抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析新方法
抗原特异性对T细胞功能至关重要,但由于技术局限,其在T细胞高通量多组学分析中常常被忽略。美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究团队揭示了一种用于抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法。该研究成果于近日发表在《Nature Immunology》上,题为:High-throughput and high-dimensional single-cell analysis of antigen-specific CD8+ T cells。 研究人员提出了一种对T细胞抗原受体(TCR)高通量、高维度的测序方法(TetTCR-SeqHD),该方法可同时分析数万个单细胞的同源抗原特异性、TCR序列、靶向基因表达和表面蛋白表达。研究人员使用已知抗原特异性、TCR序列的人类多克隆CD8+T细胞,验证该方法对抗原特异性的检测准确度超过98%。研究还评估了抗原特异性的CD8+T细胞、带有病原体靶点表型特征的CD8+T细胞的基因表达水......阅读全文
被“真”单细胞光环掩盖的高通量分析
01、二代“真”单细胞蛋白质组学质谱:timsTOF Ultra 2023年6月5日,在第71届ASMS会议上,布鲁克公司重磅发布了timsTOF Ultra,“真”单细胞蛋白质组学正式进入第二代。图1:成熟可复制的单细胞蛋白质组学解决方案 布鲁克第二代“真”单细胞蛋白质组学方案,打破单细胞
如何实现高通量的单细胞分选?
单细胞分选通过集成基于介电的单细胞捕获释放和电磁阀吸吮技术,实现了高速流动状态下单细胞的捕获、采集、释放和分选,通量达~60个细胞/分钟。 为了进一步提高通量,研究人员提出,单细胞经液滴包裹后,通过耦合介电可实现高通量分选。 首先,液滴表面凸/凹的形状会产生透镜效应,影响激光聚焦,降低空间
高通量单细胞技术获得新突破
人类肠道是一件了不起的事情。每周,肠道都会再生一层新的内皮细胞,脱落的表面面积相当于一个小型公寓,并用新的细胞进行修复。几十年来,研究人员已经知道,负责这一改头换面行为的是肠道干细胞,但是直到今年,美国北卡大学教堂山分校(UNC)医学、细胞生物学和生理学、生物医学工程副教授Scott Magne
台式扫描仪实现高通量单细胞外囊泡分泌分析
近日,中科院大连化物所单细胞分析研究组(1820组)陆瑶研究员团队在高通量单细胞外囊泡分泌分析技术研究中取得新进展,利用台式扫描仪实现了高通量单细胞外囊泡分泌分析。 细胞是生命存在的基础,细胞研究是探索生命健康与疾病的基本条件和起点。长期以来,人们假定细胞群是同类的,但是越来越多的研究表明,即
台式扫描仪实现高通量单细胞外囊泡分泌分析
近日,中国科学院大连化学物理研究所单细胞分析研究组研究员陆瑶团队在高通量单细胞外囊泡分泌分析技术研究中取得新进展,研究利用台式扫描仪实现了高通量单细胞外囊泡分泌分析。 近年来,单细胞分析技术迅速发展并推动了生物医学的研究,然而目前大部分单细胞分析技术依赖体积庞大、价格昂贵的仪器进行单细胞计数以
单细胞多组学高通量测序平台(一)
一单细胞多组学高通量测序技术简介通过测序手段检测细胞多层次信息,如基因组、表观组、转录组甚至蛋白组已经成为生物学研究的重要手段。几乎一切生命体的活动都围绕着DNA->RNA->蛋白质的过程,而现有的组学技术也围绕这一过程获取信息(如DNA层面的基因序列),从而解读生物体运行机制,应用于疾病的诊断和治
单细胞多组学高通量测序平台(二)
虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出,但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞,早期的技术代表F
利用台式扫描仪实现高通量单细胞外囊泡分泌分析
近日,中国科学院大连化学物理研究所单细胞分析研究组研究员陆瑶团队在高通量单细胞外囊泡分泌分析技术研究中取得新进展,研究利用台式扫描仪实现了高通量单细胞外囊泡分泌分析。 近年来,单细胞分析技术迅速发展并推动了生物医学的研究,然而目前大部分单细胞分析技术依赖体积庞大、价格昂贵的仪器进行单细胞计数以
单细胞测序这样的高通量技术的优势
