主成分分析在生命科学研究中的应用(一)

主成分分析常常用于基因组全序列表达研究,但是,到底什么是主成分分析?如何将这种方法用于对高维度数据的分析中呢?生命科学研究中采用的一些测定方法,对每个样品所采集的数据的变量要多于所测定的样品数。例如,DNA芯片及质谱仪可以对上百个样品中数以千计的mRNAs或蛋白质水平进行测定。诸如此类的高维度测定使得样品的分析结果很难清晰便捷地进行判断,也限制了对数据进行简单分析的应用。主成分分析(Principal component analysis, PCA)是一种数学算法,它可以在减少数据维度的同时,保留数据集中绝大多数的变量[1]。PCA通过对主成分进行辨别,找出一个方向,并沿此方向分布的数据为最大值,从而减少数据维度。通过采用这样的主成分,便可以只选用若干变量而不是上千的变量来对一种样品进行分析了。这样,就可以将样品有关变量绘制成图,使得样品间的相似性和相异之处一目了然,对不同样品是否可以归为一组,也一清二楚。Saal等人 [2......阅读全文

主成分分析在生命科学研究中的应用(一)

主成分分析常常用于基因组全序列表达研究,但是,到底什么是主成分分析?如何将这种方法用于对高维度数据的分析中呢?生命科学研究中采用的一些测定方法,对每个样品所采集的数据的变量要多于所测定的样品数。例如,DNA芯片及质谱仪可以对上百个样品中数以千计的mRNAs或蛋白质水平进行测定。诸如此类的高维度测定使

高内涵筛选在生命科学研究中的应用

【摘要】过去的几十年来,成像作为一种基于细胞的检测模式,在现有的和正在开发的生物模型中,开启了一个测量“终点表型” 的全新世界。这些“高内涵”方法结合了多种细胞生理学的测量手段,不管它是来源于亚细胞组分、多细胞结构还是模式生物。 这样产生的多层面的数据可以帮助人们对很多复杂现象产生新的认知,这些现象

微流控芯片在生命科学研究中的应用

分析技术的进步极大地推动了生命科学的发展,同时也提出了许多新的问题。随着多种生物基因组测序的完成,特别是人类基因组计划(HGP)的完成将我们带入了后基因组时代,分子生物学已经进入蛋白质组学的研究阶段。仅仅从DNA水平上测定基因组序列只是揭示生命奥秘的第一步,更重要的是去发现、鉴定和测量每个基因所编码

单细胞分析技术在生殖医学中的应用

胚胎发育评估:对胚胎细胞进行单细胞分析,筛选出具有良好发育潜能的胚胎,提高试管婴儿的成功率。生殖细胞研究:了解精子和卵子发生过程中的基因表达和染色体异常,为不孕不育的诊断和治疗提供依据。

荧光显微成像在生物分析中的应用

论文摘自山东师范大学化学化工与材料科学学院,济南 250014摘 要 荧光显微镜与荧光光谱仪耦合系统可获取显微荧光成像及微区荧光光谱、荧光寿命的测定信息,广泛应用于细胞、组织中蛋白质的结构功能分析,核酸的识别检测,金属离子、自由基的定量测定,以及纳米生物探针的研制等生物分析研究的热点领域。1 引 言

生物发光技术在生命科学中的应用(一)

随着发光(luminescence)技术在多种生物实验中的广泛应用,生物发光(bioluminescence)技术越来越成为首选的生物检测手段。在这篇文章中,我们将详细讨论生物发光技术在生物检测中的应用,以及它与其它发光检测手段相比所显示出的优点。1 生物发光的特点根据产生光子的能量来源不同,发光可

基因表达数据分析主成分分析-PCA

DNA微阵列基因表达数据分析 主成分分析 ( Princ ipal Component Analysis , PCA ) 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法,它可以从多元事物中解析出主要影响因素,揭示事物的本质,简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变量的 m

CPSA分会:LCMS在生物分析中的应用

  2012年4月25~27日,第三届中国上海化学与药物结构分析会议 (CPSA Shanghai 2012)在上海浦东新区淳大万丽酒店召开,来自国际知名药企、跨国大制药公司、中国CRO、生物医药研究所和高校的高管、专家、学者百余人参加了本次会议。其中在4月25日的

JIPtest和主成分分析(PCA)在植物光合作用研究中的应用4

总的来说通过PCA我们可以分类植物对各种环境因素的不同反应:(i)找到特定处理下植物样品OJIP曲线发生的特异性变化(ii)筛选出发生显著变化的JIP-test荧光参数及其变化特征,可更好对植物样品光合机构发生的变化(伤害)进行定位分析,如PSⅡ供体侧/受体测或PSⅡ活性中心等。(iii)我们还可以

