共价化合物的分子对接问答详解三则
A: 有没有人做过共价化合物的分子对接? B:薛定谔有，covalent docking。 A:有没有用过，结果可有价值? B:我有替实验室师兄做过一次，挺大的天然产物去对接，全塞进腔里了，感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点，以及化合物的反应基团及类型，比如迈克尔加成。 殷赋科技:@A 你要针对少数化合物进行对接还是大批量对接?处理方式可以不同。少量的话，就可以重点研究每一个对接构象，批量的话，就不好一个一个看了。 针对少量化合物，我就用Dock6来做非共价对接，然后再挑选合适的Pose，手动连接形成共价复合物。 A:通过分子对接的方法，能不能判断与蛋白是否可以形成共价结合呢? B:分子对接无法实现反应过程，能否形成还是得参考文献。 殷赋科技:共价结合的基础是合适的构象、反应部位靠近，部分反应需要水分子、金属离子或辅酶的参与。按照这个前提条件去过滤，可以把很大一部分化合物排除......阅读全文
共价化合物的分子对接问答详解三则
A: 有没有人做过共价化合物的分子对接? B:薛定谔有，covalent docking。 A:有没有用过，结果可有价值? B:我有替实验室师兄做过一次，挺大的天然产物去对接，全塞进腔里了，感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点，以及化合物的反应基团及类型，比如迈克尔加成。
共价化合物的分子对接问答详解三则
1A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?B:薛定谔有，covalent docking。A:有没有用过，结果可有价值?B:我有替实验室师兄做过一次，挺大的天然产物去对接，全塞进腔里了，感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点，以及化合物的反应基团及类型，比如迈克尔加成。殷赋科技:@A 你要针对少数化合
共价化合物的概念和特点
共价化合物：盐酸是氯化氢气体的水溶液。氢气跟氯气化合可以生成氯化氢气体。氯和氢都是非金属元素，不仅氯原子很容易获得1个电子形成最外层8个电子的稳定结构，而且氢原子也容易获得1个电子形成最外层2个电子的稳定结构。这两种元素的原子获得电子难易的程度相差不大，所以都未能把对方的电子夺取过来。两种元素的原子
离子化合物和共价化合物的性质差异
离子化合物是通过离子键形成的化合物，离子键是由电子转移（失去电子者为阳离子，获得电子者为阴离子）形成的。即正离子和负离子之间由于静电作用所形成的化学键。而共价化合物是通过共用电子构成的共价键结合而成的化合物，共价键是化学键的一种，两个或多个原子共同使用它们的外层电子，在理想情况下达到电子饱和的状态，
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
共价键的分子轨道理论
分子轨道理论分子轨道理论是比价键理论更精确的方法，其理论要点有1、分子中的电子不属于某个原子轨道，而属于整个分子；2、分子轨道由原子轨道线性组合而成，分子轨道数目等于组成分子轨道的原子轨道数目，其中些轨道能量降低，成为“成键轨道”另一些能量升高，成为“反键轨道”，还有一些能量不变，称“非键轨道”；
共价键的分子模型介绍
相比于键参数对共价键的描述，各种模型的描述显得更加直观。下表给出在分子模型中常用的颜色和对应元素。表6注：上表只是给出了常用的元素和对应颜色，与实际情况存在着一定的出入。球棍模型（Ball-and-stick models）图11 甲烷的球棍模型(左)与比例填充模型球棍模型又称“空间填充模型”，是一
化合物活性预测相关知识问答
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
分子遗传学词汇共价延伸
中文名称：共价延伸英文名称：covalent elongation;covalent extension定 义：滚环复制时在一条断裂的亲本链3'-羟基端上不断地发生DNA聚合作用。应用学科：遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
共价键分子轨道理论
分子轨道理论是比价键理论更精确的方法，其理论要点有1、分子中的电子不属于某个原子轨道，而属于整个分子； 2、分子轨道由原子轨道线性组合而成，分子轨道数目等于组成分子轨道的原子轨道数目，其中些轨道能量降低，成为“成键轨道”另一些能量升高，成为“反键轨道”，还有一些能量不变，称“非键轨道”；3、原子轨道
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式
项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。 图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（蛋白...
分子对接采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。 图1.化合物1的化学结构 2.计算方法从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV6，分辨率：3.19 Å），以第一个构象作为
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
化合物虚拟筛选平台技术交流问答
虚拟筛选相关A:问一下，贵公司有没有关于虚拟筛选的在线培训课程?小殷 :没有呢。不过今年平台会上线虚拟筛选功能，届时会针对此功能进行免费培训。A :哦哦，之前看过公众号的教程，哈哈哈，但是想系统学一下如何选择和使用分子库。殷赋科技 : 分子库大多使用商业库，主要看你们经费条件。尽量选择结构多样性良好
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（CO
分子遗传学词汇共价闭合环状DNA
中文名称：共价闭合环状DNA外文名称：cccDNA定义：共价闭合环状DNA（cccDNA）是乙型肝炎病毒的原始复制模板,对乙型肝炎病毒的复制具有重要的意义,药物难以清除。
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
如何科学合理地对待分子对接结果？
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能左右的。由于
如何科学合理地对待分子对接结果
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？ 讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能
什么是分子化合物？
化合物成分子状态者称为分子化合物，如水、糖等。