必备技能！云序生物教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。使用者可以选择多种显示模式，以heat map、柱状图、散点图或其他形式查看他们的数据。更为吸引人的是IGV的使用是免费的哟！ 测序数据reads通过与参考基因组比对可以直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。 前期准备工具： IGV软件 参考基因组：例人参考基因组Homo_sapiens_HG19.sorted.gtf 测序数据文件：例bam、bw等 一、IGV下载及安装 1.请打开您常用的浏览器，在......阅读全文
云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RN
实验分析研究人员必备的100个基础技能（二）
21.提高分析准确度的方法有那些? 选择合适的分析方法，增加平行测定的次数，消除测定中的系统误差。 22.偶然误差的特点及消除方法? 特点：在一定条件下，有限次测量值中其误差的绝对值，不会超过一定界限，同样大小的正负偶然误差，几乎有相等的出现机会，小误差出现机会多，大误差出现机会少。
实验分析研究人员必备的100个基础技能（四）
61.分析工作分哪两个步骤进行? 首先，测出物质的组成，完成此任务的方法称定性分析法; 然后，再确定这些组分的相对百分含量，完成此任务的方法称定量分析法; 由此，可知分析化学是由定性分析和定量分析两大部分组成的。 在一般分析中定性分析必先于定量分析。 62.按操作方法不同化学分析
实验分析研究人员必备的100个基础技能（五）
81.物质的一般分析步骤? 通常包括采样，称样，试样分解，分析方法的选择，干扰杂质分离，分析测定和结果计算等几个环节。 82.在滴定分析中用到三种准确测量溶液体积的仪器是什么? 滴定管，移液管和容量瓶。 83.酸式滴定管涂油的方法是什么? 将活塞取下，用干净的纸或布把活塞和塞套内
实验分析研究人员必备的100个基础技能（一）
1.酸式滴定管涂油的方法是什么? 将活塞取下，用干净的纸或布把活塞和塞套内壁擦干，用手指蘸少量凡士林在活塞的两头涂上薄薄一圈，在紧靠活塞孔两旁不要涂凡士林，以免堵隹活塞孔，涂完，把活塞放回套内，向同一方向旋转活塞几次，使凡士林分布均匀呈透明状态，然后用橡皮圈套住，将活塞固定在塞套内，防止滑出。
实验分析研究人员必备的100个基础技能（三）
41.如何求得吸光光度法测量物质含量的标准曲线? 首先配制一系列(5～10个)不同浓度的标准溶液，在溶液吸收最大波长下，逐一测定它们的吸光度A(或透光率T%)，然后，用方格坐标纸以溶液浓度为横坐标，吸光度为纵坐标作图，若被测物质对光的吸收符合光的吸收定律，必然得到一条通过原点的直线，即，标准曲线
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（一）
从表达谱至海绵机制完美进阶，教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究文章导读：禽白血病病毒J亚群(ALV-J)属于逆转录病毒属，慢病毒亚科的家族成员，可引起禽类多种肿瘤性疾病，如骨髓细胞瘤、肉瘤、血管瘤、肾肿瘤和成红细胞增多症，以及禽类骨髓白血病，导致受感染鸡的高死亡很率。该分散的ALV-J菌株分布广泛
教你几招轻松区分粪类圆线虫和钩虫
寄生虫一直在我们身边，并没有那么遥远。虽然不如解放初期那般泛滥，现如今其实也并不少。本人虽然工作很多年从来没找到过，但是在丁香园论坛和群里面各位同行发现了不少。地域性也是比较强，广东、广西、云南等地寄生虫发现率还不算低。 其中以蛲虫检出率最高，甚至可以在大便中见到成虫，镜下也可以见到成
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（二）
3.gga-miR-373 通过与YAP1的3’UTR区结合负调控YAP1的表达，并且过表达gga-miR-375可减弱EMT生信预测揭示YAP1是gga-miR-375的潜在靶基因，进一步的双荧光素酶报告基因证实了gga-miR-375可通过结合YAP1的3’UTR区抑制YAP1的表达；在体外细胞