JIPtest和主成分分析(PCA)在植物光合作用研究中的应用3

图4c. 数据点降维的信息损失与矫正:X/Y轴矫正最好的结果应该是我们依然选择了某个直线,并把点投影到这条直线上,但是点之间没有重合,点与点的间隔也比较远。看到这里,我们就知道PCA到底要做什么了,没错,就是找到这条直线,并求出投影到这条直线的点的坐标(当然二维降一维是直线,三维降二维就是平面了,更

JIPtest和主成分分析(PCA)在植物光合作用研究中的应用2

图2. 叶绿素荧光相关联合作者网络(注意R.Strasser和R.J.Strasser是同一个人)。从黄色到红色,协作性更强,中心性更高(K. HU et al, 2020)学术界对JIP-test方法的研究和应用热度在不断增加,而对脉冲调制式(PAM)方法的兴趣在逐渐减弱。这是什么意思?乍一看,一

JIPtest和主成分分析(PCA)在植物光合作用研究中的应用1

1.快速叶绿素荧光诱导动力学分析(JIP-test)近二十年来,基于“生物膜能量通量理论”的活体快速叶绿素 a 荧光诱导动力学OJIP曲线和JIP-test分析,由于其无损、精确、快速等特性,已被广泛而成功地用做研究植物生理状态的有力工具(Strasser et al.,1995, 2004)。植物

AlphaLISA在生物检测中的应用

AlphaLISA技术是基于增强的化学发光的一种均相免疫检测,操作简单,避免了繁琐的洗涤步骤,是免疫检测和药物筛选的理想选择。 AlphaLISA检测生物分子原理。 AlphaLISA方法检测Amyloid β1-40结果。 AlphaLISA技术是基于增强的化学发光的

IVScope系列小动物活体成像系统在生命科学研究中的应用3

3、肿瘤研究:如脑胶质瘤、肺癌等方面①1*107个荧光素酶标记的脑胶质肿瘤细胞,颅内原位注射,随后腹腔注射底物荧光素,用IVScope8500拍摄 (使用CLINX IVScope 8500拍摄) ②1*106个荧光素酶标记的脑胶质肿瘤细胞,颅内原位注射。2*106和1*107个荧光素酶标记的脑胶质

IVScope系列小动物活体成像系统在生命科学研究中的应用1

活体成像背景介绍活体成像是指应用影像学方法,对活体状态下的生物过程进行组织、细胞和分子水平的定性和定量研究。 1、活体成像的分类 ◆光学成像(Optical)◆核素成像(PET/SPECT)◆计算机断层摄影成像(CT)◆核磁共振成像(MRI)◆超声成像(Ultrasound) 上海勤翔IVScope

IVScope系列小动物活体成像系统在生命科学研究中的应用2

3、活体成像的三个优点①可以在完整的生物体内进行,具有足够的空间和时间分辨率,用于研究生物体内的生物过程。②对同一个研究个体进行长时间反复跟踪成像,避免个体差异,提高数据的可比性,又不需要杀死模型动物,节省了大笔科研费用,保证结果的准确性。③非侵入式地检测活体内特异的生物学行为,最大限度地模拟人体内

微透析技术在生命科学中的应用综述(一)

摘要:近几十年来利用微透析技术在许多组织中开展了监测内源性及外源性物质浓度及其含量的研究。该技术已经逐渐显示出其能直接且在线反映某物质在组织器官中信息的特点,同时微透析技术对组织器官是安全的,因其产生的损伤机体具有良好的耐受性。本文主要综述了微透析技术原理及其在疾病进展监测等临床研究领域应用,同时展

肥料成分检测仪在生活当中的应用

肥料养分检测仪广泛应用于智能农业。在智能农业中,根据土壤特性的测试结果绘制土壤分层图,从而可以进行变量施肥、变量追肥石灰粉等土地改良工作,也可以制定各种作物的增产方案。今天我给大家详细介绍一下土壤成分测定的常识和新技术。  *,智能农业根据土壤有机质和作物生长的空间差异来调整作物的投入量,在对耕地和

显微镜在生命科学研究中有哪些应用

显微镜,尤其是共聚焦显微镜、荧光显微镜和普通光学显微镜,在生命科学领域都有着广泛的应用,如细胞生物学、细胞培养、细胞成像、显微操作、病理、毒理研究、斑马鱼研究、模式生物、神经学研究等等。 癌症研究应用成像技术已成为研究癌症生物学的重要工具。 高分辨率成像对于研究导致癌症的基因和细胞信号传导变化必不可

