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基于SOM算法的蛋白质亚细胞位置预测

摘要: 由于蛋白质的功能与亚细胞位置有关, 可以通过预测蛋白质的亚细胞位置来推断蛋白质分子的功能. 首先介绍了SOM 模型和Batch2Type SOM 模型, 并用这两个模型分别预测了蛋白质的亚细胞位置, 结果表明, 使用SOM 模型和Batch2Type SOM 模型均可以比较准确地预测蛋白质的亚细胞位置; Batch2Type SOM 模型在保持预测准确率的同时还可以减少预测的时间.点击这里进入下载页面:进入下载页面......阅读全文

基因表达谱数据聚类分析相关内容

DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题,分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构,结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题,所采用的方法包括通过可视

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

2019中国生命科学领域CNS盘点:曹雪涛 颜宁 施一公上榜

  截至2019年12月23日,中国学者在Cell,Nature及Science在线发表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已经全部更新),iNature团队对于这些文章做了系统的总结:  按杂志来划分:Cell 发表了31篇,Nature 发表了44篇,Scie

Nat Rev Genetics | 环状RNA的合成与功能

  环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明,环状RNA具

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

神经生物学领域最新研究进展

  本期为大家带来的是神经生物学领域最近的研究进展,希望读者朋友们能够喜欢。  1. Nature:新研究首次揭示抑制年龄相关的神经活动增加竟可延长寿命  doi:10.1038/s41586-019-1647-8.  在一项针对线虫、小鼠和人类的研究中,来自美国哈佛医学院的研究人员发现在整个动物界

2019年中国学者发表CNS统计,谁是CNS发表之王?

  【51/52】2019年4月4日,清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章,完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析,揭示了NLR作用的关键分子机制,是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是: "Li

大跃进 | 中国学者CNS发表超过100篇生命科学领域研究成果

  【50】2019年4月12日,中科院上海药物所徐华强,王明伟,浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r

再次飞跃 | 短短2天,中国学者连续发表11篇CNS

  摘要:  【1】中国科学技术大学薛天,初宝进及马萨诸塞大学医学院Han Gang共同通讯在Cell在线发表题为“Mammalian Near-Infrared Image Vision through Injectable and Self-Powered Retinal Nanoantenna

ICAS 2017分会(二):无处不在的质谱分析

  分析测试百科网讯 2017年5月7日,由国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)和中国化学会(CCS)主办的2017 年国际分析科学大会(ICAS 2017)质谱分析分会在海南国际会展中心举行。分会邀请了复旦大学教授杨芃原、俄罗斯科学院院士Evgeny Nikolaev、香港浸会大学化学系教授蔡宗

2019年中国学者86篇Cell,Nature及Science文章汇总

  2019年上半年很快就结束了,iNature盘点了中国学者在Cell,Nature及Science发表的成果,我们发现总共有86篇(截至2019年6月24日),具体介绍如下:  4-6月发表的文章  【1】2019年6月21日,西北工业大学王文,中科院昆明动物研究所/BGI 张国捷及丹麦哥本哈根

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧实验

虽然表观上简单,盘绕螺旋(coiled coil ) 模体是高度专一的,并在理解三级结构及其形成方面具有重要意义。最常观察到的盘绕螺旋形态——平行二聚态,其一般的结构类型仍有待全面的描述。尽管如此,其结构已呈现出在某些特定位置需要某些特定类型氨基酸的严格规则。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧实验

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧             实验步骤 本节讨论盘

蛋白质组技术的研究进展

大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信息仅

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

BECIA2017新产品奖大盘点:赛默飞、安捷伦、岛津位居三甲

  分析测试百科网讯 2017年10月10日-13日,国内分析测试行业影响力最大的展会——BCEIA2017在北京国家会议中心开幕,展出当今国内外分析测试领域的前沿技术和先进仪器设备。本次展会上,组委会颁布了BCEIA 2017新产品奖,共计22家国产仪器厂商、74个产品。其中获奖最多的厂商是赛默飞

2016全球最受公众关注的科学成果

  中国科学院科技战略咨询研究院战略情报研究所研制的“2016全球最受公众关注的科学成果”,通过计量统计遴选出天文学与天体物理[1]、物理学、化学、地球科学、生命科学这五个学科中受到科技界热切关注的科学成果,及中国研究者参与的每个学科TOP30受公众关注的科学成果,为科技工作者把握最新的科学研究热点

关于2011年度教育部科学技术研究重点项目立项通知

教技司[2011]95号 各省、自治区、直辖市教育厅(教委)、新疆生产建设兵团教育局,国家民族事务委员会教科司、国务院侨办文教宣传司:   2011年度教育部科学技术研究重点项目评审工作已经结束。经专家评审并公示,共有212个项目获准立项(具体名单见附件)。为做好项目实施工作,现将有关

Nature:开启单细胞病理学新篇章 Hyperion助力临床肿瘤治疗

  在临床上,对肿瘤的分类是癌症诊断、判断预后以及治疗方案选择的重要依据。目前这种分类主要是依据肿瘤组织学特征以及少量Marker的表型进行的。近年来,随着单细胞分析技术的发展,肿瘤患者个体间以及个体内普遍存的异质性被不断被揭示出来,这些复杂的单细胞表型及空间信息并未反映在组织学分类中。  近日,来

国家基金委八大学部公布“优先发展领域及主要研究方向”

  “十三五”期间,通过支持我国优势学科和交叉学科的重要前沿方向,以及从国家重大需求中凝练可望取得重大原始创新的研究方向,进一步提升我国主要学科的国际地位,提高科学技术满足国家重大需求的能力。各科学部遴选优先发展领域及其主要研究方向的原则是:  (1)在重大前沿领域突出学科交叉,注重多学科协同攻关,

布鲁克发布timsTOF fleX™ 为空间定位组学配置ESI/MALDI双源

——timsTOF Pro™系统进一步增强用于4D蛋白质组学的MBR-ddaPASEF和diaPASEF性能——timsTOF Pro超高灵敏度的4D蛋白质组学和4D脂质组学性能推进单细胞生物学研究——在ASMS 2019上还发布了用于4D蛋白质组学的新消耗品、软件合作伙伴及软件产品  分析测试百科

Inscopix在猕猴大脑的背外侧实现头戴式显微钙成像

  Inscopix系列的大脑超微钙成像系统一般用在啮齿类动物身上的居多,因为设备体积小,重量轻,且在实验时动物可以自由活动而成像质量不受影响,因此受到了很多神经科学研究者的青睐。   但在最近的一篇来自Inscopix公司和美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员在bioRxiv上发表的文章则描

与瑞典科研教育国际合作基金会项目初审结果发布

   2015年度国家自然科学基金委员会与瑞典科研与教育国际合作基金会合作交流项目初审结果的通知  根据国家自然科学基金委员会(NSFC)与瑞典科研与教育国际合作基金会(STINT)的双边合作协议,双方在2015年共同资助中国与瑞典科研人员之间在科学研究的基础上开展的合作交流项目。2015年7月,我

蛋白质谱分析方法特点及其在蛋白组学研究领域中的应用

褚福亮,王福生, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室 北京市 100039项目负责人 王福生, 100039 ,北京市丰台路26号, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室. fswang@public.b

9篇Nature文章同时发表 贺福初课题组发现肝癌治疗新靶点

  在2019年2月27日,同时有9篇Nature文章是有中国学者/华人发表的,具体的成果如下面所介绍:  北京生命组学研究所贺福初,复旦大学附属中山医院樊嘉,国家蛋白质科学中心钱小红共同通讯发表题为“Proteomics identifies new therapeutic targets of

翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验

翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验             实验步骤

2019年度黑龙江省自然科学基金项目拟立项名单公示

序号项目名称联合单位301籽鹅开产节律基因的筛选、功能验证及调控机制黑龙江八一农垦大学302承载三明治式免疫激活因子的LTB-MEP-PEI纳米微球免疫活性研究黑龙江八一农垦大学303玉米移栽生物质钵育秧盘制备方法及成型机理研究黑龙江八一农垦大学304黑龙江主产区稻米有机挥发性成分分布特征及影响因子

肿瘤微环境分析指导癌症治疗

  在免疫疗法时代,癌症生物学家依靠新一代工具来了解肿瘤和免疫细胞之间的相互作用是如何影响疾病进程的。  虽然Sean Bendall是一名病理学家,但最近却成了一名图谱制作者,他使用尖端的蛋白质绘图技术来描绘出肿瘤组织的变幻莫测的景观。  这项技术由Bendall在加州斯坦福大学(Stanford

再次飞跃 | 短短2天,中国学者连续发表11篇CNS

3.杨辉/李亦学/Lars M. Steinmetz等团队建立新型脱靶检测技术,基因编辑工具安全性评估或迎来新突破  CRISPR/Cas9是广泛关注的新一代基因编辑工具,自从2012年被发明以来,它一直以其高效性和特异性备受世人的期待,然而值得注意的是,CRISPR/Cas9从问世以来,其脱靶风险

X射线自由电子激光原理和生物分子结构测定研究中应用

  1 X射线的产生  X射线本质上是电磁波,其波长范围大致从0.01 nm 到 10 nm,与可见光(400—700 nm)不同,X 射线的短波长可以探测物质内部的精细结构,因此自从被伦琴发现以来就被用来观测物质的内部结构。随着人造 X射线光源的亮度和稳定性的提高,其应用范围涵盖物理、化学、生物、