日本实现活体生物体内蛋白质状态的可视化
日本九州大学和东京大学的一个联合研究小组日前说，他们利用长约1毫米的线虫进行的实验中，首次成功看到活体生物体内蛋白质变化的情况。 九州大学助教广津崇亮等研究人员对线虫头部嗅觉神经中负责传递气味信号的Ras蛋白质进行了研究。他们通过基因操作，将一种发光颜色会随Ras蛋白质状态变化而变化的分子
光子的量子纠缠实现快速可视化
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/507000.shtm
云序环状RNA研究策略在环状RNA研究的应用（二）
4.对年龄相关性白内障circRNA的分析显示，circZNF292可以通过海绵机制调节miR-23b-3p功能发表期刊：Aging-us影响因子：4.831发表时间：2020.9.10研究方法：全转录组测序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down、双荧光素酶实验等云序提供文章链接：Pr
云序环状RNA研究策略在环状RNA研究的应用（一）
环状RNA作为新发现的RNA分子，从诞生之日起就是光环加身，屡屡登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期发表的《2019研究前沿》中，“环状RNA作为癌症新的生物标志物”成为生物科学领域6个新兴前沿之一。2019年环状RNA共发表SCI论文885篇，较2018年增长约20%，其中大
首创拉曼云平台！轻松分析复杂数据！
成千上万条拉曼光谱数据，到底蕴含了哪些生物学意义？代码不熟、理论知识不足、终端算力不够，也想轻松徜徉拉曼数据瀚海？人工智能时代，一切皆有可能！在刚刚落幕的2024中国生命科学大会上，青岛星赛生物科技有限公司（以下简称“星赛生物”）正式发布了一站式拉曼组智能云专家系统——拉曼智云（RamanAI；ww
2019年云序RNA甲基化修饰领域文章汇总
感恩有你，一路同行！2019年末，云序生物携全体员工对一直以来关心和支持公司发展的广大新老客户致以最诚挚的问候！光阴如梭，一年转瞬又将成为历史，新的一年意味着新的起点、新的机遇、新的挑战，决心再接再厉，更上一层楼。回首即将过去的2019，云序生物不断创新，硕果累累；展望2020，任重道远却信心倍
新年大扫除！化学妹子教你如何轻松搞定
新年将近，又快到了年底“洗旧迎新”大扫除的时候。一个清新、干净的家庭环境无疑会让全家人新年过得更放心、更舒心！化学妹子带来了一些大扫除清洗时的小窍门……大家赶紧get起来吧。 【任务一】：清洗大件窗帘 窗帘，因拆洗不方便，往往年底才洗一次，灰尘与污垢自然积得比较多，成为大家年底洗涤的头等大事
如何辨别真阿胶－两个必备条件轻松鉴别真伪
真阿胶必须有两个必备条件：一是驴皮，二是东阿地下水，否则一概打入伪品之列。 欲知何为伪品阿胶，就要从伪品阿胶的出身说起。 李时珍在《本草纲目》中写得详细：“若伪者皆杂以马皮、旧革、靴、鞍之类，其气浊臭，不堪入药。当以黄透如琥珀色，或光黑如茔漆者为真。真者不做皮臭，夏
基因组DNA文库构建必备实验技巧
基因组DNA文库用途十分广泛，如用于人类及动植物基因组学研究，基因表达调控研究，分析、分离特定的基因片段等。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为四大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。一、分离基因组DNA（gDNA） 毫无
成为2020年“生命科学”界的人才，必备这11种技能
随着生命科学和生物技术的持续创新与重大突破，世界正在酝酿着新的产业革命。近年来，生物产业以势不可挡的势头迅猛发展，是最有可能成为下一个阿里巴巴的产业之一。为了应对行业的快速发展，人才也变得越来越紧俏。Biospace网站列举了需要成为2020年“生命科学”界的人才必备的11种技能。 1
关于举办“2021实验室人员必备技能提升专题培训班”
关于举办“2021实验室人员必备技能提升专题培训班”的通知 各有关单位：2020年虽然有疫情的影响，但我国药事改革仍然在持续进行。新药法带来的MAH、关联审评、新药注册分类，以及集中采购和GMP取消等一系列变化，以及今年新版药
