根据引物合成单如何设定PCR退火温度？
问题：引物单上数据如下上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%)Tm(1M Na+)：68.2Tm(50mM Na+)：46.6下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%)Tm(1M Na+)：66.2Tm(50mM Na+)：44.6顺便问下大家，Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)有什么区别啊?回答：TM值是在一定buffer盐浓度情况下计算出来的。你需要查一下你的PCR体系里buffer盐的浓度，然后找相应的TM值。不过TM值也是一个估算值，举个例子，以你的正向引物而说，TTACAAGATGGAGCCTCACC。在primer5计算得到TM是54.0， DNASTAR是49.1.所以这个数值仅供参考，最稳妥的做法是用梯度PCR仪 从55-65做一个梯度PCR。PCR能不能做出来最关键的因素有两个，第一，模板质量如何，第二，引物3'是否有错配，gc含量如何。如......阅读全文
根据引物合成单如何设定PCR退火温度？
PCR退火温度应如何设置？ 问题：引物单上数据如下 上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%) Tm(1M Na+)：68.2 Tm(50mM Na+)：46.6 下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%) Tm(1M Na+)：
根据引物合成单如何设定PCR退火温度？
问题：引物单上数据如下上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%)Tm(1M Na+)：68.2Tm(50mM Na+)：46.6下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%)Tm(1M Na+)：66.2Tm(50mM Na+)：44.6顺便问下大家，Tm(1M
PCR的退火温度怎么设定
PCR中退火的那步是引物与模板结合，一般来说，退火温度比Tm值要低上5度左右。另外，也可以根据你设计引物的软件比如primer5.0或Olige 6 推荐的温度。但这些都不是绝对的。你要是在他的推荐温度下没有目的条带，你可以试试做一个温度梯度，摸索一下退火温度。
引物退火温度
一般低4、5度就好了。如果你用软件设计的引物，比如oligo6什么的，它会在tm之外给你一个operate t，就是操作温度，用这个就好了。
pcr退火温度是根据什么原则设计？
在模板变性后温度快速冷却至40℃～60℃(某个退火温度 )的时候，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞，这就使PCR后期的过程成为可能。退火温度与时间，取决于引物的长度、碱基组成及其浓度，还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸
如何设定PCR引物的保护碱基？
如果您想直接对PCR产物酶切，同时想获得理想的酶切效果，一般情况下需要在酶切位点序列5’端方向增加额外的保护碱基。保护碱基的数目随酶的种类不同而不同，根据文献资料汇总，一般保护碱基有3-4个就可以了。不提倡提供过多的保护碱基，因为太多的额外碱基会增加PCR扩增的难度，同时增加合成费用。
PCR引物浓度是如何设定的
>>> 一般都稀释成应用液，常用浓度是10uM/L也就是10pM/L.这样的话，20ul体系加1ul，50ul体系加2ul，方便使用！至于引物会不会降解的问题，估计高浓度比低浓度保存时间长说法是对的。但是，通常引物在20度放半年都没有问题，如果不是经常用，可以先取出一部分来用，其余都放-80度保存，
为什么引物中GC含量越高，需要设定更高的退火温度？
GC碱基互补配对时形成三个氢键，非特异性配对后需要较高的温度才能打开氢键，从而促进特异性配对。
引物的熔解温度与退火温度
primer的一个重要参数是熔解温度(Tm)。这是当50%的primer和互补序列表现为双链DNA分子时的温度.Tm对于设定PCR退火温度 是必需的。在理想状态下，退火温度足够低，以保证primer同目的序列有效退火， 同时还要足够高，以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般
定量PCR仪引物长度设定
① 引物长度 一般引物长度为18~30碱基。总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。 在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-
定量PCR仪引物长度设定
① 引物长度 一般引物长度为18~30碱基。总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。 在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-
梯度PCR退火温度的设计
温度梯度PCR是指在退火温度不太明确时，为了找到最优退火温度，在一台PCR仪上同时做多管PCR，每一管放在仪器 内不同列(有的是不同行)上，分别进行PCR(如50℃~60℃可以分6管，分别为50，52，54，56，58，60度)，最后看看哪个温度的效果最好。总之是用来进行退火温度优化的。
pcr退火温度太高有什么缺点
说影响得看情况，退火温度太高肯定会影响引物的结合效率的。但是，实际上，好的引物一般是上下游引物的退火温度比较接近。有时候，我们可能会通过牺牲特异性的手段（当GC含量过高时，减少引物长度）来平衡两条引物的退火温度。高的退火温度是不利于复性的，所以不会因为使模板复性而降低扩增效率，倒是可能因为影响引物结
PCR反应技术的反应基本步骤
