如何科学合理地对待分子对接结果

这不是一个简单的问题,我没有做过系统性的研究,仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论,各抒己见。将问题分解一下,本文主要回答两个问题:A、如何判断结合模式好坏?B、如何评价结合能力高低? 讨论的重点是结合模式的判断,因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限,而且一般情况下是我们不能左右的。由于研究对象千差万别、研究内容错综复杂,很难有一个公认的标准去判断对错。我们对待分子对接结果的总原则是,尽可能多地获得来自实验方面的可靠信息,然后根据你对该体系的了解,做出合理的判断。若没有明确证据支持你排除某个结果,就接受它;从众多结果中,选择最合理的那个。 以下探讨,是在没有实验数据、文献参考的情况下进行的,因此,可用信息不多,这也是大家普遍遇到的情况。 1、针对单个配体的分析 根据“锁钥原理”和“诱导契合”理论,配体分子能够正确结合在蛋白口袋内,其在形状上和静电分布上应当与口袋吻合(互补),并有足够多......阅读全文

教育部该如何对待朱清时的真话

“我知道很多高校的教学评估,动员各个院系的教授做假材料,让学生也参与。”——这是中国科技大学校长朱清时院士一句“大无畏”的真话。 朱校长并不是第一个讲出实情的人,但是他可贵就可贵在,作为一个大学校长,他公开讲了真话,讲了教育部的“坏话”。用他自己的话说,冒着风险,“跳车”(“原生态迎评”)了。他呼吁

切还是不切?肺结节如何被正确对待?

结节如何被正确对待? 2020年全球癌症新发病例约1930万例,癌症死亡近1000万例。其中肺癌新发病例数约为221万例,占癌症新发病例总数的11.4%。肺癌死亡约180万例,居癌症死亡首位。当年,我国肺癌新发病例数81.6万,占全球总例数37%。2022年中国最新肺癌发病例数增至106.06万,死

如何对待阿斯伯格综合征人士?

  了解阿斯伯格综合征:首先,我们需要了解阿斯伯格综合征的特点和症状,如社交障碍、沟通困难、刻板行为等。这有助于我们更好地理解他们的需求和挑战。  保持耐心和尊重:与阿斯伯格综合征人士交流时,我们需要保持耐心,不要对他们的沟通方式感到沮丧或生气。同时,要尊重他们的个性和兴趣,给予支持和鼓励。  使用

垃圾分类大难题-我们该如何对待塑料袋?

  将于2020年5月1日实施的《北京市生活垃圾管理条例》(以下称《条例》),明确了超市、商场、集贸市场等商品零售场所不得使用超薄塑料袋。到底什么样的塑料袋算超薄塑料袋,购物时装东西的塑料袋怎么分类投放,老百姓还是一头雾水。图片来源于网络  无人知道食品保鲜袋合不合规  修订后的《条例》明确规定,禁

血脂的对待方法

  正常人的血脂成分含量波动范围均较大,也就是说正常人之间血脂含量的差异也很大,单凭一两种血脂成分的高低来判断病理变化,似乎显得说理不够。尽管血脂只占全身脂类很少一部分,但血脂的变化却可基本反映体内脂类代谢的状况。在膳食改变,剧烈运动及患病情况下,血脂都会有较大的变动。高脂肪饮食时,血脂含量明显升高

幽门螺杆菌抗生素耐药基因的分子检测及分子对接分析

Abstract  摘要Aim: To explore the mutation characteristics of H. pylori resistance-related genes to antibiotics of clarithromycin (CAM), levofloxaci

如何对待血脂化验单中的正常参考值?

多数医院的化验单均会注明各项血脂指标的正常值范围,其实所谓的正常参考值并无太大意义。各项血脂参数都在正常值范围内就是健康的概念是错误的。所谓的正常值是相对的。如前所述,胆固醇是形成动脉斑块的原料,TC和LDL-C越高,就越容易形成斑块。但不同人的相对安全的胆固醇水平是不同的,如果某人较年轻、不吸烟、

科学对待老年人脑老化与痴呆-防治疾病是良策

  人老是一宝,减缓衰老,延长寿命,防治老年病,使他们活得更长久,更健康,才是对老年人最大的尊重和爱护。   老化与疾病是完全不同的概念。老化是一个不可抗拒的生物学规律,具有“进行性、团体性、不可逆性”等三大特点。所谓“进行性”是指一天天老下去,越来越老;所谓“团体性”,即不是个体

