构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细...
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细胞克隆适应性不同生物会随着时间的推移不断进化，环境压力可促使具有某些特征的个体在群体中变得更加普遍。癌症也不例外，在不断增殖的肿瘤中，具有最佳竞争资源和抵御环境压力的癌细胞会逐渐占据主导地位。癌细胞的适应性（fitness）并不是一成不变的。在化疗药物的治疗环境中表现最好的癌细胞可能与无药物环境中茁壮成长的癌细胞迥然不同。因此，预测肿瘤如何随时间演变，尤其治疗进程中的肿瘤变化，一直是肿瘤学家面临的一项重大挑战。此外，由于缺乏多克隆群体的多时间点单细胞抽样和时间统计模型，在确定癌症基因组适应性，尤其是由拷贝数改变（CNA）定义的基因适应性方面的进展受到了阻碍。MSK计算机生物学家Sohrab Shah和乳腺癌研究员Samuel Aparicio牵头进行了一项新研究，利用基于人类演化的群体遗传学原理构建的机器学习方法，预测人类乳腺癌细胞克隆适应性的演变。该研究成果近日发表在Nature......阅读全文
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细...
构建单细胞癌症基因组时间序列模型，可预测乳腺癌细胞克隆适应性不同生物会随着时间的推移不断进化，环境压力可促使具有某些特征的个体在群体中变得更加普遍。癌症也不例外，在不断增殖的肿瘤中，具有最佳竞争资源和抵御环境压力的癌细胞会逐渐占据主导地位。癌细胞的适应性（fitness）并不是一成不变的。在化疗药物
验血可更早地在患有早期乳腺癌的患者中预测癌症的复发
研究人员报告说，病人血液中的循环肿瘤DNA可在看似根治性疗法后被用来预测早期乳腺癌复发的可能性。 据一项新的研究披露，监控早期乳腺癌患者血液中的循环肿瘤DNA能在诊所用常规方法发现肿瘤之前约8个月准确地预测肿瘤的复发。这些发现为提前治疗患者以防止癌症转移打开了一个机会之窗，它们也表明一种非侵入
常规血液测试可预测癌症患者存活时间！
研究人员在新加坡ESMO亚洲2016年大会上报告，常规的血液检查可以预测姑息治疗中癌症患者的存活时间。 首席作者日本京都大学肿瘤学家Yu Uneno博士说，“需要姑息治疗中癌症患者诚实和准确的预后信息，但这种信息很敏感，必须尊重患者。” “患有晚期癌症的患者及其家属必须对治疗做出决定，何时寿
新技术构建机器学习模型可预测玉米株高
近日，中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组团队与作物代谢调控与营养强化团队合作，首次对玉米自交系全生育期进行全自动高通量无损监测，深入解析了玉米株高形成的动态遗传基础和调控网络，并通过机器学习构建了株高的智能预测模型。该研究为玉米表型精准鉴定、重要基因克隆和株型改良提供了有效策略和新的基因资源
AI模型可预测癌症原发灶位点
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/506190.shtm根据《自然·医学》杂志7日发表的一篇论文，美国麻省理工学院和达纳-法伯癌症研究所的研究人员开发了一种新方法，使识别一些神秘癌症的原发灶位置变得更容易。 在原发灶不明的癌症中，癌
AI模型可预测癌症原发灶位点
根据《自然·医学》杂志7日发表的一篇论文，美国麻省理工学院和达纳-法伯癌症研究所的研究人员开发了一种新方法，使识别一些神秘癌症的原发灶位置变得更容易。 研究人员利用近3万名22种已知癌症的患者数据来训练机器学习模型，它可分析大约400个基因序列，这些基因经常在癌症中发生突变。然后，研究人员使用
NEJM：生物标志物可预测癌症化疗反应
DNA的错配修复(MMR)主要负责纠正复制后的错误以及维持基因组的稳定，有时候MMR的异常会引发一系列癌变表型，近日来自约翰霍普金斯基墨尔癌症中心（Johns Hopkins Kimmel Cancer Center ）的研究人员发现，MMR基因的突变或可帮助准确预测病人对化疗药物—PD-1抑制
16种常见癌症可做预测性基因检测
