ctDNA（羟）甲基化测序案例分享（二）
案例解析案例1：ctDNA甲基化可作为肝癌诊断和进程的分子标志物原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma期刊：Nature Materials 影响因子：39本篇文章由美国加州大学圣地亚哥分校教授张康与广州中山大学附属肿瘤医院院长徐瑞华团队一同合作完成，通过对比肝癌患者血浆、组织及健康人白细胞中ctDNA甲基化分布情况，发现肝癌患者体内血浆和组织一致性很高。通过1,098位肝癌患者和835位健康者的ctDNA甲基化情况及病理信息为资源库，建立了疾病预测分析模型，结果显示该模型基因的特异性、敏感性与肿瘤状态、诊断反应和时期显著相关（P＜0.001）。与此同时，作者还构建了诊断结果预测模型，该模型的基因可用于预测疾病诊断和生存时期的分子标志物（P＜0.001）。......阅读全文
简述二羟丙茶碱的药物相互作用
1、与红霉素、林可霉素、克林霉素以及某些氟喹诺酮类并用可减少本品的清除，血药浓度增高而易中毒。 2、碳酸锂可加速本品清除，使本品疗效降低。 3、如与其他药物同时使用可能会发生药物相互作用，详情请咨询医师或药师。
二羟丙茶碱注射液的药理毒理
本品平喘作用与茶碱相似。心脏兴奋作用仅为氨茶碱的1/20～1/10。对心脏和神经系统的影响较少。尤适用于伴心动过速的哮喘患者。本品对呼吸道平滑肌有直接松弛作用。其作用机理比较复杂，过去认为通过抑制磷酸二酯酶，使细胞内CAMP含量提高所致。近来实验认为茶碱的支气管扩张作用部分是由于内源性肾上腺素与
磷酸二羟丙酮在糖酵解中的作用
1，6 二磷酸果糖裂解反应(cleavage of fructose 1,6 di/bis phosphate)醛缩酶(aldolase)催化1.6-二磷酸果糖生成磷酸二羟丙酮和3-磷酸甘油醛，此反应是可逆的。磷酸二羟丙酮的异构反应(isomerization of dihydroxyacetone
二羟丙茶碱的检查和鉴别方法
鉴别(1)取本品约0.g,加盐酸1ml与氯酸钾0.1g置水浴上蒸干,残渣遇氨气即显紫色,再加氢氧化钠试液数滴,紫色即消失(2)本品的红外光吸收图谱应与对照的图谱(光谱集12图)一致检查酸碱度取本品0.50g,加水10ml使溶解,加溴麝香草酚蓝指示液5滴,应显黄色或绿色;再加氢氧化钠滴定液(0.02m
5篇m6A甲基化文章教你如何使用纯测序数据得高分
2019年m6A修饰曾创下单月发表100+篇10分影响因子文章佳话。2020年1月17日何川教授团队最新Science揭示了m6A新功能---调控染色质状态和转录预示m6A等RNA修饰将仍然是目前最为热门的科研方向。 云序生物是国内最早提供m6A测序的科研平台，也是客户发表文章最多的RNA甲基化测
Genome－research：不同RNA－m5C甲基化修饰存在巨大差异
导读 近年来，RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一，不断有CNS的文章问世，m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰，也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期，来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RES
Helicos测序仪的再研发（二）
对直觉与风险的执着追求 1999年，埃福卡威奇从研发部门调到了企业管理部门，工作中更多的成份偏重于开发微阵列的商业性事务。他说，“工作是极其有趣的，但是我发现我对财务收入没有什么欲望；我在应用生物系统公司的每一分钟都是快乐的，但我动了离开的念头。” 2004年他离开了
二代测序分析未来如何
二代测序数据分析越来越热但是我觉得虽然在这个大环境下还是应该冷静思考一下。数据分析和数据分析员，我觉得要先弄清这两者的区别，数据分析，现在注重的算法和生物学的结合，优化现有的分析流程和对大数据背景下的深度挖掘（其实对计算机和算法的要求更高一些），如果数据分析员其实说白了就是一个重复分析流程的搬砖工。
什么是二代测序技术
二代测序技术又称为高通过量测序技术，是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变。二代测序技术的核心思想是边合成边测序，可以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，所以又被称深度测序。由于二代测序技术具有多样本、多位点同时进行测序并且具有较高的覆盖率等优势，在生命科学领域已经被