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快,运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术,也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中,上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳,在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章,希望能进一步提升科研工作者对该
谢晓亮:从单细胞研究到高通量测序
2011年7月第八期《自然—方法学》刊登了Monya Baker撰写的一篇人物特写,详细介绍了在当期发表的论文 “Fluorogenic DNA sequencing in PDMS microreactors”的主要作者哈佛大学谢晓亮教授的高通量测序技术。全文翻译如下: 在科学界,
科研ICPTOFMS:高通量单颗粒/单细胞多元素分析的更优解
ICP-TOF电感耦合等离子体-飞行时间质谱人造纳米颗粒应用于各个领域,和天然纳米颗粒一并在环境中广泛分布。纳米颗粒在粒径、形貌、元素组成等物化性质上均存在异质性,这些异质性决定了不同颗粒在材料性能和生物效应上的差异。因此,单颗粒水平的分析在近年来广受关注。类似地,细胞异质性,包括元素和同位素组成的
单细胞分选对于高通量需求具有重要意义
单细胞分选可以依据荧光信号的强度挑出特定生物学属性的细胞,相比起其他单细胞分离技术(如有限稀释法、激光捕获显微切割、显微操作等),其特定类型的单细胞获取更具准确性。 另外,依赖于精确的液滴分析模式,采用32等份液滴分选模式,实现液滴的精确分析,可以准确判断相应液滴中目标细胞的数量,因此可以准确
抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法
抗原特异性对T细胞功能至关重要,但由于技术局限,其在T细胞高通量多组学分析中常常被忽略。美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究团队揭示了一种用于抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法。该研究成果于近日发表在《Nature Immunology》上,题为:High-throughput
新型微生物群体单细胞分辨率高通量空间转录组分析技术
近日,美国加州理工学院研究团队开发了一种新的高通量空间转录组成像方法——并行连续荧光原位杂交par-seqFISH(parallel sequential fluorescence in situ hybridization)技术,能够在单细胞水平鉴定和观察微生物基因表达谱和微尺度环境中的空间信
张锋团队开发出高通量的单细胞RNA测序方法
去年,Broad研究所的研究人员在《Science》上发表了一种称为sNuc-Seq的单核RNA测序方法。这种方法让人们能够研究那些难以分离的单细胞中的基因表达谱。如今,Broad研究所领导的团队克服了sNuc-Seq应用的一大障碍:规模。 8月28日,研究人员在《Nature Methods
高通量单细胞测序助力寻找新冠肺炎全人源抗体
日前,在北京市科委协调推进下,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)发挥所长,联合首都医科大学附属北京佑安医院、北京义翘神州科技有限公司等单位,用高通量单细胞测序找到了新冠肺炎多种全人源抗体,有望为大规模疫情防控提供解决方案。 新冠肺炎(COVID-19)亟需特效治疗药物。日前利用康复期
抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析新方法
抗原特异性对T细胞功能至关重要,但由于技术局限,其在T细胞高通量多组学分析中常常被忽略。美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究团队揭示了一种用于抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法。该研究成果于近日发表在《Nature Immunology》上,题为:High-throughput
抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞新的分析方法
