蛋白质结构和功能的基础模型
蛋白质设计程序使用在体内环境中驱动蛋白质的分子力的计算机模型。为了使问题易于解决，蛋白质设计模型简化了这些作用力。尽管蛋白质设计程序相差很大，但它们必须解决四个主要的建模问题：设计的目标结构是什么，目标结构允许什么样的灵活性，搜索中包括哪些序列，以及将使用哪个力场来分数序列和结构。目标结构蛋白质功能在很大程度上取决于蛋白质结构，合理的蛋白质设计使用这种关系通过设计具有目标结构或折叠结构的蛋白质来设计功能。因此，根据定义，在合理的蛋白质设计中，必须预先知道靶标结构或结构的整体。这与其他形式的蛋白质工程（例如定向进化）形成鲜明对比，在定向进化中，可以使用多种方法来查找实现特定功能的蛋白质；在蛋白质结构预测中，已知序列但结构未知。通常，靶标结构基于另一种蛋白质的已知结构。但是，自然界中看不见的新颖褶皱变得越来越有可能。彼得·S·金（Peter S.Kim）和他的同事设计了自然界中从未见过的非自然卷曲螺旋的三聚体和四聚体。在大卫·贝克（......阅读全文
蛋白质结构和功能的基础模型
蛋白质设计程序使用在体内环境中驱动蛋白质的分子力的计算机模型。为了使问题易于解决，蛋白质设计模型简化了这些作用力。尽管蛋白质设计程序相差很大，但它们必须解决四个主要的建模问题：设计的目标结构是什么，目标结构允许什么样的灵活性，搜索中包括哪些序列，以及将使用哪个力场来分数序列和结构。目标结构蛋白质功能
蛋白质的结构和功能
蛋白质是细胞组分中含量最丰富、功能最多的高分子物质。酶、抗体、多肽激素、转运蛋白、收缩蛋白以及细胞的骨架结构均为蛋白质。几乎在所有的生物过程中起着关键作用。蛋白质的基本组成单位是氨基酸。构成天然蛋白质的氨基酸有二十种,分为非极性、疏水性氨基酸；极性、中性氨基酸；酸性氨基酸和碱性氨基酸。氨基酸借助肽键
蛋白质组结构和功能特点
蛋白质组(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出，指由一个基因组(Genome)，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(protein). 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别，它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。在转录时，一个基因可以多种mRNA形式剪接，一个蛋白质组不是一个基
核小体模型的建立基础和研究
人们接着用化学交联、高盐分离组蛋白，以及X衍射等方法进一步研究组蛋白多聚体的结构、排列以及怎样和DNA结合的，从而建立了核小体模型。1984年Klug和Butler进行了修正。核小体的构造可用图表示：每一个核小体结合的DNA总量为200bp左右，一般在150~250变化范围（micrococcal
蛋白质工程的结构、功能的设计和预测
根据对天然蛋白质结构与功能分析建立起来的数据库里的数据，可以预测一定氨基酸序列肽链空间结构和生物功能；反之也可以根据特定的生物功能，设计蛋白质的氨基酸序列和空间结构。通过基因重组等实验可以直接考察分析结构与功能之间的关系；也可以通过分子动力学、分子热力学等，根据能量最低、同一位置不能同时存在两个
蛋白质的结构与功能
蛋白质分子中关键活性部位氨基酸残基的改变，会影响其生理功能，甚至造成分子病（moleculardisease）。例如镰状细胞贫血，就是由于血红蛋白分子中两个β亚基第6位正常的谷氨酸变异成了缬氨酸，从酸性氨基酸换成了中性支链氨基酸，降低了血红蛋白在红细胞中的溶解度，使它在红细胞中随血流至氧分压低的外周
动物模型基础
第一部分 动物模型的分类一、按产生原因分类（一）自发性动物模型（Spontaneous Animal Models）是指实验动物未经任何有意识的人工处置，在自然情况下所发生的疾病。包括突变系的遗传疾病和近交系的肿瘤疾病模型。突变系的遗传疾病很多，可分为代谢性疾病、分子疾病和特种蛋白质合成异常性疾病。