吹扫捕集法在生物样品分析中的应用

  Ashley等开发了一种测定人体血液中32种ng/L级挥发性化合物的方法,其检出限为0.005~0.34 μg/L,回收率高于74%。Prieto等用吹扫捕集一气相色谱/火焰离子化检测器测定尿液和血液中的苯乙烯,尿液检出限为0.4μg/L,血液检出限为0.6μg/L。Pereiro等用吹扫捕集与

纳米颗粒跟踪分析技术在生物医学中的应用

梅洁,英国马尔文仪器NanoSight产品专家纳米颗粒跟踪分析技术(简称:NTA),是近年来新兴的纳米级别测量技术之一,原理如图1所示。纳米颗粒在其悬浊液中受到周边溶液分子的撞击而做无规则的布朗运动,然后通过斯托克斯-爱因斯坦方程,这些颗粒在单位时间内 (ts) 的移动速度(2)与其本身的粒

液质联用在生化方面的分析中的应用

  随着联用技术的日趋完善,HPLC-MS逐渐成为最热门的分析手段之一。特别是在分子水平上可以进行 蛋白质、 多肽、核酸的分子量确认,氨基酸和 碱基对的序列测定及翻译后的修饰工作等,这在HPLC-MS联用之前都是难以实现的。HPLC-MS作为已经比较成熟的技术,目前己在生化分析、 天然产物分析、药物

BCEIA2015:仪器分析在生物医药中的应用

  分析测试百科网讯 2015年10月29日,BCEIA2015期间,召开了仪器分析在生物医药中的应用的会议,会议主要讨论了分析仪器在生物医药中的应用,整个会议由汪正范老师主持,分析测试百科网跟踪报道了整个会议的进程。汪正范老师  北京利德曼生化股份有限公司陈立杰作报告

纳米颗粒跟踪分析技术在生物医学中的应用

纳米颗粒跟踪分析技术(简称:NTA),是近年来新兴的纳米级别测量技术之一,原理如图1所示。纳米颗粒在其悬浊液中受到周边溶液分子的撞击而做无规则的布朗运动,然后通过斯托克斯-爱因斯坦方程,这些颗粒在单位时间内 (ts) 的移动速度(2)与其本身的粒度(dh)、溶液的粘度(Ƞ)和温度(T)存在数量上的关

纳米颗粒跟踪分析技术在生物医学中的应用

       纳米颗粒跟踪分析技术(简称:NTA),是近年来新兴的纳米级别测量技术之一,原理如图1所示。纳米颗粒在其悬浊液中受到周边溶液分子的撞击而做无规则的布朗运动,然后通过斯托克斯-爱因斯坦方程,这些颗粒在单位时间内 (ts) 的移动速度(2)与其本身的粒度(dh)、溶液的粘度(Ƞ)和温度(T)

吹扫捕集法在生物样品分析中的应用

  Ashley等开发了一种测定人体血液中32种ng/L级挥发性化合物的方法,其检出限为0.005~0.34 μg/L,回收率高于74%。Prieto等用吹扫捕集一气相色谱/火焰离子化检测器测定尿液和血液中的苯乙烯,尿液检出限为0.4μg/L,血液检出限为0.6μg/L。Pereiro等用吹扫捕集与

区带毛细管电泳在生物碱类成分测定中的应用

  毛细管电泳-毛细管电泳-质谱联用  Olivares,Smith和Henion等分别在1987-1988年提出毛细管电泳-质谱联用(CE-MS)技术,在CE中,紫外检测器由于通过样品的光程较短导致灵敏度较低,特别对一些紫外吸收较弱的化合物的检测。近年由于大气压电离(API)、电喷雾电离(ESI)

紫外分析仪的荧光技术在生物研究中的应用

  荧光技术在生物化学及分子生物学研究中应用主要包括以下几个方面:  1、物质的定性:不同的荧光物质有不同的激发光谱和发射光谱,因此可用荧光进行物质的鉴别。与吸收光谱法相比,荧光法具有更高的选择性。  2、定量测定:利用在较低浓度下荧光强度与样品浓度成正比这一关系可以定量分析样品中荧光组分的含量,常

离心技术在生化检验中的应用

离心技术在生化检验中的应用主要有两方面:①对悬浮液中颗粒的分离,如从全血中分离血清、血浆等;②分离两种密度不同液相,如从有机溶剂和水的混合物中分离出有机相等。

AFM在生物学中的应用

在生物学中的应用由于AFM 的高分辨率,并且可以在生理条件下进行操作和观察,AFM 在生物学中的应用越来越得到重视。利用AFM 可以对胞以及细胞膜进行观察。最先用AFM 进行成像的细胞是干燥于盖玻片表面的固定的红细胞。在AFM 成像中,扫描区域可变动于10um 和1 nm 之间,甚至更小。因而它能够