抗原特异性对T细胞功能至关重要,但由于技术局限,其在T细胞高通量多组学分析中常常被忽略。美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究团队揭示了一种用于抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法。该研究成果于近日发表在《Nature Immunology》上,题为:High-throughput
利用高通量微流体技术研究单细胞生物系统运作
简介在动态的环境里面,细胞们通过各遗传途径的相互作用交流运转着。哺乳动物免疫反应就是各类不同的细胞协同合作的一个惊人例子。细胞与细胞之间的交流主要是通过信号分子形成时间与空间浓度梯度来介导的,这就要求细胞对一个大范围内的信号强度产生响应。这篇文章采用高通量的微流体细胞培养(high-throughp
高通量细胞分析设备简介
仪器主要用途:可用于细胞的定性和定量分析(包括检测细胞表面和细胞浆抗原、细胞因子、细胞内DNA、RNA含量等,定量分析细胞内pH值,蛋白总含量、DNA及RNA含量、免疫表现、细胞周期动力学、细胞特殊配体、细胞生物活性鉴定、细胞凋亡研究、细胞功能分析、钙流等),并将具有将特定形状或功能的细胞从混合
北京基因组所开发新型高通量单细胞多组学新技术
单细胞测序已成为生物医学领域的关键共性技术。然而,由于缺乏高效的手段降低“假单细胞率”,主流微流控平台的单通道细胞通量通常在1万细胞以下,空载率达到90%以上,且成本高昂,限制了对数百万个细胞或上千例样本的人群队列进行大规模研究。 近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)蒋岚研究组
液滴微流控:单细胞高通量液滴测序(Dropseq)
细胞是生物结构与功能的基本单位,形态类型千差万别。通过细胞基因组学,可以描述细胞特性及功能,本文所介绍的单细胞(single-cell)高通量液滴测序(Drop-seq)技术,是一种快速分析成千上万个单细胞的方法,通过将每个细胞包裹在纳升级微滴中,进行RNA杂交并生成mRNA转录物,制作细胞基因表达
Dolomite微流控芯片成功用于高通量单细胞DNA/RNA测序
随着现代生物学的发展,细胞群体的研究已不再能满足科研需求。单细胞测序通过对单个细胞进行测序,解决了用组织样本测序或样本少时无法解决的细胞异质性难题,为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。 2011 年,《自然方法》杂志( Nature Methods )将单细胞测序列为年
新型单细胞活性分析技术
近日,一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究论文中,来自加利福尼亚大学的研究人员通过运用一种分析单一细胞基因活性的先进技术,鉴别出了人类大脑脑细胞的特性,该研究揭示,如今进行大规模的细胞调查分析比过去我们所认为的要更加高效,而且廉价。 研究者Arnold
单细胞分析重大突破
生物学家对单个细胞的行为而不是对整个细胞群体的行为越来越感兴趣。在一项新的研究中,来自瑞士联邦理工学院(ETH)的研究人员开发出一种新方法可能引发单细胞分析变革。这一技术利用世界上zui小的注射器来对单个细胞的内含物进行取样以便进行分子分析。相关研究结果发表在2016年7月14日那期Cell期刊上,
单细胞分选效率的分析
引言在单克隆细胞培养时,手动有限稀释法是最经典的分离单细胞手段之一。这种方式分离单细胞,每个孔中落进去的细胞数目符合泊松分布。依靠单细胞分选仪器分离单细胞的效率,无论从分选能力还是重复性都要明显优于手动的有限稀释方法。测定一款设备分选效率的标准方法,是用荧光校准微球来分选检验。实验方法Namocel
高通量测序数据分析
1. 是不是一定要用大型计算机? 除了序列拼接组装以外,其它分析不是一定要大型计算机,在普通的PC上也可以进行一些处理,当然,买一台或几台高性能的工作站电脑,能显著加快数据处理的速度。 2. 是不是一定要用Linux系统? 也不一定非用Linux不可,在Window下可以完成部分数据处理。
高通量细胞分析产品推荐
生化药物筛选虽然十多年前就已经规范化了,但药物疗效并不是总能实现预期效果的。在试管中看起来效果不错的靶标,在动物或者人类试验中却结果不佳,这一部分是由于毒性的问题,另外一部分则是由于药物在体内被处理的过程,与在单纯化学相互作用环境中的不同。科学家们希望能通过以细胞为基础的分析方法,来进行药物研发
单细胞测序这样的高通量技术的优势具体体现在哪里
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin