引物纯化方式有哪些,如何选择?

◆ 脱盐 寡核苷酸合成后,为了纯化寡核苷酸成为天然的DNA结构,首先必须去除保护基团。通过浓氨水处理,合成的寡核苷酸从固相载体上分离,2-氰乙氧基――磷酸二脂键的保护基团,以及碱基的保护基团基(苯甲酰基和异丁基)被去除,从而形成了天然的DNA结构。然而,必要的去保护步骤完成后,寡核苷酸混合物还包含几种必须被去除的小分子有机化合物。所有非必须有机化合物被移除的过程通常叫做脱盐。脱盐纯化可以借助反向硅胶柱进行。尽管脱盐纯化可以移除所有的非必须有机杂质,但它不能有效移除合成中产生微量的提前终止的寡核苷酸杂链。然而,脱盐的寡核苷酸还是能够满足PCR检测等基础生物研究。◆ BioRP / OPC纯化 如果寡核苷酸以“三苯甲基”的形式合成,则N-甲基寡核苷酸包含5’-DMT基团,提前终止的寡核苷酸不包含该基团。因为DMT基有强的亲脂的特性,有5’-DMT基团的寡......阅读全文

引物合成详解

  1. 引物是如何合成的?   目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,而Bioneer自行研制的ZL384并行高通量DNA合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不

引物合成详解

  1. 引物是如何合成的?   目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,而Bioneer自行研制的ZL384并行高通量DNA合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不

引物合成的过程

目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。    (1) 去保护:加入Deblocking脱去碱基上5'- OH的保护基团DMT,获得游离的5'- OH; 

引物合成介绍(1)

1.引物是如何合成的?目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。申能博彩公司采用的合成仪主要机型为ABI3900高通量合成仪,合成长链主要

引物合成介绍(3)

11.引物(含修饰)的分子量是如何确定的?答:非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5,引物的分子量=碱基数 x 碱基的平均分子量。或按下列公式计算MW= (NA * WA) + (NC * W

引物合成介绍(2)

5.需要什么级别的引物?答:引物常用的纯化方式C18脱盐,OPC纯化,PAGE纯化,HPLC纯化。根据实验需要,确定订购引物的纯度级别。应用       引物长度要求       纯度级别要求一般PCR扩增      < 45base OPC      >45 base PAGE诊断PCR扩增   

引物合成介绍(5)

25.用软件设计的引物为什么不管用?答:引物是否好用,能否扩增出您需要的引物,与是否用软件设计没有太多的关系。引物设计有一定的指导意见,软件就是根据这些要求设计而成。不要迷信软件给您设计的引物,软件中一些参数您可能不明白,弄错了反而麻烦。其实,PCR扩增的成败最关键的是反应模板的制备和反应条件的控制

引物合成介绍(4)

17.长链引物为什么出错的几率非常高?答:引物合成时,每一步反应效率都不能达到100%,产生碱基插入,缺失,置换突变的因素客观条件都有一直存在。引物链越长,突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失,这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增,不可能绝对保证扩增产物中没有突变,引物合成也不

引物合成的步骤

  引物合成是指通过测定引物的OD值,溶解引物,最终合成引物的一个完善的过程。目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端

引物合成如何处理?

切割与脱保护基:将合成好的寡核苷酸链从支持物上化学切割下来。常用新鲜的浓氨水来裂解CPG与初始核苷之间的酯键。断裂下来的寡核苷酸带有自由的3’羟基。纯化:根据所合成寡核苷酸的组成和应用来选定纯化的方法。常用的纯化方法有:C18、OPC、PAGE和HPLC。定量:根据寡核苷酸在260nm处的紫外吸收来

引物是如何合成的?

目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是

引物是如何合成的?

目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。(1)    去保护:加入Deblocking脱去碱基上5'- OH的保护基团DMT,获得游离的5'- OH;(2)

概述合成cDNA引物的选择

  1、随机六聚体引物:当特定mRNA由于含有使反转录酶终止的序列而难于拷贝其全长序列时,可采用随机六聚体引物这一不特异的引物来拷贝全长mRNA。用此种方法时,体系中所有RNA分子全部充当了cDNA第一链模板,PCR引物在扩增过程中赋予所需要的特异性。通常用此引物合成的cDNA中96%来源于rRNA

引物合成后如何处理?

切割与脱保护基:将合成好的寡核苷酸链从支持物上化学切割下来。常用新鲜的浓氨水来裂解CPG与初始核苷之间的酯键。断裂下来的寡核苷酸带有自由的3'羟基。    纯化:根据所合成寡核苷酸的组成和应用来选定纯化的方法。常用的纯化方法有:C18、OPC、PAGE和HPLC。    定量:根据寡核苷酸在

引物合成及各种问题总结

1.引物是如何合成的?目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的

最长可以合成多长的引物?