本源量子开启国内首个量子分子对接应用探索

近期,蚌埠医科大学与本源量子计算科技(合肥)股份有限公司达成战略合作,双方将联合研发国内首个量子分子对接应用,依托我国第三代自主超导量子计算机,以量子算力加速小分子药物研发流程并提高药物设计效率。小分子药物可以轻易穿透细胞膜到达任意位置,并与靶点蛋白产生相互作用从而发挥对应的治疗效果。蚌埠医科大学药

共价化合物的分子对接问答详解三则

  A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?   B:薛定谔有,covalent docking。   A:有没有用过,结果可有价值?   B:我有替实验室师兄做过一次,挺大的天然产物去对接,全塞进腔里了,感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点,以及化合物的反应基团及类型,比如迈克尔加成。  

本源量子开启国内首个量子分子对接应用探索

近期,蚌埠医科大学与本源量子计算科技(合肥)股份有限公司达成战略合作,双方将联合研发国内首个量子分子对接应用,依托我国第三代自主超导量子计算机,以量子算力加速小分子药物研发流程并提高药物设计效率。小分子药物可以轻易穿透细胞膜到达任意位置,并与靶点蛋白产生相互作用从而发挥对应的治疗效果。蚌埠医科大学药

共价化合物的分子对接问答详解三则

1A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?B:薛定谔有,covalent docking。A:有没有用过,结果可有价值?B:我有替实验室师兄做过一次,挺大的天然产物去对接,全塞进腔里了,感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点,以及化合物的反应基团及类型,比如迈克尔加成。殷赋科技:@A 你要针对少数化合

怎样合理地使用尘埃粒子计数器?

尘埃粒子计数器是测试空气尘埃粒子颗粒的粒径及其分布的仪器,由显微镜发展而来,经历了显微镜、沉降管、沉降仪、离心沉降仪、颗粒计数器、激光空气粒子计数器、凝结核粒子计数器、多通道多功能粒子计数器等过程,目前 广泛应用于为各省市药检所、xue液中心、防疫站、疾控中心、质量监督所等机构、电子行业、制药车间、

从谈辐色变到科学对待-山东出台新规实施零容忍

为保障辐射环境安全,山东省积极开展辐射事故应急演习,锻炼应急队伍,提升应急能力。图为山东省环保厅辐射应急人员正在演习中。   “最近,济南西部计划增建一处220千伏的变电站,以缓解周边小区电压不稳导致时有断电的供电形势。这本来是件好事,却遭到邻近小区业主的强烈抗议,因为社区百姓担忧变电站有辐射。事

中关村科学仪器供需对接会成功举办-助力科学仪器产业

日前,由北京市财政局、北京市教育委员会主办,中关村政府采购促进中心承办,机械工业仪器仪表综合技术经济研究所(以下简称仪综所)、北京仪综测业科技发展有限公司协办的中关村科学仪器供需对接会顺利召开。来自北京地区8所高校、8家科学仪器企业的150余位代表通过“线下+线上”方式参加了会议。北京市财政局政府采

临床医生应怎样对待输血?

临床医生应严格掌握输血适应症,科学、合理用血。手术前应根据术中估计出血量决定申请备血,出血量在10毫升/公斤体重以下者原则上不输血。积极开展手术前自体储血、术中血液稀释等技术。对估计出血量在1000毫升以上者,争取手术野血被回收,减少或避免输同种异体血,杜绝“营养血”、“安慰血”、“人情血”等不必要

如何判断分子旋光性

可以通过分子式判断,但是分子式不能判断左旋还是右旋。具体左旋还是右旋,是通过实验判断的。

如何分析ROC曲线结果

1、ROC的分析步骤:①ROC曲线绘制。依据专业知识,对疾病组和参照组测定结果进行分析,确定测定值的上下限、组距以及截断点(cut-off point),按选择的组距间隔列出累积频数分布表,分别计算出所有截断点的敏感性、特异性和假阳性率(1-特异性)。以敏感性为纵坐标代表真阳性率,(1-特异性)为横

核酸检测如何看结果

1、当地三甲医院。或者疾控中心,都可以。当地疾控中心是可以查的。联系社区,社区会联系医院或者疾控中心,进行检测。2、定点医院。应该是社区吧。那这个结果应该是社区通知。这个检查本身就是在不断完善的。咽拭子,血清都要查。一般是社区统一安排检查。

如何报告-PT、APTT-结果?

