ctDNA（羟）甲基化测序案例分享（一）
新型肿瘤标志物筛选利器-----ctDNA（羟）甲基化测序cfDNA（Cell free DNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。最新的报道表明：ctDNA（羟）甲基化不仅可以作为肿瘤分子标志物，还可用于追溯肿瘤细胞的组织来源。在精准医疗大趋势下，ctDNA（羟）甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进精准医疗临床实践的巨大潜能，为实现肿瘤临床治疗的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA（羟）甲基化测序，仅凭一管液体就可以进行肿瘤诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。图1. ctDNA（羟）甲基化来源最具临床应用前景的分子标志物---ctDNA（羟）甲基化图2. ctDNA（羟）甲基化研究应用范围1.癌症早筛利器：ct......阅读全文
Nature－Medicine：－液体活检新技术让肿瘤耐药性基因显形！
肿瘤异质性是恶性肿瘤的特征之一,可使肿瘤的生长速度、侵袭与转移、药物敏感性等多方面产生差异。之前的研究表明，液体活检(特别是cfDNA (无细胞DNA))可以很好地检测获得性耐药的肿瘤异质性。但该方法尚缺少大规模队列验证。近日，由包括麻省总医院、麻省理工学院布罗德研究所、哈佛大学及IBM Re
测序仪：一台也许并不够
如今，基因组测序的新闻已变得司空见惯，不像几年前，基因组草图甚至能登上杂志的封面。随着测序仪的价格不断下探，你也考虑购入一台。挑来选去，不知哪一台更好。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告诉你，一台也许并不够。 新一代测序仪在上市之初，价格高昂，仅限“土豪
llumina高通量测序平台的应用（一）
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发，利用其ZL核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了
DNA测序技术的现状和发展（一）
一、我们将如何应对海量的基因信息新一代测序技术带给人们大量遗传信息的同时，却成为限制其广泛应用的一个障碍。1980年，英国生物化学家Frederick Sanger与美国生物化学家Walter Gilbert建立了DNA测序技术并获得诺贝尔化学奖，至今已有近三十年了。在这三十年，DNA测序技
第一代DNA测序技术
第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格（Sanger）和考尔森（Coulson）开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆（Maxam）和吉尔伯特（Gilbert）发明的化学法（链降解）. 并在1977年，桑格测定了第一个基因组序列，是噬菌体X174的，全长5375个碱基[1]。自此，人
基因测序助力“液体活检”大放异彩
2015年CSCO大会刚刚落下帷幕，精准医疗当仁不让的成为吸引近2万名与会者讨论的热门话题，而热门中的热门又当属“液体活检”。通过几天的大会观察发现，临床专家几乎是一边倒的看好液体活检在临床中的应用，其在肿瘤早筛、肿瘤用药、疗效评估和复发监测方面的研究进展无不让大家拍手叫好。本月24日，Cell
miRNA研究综合解决方案
一、miRNA研究的基本问题和研究方法 二、miRNA研究的综合解决方案 1. miRNA微阵列芯片服务 目前上海伯豪可以提供Agilent和Affymetrix miRNA芯片。 Agilent miRNA 芯片（21.0） Affymetrix miRN
GRAIL癌症早筛：利用cfDNA甲基化分析方法可溯源20余种癌症
2019年9月27日，欧洲肿瘤内科学会（ESMO）年会在西班牙巴塞罗那拉开帷幕。ESMO是欧洲最负盛名和最具影响力的肿瘤学会议，众多临床机构及领先企业在本届年会上公布了肿瘤领域的最新转化研究及临床实践数据。 9月28日，美国癌症早筛公司GRAIL在ESMO年会上重磅发布了该公司基于cfDNA的
看表观新修饰6mA甲基化如何助力IF飙升!
DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一，我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化（5-methylcytosine, 5mC），却不知道随着测序技术的快速发展，科研者们已经在真核生物中（果蝇 、真菌、莱茵衣藻、秀丽隐杆线虫等）发现了一种新的DNA甲基化修饰—DNA-6mA甲基化，且DNA-6m
闪存技术有望带来太赫兹频率光子芯片应用案例一
闪存技术有望带来太赫兹频率光子芯片 根据科技日报消息，据美国《每日科学》网站报道，以色列科学家利用金属氧化氮氧化硅（MONOS）结构设计出一种新型集成光子回路制备技术。该技术在微芯片上使用闪存技术，有望使体型更小、运行速度更快的光子芯片成为现实，运算频率达太赫兹量级，从而将目前标准的8—16千兆
最高法发布环境公益诉讼典型案例－统一裁判尺度
环境公益诉讼是人民法院环境资源审判工作的重要组成部分，也是国家环境治理体系的重要环节, 对于提升生态文明治理的法治化水平，保障和促进绿色发展发挥着不可或缺的作用。最高人民法院今天发布人民法院环境公益诉讼典型案例。 最高人民法院环资庭副庭长魏文超介绍，2015年1月1日新《环境保护法》施行以来，
实验室分析方法DCS系统问题故障案例一
1）未按规程规定执行工作步骤a.某电厂新华XDPS系统DEH的#12DPU故障，对其在线更换，使用的是小机MEH系统的DPU备品。在更换DPU后，只将#32主控DPU拷贝至#12副控未写电子磁盘，其实质只是将副控DPU的内存内容与主控保持一致，#12DPU电子磁盘内容仍为MEH小机控制逻辑。在系统停
蛋白质组学几种定量方法的案例解读（一）
一、Label-free定量Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Co
案例解析－|－抗病毒生物大分子制药治疗（一）
近期爆发的新型冠状病毒肺炎（COVID-19，对应的病毒为SARS-CoV-2）突出了开发有效治疗方法的重要性。在近期的公众号中，我们向大家介绍了“人民的希望”瑞德西韦的工作机制[1]，在此，我们结合疫苗、血清、多肽和单抗的研究案例，向大家继续介绍靶向病毒的大分子治疗和我们的解决方案是如何推动下一代
凝血功能指标异常案例分析－值得一看
【案例经过】 上午，我接到心胸外科一位医师的电话。他说：“王某是一位接受外科心脏人工瓣膜置换术的患者，术后一直服用华法林，每天2.5mg，已经有一年多了，定期到医院抽血监测凝血功能，国际标准化比值（INR）在2.0~2.5之间波动，情况一直很稳定。可是今天到医院检查验血，INR为3.1.另
原代细胞培养经典案例和细胞药筛介绍（一）
威斯腾生物经过10多年的发展，获得了上百种细胞株和四十余钟原代细胞培养经验，并建立了庞大的细胞库及原代培养资料库；细胞平台有资深实验员、规范的SOP操作文件，万级净化细胞房，这些条件为保质保量完成每个客户的实验提供了保障。 同时，威斯腾生物结合多年原代及传代细胞培养经验，结合平台已有的技术优势，建立
科学家找到更适合脑肿瘤的液体活检方法
随着诊治技术的迅速发展，肿瘤治疗进入精准医学模式。一类被称为“液体活检”的技术备受关注。相比手术获取组织进行活检，液体活检通过检查体液来获取肿瘤的特征信息，有诸多优势，比如操作简便，且适合在不同时间重复进行，便于监测肿瘤发展的进程。例如，检测血液里来自肿瘤细胞的DNA，近来已经可以为多种癌症提供
Nature：只需要几滴血，研究人员就可以找到治疗癌症方法
今天发表在《Nature》杂志上的一项研究概述了这项技术。这项史无前例的血液测试分析了转移性癌症进入血液的DNA，即循环肿瘤DNA (ctDNA)。通过对ctDNA的整个基因组进行测序，该测试揭示了每个患者癌症的独特特征，为医生提供了新的工具来制定更个性化的治疗计划。“只需要几滴血，我们就可以发现一
只需一匙血液，研究人员就可以改变癌症治疗方法
今天发表在《Nature》杂志上的一项研究概述了这项技术。这项史无前例的血液测试分析了转移性癌症进入血液的DNA，即循环肿瘤DNA (ctDNA)。通过对ctDNA的整个基因组进行测序，该测试揭示了每个患者癌症的独特特征，为医生提供了新的工具来制定更个性化的治疗计划。“只需要几滴血，我们就可以发现一
液态活检应用于肺癌诊断，开启精准治疗新时代
过去二十年间，随着对肺癌相关研究的深入，化疗、靶向治疗、免疫治疗等治疗手段不断推陈出新，肺癌治疗水平得到了长足进步。而肺癌患者的精准治疗离不开分子生物学及诊断科技的发展，液态活检作为新兴的检测技术在肺癌临床中的应用日趋成熟。 日前，在深圳举办的“第六届罗氏诊断全国肿瘤高峰论坛”上，沈阳市肺癌诊
HRM甲基化位点检测的灵敏性（一）
引言DNA甲基化是一种重要的表观遗传CpG二核苷酸修饰形式，异常的DNA甲基化模式发生在许多基因启动子的CpG岛，这会增加患癌症的风险。CpG岛高甲基化常导致基因沉默，与癌症、老化、基因印记、X-染色体失活密切相关，此外，全基因组CpG高甲基化中也证实了发生在肿瘤形成的早期。传统的检测甲基化位点的方
表观新修饰6mA甲基化助力IF飙升（一）
DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一，我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化（5-methylcytosine, 5mC），却不知道随着测序技术的快速发展，科研者们已经在真核生物中（果蝇 、真菌、莱茵衣藻、秀丽隐杆线虫等）发现了一种新的DNA甲基化修饰—DNA-6mA甲基化，且DNA-
a一羟丁酸脱氢酶高460多，是什么概念
a羟丁酸脱氢酶本质上讲还是乳酸脱氢酶，反应以羟丁酸为底物时乳酸脱氢酶同工酶1和同工酶2的作用，是急性心肌梗死的诊断指标。单纯这项指标如果偏高，没有多大意义。 如果心肌酶谱的其他酶类也增高的话，就提示可能存在心肌梗死的可能，也就有可能是心肌炎造成的。
Guardant－Health推出用于癌症复发监测的液体活检新方法
液体活检在癌症研究中已经占据了重要位置，并受到了多方关注。虽然液体活检在例如癌症早筛等领域的应用仍十分具有挑战性，但这并不影响科学家对它的研究热情，国内外众多技术公司纷纷入场“掘金”。其中，液体活检明星公司Guardant Health已于近期成功上市。在11月的第一次财报电话会议上，Guard
中山大学肿瘤防治中心徐瑞华组再获国家科技进步二等奖
1月10日，中山大学肿瘤防治中心教授徐瑞华作为第一完成人主持的“消化系统肿瘤分子标志物的发现及临床应用”项目，斩获了2019年度国家科技进步二等奖。这是继2016年他主持完成的“结直肠癌个体化治疗策略创新与应用”项目荣获国家科技进步奖二等奖后，再次获此殊荣。“消化系统肿瘤分子标志物的发现及临床应
云序超微量MeRIP测序技术在m6A甲基化文章发表的应用2
3) m6A修饰与基因表达联合分析通过m6A-MeRIP-seq和RNA-seq联合分析，文章展示了m6A修饰水平与基因表达水平间的关系，统计发现表达高的基因分组中，受m6A修饰的基因比例也更高。4）甲基化相关酶的表达通过qPCR检测了两组样品中6个甲基化相关酶的表达，发现在高度近视白内障患者中甲基
云序超微量MeRIP测序技术在m6A甲基化文章发表的应用1
m6A甲基化是近年来一大热门研究方向，种种研究表明m6A修饰在各种真核生物、各类组织细胞中普遍存在，并对多种生物学功能、疾病肿瘤的发生发展具有极大影响。m6A甲基化位点的检测依赖于MeRIP-seq，其中的抗体免疫共沉淀（IP）环节要求样品RNA起始量相较普通转录组测序要高，曾经令许多难以大量获取的
液体活检在临床肿瘤诊疗的应用和医学检验实践（一）
液体活检(liquid biopsy)在肿瘤临床诊断治疗领域的应用日益广泛，是实现对肿瘤"个体化精准医疗"的重要手段。为科学规范液体活检技术在临床检验中的应用，中华医学会检验医学分会、国家卫生健康委员会临床检验中心共同制定了《液体活检在临床肿瘤诊疗应用和医学检验实践中的专家共识》，并广泛征求了临
Liquid－Biopsy液体活检
血液，你会想起什么？我们来看一下初中和高中课本里对血液是如何描述的：掌握上述内容，估计是非专业人士对于血液成分了解的巅峰了，然而，就算是学霸，进了医院也是分分钟虐成渣。因为医生眼里的血液是酱婶儿的：或者这样婶儿当然，这只是常规的入门项：全血和生化，还有很多专项检测可以招呼，想了解健康状况，你的血液可
我是“神药”——二甲双胍抑癌机制研究！
上海交通大学附属第一人民医院张箴波团队以题为“Metformin sensitizes endometrial cancer cells to chemotherapy through IDH1-induced Nrf2 expression via an epigenetic mechanis