤为显著。仅2018年1月的RNA甲基化文献就达到25篇，可以说RNA甲基化的发展已经到了井喷阶段，多篇文章荣登CNS级别期刊
云序生物独家首发m5C－RNA甲基化测序
m5C RNA甲基化简介 通过分析近几年的国自然立项，可以发现RNA甲基化这两年的基金项目呈指数级增长的趋势：特别是从2015年的5项到2017年的25项，项目增长尤为显著。仅2018年1月的RNA甲基化文献就达到25篇，可以说RNA甲基化的发展已经到了井喷阶段，多篇文章荣登CNS级别期刊
液体活检在CTCs检测的应用
2015年，液体活检被《麻省理工大学科技评论》评选为年度十大突破技术，据Piper Jaffray预测，2026年广义液体活检全球市场总容量约326亿美元，包括癌症领域286亿美元、无创产前诊断（NIPT）20亿美元、器官移植20亿美元。在众多应用场景中，液体活检在癌症领域的应用占据超过85%的
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
肿瘤早期诊断新靶标之ctDNA
肿瘤液态活检是目前最具发展潜力的肿瘤无创诊断和实时疗效监测手段，区别于传统的临床诊断手段，该方法具有简便、安全、无创、实时等特点。广义而言，肿瘤液态活检主要是指以外周血液为主的体液标本中细胞及核酸的检测。通常包括了循环肿瘤细胞（CTC）和游离的DNA（ctDNA）两大类，是目前精准医疗的最前沿领
肿瘤早期诊断新靶标之ctDNA
肿瘤液态活检是目前最具发展潜力的肿瘤无创诊断和实时疗效监测手段，区别于传统的临床诊断手段，该方法具有简便、安全、无创、实时等特点。广义而言，肿瘤液态活检主要是指以外周血液为主的体液标本中细胞及核酸的检测。通常包括了循环肿瘤细胞（CTC）和游离的DNA（ctDNA）两大类，是目前精准医疗的最前沿领
基因检测行业调研（包含企业梳理、行业监管）
一、基因检测公司梳理 目前全国涉及基因检测概念的公司有200余家，按照业务范围划分，这些公司可以分为：①最上游的基因检测仪器开发企业（测序仪、芯片扫描仪、PCR设备），②提供样本处理试剂和耗材的中上游企业（建库试剂盒、检测试剂盒、工具酶、基因芯片），③提供第三方基因检测服务的中游企业
全自动核酸电泳分析回收系统助力ccfDNA检测研究
循环游离DNA（circulating cell-free DNA，ccfDNA）是人及动植物体液中、在细胞外，处于游离状态的DNA 分子。作为一种非入侵性的疾病诊断标志物，ccfDNA的检测有望替代目前的侵入性方法，在早期实现疾病的诊断和监控。因此ccfDNA在在液体活检领域掀起一阵新风暴。
基因测序“摩尔定律”初现，“三代测序”要革“二代”的命？
在“二代测序”（NGS）尚未迎来投资热潮的情况下，技术突破捷报连连的“三代测序”（3GS）又进入到了投资人的视野中。1986年，第一台商用基因测序设备正式出现，到第二代测序设备出现，期间间隔了19年时间。而第二代设备问世，到第三代设备的诞生，仅仅用了5年，基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。
卢煜明创立的Cirina公司获A轮1200万美元融资
创业公司Cirina在A轮融资中筹集了1200万美元，来开发无创筛查检测，用于癌症和其他疾病的早期发现。 Cirina公司由香港中文大学李嘉诚健康科学研究所所长卢煜明教授创立于2014年，Maneesh Jain担任该公司的首席执行官，在Life Technologies被赛默飞收购之前，Ja
肝癌复发预测：循环肿瘤细胞DNA
根据最近公布的数据显示，广岛大学的研究人员发现，循环肿瘤细胞DNA是能够准确预测肝切除术后2年内肝细胞癌复发的一个因子。 “我们发现，循环肿瘤细胞DNA水平能够准确反映肝细胞癌的肿瘤进程和治疗效果，”广岛大学Atsushi Ono博士在新闻发布会上说。“通过进一步的研究，循环肿瘤细胞DNA的基
Genome－research：不同RNA－m5C甲基化修饰存在巨大差异
近年来，RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一，不断有CNS的文章问世，m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰，也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期，来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RESEARCH（
动物所小鼠精子发生过程中DNA羟甲基化研究获进展
中科院动物研究所计划生育生殖生物学国家重点实验室韩春生研究组6月13日在Nature Communications上发表题为Dynamics of 5-hydroxymethylcytosine during mouse spermatogenesis的学术论文，阐述了小鼠精子发生过程中
一文了解RNA甲基化机制
1. 什么是RNA甲基化修饰？ 我们知道DNA的甲基化修饰是发生在胞嘧啶（C）上的，而最常见的RNA的甲基化修饰是m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）和尿苷化修饰（uridylation，U-tail）。 m6A修饰在70年代就发现了，是可以发生在mRNA、lncR
ctDNA检测：抓住肿瘤的蛛丝马迹
