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芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄籽种皮（SY）以及近等位基因系棕籽种皮（NILA）的转录组基因，对检测结果进行De Novo拼接，超过1.16亿个高质量的reads被组装成69,605个独立基因，其中以E value值为10-5为截点，大约71.5%（49,758个独立基因）能比对到Nr蛋白数据库。RPKM分析结果显示，棕籽种皮较黄籽种皮，有802个基因上调，502个基因下调。生物学通路分析显示，46个基因与类黄酮合成相关。在黄籽中，与后期类黄酮生物合成相关的编码基因二氢黄酮还原酶(DFR)、白花色素双加氧酶(LDOX)、花色素还原酶(ANR)不表达或者表达水平非常......阅读全文
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄籽种
COG分类：将49,758个能比对到 Nr蛋白数据库的基因进行COG分类，结果显示25,140个基因聚成25种功能组。其中最大的COG分类组为信号转导机制组（10,471个基因大约占41.6%），详见Figure 5。 Figure 5. COG function classificatio
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu
NON-Clickable Image The pyrimidine ribonucleotides, those found in RNA, are uracil and cytosine, each containing the sugar ribose and a nitrogenou
Tandem mass spectrometry (MS/MS) now plays a very important role in protein identification due to its fastness and its high sensitivity.The deriv
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6
淫羊藿，作为我国传统中草药之一，已有两千多年的历史，始载于《神农本草经》，具有补肾壮阳、强筋健骨、祛风除湿的功效。研究表明淫羊藿药用植物中的主要活性成分是类黄酮化合物，特别是C8-异戊烯黄酮醇苷类化合物，例如淫羊藿苷、淫羊藿素、朝藿定C等。另外，淫羊藿属植物因其具有奇特的花型、丰富多彩的花色及
Genome Sequencer FLX (GS FLX)系统是罗氏454 公司的第二代测序台，GS FLX的命名正是来源于其在多领域的灵活(flexible)应用。随着该系统性能和应用领域的不断提升和扩展，必将带动整个测序领域的技术发展，对大规模基因序列研究的相关应用领域产生巨大的推动作用。美吉生
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25