临床上为了明确患者是否患有先天或后天性凝血功能障碍以及对患者进行药物监测时,常常会申请 PT 和 APTT 的检查。PT、APTT 对多种凝血因子敏感,比如Ⅱ、Ⅴ、Ⅹ 因子和纤维蛋白原等。此外,PT 还对 Ⅶ 因子缺乏敏感,而 APTT 则对激肽释放酶原、高分子量激肽原、Ⅷ、Ⅸ、Ⅺ、Ⅻ 因子

如何分析DNA测序结果

Interpreting DNA Sequencing Results Evaluating ChromatogramsMany problems with sequencing results are not recognized by viewing the text file alone. T

影响气相色谱仪试验因素——合理地清洗

  1、仪器内部的吹扫、清洁气相色谱仪停机后,打开仪器的侧面和后面面板,用仪表空气或氮气对仪器内部灰尘进行吹扫,对积尘较多或不容易吹扫的地方用软毛刷配合处理。  吹扫完成后,对仪器内部存在有机物污染的地方用水或有机溶剂进行擦洗,对水溶性有机物可以先用水进行擦拭,对不能彻底清洁的地方可以再用有机溶剂进

解读|“急需药”进口需特殊对待

一、背景与意义2019年以来,国家短缺药品供应保障工作会商联动机制牵头单位国家卫生健康委与各成员单位通力协作,加快短缺药品供应保障体系建设,加大工作力度,重点保障基本药物和急(抢)救、重大疾病、妇儿专科等领域用药。经过不懈努力,我国药品短缺现象得到了极大缓解,大范围、长期性药品短缺情况大幅减少,患者

谨慎对待农药乳油准产开闸

  《农药乳油中有害溶剂限量》标准实施后不久,4月1日,第五批农药生产批准证书颁证评审会召开,国家对新申办生产乳油农药企业的核准及新申请乳油农药产品生产批准证正式开闸。笔者认为,乳油发证“靴子”落地,意味着乳油农药新证又能申领了,但乳油生产的准入门槛将大大提高,农药生产企业对“开闸”必须谨慎对待。虽

尿糖阳性要区别对待

在通常情况下,糖尿病患者尿糖呈阳性,但在少数情况下可以呈阴性。反过来说,尿糖阳性者不一定是糖尿病,尿糖阴性也并不意味着就可以排除糖尿病。尿糖不能作为糖尿病诊断、治疗及疗效判定的主要依据,因为尿糖阳性虽可见于糖尿病,也可见于其他情况。     1.当人们刚吃完水果、蜂蜜、饮料、糖类及各种谷类食物后,即

蒋科兵:理性对待项目申请

■蒋科兵  据国家自然科学基金委员会统计:2007~2011年集中受理期间,申请数增幅分别为11.12%、13.48%、22.41%、17.82%、28.24%。2012年项目申请量突破17万,增幅在15%以上。申请者为何“太给力”  申请量激增,不外如下因素。  内心动力:近年来,国家财

中以生命科学创新技术对接会在广州举行

  2016年4月12日,由广东省科学技术厅与中国科学技术交流中心、以色列经济部首席科学家办公室有及产业研发中心共同主办,广东省科技合作研究促进中心承办的中以生命科学创新技术对接会在广州成功举行。广东省科技厅杨军副厅长出席开幕式并致辞。   洽谈会上,12家以色列生命科学领域创新型公司带来了国际生命

从两会看中国家园:像对待生命一样对待生态环境

  这是着眼中华民族永续发展的谆谆告诫——3月10日,习近平总书记在参加青海代表团审议时强调,像保护眼睛一样保护生态环境,像对待生命一样对待生态环境。  这是坚定不移建设美丽家园的行动方案——提交大会审查的“十三五”规划纲要草案明确提出,今后五年我国生态环境质量总体改善。  2016年全国两会,梦想

Nat-Commun:科学家揭示分子伴侣如何保护核糖体蛋白

  在核糖体这个复杂的蛋白质合成机器上每个组成核糖体的蛋白都有自己的分子伴侣将其指引到正确位置,避免受到损伤。在一项新研究中,研究人员了解到了更多关于核糖体分子伴侣如何发挥作用的信息,发现每个分子伴侣都会以独特的方式与被保护的蛋白结合。研究人员借助X射线晶体成像技术解析了结合分子伴侣的核糖体蛋白的原