10月4日《自然》杂志内容精选
牡蛎基因组所显示的防卫机制 牡蛎是河口生态系统中的重要物种，也是世界范围内最重要的水产养殖物种之一。本期Nature报告了太平洋牡蛎基因组的测序结果和组成情况。与其他基因组所作的对比显示，它们的防卫基因有所增加，这是对作为潮间带中一种“固着物种”的生活方式的一种适应，是甲壳的形成及与幼虫发育相关基因的骤变的一个通道，这个通道的复杂程度令人吃惊，突显了它们在适应性方面对于海洋无脊椎动物的重要性。 糖尿病与肠道元基因组 Ⅱ型糖尿病的发病率已知与遗传因素和环境因素都有关系，曾有人提出，小肠微生物群发生的变化也可能牵涉其中。Jun Wang及其同事建立了一种新颖的研究方法，被称为“元基因组范围的关联研究”，用来比较健康人和糖尿病患者粪便微生物群的综合基因内容。他们识别出与其中任何一个人群相关的多种微生物和代谢通道，并且发现其中一些还可能用作生物标记。 乳腺癌中的基因变异 来自“癌症基因组图谱”联合体的这......阅读全文
乳腺癌基因组揭秘
10月23日分别发表于《自然》和《自然—遗传学》的两篇论文介绍了与乳腺癌风险上升相关的遗传变异。人们希望全基因组关联研究（收集大量个体数据进行研究）能够改进该疾病的筛选、早期检测和治疗。 乳腺癌风险受遗传影响，虽然之前已知105个遗传区域与乳腺癌相关，但是它们对于患病风险的影响在很大程度上仍未
乳腺癌基因组揭秘
10月23日分别发表于《自然》和《自然—遗传学》的两篇论文介绍了与乳腺癌风险上升相关的遗传变异。人们希望全基因组关联研究（收集大量个体数据进行研究）能够改进该疾病的筛选、早期检测和治疗。 乳腺癌风险受遗传影响，虽然之前已知105个遗传区域与乳腺癌相关，但是它们对于患病风险的影响在很大程度上仍未
Nature子刊：乳腺癌如何导致糖尿病
2型糖尿病和乳腺癌似乎是两种截然不同的疾病，除了共同之处外别无他物。在美国，每8名女性中就有1人会在一生中患上侵袭性乳腺癌，使其成为仅次于各种皮肤癌的第二常见恶性肿瘤。超过10%的美国人患有糖尿病，预计五分之二的人会在人生的某个阶段患上这种慢性疾病。然而，之前的研究已经显示了这两种情况之间的联系。例
基因组检测让部分乳腺癌无需化疗
美欧多国研究人员日前在新一期《新英格兰医学杂志》上报告说，基因组测试可以识别出部分早期乳腺癌患者复发风险低，术后无需化疗。这一方法可用来预测癌症患者的生存情况，为医生和患者选择治疗方案提供依据。 欧洲9国近6700名乳腺癌早期患者在接受手术治疗后，研究人员采用一种名为MammaPrint的方法
乳腺癌治疗也需微生物帮忙
乳腺癌是中国女性发病率最高的恶性肿瘤，且发病率逐年升高。其中，三阴性乳腺癌恶性程度较高，患者生存预后较差，易出现早期复发和转移，且既往缺乏有效的针对性治疗策略，素有最“毒”乳腺癌之称。 近日，复旦大学肿瘤医院教授邵志敏、江一舟课题组携手复旦大学基础医学院教授赵超课题组，发现微生物代谢产物氧化三甲
10月4日《自然》杂志内容精选
牡蛎基因组所显示的防卫机制 牡蛎是河口生态系统中的重要物种，也是世界范围内最重要的水产养殖物种之一。本期Nature报告了太平洋牡蛎基因组的测序结果和组成情况。与其他基因组所作的对比显示，它们的防卫基因有所增加，这是对作为潮间带中一种“固着物种”的生活方式的一种适应，是甲壳
10月4日《自然》杂志精选
牡蛎基因组所显示的防卫机制 牡蛎是河口生态系统中的重要物种，也是世界范围内最重要的水产养殖物种之一。本期Nature报告了太平洋牡蛎基因组的测序结果和组成情况。与其他基因组所作的对比显示，它们的防卫基因有所增加，这是对作为潮间带中一种“固着物种”的生活方式的一种适应，是甲壳的形成及
表观基因组对糖尿病发展作用揭示
英国《自然·通讯》期刊近日发表的一篇表观遗传学论文，揭示了表观基因组对疾病发展的作用，探索了环境对Ⅰ型糖尿病发展产生影响的线索。科学家在Ⅰ型糖尿病病人中发现了免疫基因的表观遗传变化，而这些机制对人类来说仍是未解的谜题。 过去十年来，Ⅰ型糖尿病的发病率出现了显著上升，这被认为是环境因素（比如感
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
微生物所发现三阴性乳腺癌潜在靶点
乳腺癌在妇女肿瘤中发病率排第一，严重威胁国人健康。三阴性乳腺癌（即雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和原癌基因Her-2均为阴性）约占乳腺癌病理类型的15%-20%，是一种恶性程度很高的肿瘤，目前治疗手段和药物极其有限，缺乏治疗靶点和靶向药物，亟须发现新的潜在靶标。 中国科学院微生物研究所