轻松实现液相色谱的方法转换（二）
然后将方法转换到填充1.7μm填料的内径为2.1mm 的BEH C18 柱上。为了保持两个柱子上的线速度相同，将流速减小到0.22 ml/min，同时将进样量从2μl减少到0.8μl，压力为380bar。为了补偿延迟体积的差异，在梯度中引入了0.5min的初始持续时间。这些条件下的结果与用
轻松实现液相色谱的方法转换（一）
图1. 从Agilent 1200系列LC系统到Agilent 1290 Infinity LC系统的方法转换。 本文对Agilent 1290 Infinity液相色谱系统用于测定盐酸胃复安药物制剂中的杂质和有关物质的性能进行了评价。1200系列HPLC系统上的常规LC方法很
小白必看！RNA甲基化整体水平鉴定的方法汇总
RNA甲基化（RNA methylation）是一类表观遗传修饰，在已经发现的超过100种不同的RNA化学修饰中，主要有6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）、5-甲基胞嘧啶（C5-methylcytidine, m5C）和1-甲基腺嘌呤（N1-methyladenos
又传喜讯云序客户一次测序两项成果影响因子合计10分！
感恩有你，一路同行，新年快乐！ 感恩有你，一路同行！2019年伊始，云序生物携全体员工对一直以来关心和支持公司发展的广大新老客户致以最诚挚的问候！一元复始，万象更新！转眼间我们迎来了2019年，站在新时代新的历史起点，回望刚刚过去的2018年，不断创新收获硕果丰盈；展望2019，任重道远却
人类中心粒组装实现可视化
沿着纵轴切割并从上方观察的人类中心粒模型。瑞士日内瓦大学科学家将高分辨率显微镜和运动学重建技术相结合，成功实现人类中心粒组装过程可视化。发表在《细胞》杂志上的这项研究，阐明了中心粒组装的复杂性，为研究其他细胞器开辟了新途径。中心粒是细胞内的一种桶状结构，由多个蛋白质组成。这些蛋白质的突变可引起一系列
微生物代谢的原位拉曼可视化定量分析成功实现
记者21日从中科院海洋研究所获悉，该所研究员张鑫课题组和孙超岷课题组共同合作，基于共聚焦显微拉曼技术，通过三维定量成像实现了长期、近实时、非破坏性的微生物监测，对微生物生长和代谢情况进行可视化及定量分析，为未来分析微生物原位生物过程提供了新思路。研究成果近日发表于《微生物学谱》上。记者了解到，张鑫课
微生物代谢的原位拉曼可视化定量分析成功实现
记者21日从中科院海洋研究所获悉，该所研究员张鑫课题组和孙超岷课题组共同合作，基于共聚焦显微拉曼技术，通过三维定量成像实现了长期、近实时、非破坏性的微生物监测，对微生物生长和代谢情况进行可视化及定量分析，为未来分析微生物原位生物过程提供了新思路。研究成果近日发表于《微生物学谱》上。 固体培养基
揭示Y染色体上LncRNA－TTTY15促进前列腺癌细胞的增殖和迁移
前列腺癌（Prostate cancer，PCa）作为男性发病率第二的癌症，严重影响了患者生殖健康和生活质量。由于前列腺癌受多种基因调控，且目前缺乏相关机制方面的深入研究，治疗效果往往不甚理想。随着高通量技术的发展，使研究PCa相关分子标志物基因和作用机制成为可能。目前，已有报道指出许多明星Ln
基因组DNA文库构建必备实验技巧2
技术支持资料：材料缓冲液和溶液- 碱裂解液I , 4°C50 mM 葡萄糖25 mM Tris-Cl (pH 8.0)10 mM EDTA (pH 8.0)配制碱裂解液I 约100ml，灭菌，保存在四度。- 碱裂解液II，新鲜配置，室温保存0.2 N NaOH （从10N的NaOH新鲜制备）1% (
基因组DNA文库构建必备实验技巧1
基因组DNA文库用途十分广泛，如用于人类及动植物基因组学研究，基因表达调控研究，分析、分离特定的基因片段等。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为四大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。一、分离基因组DNA（gDNA） 毫无