肿瘤细胞的生长离不开血液循环的营养输送，同时，肿瘤细胞坏死或者凋亡后，细胞中的DNA释放进入循环系统，游离地存在于血液当中，这就是ctDNA。虽然这些DNA是断裂的，不完整的，但它来自于肿瘤细胞，如果肿瘤细胞携带某种基因突变，这些突变也能在ctDNA中反映出来。通过检测ctDNA的基因突变，就可以揭
DDW：一种简单的肝癌血液检测新方法
肝癌（Hepatocellular carcinoma ，HCC）是一种成人最常见的原发性肝癌，也是造成全球癌症死亡的主要原因之一，每年HCC新增病例多达78万例，死亡数量也高达74万例。这种恶化程度较高的致死疾病与肝部慢性炎症相关，目前没有特效治疗手段。而且HCC早期比较隐匿，患者确诊的时候往
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）1
第一部分 基因组DNA的提取。这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋
PLOS－Genet：单分子测序技术助力原核生物DNA甲基化研究
近日，刊登在国际杂志PLoS Genetics上的一项研究论文中，来自美国能源部联合基因组研究院的研究人员对230种古细菌和细菌基因组进行了测序，旨在研究DNA甲基化在原核生物中所扮演的关键角色。 细胞的表观基因组是基因组DNA特殊剪辑发生改变的一个特殊集合，这些表观基因组的改变会影响基因组的
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）2
此步细节：1：在使用注射器时，一定要用力均匀且轻，如使用暴力，会将小柱内的薄膜挤破，失去作用。2：乙酸铵、糖原不需新鲜配制，糖原配好后放在-20度保存，乙酸铵室温即可，因为这样浓度的乙酸铵非常难溶，一旦放在4度，取出用时也会有很多溶质析出。3：异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制，但如果用量大，现场配
科研人员研发RNA甲基化7甲基鸟嘌呤测序技术
7-甲基鸟嘌呤（m7G）修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一，广泛分布于tRNA、rRNA以及真核生物mRNA的5’帽子区，对维持RNA的加工代谢、稳定、出核以及蛋白质翻译具有重要作用。近期研究表明高等真核生物mRNA内部也含有m7G修饰，然而对其分布特征和调控作用目前尚不清楚。 中国科
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）（2）
第三部分 修饰后DNA纯化回收EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的。1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下，先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出，然后吸取混合液至一洁净1.5mlEP管中。2：以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统（Promega，A7280）1）70℃水浴预
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
利用单细胞测序，揭示水稻受精过程中DNA甲基化机制
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对于维持基因组稳定、抑制转座子和调控基因表达发挥着重要作用。同时DNA 甲基化的动态变化对于个体发育过程具有非常重要的意义。受精作用是有性生殖生物生命周期的开端，在该过程配子基因组通常会经历染色质的动态变化。大量研究表明哺乳动物早期胚胎发育过程中，亲代染色质
焦磷酸测序技术原理及应用
焦磷酸测序（Pyrosequencing）技术 焦磷酸测序技术(pyrosequencing)是由Nyren等人于1987年发展起来的一种新型的酶联级联测序技术，焦磷酸测序法适于对已知的短序列的测序分析，其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美，而速度却大大的提高。焦磷酸测
车用流量计故障分析案例（一）
毛病一：奥迪A6，APS型发动机怠速不稳，局部负荷冒黑烟，且有时换档熄火。 检测进程：电脑内毛病存储为空气流量计毛病，但详细检测空气流量计电路时状况正常，且用VAG1552执行功用01—08读取数据快，怠速时进气量为2.5g/s，契合规范。但照样改换空气流量计毛病照旧，改换电脑后冷车正常，热车
临床案例——不一样的紫癜
临床工作三十年，总有些案例没齿难忘，漏诊误诊防不胜防，这是一个本院家属的孩子。 患者女，7岁，因腹痛3天门诊就诊，3天前无明显诱因出现腹痛，以脐周为主，时轻时重，在家以肠痉挛对症治疗，效果欠佳，腹痛加重，伴有呕吐，呕吐所进食物，无发热，排大便不缓解，大小便肉眼下正常。既往健康。
LED灯具谐波抗扰度测试案例（一）
LED具有光照质量佳、能耗低、寿命长、体积小等优点，正在逐步取代传统日光灯、荧光灯等，广泛应用各个领域。在实际应用中，电网谐波对LED灯具工作产生不可忽视的影响。如某新工厂安装一批LED灯具，调试阶段发现LED灯具发光闪烁，严重影响照明质量。现场对电网电能质量分析，结果显示3／5／11次谐波含量均