科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
水稻幼苗叶和根的单细胞转录组二维UMAP图与组织解剖图 图片来源：钱文峰等 中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。 水稻作为重要的粮食作物，为全球一半以上的人口提供主粮；同时，水稻作为单子叶模式植物，其个体发育与细胞分化受到了科研人员持续和广泛的关注。细胞功能的分化常常可以体现为基因表达的差异。新兴的单细胞转录组测序技术使高通量探究细胞的功能分化成为可能。 钱文峰等构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。基于该图谱进一步发现，尽管叶和根的同种类型组织（如叶和根各自的维管组织，叶肉细胞和根皮层细胞）具有显著的转录组相似性，叶和根表皮组织的转录组却具有较大的差异，这可能与地上部和地下部表皮组织所处外......阅读全文
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。水稻幼苗叶和根的单细胞转录组
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
水稻幼苗叶和根的单细胞转录组二维UMAP图与组织解剖图 图片来源：钱文峰等 中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录
花生光暗幼苗的单细胞转录组图谱构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518535.shtm近日，广东省农业科学院作物研究所花生研究团队与合作者，在花生光暗形态转变的单细胞基因表达谱研究方面取得进展，成功构建的花生光暗幼苗的单细胞转录组图谱。相关成果发表于《植物生物技术杂志》
转录图谱的转录图谱的意义
在于它能有效地反应在正常或受控条件中表达的全基因的时空图。通过这张图可以了解某一基因在不同时间不同组织、不同水平的表达；也可以了解一种组织中不同时间、不同基因中不同水平的表达，还可以了解某一特定时间、不同组织中的不同基因不同水平的表达。人类基因组是一个国际合作项目：表征人类基因组，选择的模式生物的D
转录图谱的原理
所有生物性状和疾病都是由结构或功能蛋白质决定的，而已知的所有蛋白质都是由mRNA编码的，这样可以把mRNA通过反转录酶合成cDNA或称作EST的部分的cDNA片段，也可根据mRNA的信息人工合成cDNA或cDNA片段，然后，再用这种稳定的cDNA或EST作为“探针”进行分子杂交，鉴别出与转录有关的基
转录图谱的定义
转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。在人类基因组中鉴别出占具2%~5%长度的全部基因的位置、结构与功能，最主要的方法是通过基因的表达产物mRNA反追到染色体的位置。
水稻幼苗或其它禾木科植物提取
实验概要本实验以水稻幼苗(禾本科)、李(苹果)叶子为材料，学习基因组DNA提取的一般方法。实验原理基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性，可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的
借助人工气候箱研究高产水稻幼苗的耐冷性
华南双季稻区早稻育秧期问常常会遇到低温侵袭而发生烂秧死苗, 过去对烂秧的原因和防止的途径以前也有所介绍。近年来, 生产上推广薄膜育秧技术, 使发生烂秧死苗的状况得到缓解, 但仍未根除, 每遇强低温的威胁仍有不少秧苗遭受伤害。所以, 要获得早稻高产稳产, 抵抗低温、培育壮秧就是首先要面对的课题。在实验
首个万份水稻群体变异图谱发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510525.shtm
首个万份水稻群体变异图谱发布
近日，中国农业科学院基因组研究所联合海南三亚崖州湾实验室、中国水稻研究所和河南大学等单位在《核酸研究》上在线发表了全球首个万份水稻群体变异图谱。 水稻是世界上最重要的粮食作物之一，其自然变异是基因改良和现代育种的重要遗传基础，因此广泛挖掘水稻种质群体中的丰富变异具有重要意义。近年来，稀有变异对
Science：构建出真涡虫细胞类型转录组图谱
真涡虫是一类相对简单的动物，具有不同寻常的生物学特征：成年真涡虫维持着其他有机体仅在胚胎中短暂存在的发育信息和祖细胞（progenitor cell）。真涡虫获得人们的大量研究，部分原因在于它们具有再生丢失的或受损的身体部位的独特能力。图片来自Christopher Fincher/Whiteh
人脑多区域时空发育转录组图谱获解析
科学家通过单细胞和时空转录组研究，首次解析迄今为止跨时间点最广（GW6-GW23）、面积最大（最大4cm x 3cm）的人脑多区域时空发育转录组图谱，为解码人脑发育及区域特化研究提供了新见解。日前，相关研究成果发表在《细胞》上。 脑是人类最复杂和神秘的器官。解剖学上，脑可以被划分为不同的区域，
人脑多区域时空发育转录组图谱获解析
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514996.shtm
科学家揭示水稻转录因子高产抗病调控机制
近日，《科学》在线发表了四川农业大学陈学伟团队、中科院遗传与发育生物学研究所李家洋院士团队及美国加州大学戴维斯分校Pamela Ronald团队合作在水稻产量与抗病协同调控机制研究领域取得的最新进展，揭示了水稻理想株型建成的关键基因IPA1既能提高产量又能提高稻瘟病抗性的调控新机制。 高产抗病
构建水稻基因组倒位变异图谱
