必备技能！云序生物教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。使用者可以选择多种显示模式，以heat map、柱状图、散点图或其他形式查看他们的数据。更为吸引人的是IGV的使用是免费的哟！ 测序数据reads通过与参考基因组比对可以直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。 前期准备工具： IGV软件 参考基因组：例人参考基因组Homo_sapiens_HG19.sorted.gtf 测序数据文件：例bam、bw等 一、IGV下载及安装 1.请打开您常用的浏览器，在......阅读全文
必备技能！云序生物教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质
教你巧用IGV轻松实现基因组的可视化
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染
巧用荧光成像，实现肿瘤干细胞的可视化治疗
众所周知，肿瘤由各种不同类型的细胞构成，目前我们还不清楚光动力检测是否能够识别肿瘤内部的所有细胞。 肿瘤干细胞（Cancer stem cells ，CSCs）是一种极其重要的、具有自我更新能力的肿瘤细胞。它们是影响肿瘤进程和放/化疗抗性的主要细胞类型，也是导致治疗后肿瘤复发的主要原因。评估以
云序生物环状RNA研究文章汇总
环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品，严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章，受到了广大客户的一致好评。迄今为止，云序已经积累了超过10000例环状RNA测序的经验，样本覆盖20多个物种以及50多种疾病，客户发表文章达
云序客户再发高分文章，教你如何玩转tRNA机制研究
“忽如一夜春风来，千树万树梨花开！”自然界的花花草草在悄无声息的感受着大自然的变化。随着全球气候的变化，环境温度也在不断的变化，那么什么是温度感受器？AET1是tRNA上鸟苷转移酶，它是水稻高温条件下正常生长所必需的。本文研究结果表明，tRNAHis鸟苷转移酶AET1在植物应对高温环境中发挥着重
云序客户再发高分文章，教你如何玩转tRNA机制研究
文章导读： “忽如一夜春风来，千树万树梨花开！”自然界的花花草草在悄无声息的感受着大自然的变化。随着全球气候的变化，环境温度也在不断的变化，那么什么是温度感受器？AET1是tRNA上鸟苷转移酶，它是水稻高温条件下正常生长所必需的。本文研究结果表明，tRNAHis鸟苷转移酶AET1在植物应对
如何快速查找LncRNA序列
查找LncRNA序列的网站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC数据库等。今天，小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。 一．根据LncRNA来源数据库，进入相应链接。 1. Genebank：https://www.ncb
教你轻松搞定血气分析
目前，血气分析已被广泛应用于临床各科，特别是在危重病人抢救中占重要地位。它有助于了解病情、鉴别诊断、观察疗效和估计预后。通过血气分析，能对病人的通气功能，换气功能主要是缺氧和二氧化炭潴留情况,及机体的酸碱状态，电解质紊乱的程度有一个较全面的了解。同时，PH值是估计预后的主要特征之一，即pH值愈低，纠
赛默飞虚拟云展厅，3D－AR－轻松实现
80多年来，赛默飞世尔科技（以下简称“赛默飞”）的冻存设备一直都是值得客户信赖的工作伙伴，为宝贵的样品与科研成果提供稳定、可靠的保存环境。我们从客户的实际应用出发，以高品质、可持续的产品和解决方案助力客户事业的成功。 除了高品质的冻存设备产品和完整的场景解决方案，我们一直重视客户的数字化体验，
揭示eccDNA新功能—驱动神经母细胞瘤基因组重排
在刚刚过去不到一个月的时间，染色体外环状DNA（eccDNA）重大科研成果相继刊登上Nature、Cell、Nature Genetics等重量级期刊，这无疑将eccDNA推向21世纪20年代科学研究的风口浪尖，吸引无数科学工作者的眼球。前期报道表明eccDNA能导致原癌基因扩增，极大地促进肿瘤
Nature－Genetics－揭示eccDNA功能—驱动神经母细胞瘤基因组重排
在刚刚过去不到一个月的时间，染色体外环状DNA（eccDNA）重大科研成果相继刊登上Nature、Cell、Nature Genetics等重量级期刊，这无疑将eccDNA推向21世纪20年代科学研究的风口浪尖，吸引无数科学工作者的眼球。前期报道表明eccDNA能导致原癌基因扩增，极大地促进肿瘤
云序生物最新“RNA－甲基化”研究汇总拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育期，
云序生物为你解密ATACseq研究方案
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢？ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某
云序生物最新“RNA－甲基化”研究汇总拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育期，
教你轻松看懂凝血常规
一、凝血酶原时间（PT） 1、正常参考值：12-16秒。 2、临床应用：凝血酶原时间是检查外源性凝血因子的一种过筛试验，是用来证实先天性或获得性纤维蛋白原、凝血酶原、和凝血因子Ⅴ、Ⅶ、Ⅹ的缺陷或抑制物的存在，同时用于监测口服抗凝剂的用量，是监测口服抗凝剂的首选指标。据报道，在口服抗凝剂的过程