诊断性二代测序指南
通过二代测序（next-generation sequencing，NGS）能够快速地对某个个体患者的数千个甚至数百万个DNA碱基对进行测序。这一技术快速出现并且获得成功，这预示着一个遗传学诊断的新的时代的到来。但是，新技术也带来了新的挑战，一方面是技术层面上的，即数据处理问题，另一方
PCR测序方法你知道几种？（二）
(2)测序引物同位素标记测序引物:用[yP]ATP或[γP]ATP和T4多聚核苷酸激酶对引物的5末端进行同位素标记。引物浓度:0.1~0.2mmol/L非同位素标记测序引物:用荧光标记4种双脱氧核苷酸,可以进行以荧光为基础的双脱氧测序反应。 (3)DNA聚合酶应为无3→5外切活性的耐热DNA聚合酶。
什么是基因二代测序
第二代测序为高通量测序，采用微珠或高密度芯片边合成边测序，代表有454，solexa，solid，高通量，可一次获得数G数据，相对与第三代，都仍然需要扩增的方法放大信号，扩增后再检测。第二代测序技术的核心思想是边合成边测序（Sequencing by Synthesis），即通过捕捉新合成的末端的标
什么是二代测序技术
二代测序技术又称为高通过量测序技术，是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变。二代测序技术的核心思想是边合成边测序，可以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，所以又被称深度测序。由于二代测序技术具有多样本、多位点同时进行测序并且具有较高的覆盖率等优势，在生命科学领域已经被
二代测序原理及应用
二代测序原理及应用如下：一、原理二代测序原理也就是文库构建，PCR产生的片段或基因组打断的片段两端需要添加接头修饰才能进行测序。1、末端修饰。打断的片段是随机断裂，其末端可能是不平的。因此，建库第一步是补齐不平的末端。2、添加接头。经过末端修饰后的DNA片段3’末端具有突出的A尾，而接头具有突出的T
CTC何时带来检验医学的春天
“如果CTC开到检验科，将来医生可能会照检验人员要精准的、个体化的诊断结果；CTC做下去，未来检验科可能就能向患者提供精准的药物筛选结果，这对于检验人员来说，真是意味着春天的到来。”在近日在京召开的第一届长城检验医学会议循环肿瘤细胞（Circulating Tumor Cell ，简称CTC）前
万用表使用技巧大分享（二）
5、测稳压二极管：我们通常所用到的稳压管的稳压值一般都大于1.5V，而指针表的R×1k以下的电阻档是用表内的1.5V电池供电的，这样，用R×1k以下的电阻档测量稳压管就如同测二极管一样，具有完全的单向导电性。但指针表的R×10k档是用9V或15V电池供电的，在用R×10k测稳压值小于9V或1
最全面的二极管知识分享
二极管由管芯、管壳和两个电极构成。管芯就是一个PN结，在PN结的两端各引出一个引线，并用塑料、玻璃或金属材料作为封装外壳，就构成了晶体二极管，如下图所示。P区的引出的电极称为正极或阳极，N区的引出的电极称为负极或阴极。二极管的伏安特性半导体二极管的核心是PN结，它的特性就是PN结的特性——单
全自动核酸电泳分析回收系统助力ccfDNA检测研究
循环游离DNA（circulating cell-free DNA，ccfDNA）是人及动植物体液中、在细胞外，处于游离状态的DNA 分子。作为一种非入侵性的疾病诊断标志物，ccfDNA的检测有望替代目前的侵入性方法，在早期实现疾病的诊断和监控。因此ccfDNA在在液体活检领域掀起一阵新风暴。
不同RNA－m5C甲基化修饰存在巨大差异
导读近年来，RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一，不断有CNS的文章问世，m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰，也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期，来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RESEA
动物所小鼠精子发生过程中DNA羟甲基化研究获进展
