科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。水稻幼苗叶和根的单细胞转录组二维UMAP图与组织解剖图 图片来源：钱文峰等 水稻作为重要的粮食作物，为全球一半以上的人口提供主粮；同时，水稻作为单子叶模式植物，其个体发育与细胞分化受到了科研人员持续和广泛的关注。细胞功能的分化常常可以体现为基因表达的差异。新兴的单细胞转录组测序技术使高通量探究细胞的功能分化成为可能。 钱文峰等构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。基于该图谱进一步发现，尽管叶和根的同种类型组织（如叶和根各自的维管组织，叶肉细胞和根皮层细胞）具有显著的转录组相似性，叶和根表皮组织的转录组却具有较大的差异，这可能与地上部和地下部表皮组织所处外界环......阅读全文
病毒诱导水稻肿瘤细胞分化轨迹的分子机制
近日，中国农业科学院植物保护研究所作物病毒病害监测与防控创新团队解析了水稻黑条矮缩病毒影响寄主细胞发育进程导致症状形成的机理，相关研究成果发表在《植物生物技术（Plant Biotechnology Journal）》上。植物病毒往往通过改变寄主的细胞分化造成植株矮化、叶片卷曲等病症。然而，病毒如何
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
研究提出植物单细胞制备新方法
高通量单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）用于植物与农学研究时，单细胞制备存在技术挑战。近日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心等通过底层技术创新，开发了新的植物单细胞制备方法FX-Cell。该方法提升了单细胞制备效率，实现了难以酶解植物组织、农田及冻存样品的scRNA-seq，为加速植物细胞
2016值得关注的技术：综合单细胞图谱
《Nature Methods》盘点2015年度技术，选出了最受关注的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）技术。 除此之外，也整理出了2016年最值得关注的几项技术，分别为：细胞内蛋白标记（Protein labeling in cells）、细胞核结构（Unraveling nuc
PNAS：单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表文章，介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。他们还观察了
科学家开发出基因挖掘新策略
得益于双子叶模式植物拟南芥和单子叶模式植物水稻的遗传学研究，植物发育生物学在过去40年取得了长足发展。植物分生组织（干细胞）的建立与维持机制、重要组织和器官的分化轨迹及其核心调控网络已初步建立。这些基础知识为作物农艺性状的分子调控解析与设计改造奠定了基础。然而，随着正向遗传学筛选的日趋饱和，基因
这种病毒如何诱导水稻产生“肿瘤”
近日，中国农业科学院植物保护研究所作物病毒病害监测与防控创新团队在《植物生物技术》（Plant Biotechnology Journal）上在线发表了研究论文。该研究通过单细胞转录组测序揭示了水稻在感染黑条矮缩病毒（RBSDV）后，维管组织薄壁细胞异常发育形成肿瘤细胞的分化轨迹，解析了RBSDV影
玉米单细胞转录组测序，11种细胞类型
近日，广东省科学院南繁种业研究所生物育种研究室在玉米单细胞转录组测序研究方面取得新进展。相关研究在线发表于《作物学报》（The Crop Journal）。广东省科学院南繁种业研究所李旭辉博士为该论文第一作者，齐永文研究员为通讯作者。玉米是全球重要的粮食和能源作物，而其产量形成的基础依赖其特殊的根系
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快，运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术，也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中，上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳，在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章，希望能进一步提升科研工作者对该
单细胞转录组制备仪的技术指标