多功能植物小RNA分析工具|一站式小RNA分析及可视化
日，《科学通报》在线发表了华南农业大学园艺学院教授夏瑞团队最新研究成果，他们研究开发出一款多功能植物小RNA分析工具——sRNAminer，可便于研究人员进行一站式小RNA分析及可视化。 据介绍，植物小RNA是植物生长发育和营养繁殖过程的重要调控分子。目前已有的分析工具多数依赖于命令行环境，
科学家开发一款多功能植物小RNA分析工具
近日，《科学通报》在线发表了华南农业大学园艺学院教授夏瑞团队最新研究成果，他们研究开发出一款多功能植物小RNA分析工具——sRNAminer，可便于研究人员进行一站式小RNA分析及可视化。 sRNAminer软件整体功能概览。课题组供图 据介绍，植物小RNA是植物生长发育和营养繁殖过程的重要
同时检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶RNA甲基化水平(下)
又到了一周云序生物课堂开讲时间！你，准备好了吗？ 上一期文章当中，云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同，例如METTL3在AML、B
快速检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶RNA甲基化水平(下)
又到了一周云序生物课堂开讲时间！你，准备好了吗？ 上一期文章当中，云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同，例如METTL3在AML、B
云序生物独家首发m5C－RNA甲基化测序
m5C RNA甲基化简介 通过分析近几年的国自然立项，可以发现RNA甲基化这两年的基金项目呈指数级增长的趋势：特别是从2015年的5项到2017年的25项，项目增长尤为显著。仅2018年1月的RNA甲基化文献就达到25篇，可以说RNA甲基化的发展已经到了井喷阶段，多篇文章荣登CNS级别期刊
云序生物独家首发m5C－RNA甲基化测序
m5C RNA甲基化简介 通过分析近几年的国自然立项，可以发现RNA甲基化这两年的基金项目呈指数级增长的趋势：特别是从2015年的5项到2017年的25项，项目增长尤为显著。仅2018年1月的RNA甲基化文献就达到25篇，可以说RNA甲基化的发展已经到了井喷阶段，多篇文章荣登CNS级别期刊
怎样巧用离心机呢？小析姐教你几招。。
目前，实验室常用的是电动离心机，因其转动速度快，要注意安全，特别要防止在离心机运转期间，因不平衡或试管垫老化，而使离心机边工作边移动，使其从实验台上掉下来，或因盖子未盖，离心管因振动而破裂，玻璃碎片旋转飞出，造成事故。因此，使用离心机时，必须注意如下操作： （1）离心机套管底部要垫棉花或试管垫
教你巧用万用表测量大值电阻
31/2位和41/2位数字万用表电阻档的最大量程一般是20MΩ。对于31/2位数字万用表而言，使用不同的电阻量程也只能测量0.1Ω～19.99MΩ范围内的电阻；而对于41/2位数字万用表，则只能测量0.01Ω～19.999MΩ范围内的电阻。当被测电阻Rx≥20MΩ时，仪表将显示溢出符号“
新研究实现脊椎动物基因组复制的可视化分析
近日，中山大学海洋科学学院副教授卢建国团队成功构建脊椎动物基因组复制数据库DupScan和一站式分析平台，实现了脊椎动物基因组复制的的可视化分析。相关研究发表于Nucleic Acids Research。卢建国副教授为该论文第一作者和通讯作者，硕士研究生黄沛霖为第二作者，南开大学计算机学院刘健教授
云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇
RNA甲基化领域是当前最耀眼的国际科研明星，也是国自然申请的大热点；究其原因，是因为最近一两年，RNA甲基化的功能与分子机制方面取得了巨大的进展。RNA甲基化已被证实在癌症发生发展，病毒感染，神经发育，干细胞分化等过程中发挥着关键作用。今天，我们承接上一期的癌症篇，为您带来病毒领域的RNA甲基化
最新云序生物m6A“RNA甲基化”研究汇总—癌症篇
一个月发表30多篇10分以上的文章，到底是何方神圣？答案：RNA甲基化。今天小编先来介绍一下m6A RNA甲基化。 m6A是真核细胞中mRNAs丰度最高的甲基化修饰，在包括组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克以及DNA损伤应答，母本合子(maternal-to-zygotic)转化等多个
SMAD2/3与TGFβ影响转录因子发生m6ARNA甲基化调控干细胞发育
文章导读： 胚胎干细胞作为一种全能性细胞，通过增殖和分化，产生动物体所有组织和器官的细胞。已有研究表明，胚胎干细胞发生m6A RNA甲基化，大多与细胞增殖[1-2]，免疫应答[4]关系密切。然而，对于m6A修饰在胚胎干细胞向神经内胚层细胞分化过程中的分子机制目前并没有相关报道。今天，分享一
影响因子高达7.8分的直肠癌转移肝癌环状RNA文章思路解析
云序客户发表首篇直肠癌转移肝癌环状RNA文章，影响因子高达7.8分! 文章导读： 在非编码RNA的大家族中，环状RNA是近年来继microRNA和lncRNA之后又一个明星成员。因其3’-5’端成环，所以在生物体中具有稳定性高，不易被降解的特性。大部分环状RNA通过直接或间接调控m
云序生物客户发表的首篇吉西他滨耐药胰腺导管癌环状RNA
本篇文章主要研究的药物是吉西他滨，其主要应用于晚期胰腺癌病人的治疗，可是若病人对此类药物产生了耐药反应，那势必会影响患者的生活质量，甚至生命。目前，对于吉西他滨对胰腺癌耐药机制研究尚不明朗。作者首先构建了对吉西他滨耐药细胞系，并通过全转录组测序比较了耐药与正常细胞系之间环状RNA的表达谱。通过生
云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RN