中科院动物研究所计划生育生殖生物学国家重点实验室韩春生研究组6月13日在Nature Communications上发表题为Dynamics of 5-hydroxymethylcytosine during mouse spermatogenesis的学术论文，阐述了小鼠精子发生过程中
《细胞》：人类原始生殖细胞研究获重要成果
封面设计源于中国古代象征生殖的图腾——玄武，寓意哺乳动物通过有性生殖（蛇与龟）来维持完整的生命周期（圆环），而中心处的生殖细胞（红色）则在遗传信息的世代沿袭中起着非常关键的作用 人类生殖细胞系（精子、卵细胞及原始生殖细胞）、囊胚以及着床后胚胎体细胞的DNA甲基化水平示意图 父本印迹基因
从全球精准医疗进展看未来投资机会
01 全球精准医疗进展 自2015年美国前总统奥巴马提出“精准医学计划”后，精准医疗概念迅速席卷全球，近年来更呈逐年加速趋势，各种新技术、新产品不断出现。 基因测序的成本进一步降低至100美元，解读效率进一步提升。 2017年1月，基因测序行业巨头美国Illumina公司推出全新测序仪，将
卢煜明创立的Cirina公司获A轮1200万美元融资
创业公司Cirina在A轮融资中筹集了1200万美元，来开发无创筛查检测，用于癌症和其他疾病的早期发现。 Cirina公司由香港中文大学李嘉诚健康科学研究所所长卢煜明教授创立于2014年，Maneesh Jain担任该公司的首席执行官，在Life Technologies被赛默飞收购之前，Ja
肝癌复发预测：循环肿瘤细胞DNA
根据最近公布的数据显示，广岛大学的研究人员发现，循环肿瘤细胞DNA是能够准确预测肝切除术后2年内肝细胞癌复发的一个因子。 “我们发现，循环肿瘤细胞DNA水平能够准确反映肝细胞癌的肿瘤进程和治疗效果，”广岛大学Atsushi Ono博士在新闻发布会上说。“通过进一步的研究，循环肿瘤细胞DNA的基
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）（2）
第三部分 修饰后DNA纯化回收EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的。1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下，先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出，然后吸取混合液至一洁净1.5mlEP管中。2：以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统（Promega，A7280）1）70℃水浴预
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）1
第一部分 基因组DNA的提取。这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋
PLOS－Genet：单分子测序技术助力原核生物DNA甲基化研究
近日，刊登在国际杂志PLoS Genetics上的一项研究论文中，来自美国能源部联合基因组研究院的研究人员对230种古细菌和细菌基因组进行了测序，旨在研究DNA甲基化在原核生物中所扮演的关键角色。 细胞的表观基因组是基因组DNA特殊剪辑发生改变的一个特殊集合，这些表观基因组的改变会影响基因组的
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）2
此步细节：1：在使用注射器时，一定要用力均匀且轻，如使用暴力，会将小柱内的薄膜挤破，失去作用。2：乙酸铵、糖原不需新鲜配制，糖原配好后放在-20度保存，乙酸铵室温即可，因为这样浓度的乙酸铵非常难溶，一旦放在4度，取出用时也会有很多溶质析出。3：异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制，但如果用量大，现场配
利用单细胞测序，揭示水稻受精过程中DNA甲基化机制
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对于维持基因组稳定、抑制转座子和调控基因表达发挥着重要作用。同时DNA 甲基化的动态变化对于个体发育过程具有非常重要的意义。受精作用是有性生殖生物生命周期的开端，在该过程配子基因组通常会经历染色质的动态变化。大量研究表明哺乳动物早期胚胎发育过程中，亲代染色质
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发