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
年轻患者BMI对乳腺癌基因组复发特征的影响
根据韩国团队的一项新研究，体重指数 (BMI) 似乎会影响具有雌激素受体 (ER) 阳性、HER2/ERBB2 阴性乳腺癌病史的年轻女性基于基因表达的乳腺癌复发评分. “这项研究的结果表明，增加 BMI 可能与年轻的 ER 阳性、ERBB2 阴性乳腺癌患者的基因组风险更高有关，”江南 Seve
基因组测试可识别乳腺癌患者复发风险－术后无需化疗
美欧多国研究人员日前在新一期《新英格兰医学杂志》上报告说，基因组测试可以识别出部分早期乳腺癌患者复发风险低，术后无需化疗。这一方法可用来预测癌症患者的生存情况，为医生和患者选择治疗方案提供依据。 欧洲9国近6700名乳腺癌早期患者在接受手术治疗后，研究人员采用一种名为MammaPrint的方法
微生物决定糖尿病患者粪便移植成败
荷兰的一项小规模临床试验发现，移植瘦人的粪便可以暂时提高肥胖男性的胰岛素耐受性——但只有一半受试者出现了反应。经过进一步调查，研究人员发现可以通过分析每个病人的粪便细菌组成，预测治疗的成败。这有助于为糖尿病患者的个性化粪便移植的发展提供帮助。相关论文近日刊登于《细胞—代谢》杂志。 “我们已
微生物决定糖尿病患者粪便移植成败
荷兰的一项小规模临床试验发现，移植瘦人的粪便可以暂时提高肥胖男性的胰岛素耐受性——但只有一半受试者出现了反应。经过进一步调查，研究人员发现可以通过分析每个病人的粪便细菌组成，预测治疗的成败。这有助于为糖尿病患者的个性化粪便移植的发展提供帮助。相关论文近日刊登于《细胞—代谢》杂志。 “我们已经
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
基因组检测让乳腺癌患者无需化疗－帮助选择治疗方案
美欧多国研究人员日前在新一期《新英格兰医学杂志》上报告说，基因组测试可以识别出部分早期乳腺癌患者复发风险低，术后无需化疗。这一方法可用来预测癌症患者的生存情况，为医生和患者选择治疗方案提供依据。 欧洲9国近6700名乳腺癌早期患者在接受手术治疗后，研究人员采用一种名为MammaPrint的方法
研究发现2型糖尿病患者新的基因组特征
斯特灵大学的专家在了解人们如何应对预防2型糖尿病的生活方式治疗方面取得了突破。 该研究小组包括来自健康科学与体育学院的学者，他们在治疗干预后发现了2型糖尿病患者新的基因组特征。值得注意的是，它是人类肌肉胰岛素敏感性的第一个可靠信号。 科学家们相信，发表在主流期刊《核酸研究》上的这一发现将有助
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细...
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细胞克隆适应性不同生物会随着时间的推移不断进化，环境压力可促使具有某些特征的个体在群体中变得更加普遍。癌症也不例外，在不断增殖的肿瘤中，具有最佳竞争资源和抵御环境压力的癌细胞会逐渐占据主导地位。癌细胞的适应性（fitness）并不是一成不变的。在化疗药物
北京基因组所等开发通过外周血检测乳腺癌的新方法
近日，中国科学院北京基因组研究所研究员方向东等在Briefings in Bioinformatics 发表题为Platform-independent approach for cancer detection from gene expression profiles of peripher
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
“万种微生物基因组计划”在深圳启动
由深圳华大基因研究院联合中国微生物领域顶尖研究机构、院校和企业组成的“万种微生物基因计划”，八月一日在深圳启动。 据悉，该计划是深圳华大基因研究院在“国际千人基因组计划”后启动的又一重大基因组计划，目前该计划的地位为亚洲第一、世界第三。 该计划预计在三年内完成一万种微生物物种全基因组
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接(
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
研究人员构建人类阴道微生物基因组库
6月21日，深圳市宝安中医院（集团）副院长黄链莎、转化医学中心助理研究员孙文与大连医科大学副教授鄢秋龙等课题组的最新合作成果发表于《自然—微生物学》。人类女性阴道是一个包括细菌、真菌和病毒在内的复杂微生态系统，各微生物之间是相互制约、相互作用、相互依赖、对立统一的关系，其间的平衡关乎女性生殖健康及胎