PCR 全过程包括三个基本步骤,即双链 DNA 模板加热变性成单链(变性);在低温下引物与单链DNA互补配对(退火);在适宜温度下 Taq DNA 聚合酶以单链 DNA 为模板,利用4种脱氧核苷三磷酸(dNTP)催化引物引导的 DNA 合成(延伸)。这三个基本步骤构成的循环重复进行,可使特异性 DN
退火温度与引物的TM值有什么联系
退火温度与引物的TM值的关系主要和DNA聚合酶与其buffer有关。有些退火温度要比TM低5度、3度，有些还会高3度，有些是一模一样的。主要参考不同公司所生产的DNA聚合酶的说明书。
PCR反应的阴性相关问题
需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。 引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条浓度高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：①选定一个好的引物合成单位。②引物的浓度不仅要看OD值，更要
shrna引物退火原理
1. 载体取2-5ug，在25ul体系中，用2.5ul的酶切30min-1h，回收载体：载体:---2ul（2-5ug）酶---------2.5ulBuf--------2.5ul水---------18ul回收的时候希望浓度高点。2. Oligo退火形成双链若为2OD=5.4nmol的话，则每个
pcr退火温度一般为多少
唉，这种题就是中国特色，完全理论脱离实际。PCR退火温度是一个范围，一般是50度到65度，或者到70度做两步法PCR。其中，模板的GC含量、模板的组成（单一模板还是cDNA还是全基因组DNA还是别的什么）等等条件都会影响tm值。没有一个确定的说是多少比较好，都是具体情况具体分析。有的时候引物设计回来
PCR的退火温度对反应的影响
引物退火温度是影响PCR的主要因素之一，一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响：以文献作参考，在一定的温度范围内，退火温度越高，扩增的特异性也就越高。退火温度越低，扩增产物的特异性也就降低。如果退火温度过高，引物与模板结合差，电泳条带差，甚至没有扩增。如果温度过低，扩增特异性差，杂带较多，背景
退火温度低会对PCR产生什么影响
通常来说，退火温度是由引物的GC%含量决定的，但是反应体系的条件改变也会影响引物的退火温度（如Mg,Na等离子浓度）。建议你去http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/分析一下你的PCR体系中的引物退火温度，而不是仅仅由公式计
PCR的退火温度对反应的影响
引物退火温度是影响PCR的主要因素之一，一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响：以文献作参考，在一定的温度范围内，退火温度越高，扩增的特异性也就越高。退火温度越低，扩增产物的特异性也就降低。如果退火温度过高，引物与模板结合差，电泳条带差，甚至没有扩增。如果温度过低，扩增特异性差，杂带较多，背景
PCR反应程序如何设定
程序：94℃预变性 5~10min94℃变性30s~2min退火 30s~2min72℃延伸1~5min72℃延伸5~10min中间三步循环，具体时间依自己的模板和引物情况而定。
PCR技术新手指南
PCR的基本概念聚合酶链式反应是一种分子生物学技术，用于体外扩增特定的DNA 片段。PCR技术主要过程是，通过人类合成的一小断单链DNA 片段（叫做引物）与模板DNA特定的区域特异性结合，进而以四种dNTP为底物，通过DNA聚合酶沿着引物和模板形成的双链部分的3’端聚合形成DNA 片段实现DNA体外
PCR－Trouble－shooting－guide
1．假阴性，不出现扩增条带 PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或
PCR问题的总结
PCR产物的电泳检测时间一般为48h以内，有些zui好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚致消失。 假阴性，不出现扩增条带pcr反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有
变性、退火温度对PCR热循环的影响
PCR退火温度应如何设置？在PCR自动热循环中，最关键的因素是变性与退火的温度。如操作范例所示，其变性、退火、延伸的条件是：94℃60s, 37℃60s, 72℃120s，共25～30个循环，扩增片段500bp。在这里，每一步的时间应从反应混合液达到所要求的温度后开始计算。在自动热循环仪内由混合液原
变性、退火温度对PCR热循环的影响
PCR退火温度应如何设置？ 在PCR自动热循环中，最关键的因素是变性与退火的温度。如操作范例所示，其变性、退火、延伸的条件是：94℃60s, 37℃60s, 72℃120s，共25～30个循环，扩增片段500bp。在这里，每一步的时间应从反应混合液达到所要求的温度后开始计算。在自动热循环仪
PCR反应出现假阴性结果无扩增条带原因分析
PCR 反应的关键环节有 ： ① 模板核酸的制备; ② 引物的质量与特异性; ③ 酶的质量; ④ PCR循环条件; 寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究 ， 可能出现的原因有以下几点： 1 ) 模板： ① 模板中含有杂蛋白质; ② 模板中含有Taq酶抑制剂; ③
PCR反应假阴性，不出现扩增条带的原因分析
PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消 化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模 板核酸变性
如何设计PCR引物(二)
上回说到如何寻找保守序列，经过隆地熊我一番罗嗦，七七八八也该知道了些。当然，要想做到炉火纯青，各位小白还得勤加练习。本回隆地熊我就要进入正题了，不然对不起这图文题目。在做PCR引物设计前，首先得了解引物设计的基本原则。根据网上资料汇总（主要来自生物谷、生物秀、小木虫、百度文库等，特此一并感谢，具体不