代谢组学研究的影响因素与降低生物化学和化学...（二）
组分提取软件的数据处理工作流程如图 4 所示。该软件能像分析人员一样解析数据，批量处理各个数据文件，而不是单独处理，并将每次运行得到的信息用于验证下一次运行获得的信息。按照这种方式，由于每种组分在数据集中的最大浓度点定义，从而大大减小了数据缺失值现象。同样的组分在低浓度样品中时，可以采用更靶标性的方法实现鉴定和定量。 实验得到高度简化的数据。数据处理去除了系统产生的大量噪音，得到了更严格的统计学分组和更可靠的差异分析和组分推断结果。 表 1 中的大鼠研究实验用于监测禁食对大鼠代谢过程的影 响。图 5 显示了喂养大鼠控制样组、混合 QC 样和禁食 4、12 和16小时血清样主成分分析（PCA）的高质量聚类分析结果。结果清晰地显示了喂养和禁食大鼠血清代谢组的区别，以及不 同禁食时间的代谢组差异。图6 显示了随禁食时间变化增加 （Met 甲硫氨酸，20:4 FA 二十碳四烯酸）和减少（Pro 脯氨酸， ......阅读全文
代谢组学研究的影响因素与降低生物化学和化学...（二）
组分提取软件的数据处理工作流程如图 4 所示。该软件能像分析人员一样解析数据，批量处理各个数据文件，而不是单独处理，并将每次运行得到的信息用于验证下一次运行获得的信息。按照这种方式，由于每种组分在数据集中的最大浓度点定义，从而大大减小了数据缺失值现象。同样的组分在低浓度样品中时，可以采用更靶标性
代谢组学研究的影响因素与降低生物化学和化学...（一）
代谢组学研究的影响因素与降低生物化学和化学噪音的策略目的为代谢组学生物标记物的发现开发一套全新的自动化工作流程和仪器分析方法。 前言在制药行业中，代谢组学用于研究潜在候选药物的药理学 响应所产生的生化变化，其识别毒性 / 药效标记物的能力可以显著加速药物研发的进程并帮助制定合适的临床计划。来自于
“代谢组学”技术与方法研究
【基于质谱的分析方法联用对”代谢组学”进行研究】 代谢组学”研究可分为：“发现代谢组学”和“靶标代谢组学”，两者共同组成了“代谢组学”研究的“生态系统”。本文将介绍基于质谱的分析方法联合统计学分析法对“代谢组学”进行研究。质谱能在一个广泛的动态范围内保持极高的检测灵敏度、高度的稳定性、重现
“代谢组学”技术与方法研究
【基于质谱的分析方法联用对”代谢组学”进行研究】 代谢组学”研究可分为：“发现代谢组学”和“靶标代谢组学”，两者共同组成了“代谢组学”研究的“生态系统”。本文将介绍基于质谱的分析方法联合统计学分析法对“代谢组学”进行研究。质谱能在一个广泛的动态范围内保持极高的检测灵敏度、高度
代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用（二）
案例三基于代谢组学技术挖掘病毒感染宿主后代谢动态变化情况2019年发表在Viruses杂志上的另一篇文章，采用基于Orbitrap 的非靶标和靶标代谢组学方式研究了麻痹病毒（Cricket paralysis virus, CrPV）感染昆虫Bm5细胞后宿主代谢的动态变化情况。研究人员发现，CrPV
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱
代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱
与转录组学和蛋白组学比较，代谢组学有何优点
那年夏天Forever与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有以下优点：①代谢组学放大了基因和蛋白表达的微小变化,从而使检测更容易；②代谢组学的研究不需建立全基因组测序及大量表达序列 标签(EST)的数据库,且代谢产物的种类要远小于基因和蛋白的数目.③ 由于给定的代谢产物在每个组织中都是一样的,所以研究
质谱仪在代谢组学和代谢研究中有着杰出表现
质谱仪以离子源、质量分析器和离子检测器为核心。离子源是使试样分子在高真空条件下离子化的装置。电离后的分子因接受了过多的能量会进一步碎裂成较小质量的多种碎片离子和中性粒子。它们在加速电场作用下获取具有相同能量的平均动能而进入质量分析器。质量分析器是将同时进入其中的不同质量的离子，按质荷比m/e大小分
做好代谢组学研究的关键
首先明确代谢组学的核心任务。对小分子代谢物的定性、定量分析并发现差异代谢物：（1）对生物体系中的内源性代谢物及其变化规律进行表征；（2）以差异代谢物作为核心对生命奥秘进行解析。而基于色谱/质谱联用的分离分析技术具有灵敏度高、选择性好、动态范围宽、信息丰富等优点，已成为代谢组学研究的主流技术平台。其次
代谢组学——肿瘤研究的利器
细胞内许多生命活动是发生在代谢物层面的，代谢物更多地反映了细胞所处的环境，比如细胞现在是不是健康？药物是否起效？环境污染物是不是正在伤害细胞？等等。由此，20世纪90年代，衍生出了一门新学科：代谢组学。它回答了基因组学和蛋白质组学不能回答的问题：细胞到底发生了什么？ 1、肿瘤与代谢组学 肿瘤
代谢组学与临床医学的研究进展
人体是一个复杂的系统，存在于这一系统中的生物分子相互关联、互相依赖。近年来，人们已经意识到生物学的整体复杂性以及基因构成与环境因素之间的复杂交互作用，而对这些交互作用的理解已经不能单单从基因组学、蛋白质组学或转录组学水平去揭示。关注生物分子之间途径及网络的动态变化和关系的系统生物学（
代谢组学与临床医学的研究进展
人体是一个复杂的系统，存在于这一系统中的生物分子相互关联、互相依赖。近年来，人们已经意识到生物学的整体复杂性以及基因构成与环境因素之间的复杂交互作用，而对这些交互作用的理解已经不能单单从基因组学、蛋白质组学或转录组学水平去揭示。关注生物分子之间途径及网络的动态变化和关系的系统生物学（system
长寿的代谢特征代谢组学研究的启示
长生不老是人类自古以来的夙愿。 中国古代神话故事中，有菩提老祖的大品天仙诀，王母娘娘盛会上的蟠桃，太上老祖炼丹炉里的不老丹，还有妖怪们梦寐以求的唐僧肉都可以实现长生不老。在史学瀚海中，《史记》记载秦始皇东巡碣石，携童男童女入海求仙，寻求长生不老药；在现代科学中，衰老仍然是生物医学领域热门主题之
非靶向代谢组学与靶向代谢组学的区别主要表现在哪些...
