如何科学合理地对待分子对接结果
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？ 讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能左右的。由于研究对象千差万别、研究内容错综复杂，很难有一个公认的标准去判断对错。我们对待分子对接结果的总原则是，尽可能多地获得来自实验方面的可靠信息，然后根据你对该体系的了解，做出合理的判断。若没有明确证据支持你排除某个结果，就接受它；从众多结果中，选择最合理的那个。 以下探讨，是在没有实验数据、文献参考的情况下进行的，因此，可用信息不多，这也是大家普遍遇到的情况。 1、针对单个配体的分析 根据“锁钥原理”和“诱导契合”理论，配体分子能够正确结合在蛋白口袋内，其在形状上和静电分布上应当与口袋吻合（互补），并有足够多......阅读全文
如何科学合理地对待分子对接结果
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？ 讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能
如何科学合理地对待分子对接结果？
这不是一个简单的问题，我没有做过系统性的研究，仅说一下经验之谈。欢迎大家留言讨论，各抒己见。将问题分解一下，本文主要回答两个问题：A、如何判断结合模式好坏？B、如何评价结合能力高低？讨论的重点是结合模式的判断，因为我们已知现有的对接软件的打分函数预测能力非常有限，而且一般情况下是我们不能左右的。由于
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
徐长庆：如何申报和对待科学基金
徐长庆对年轻人标书的指导意见和网友的感谢留言。 开始申请国家自然科学基金项目时，哈尔滨医科大学教授徐长庆曾5次铩羽而归。此后，他总结经验，渐入门径，先后将6项国家自然科学基金项目收入囊中。2011 年，他门下毕业的博士有11 位申报国家自然科学基金，其中9人获得资助。
如何合理地选择稀释剂？
应用高效液相色谱检测时，流动相的选择十分重要，因此稀释剂的选择就成为重中之重。根据高效液相色谱检测的不同要求，可以选择不同的类型的稀释剂。而选择时的LC-MS级这一指标到底有何意义?本文对此予以了详尽的解答。 众所周知，在高效液相色谱检测中要使用高纯度稀释剂作为流动相，在此有不同纯度
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
雪花制冰机如何合理地使用
在选购雪花制冰机的时候，正确选择配套零配件，才能增加制冰机的使用寿命，提高制冰机的使用效率。雪花制冰机给我们的生活带来的方便，然而我们在使用的时候要合理正确的使用，这样才能延长它的寿命。具体怎样使用介绍如下： (1)雪花制冰机应使用独立电源，专线供电并配有熔断器及漏电保护开关，而且要可靠接地。
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
BET吸附，我们要如何对待
1. BET吸附理论 注：BET吸附理论建立在Langmuir吸附理论的基础上。 BET吸附模型的基本假设为： （1）吸附位在热力学和动力学意义上是均一的（吸附剂表面性质均匀），吸附热与表面覆 盖度无关； （2）吸附分子间无相互作用，没有横向相
国外名校如何对待校园游览
暑假及平时参观大学校园需要提前预约，这不是北大、清华、武大等我国著名高等学府的特例，国外很多著名大学一直在这么做，可以说这是一种国际惯例。 举例来说，美国哈佛大学和斯坦福大学的校园参观，一般包括个人自助游、由学生引导的公众步行游览、潜在的本科生游览以及团队游览等。一般的校园步行游览主要针对
国外名校如何对待校园游览
暑假及平时参观大学校园需要提前预约，这不是北大、清华、武大等我国著名高等学府的特例，国外很多著名大学一直在这么做，可以说这是一种国际惯例。图片来源于网络 举例来说，美国哈佛大学和斯坦福大学的校园参观，一般包括个人自助游、由学生引导的公众步行游览、潜在的本科生游览以及团队游览等。一般的校园步行游
BET吸附，我们要如何对待
1. BET吸附理论 注：BET吸附理论建立在Langmuir吸附理论的基础上。 BET吸附模型的基本假设为： （1）吸附位在热力学和动力学意义上是均一的（吸附剂表面性质均匀），吸附热与表面覆 盖度无关； （2）吸附分子间无相互作用，没有横向相互作用； （3）吸附可以是多分子层的，且不
“氢潮”而来，我们应如何对待？
“这两年，氢能在我国掀起了非常大的热潮。” 在日前举办的2019中国电机工程学会年会上，中国工程院院士、中国矿业大学教授彭苏萍谈起今年8月中国工程院举行的一场氢能项目咨询会。会议吸引了国内39个省、市级政府和100多家企业，本来准备的300人小会场，最后来了将近700人。 而与中国这股热浪形
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
曼德拉曾倡导科学对待艾滋病
在世界人民哀悼纳尔逊·曼德拉时，一些观察人士回想起了他在南非高度紧张的艾滋病危机中倡导科学所起的关键作用。当时，曼德拉的继任者、南非总统Thabo Mbeki拒绝科学界达成的共识，并支持艾滋病病毒(HIV)并不会引起艾滋病的观点，研究人员估计，Mbeki的做法使政府承担了30万并不必要的疾病
杨雄里院士：辩证对待科学权威与创新
4月16日下午，在大家热烈的掌声中，年已耄耋的白发老人缓缓起身鞠躬，在相辉堂北堂亮相开讲。他就是神经生物学家、中国科学院院士、发展中国家科学院院士、复旦大学教授、脑科学研究院学术委员会主任杨雄里先生。面向2023级公卫、护理、临床、口腔等四个院系学生，杨雄里以《科学的权威和权威的科学》为题，讲授“强
新华时评：科学问题要用科学的态度来对待
陷入争议漩涡一年之后，河北科技大学副教授韩春雨主动撤回了关于新基因编辑技术的论文。当初刊发其论文的《自然·生物技术》3日发表社论说，“我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。” 此事给予我们的最大启示，也是下一步探寻真相的原则，莫过于科学的问题要用科学的态度来对待。
院士专家纵论如何对待转基因产品
嘉宾 中国工程院院士、中国农业科学院副院长 吴孔明 农业转基因生物安全委员会副主任委员 彭于发 中国疾病预防控制中心营养与食品卫生所研究员 徐海滨 近期，一些媒体报道对转基因技术提出多种质疑，如“中国消费转基因大豆油的区域是肿瘤发病集中区”“欧洲、美国禁止老百姓食用转基因
如何对接线端子EMC测试
由于电子产品出口国外需要做EMC测试，所以接线端子作为电子设备的配件产品也不例外，想要做出口贸易，那么就需要提前了解如何对接线端子EMC测试?下面世复检测来给大家做一个详细的攻略。 接线端子是用于实现电气连接的，那么就需要电磁兼容性测试EMC，EMC包含两大项：EMI(干扰)和 EMS(敏
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（CO
利用光预测化学疗法如何对待乳腺癌
如果数字光谱学（DOS）成为护理标准的一部分，癌症患者只能接受有效治疗肿瘤的药物。医生可能能够及时改变化疗方案，以避免药物不起作用的副作用。——Darren Roblyer，博士 -美国癌症协会受助人 在波士顿大学的实验室里，Darren Roblyer博士研究老鼠，发明了新的医疗设备，并指