研究人员正在进行肿瘤组织基因组提取。 随着癌症发病率逐年上升，癌症基因检测愈发流行。基于自身健康的考虑，一些高危人群开始主动进行癌症基因检测。目前，癌症基因检测还处于发展阶段，多数用于肿瘤的靶向治疗以及临床疾病的药物治疗，不过我国现在已有16种常见癌症变异基因被破译，可做预测性基因检测。 精
Sci－Trans－Med：血液检测可预测乳腺癌药物抵抗
科学家最近开发出一种具有高灵敏度的血液检测方法，可以确定乳腺癌何时对标准激素治疗法产生抵抗，他们还证明这种检测方法能够指导病人如何进行进一步治疗。 研究人员表示这种方法能够在乳腺癌细胞对芳香酶抑制剂产生抵抗的早期阶段给予病人警告，芳香酶抑制剂是治疗雌激素受体阳性乳腺癌的常用药物。他们发现这种新
检测－DNA－突变，可以告诉我们谁可能有发展早期癌症
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是 Lola 和 Saul Kramer 分子遗传学主席 Jan Vijg 博士。 在科学家可以分析单个细胞的
单细胞基因组突变检测新突破
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是Lola和Saul Kramer分子遗传学主席Jan Vijg博士。 在科学家可以分析单个细胞的基因组之前，
数码DNA测试可帮助预测癌症患者的存活率
一种新的以数码方式计数T细胞的DNA检测可对卵巢癌患者的存活预测有帮助。这些发现增添了证据，这些证据提示含有大量的一种被称为肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的T细胞与卵巢癌患者存活率的改善有关。Harlan Robins及其同事研发了一种基于DNA的测试，它能够以数码的方式对任何存在于某组织样本中
一滴血检测癌症靠谱吗？基因检测可预测癌症风险
“一滴血检测癌症”的新闻近日在朋友圈刷了屏，已经有多家媒体和机构出来强力辟谣。但是，一滴血虽然无法检测癌症，却能预测癌症。记者从中山大学孙逸仙纪念医院获悉，该院细胞分子诊断中心在广东省率先正式开展BRCA1/2基因高通量测序检测服务。普通人群可以据此“查三代”，看看自己以及后代是否有乳腺癌或卵巢
单细胞蛋白扫描可协助个性化医疗
一种可在单个癌细胞上检测数百种蛋白的新的条码技术可能会帮助医生决定给病人什么样的蛋白靶向癌症药物的组合。癌细胞可通过蛋白质的表达水平的变化而被发现，这些蛋白的表达变化可进而作为关键性的癌症生物标志。这种条码技术是由Ralph Weissleder及其同事研发的，它是在单细胞的层面用抗体来检测
Cell：单细胞测序深度解析三阴乳腺癌
美国MD安德森癌症中心联合瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员利用单细胞测序对三阴乳腺癌展开分析，表明耐药性是来源于现有的带有基因突变的克隆。这些结果于周四发表在《Cell》杂志上，将对这种癌症的诊断、预后和治疗具有临床意义。 三阴乳腺癌是指雌激素受体、孕激素受体和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。
乳腺细胞发育中细胞状态特异性转录因子和细胞谱系关系
乳腺癌是全世界妇女中最常见的癌症，大约每年两百多万女性受其困扰。根据WHO 估计，在所有的女性癌症者中，约15%的死亡与乳腺癌相关。乳腺癌中某些类型至今仍然没有有效治疗方案。乳腺癌中癌细胞的可塑性和组织的异质性是治疗失败的一大原因。不论是乳腺发育过程中的正常乳腺细胞，还是乳腺癌发展过程中的癌细胞
哈医大发明分子探针－可预测癌症靶向治疗效果
科技日报讯 日前，《科学》子刊《科学·转化医学》杂志刊载论文，报道我国哈尔滨医科大学申宝忠团队成功构建了一种PET（正电子发射计算机断层显像）成像的分子探针——18F-MPG。通过该探针能够实时、动态、精准识别肺癌EGFR（表皮生长因子受体）分型，指导临床靶向药物治疗的决策，预测并评价癌症靶向治
美国专家最新发现：相同癌症肿瘤基因变异各不相同
就像没有两个人有相同的基因构成，在乳腺癌病人中，也没有两个肿瘤的细胞有相同的基因组。据一项最新研究显示，不同的乳腺癌亚型也有各种各样变异的肿瘤。这一发现对乳腺癌的诊断和治疗具有重要意义，有助于帮助那些发展出化疗抗性的乳腺癌病人。相关论文发表在最近出版的《自然》杂志上。 该研究由美国德克萨斯大学
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
研究人员基于FFPE样本构建甲基化图谱预测癌症原发部位
9月14日，《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心石建涛组完成的最新合作研究成果（DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic can
Nature：全基因组测序可预测胰腺癌化疗效果
近日，国际顶尖期刊nature发表了澳大利亚科学家的一项最新研究进展，他们通过对胰腺癌病人进行全基因组测序以及CNV分析重新定义了胰腺癌突变图谱。 胰腺癌目前仍是致死率最高的恶性肿瘤之一，也是人类健康的一个主要负担。研究人员对100个胰腺导管腺癌（PDAC）病人进行了全基因组测序以及copy
多种测序技术或将深入推动癌症领域研究
本文中小编整理了多篇文章，来解读测序技术在阐明癌症发生机制、癌症诊断及疗法开发等方面的巨大潜力，与各位一起学习！ 【1】JAMIA：新工具深入挖掘外显子测序结果 帮助找到最佳癌症治疗药物 doi：10.1093/jamia/ocw022 科罗拉多大学的研究人员最近在国际学术期刊JAMIA上
首个可预测数学模型诞生！癌症患者如何响应免疫疗法？
免疫疗法作为一种风头正盛的 ，尽管响应持久、能治疗的癌症类型广泛，但真正能响应它的患者群体是有限的。因此，科学家们一直在寻找能预测“哪些患者能够响应免疫检查点抑制剂（如PD-1/PD-L1抗体）”的方法。 简单来说，免疫检查点抑制剂是借助人体的免疫系统来识别和摧毁肿瘤细胞。这类新型抗癌疗法的临
癌症患者如何响应免疫疗法？首个可预测数学模型诞生！
近几年，以免疫检查点抑制剂为代表的免疫疗法的成功，几乎颠覆了癌症治疗，且取得了一系列进展。近期，首个能够预测“癌症患者如何响应免疫疗法”的数学模型诞生！相关成果发表在顶级期刊Nature杂志上。 图片来源：网络 免疫疗法作为一种风头正盛的癌症新疗法，尽管响应持久、能治疗的癌症类型广泛
活体肿瘤中的装置可更好地预测癌症对药物的反应
直接在体内及在活肿瘤组织中测试多种抗癌药的两种装置为个性化治疗铺设了道路。这些装置是由两个不同小组研发的；通过将实验室进展用于病人，在启动全身性抗癌治疗前，它们有可能指导选择对病人最有效的疗法。通过用很小剂量测试候选药物功效，在让病人没有副作用的情况下，它们还可能帮助加速药物研发。癌症病人经受无
基因组测试可识别乳腺癌患者复发风险－术后无需化疗
美欧多国研究人员日前在新一期《新英格兰医学杂志》上报告说，基因组测试可以识别出部分早期乳腺癌患者复发风险低，术后无需化疗。这一方法可用来预测癌症患者的生存情况，为医生和患者选择治疗方案提供依据。 欧洲9国近6700名乳腺癌早期患者在接受手术治疗后，研究人员采用一种名为MammaPrint的方法
新型单细胞测序技术：准确描述单个癌细胞的空间信息
德克萨斯大学医学院安德森癌症中心的研究人员研发了一种新技术，并由此构建了新型遗传模型，解释了一种常见的早期乳腺癌（乳腺导管内原位癌，DCIS）是如何发展为更具侵袭性的癌症形式。这一研究成果公布在 1 月 4 日的 Cell 杂志上，该研究为了解 DCIS 如何发展成浸润性导管癌（IDC）提出了新见解
乳腺癌化疗后癌细胞可转化为癌症干细胞引起耐药
2017年2月21日，美国《细胞》旗下《细胞·报告》正式发表约翰·霍普金斯大学的研究报告，发现乳腺癌化疗后癌细胞可转化为癌症干细胞引起耐药。 对于许多患者而言，化疗获益短暂，化疗后的乳腺癌复发常常致命，乳腺癌干细胞对化疗有很强的耐药性，对治疗构成严重问题。既往研究表明，对化疗耐药的乳腺癌，往往
乳腺癌新辅助疗法紫杉醇和阿霉素可促进癌症转移
目前临床上，肿瘤的有效治疗手段一直以手术切除为主，外科手术之后的治疗均称为辅助治疗，其目的是通过术后放疗化疗消灭残存的微小转移病灶，减少肿瘤复发和转移的机会，提高治愈率。新辅助治疗（neoadjuvant therapy）则是指在手术治疗前予以的治疗措施，主要包括化疗和放疗，其目的是减小肿瘤的体