我们合成过100base的引物,但是产率很低。除非需要,建议合成片段长度不要超过80base。引物越长,出现问题的概率就越大,按照目前的引物合成效率,大于80base的粗产品,全长引物的百分比不高,后续处理还有丢失很多,最后的产量很低。

合成的引物应如何保存?

没有溶解的引物非常稳定,可以在-20℃下保存至少1年,溶解好的引物可以事先稀释为100 μmoL/L 的储存液,分装数份保存于-20℃冰箱,可以保存至少半年以上(反复多次冻融会降低使用寿命)。使用前,将浓溶液稀释成工作液(10 pmol/ml或20 pmol/ml)后进行实验。注意:工作液千万别用T

引物合成的步骤及方法

第一步是将预先连接在固相载体CPG上的活性基团被保护的核苷酸与三氯乙酸反应,脱去其5'-羟基的保护基团DMT,获得游离的5'-羟基;      第二步,合成DNA的原料,亚磷酰胺保护核苷酸单体,与活化剂四氮唑混合,得到核苷亚磷酸活化中间体,它的3'端被活化,5'-羟基

引物合成相关问题25答

  1. 引物是如何合成的?  目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,而Bioneer自行研制的ZL384并行高通量DNA合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和

引物需要合成多少OD数?如何计算引物的浓度?

根据实验目的确定。一般PCR扩增,2 OD引物,可以做500-1000次50ul标准PCR反应。如果是做基因拼接或退火后做连接,1 OD就足够了。引物保存在高浓度的状况下比较稳定。一般情况下,我们建议将引物的浓度配制成100pmol/ul,称为保存浓度,而引物的工作浓度一般配制成10-50pmol/

PCR技术是如何合成引物的

目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相邻的核苷酸通过3′→5′磷酸二酯键连接。第一步是将预先连接在固相载体

引物合成的步骤及方法介绍

   Oligo DNA的人工化学合成始于50年代初期,1980年,全自动的固相DNA合成仪面市后,使得快速、高效合成Oligo DNA成为可能,这大大地推动了生物工程技术的蓬勃发展。    现在一般都采用β-乙腈亚磷酰胺化学合成Oligo DNA,将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的合成

引物合成及各种问题总结(2)

1.如何测定引物的OD值? 用紫外分光光度计在260nm波长测定溶液的吸光度来定量,请注意紫外分光光度计的使用,测定时溶液的吸光度最好稀释到0.2-0.8之间(吸光度太高或太低会有较大的误差)。DNA干粉用一定体积的水充分振荡溶解以后,取部分溶液稀释到1ml并在1ml标准比色皿中测定其吸光度,即为所

引物合成常见问题解析

Q1.引物是如何合成的? 目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。 (1)    去保护:加入Deblocking脱去碱基上5'- OH的保护基团DMT,获得游离

分子杂交技术随机引物合成法

  随机引物合成双链探针是使寡核苷酸引物与DNA模板结合,在Klenow酶的作用下,合成DNA探针。合成产物的大小、产量、比活性依赖于反应中模板、引物、dNTP和酶的量。通常,产物平均长度为400-600个核苷酸。利用随机引物进行反应的优点是:(1)Klenow片段没有5'→3'外切

引物合成的步骤及方法介绍

Oligo DNA的人工化学合成始于50年代初期,1980年,全自动的固相DNA合成仪面市后,使得快速、高效合成Oligo DNA成为可能,这大大地推动了生物工程技术的蓬勃发展。现在一般都采用β-乙腈亚磷酰胺化学合成Oligo DNA,将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的合成时从3'

双链DNA探针随机引物合成法

  随机引物合成双链探针是使寡核苷酸引物与DNA模板结合,在Klenow酶的作用下,合成DNA探针。合成产物的大小、产量、比活性依赖于反应中模板、引物、dNTP和酶的量。通常,产物平均长度为400-600个核苷酸。利用随机引物进行反应的优点是:(1)Klenow片段没有5'→3'外切

DNA合成由RNA引物引发过程

DNA聚合酶不能发动新链的合成,只能催化已有链的延长;RNA聚合酶则不同,只要有模板存在,不需引物,就可以合成新RNA链。因此在体内先由RNA聚合酶合成RNA引物,DNA聚合酶再从RNA引物的3‘-OH端开始合成新的DNA链。催化RNA引物合成的酶称为引物合成酶。引物长度通常只有几个~10多个核苷酸

根据引物合成单如何设定PCR退火温度?

问题:引物单上数据如下上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%)Tm(1M Na+):68.2Tm(50mM Na+):46.6下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%)Tm(1M Na+):66.2Tm(50mM Na+):44.6顺便问下大家,Tm(1M

根据引物合成单如何设定PCR退火温度?

PCR退火温度应如何设置? 问题:引物单上数据如下 上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%) Tm(1M Na+):68.2 Tm(50mM Na+):46.6 下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%) Tm(1M Na+):