蛋白质的结构及蛋白质的功能（一）
蛋白质为生物高分子物质之一，具有三维空间结构，因而执行复杂的生物学功能。蛋白质结构与功能之间的关系非常密切。在研究中，一般将蛋白质分子的结构分为一级结构与空间结构两类。 一、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构(primary structure)就是蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序(
蛋白质的结构及蛋白质的功能（二）
(二)蛋白质空间橡象与功能活性的关系 蛋白质多种多样的功能与各种蛋白质特定的空间构象密切相关，蛋白质的空间构象是其功能活性的基础，构象发生变化，其功能活性也随之改变。蛋白质变性时，由于其空间构象被破坏，故引起功能活性丧失，变性蛋白质在复性后，构象复原，活性即能恢复。 在生物体内，当某种物质
蛋白质的四级结构空间构象和功能的关系
一、四级结构的组成 大分子蛋白质常由多条多肽链所组成，每条多肽链各具独立的三级结构。蛋白质的四级结构是指几个各具独立三级结构之多肽链的相互结集、以特定的方式接触、排列形成更高层次的大分子蛋白质的空间构象。在蛋白质四级结构中，每个各具独立三级结构的多肽链称为亚基。组成蛋白质的亚基数多为偶数，可以是同
病毒的蛋白质的结构及功能
蛋白质是病毒的另一类主要成分，包括结构蛋白和非结构蛋白。非结构蛋白是指由病毒基因组编码的，在病毒复制或基因表达调控过程中具有一定功能，但不结合于病毒颗粒中的蛋白质。结构蛋白是指构成一个形态成熟的有感染性的病毒颗粒所必需的蛋白质医学|教育网搜集整理，包括壳体蛋白、包膜蛋白和毒粒酶等。壳体蛋白是构成病毒
《机器智能》：秒级预测蛋白质结构的大模型上线
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510009.shtm
清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法
研究背景 随着计算生物学的快速发展，我们正处于一个由数据驱动的生物信息学新时代。蛋白质，作为生命活动的执行者，其结构和功能预测一直是科学研究的核心问题。近年来，深度学习技术的突破性进展，尤其是蛋白质语言模型的兴起，为研究者们提供了一个全新的视角来了解蛋白质在生命体内所扮演的角色。 蛋白质语言
囊胚的结构和功能
囊胚（blastula）指的是内部产生囊胚液、囊胚腔的胚胎，囊胚中所有细胞都没有开始分化，这个阶段之后胚胎开始出现分化。经过卵裂，受精卵被分割成很多小细胞，这些由小细胞组成的中空球形体称为囊胚。卵裂结束，囊胚细胞要经过一系列复杂的运动，导致细胞空间相互关系的改变。
溶酶体的功能和结构
溶酶体含有多种酶，使细胞能够分解它吞噬的各种生物分子，包括肽、核酸、碳水化合物和脂质(溶酶体脂肪酶)。负责这种水解的酶需要在酸性环境才能获得最佳活性。 溶酶体除了能够分解聚合物之外，还能够与其他细胞器融合，消化大型结构或细胞碎片；通过与吞噬体的合作，它们能够进行自噬，清除受损的结构。同样，它们
骨髓的结构和功能
骨髓（bone marrow）存在于骨松质腔隙和长骨骨髓腔内，由多种类型的细胞和网状结缔组织构成，根据其结构不同分为红骨髓（red bone mar-row）和黄骨髓（yellow bone marrow）。为柔软富有血液的组织。
细胞的结构和功能
细胞的结构和功能如下：细胞的结构主要有细胞膜、细胞质和细胞核三个部分。在电子显微镜下观察细胞，可以区分为膜相结构和非膜相结构。细胞膜是细胞表面的一层薄膜，它的厚度大约是7.5纳米，细胞膜的化学成分主要是类脂、蛋白质和一定量的糖类。细胞膜在电镜下，可以看到它的结构分为三层，内外两层深暗，中间的一层浅淡
液泡的结构和功能