非靶向代谢组学与靶向代谢组学的区别主要表现在哪些方面?非靶向代谢组学已实现了对众多生物体系代谢物进行定性和相对定量分析，其结果的分析为各类医学研究以及药物开发提供重要参考数据。特别是那些比较好的非靶向代谢组学更是致力挖掘基因与细胞间更深层的关系，现在就非靶向代谢组学与靶向代谢组学的区别主要表现在哪些
DM药物代谢的过程和影响因素
药物代谢（drug metabolism），指药物在体内多种药物代谢酶（尤其肝药酶)的作用下，化学结构发生改变的过程，又称生物转化或药物代谢，药物的生物转化与排泄称为消除。药物在体内生物转化后的结果有两种: 一是失活，成为无药理活性药物； 二是活化，由无药理活性成为有药理活性的代谢物或产生有毒的
组学发展的机遇与挑战，－－高通量成为组学研究关键因素
近年来随着新技术的不断涌现，加快了组学研究飞速发展。特别是生命科学领域，随着基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学以及脂质组学技术的不断完善与进化，组学向分子水平的各个分支领域不断进化和完善，研究者更是利用组学研究思路和手段，不断推进衍生出了食品组学，金属组学等新型组学研究方向，从而引领大组学研究不
生物化学的概念和研究方向
生物化学，顾名思义是研究生物体中的化学进程的一门学科，常常被简称为生化。它主要用于研究细胞内各组分，如蛋白质、糖类、脂类、核酸等生物大分子的结构和功能。而对于化学生物学来说，则着重于利用化学合成中的方法来解答生物化学所发现的相关问题。
代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用（一）
在疫情逐步可控的情形下，一线的医务工作者和科研人员将有更多精力和时间对冠状病毒进行更深一步的研究和认识。我们此次调研了基于Orbitrap超高分辨的代谢组学，脂质组学，以及药物治疗在病毒学研究中的应用。致敬白衣天使和深耕医学研究的学者。 目前的研究显示，新型病毒进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样，
临床代谢组学研究常见问题
分享一些我们举办完第一期微信公开课——临床代谢组学研究策略后，所收集到的常见问题，供大家学习和参考。Q：如何设置验证集和测试集？A：按我理解你想问的问题是：training set训练集和test set测试集的设置问题。我们做分析化学、生物化学或者分子生物学的初学者通常会混淆这几个数据集概念，通常
肝胆疾病的生物化学与实验诊断（二）
二、枯否细胞的功能 肝内存在的枯否细胞（Kupffercells，KC）实际是位于肝窦内的巨噬细胞，此类细胞的特点是其内质网及核膜上的内源性过氧化物酶活性。KC除具有吞噬、消灭病原微生物、清除机体内的内毒素、调节免疫和炎症反应等功能外，还能调控组织和基质修复、调控肝细胞、肝储脂细胞的增殖和合成
中药基础物质、代谢及代谢组学研究方案
中药组成成分复杂、作用环节多样，中药药效物质基础以及临床疗效机理的阐明，已成为中医药现代化研究的重要内容。如何快速地从海量的质谱数据中获取有价值的信息，减轻繁重的数据处理工作量，成为广大中医药研究工作者的心声。 赛默飞的Compound Discoverer软件针对中药成分鉴定、体内代谢转化和
代谢组学在中药动态代谢和相互作用过程研究中的应用
贾伟教授团队近年来建立了基于代谢组学策略的药物动力学新方法，在分子水平上刻画包括复方中药和天然产物在内的多成分药物（Multi-component Agents）在体内的整体、动态的代谢和相互作用过程。最近该团队与上海中医药大学刘平教授团队合作，采用高通量代谢组学平台以及所建立的多组分药物生物
代谢组学在中药动态代谢和相互作用过程研究中的应用
贾伟教授团队近年来建立了基于代谢组学策略的药物动力学新方法，在分子水平上刻画包括复方中药和天然产物在内的多成分药物（Multi-component Agents）在体内的整体、动态的代谢和相互作用过程。最近该团队与上海中医药大学刘平教授团队合作，采用高通量代谢组学平台以及所建立的多组分药物生