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内多家单位发布了迄今为止最大的水稻群体水平倒位变异图谱，并挖掘获得了新的水稻耐热优异等位基因，该研究对水稻育种改良具有重要意义。相关研究成果发表在《科学通报（Science Bulletin）》上。 水稻中的基因组倒位变异是指染色体上的DNA序列发
杨树次生木质部单细胞转录组图谱建立
近日，北京林业大学教授张德强团队在《植物生物技术杂志》发表研究论文。该研究以杨树为研究模式，利用单细胞测序技术、基因组分析、RNA原位杂交、愈伤组织遗传转化等技术建立了杨树次生木质部的单细胞转录组图谱，重构了完整的杨树次生木质部细胞类群，鉴定了调控木质部发育过程的关键转录因子，系统解答了次生木质
Science重要成果：人类癌症反转录转座子图谱
在人类基因组中，称为反转录转座子(retrotransposon)的小DNA元件通过自我复制和重新插入到基因组的多个位点从而具有造成突变性破坏的潜力。正常的成人细胞通过抑制机制阻止这些元件四处跳跃，然而根据发表在6月28日《科学》(Science)杂志上的一篇研究报道，这些机制在某些癌症中可能发
灵长类原肠胚期至早期器官发育转录组图谱绘制
安徽医科大学国家卫生健康委配子及生殖道异常研究重点实验室教授蒋祥祥，与中科院动物研究所王红梅、郭帆团队，美国得克萨斯大学西南医学中心吴军团队合作，绘制了食蟹猴CS8-CS11时期（E20-E29）胚胎的单细胞转录组图谱。相关研究成果近日发表于《自然》。 上世纪早期，科学家将人类胚胎发育的前60
复旦大学Nature子刊绘制大鼠转录组图谱
来自复旦大学、美国食品药品监督管理局(FDA)国家毒理学研究中心、洛马林达大学等机构的研究人员，成功绘制出了涵盖11种器官和4个发育阶段的大鼠RNA测序转录组图谱，这一重要的研究成果发表在2月10日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。 复旦大学的石乐明(
种子与幼苗实验
实验材料蚕豆 菜豆 豌豆
种子与幼苗实验
实验材料蚕豆菜豆豌豆花生蓖麻或油桐种子玉米小麦水稻果实；小麦水稻颖果切片；大豆菜豆花生豌豆蓖麻小麦水稻玉米的幼苗试剂、试剂盒I-KI溶液1%番红染液仪器、耗材显微镜解剖镜培养皿刀片镊子解剖针载玻片盖玻片擦镜纸纱布实验步骤一、种子的结构与类型种子是种子植物的生殖器官，萌发后形成幼苗。1.菜豆、蚕豆、蓖
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
科学家构建小麦籽粒发育中的转录调控图谱
近日，中国农业科学院作物科学研究所研究员路则府团队在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了文章，构建了小麦籽粒发育不同阶段的全基因组染色质开放图谱以及基因表达图谱，并对小麦籽粒发育中关键转录因子的调控网络进行了解析，揭示了小麦籽粒发育中亚基因组的分化调控，同时发掘了共调控淀粉与蛋白合成的
单细胞转录组测序构建胸腺器官发生的分子图谱
2019年10月8日，四川大学胡洪波研究组、解放军总医院第五医学中心刘兵研究组与暨南大学基础医学院兰雨研究组合作在Immunity杂志在线发表了题为“Single-cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thy
水稻乙烯信号转导及调控盐胁迫反应的新机制
植物气体激素乙烯在植物生长发育以及应对逆境胁迫过程中起着重要作用。在拟南芥中，已经建立了一个从乙烯信号接收到转录调控的线性乙烯信号转导模型。然而，在单子叶植物，尤其是水稻中的乙烯信号转导的作用机制还不甚清楚。 中国科学院遗传与发育生物学研究所张劲松研究组和陈受宜研究组分离鉴定了一系列的水稻乙烯
微生物所在水稻抗稻瘟病机制研究中取得进展
由稻瘟菌（Magnaporthe oryzae）引起的稻瘟病是危害水稻最严重的真菌病害，每年给水稻生产带来巨大损失，严重发病的田块甚至绝产。在植物抗病机制研究过程中发现，多种植物激素在植物应对外界生物与非生物胁迫过程中发挥重要作用。其中，气体乙烯被认为是一类逆境激素而受到重视。以往有关乙烯对植物
种子与幼苗实验（一）
实验材料 蚕豆菜豆豌豆花生蓖麻或油桐种子玉米小麦水稻果实；小麦水稻颖果切片；大豆菜豆花生豌豆蓖麻小麦水稻玉米的幼苗试剂、试剂盒 I-KI溶液1%番红染液仪器、耗材 显微镜解剖镜培养皿刀片镊子解剖针载玻片盖玻片擦镜纸纱布实验步骤 一、种子的结构与类型种子是种子植物的生殖器官，萌发后形成幼苗。1.菜豆、
种子与幼苗实验（二）
（2）小麦（或水稻）颖果的形态结构（图 5 ）：按观察玉米颖果的方法和步骤观察小麦颖果的外形，小麦籽粒较玉米小，呈椭圆形，具腹沟，顶端有一丝单细胞的表皮毛——果毛，其他方面和玉米相似。然后取小麦纵切片在显微镜下观察其胚的结构，基本上和玉米相似，主要不同点是小麦胚轴的外侧有一小型的外胚叶。水稻
研究成果：灵长类海马衰老的单细胞转录组图谱绘制
海马体作为脑的重要组成部分，在学习和记忆中发挥重要作用。随着年龄增长，海马功能逐渐退化，导致认知功能的减退以及多种人类神经退行性疾病发生。由于海马结构复杂，细胞组成具有高度异质性，传统研究技术难以精确揭示海马衰老过程中不同细胞类型的衰老规律及分子调控网络。此外，由于伦理及样本来源的限制，不同年龄
植物所揭示莱茵衣藻m6A表观转录组图谱
m6A是广泛存在于真核生物mRNA中的表观修饰，与RNA命运相关。近年来，m6A修饰在植物胚胎发育、茎尖分生组织的命运决定、表皮毛发生、根部发育、叶形态发生、开花转变、胁迫响应、果实成熟及孢子发生等多个生物学过程中发挥重要功能。然而，m6A在藻类中的功能尚不清楚。藻类包含从单细胞到多细胞的多种细