将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode），可将测序
单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多个发育轨迹和
首个豆科植物根尖单细胞表达图谱绘制成功
百脉根单细胞图谱细胞类型。中国农科院供图 近日，中国农业科学院生物技术研究所作物生物技术育种创新团队与国内其他科研单位合作，共同绘制完成首个豆科植物百脉根的根尖单细胞表达图谱，鉴定出根尖的主要细胞类型，发现了新的细胞类型特异基因，并分析了各个细胞类型的潜在功能，对研究豆科植物根系发育、结瘤固氮
首个水稻全景定量蛋白质组图谱发布
中国农业科学院生物技术研究所近日联合国内多家单位，共同绘制了水稻全景定量蛋白质组图谱，为水稻的基因功能研究提供了重要的蛋白质表达量资源，也为基因组学、蛋白质组学等多组学数据支撑作物智能设计育种提供了新思路。相关研究成果发表在国际期刊《自然植物》上。植物的所有组织、器官中都富含蛋白质，它是构成细胞和生
首个万份水稻群体变异图谱发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510525.shtm
首个水稻全景定量蛋白质组图谱发布
中国农业科学院生物技术研究所近日联合国内多家单位，共同绘制了水稻全景定量蛋白质组图谱，为水稻的基因功能研究提供了重要的蛋白质表达量资源，也为基因组学、蛋白质组学等多组学数据支撑作物智能设计育种提供了新思路。相关研究成果发表在国际期刊《自然植物》上。 植物的所有组织、器官中都富含蛋白质，它是构成
首个万份水稻群体变异图谱发布
近日，中国农业科学院基因组研究所联合海南三亚崖州湾实验室、中国水稻研究所和河南大学等单位在《核酸研究》上在线发表了全球首个万份水稻群体变异图谱。 水稻是世界上最重要的粮食作物之一，其自然变异是基因改良和现代育种的重要遗传基础，因此广泛挖掘水稻种质群体中的丰富变异具有重要意义。近年来，稀有变异对
人脑血管通路首张单细胞图谱问世
科技日报北京7月11日电（记者刘霞）由加拿大多伦多大学健康网络和瑞士苏黎世大学领导的一个国际研究团队，成功创建了首张单细胞分辨率的人脑血管系统图谱。该图谱涵盖了大脑从早期发育到成年阶段，以及脑肿瘤和脑血管畸形等疾病状态。这一最新图谱有望为未来治疗相关疾病开辟新途径。研究成果发表于10日出版的《自然》
人脑血管通路首张单细胞图谱问世
由加拿大多伦多大学健康网络和瑞士苏黎世大学领导的一个国际研究团队，成功创建了首张单细胞分辨率的人脑血管系统图谱。该图谱涵盖了大脑从早期发育到成年阶段，以及脑肿瘤和脑血管畸形等疾病状态。这一最新图谱有望为未来治疗相关疾病开辟新途径。研究成果发表于10日出版的《自然》杂志。 在最新研究中，科学家从
单细胞水平肺癌T细胞免疫图谱绘就
今天，《自然—医学》在线发表中国科学家的一项成果，研究通过国际领先的单细胞转录组测序技术和生物信息学分析方法，完整刻画了与非小细胞肺癌相关的T淋巴细胞图谱，揭示了肺癌T细胞的亚群分类、组织分布特征、肿瘤内群体异质性及药物靶基因表达情况，鉴定了跨组织分布的T细胞类群及亚群间潜在的状态转换关系，为肺
首个海洋生物空间单细胞图谱获揭示
记者从深圳华大基因科技有限公司（简称“华大”）获悉，3月29日，中国海洋大学联合青岛华大基因研究院，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合单细胞转录组测序，以柄海鞘的内柱器官为研究对象，绘制了高质量的空间分辨率单细胞图谱，全面解析了海洋动物咽部器官的细胞类型和潜在功能特征，为揭示脊
迄今最完整胚胎发育单细胞图谱发布
科技日报北京8月4日电 （实习记者张佳欣）科学家以果蝇为模型生物，构建了迄今为止最完整、最详细的动物胚胎发育单细胞图谱。这一发表在最新一期《科学》杂志上的成果，利用了来自100多万个各个发育阶段的胚胎细胞数据，代表了多个层面的重大进步，有助于科学家探索突变如何导致不同的发育缺陷，以及了解人类基
全球首个奶牛多组织单细胞表达图谱诞生
中国农业大学动物科学技术学院教授孙东晓团队构建了覆盖奶牛59种组织、179万个细胞的多组织单细胞表达图谱，为解析牛重要性状遗传调控机制、推进精准育种及探索人类疾病的牛模型研究提供了重要资源。9月5日，相关研究成果发表于《自然-遗传》。作为人类最早驯化的家畜之一，奶牛在全球粮食安全与农业生态系统中占据
泛癌症T细胞单细胞图谱－相关成果发表
北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在国际期刊Science上发表了题为“Pan-Cancer Single Cell Landscape of Tumor-