液泡（液泡） ——是另一种囊状的单层膜细胞器，在细胞中扮演不同角色，形状可大可小。通常植物的液泡较大。在原生动物，例如草履虫，液泡扮演伸缩泡的功能，将过多的水分收集并排出体外；大多数植物细胞液泡在细胞成熟后，占有大部分的细胞体积，可以储存水分、存放色素，有些种类植物的液泡更能够协助光合作用的进行，另
氢键的结构和功能
氢原子与电负性大的原子X以共价键结合，若与电负性大、半径小的原子Y（O F N等）接近，在X与Y之间以氢为媒介，生成X-H…Y形式的一种特殊的分子间或分子内相互作用，称为氢键。[X与Y可以是同一种类分子，如水分子之间的氢键；也可以是不同种类分子，如一水合氨分子（NH3·H2O）之间的氢键]。
线粒体的结构和功能
线粒体(mitochondrion) ——主要协助细胞呼吸，并且产生细胞使用能量最直接的形式，三磷酸腺苷。特别的是线粒体有自己的遗传分子，与细胞核的遗传物质不同，只遗传到这个细胞器的子代细胞器，而不是子代细胞，能够让线粒体自我分裂增殖，制造本身需要的一些蛋白质，但是仍有一些调节控制的过程受到细胞核的
嘌呤的结构和功能
嘌呤（Purine），分子式C5H4N4，是一种杂环芳香有机化合物，是新陈代谢过程中的一种代谢物。
蛋白质的种类和结构特点
蛋白质：亦称朊。一般分子量大于10000。蛋白质是生物体的一种主要组成物质，是生命活动的基础。各种蛋白质中氨基酸的组成、排列顺序、肽链的立体结构都不相同。已有多种蛋白质的氨基酸排列顺序和立体结构搞清楚了。蛋白质按分子形状可分为纤维状蛋白和球状蛋白。纤维蛋白如丝、毛、发、皮、角、蹄等，球蛋白如酶、蛋白
DNA－结构模体的结构和功能
中文名称结构模体英文名称structural motif定 义核酸或蛋白质分子上的亚序列或亚结构。通常具有某种功能。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），总论（二级学科）
沃森克里克模型的定义和结构
中文名称沃森-克里克模型英文名称Watson-Crick model定 义沃森(J. D. Watson)和克里克(F. Crick)于1953年提出的DNA立体结构模型，认为DNA为两股反向平行的多聚脱氧核糖核苷酸，由互补碱基的氢键连接，并呈右手螺旋方式围绕同一轴心盘绕。应用学科遗传学（一级学科
mRNA的结构基础
mRNA是翻译的模板。在原核生物和真核生物细胞内，mRNA的化学基础有所差异。原核生物mRNA在原核细胞内，参与翻译的mRNA具有以下特点：（1）具有多个开放阅读框（ORF），即多顺反子，意味着同一条mRNA可以编码多个蛋白。特别注意可读框之间不重叠（除移码翻译涉及终止密码子和起始密码子的2个碱基重
tRNA的结构基础
tRNA的二级结构如图1所示，其在原核生物和真核生物均相对保守。主要结构有D-loop（D环）、T（C）-loop（T环）、Anticodon-loop（反密码子环）、Accepter Arm（受体臂）、3'端CCA保守序列、Discriminator（识别碱基）、Variable-loop
蛋白质芯片的概念和功能
蛋白质芯片是一种高通量的蛋白功能分析技术，可用于蛋白质表达谱分析，研究蛋白质与蛋白质的相互作用，甚至DNA－蛋白质、RNA－蛋白质的相互作用，筛选药物作用的蛋白靶点等。
蛋白质的生物意义和功能
蛋白质是由许多α氨基酸按照一定的序列通过酰胺键 （或肽键）缩合而成的，具有较稳定的构象并具有一定生物功能的生物大分子。蛋白质是生命的载体，任何有生命的机体都不可能离开蛋白质。蛋白质在生命活动和种族繁衍中有重要的生物学意义，承担着强大的功能。 ① 结构功能：蛋白质是生物组织和细胞的组成成分，并发挥着保
蝶酸的结构和功能
中文名称蝶酸英文名称pteroic acid定 义叶酸结构的一部分，由蝶呤与对氨基苯甲酸相连而成。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），激素与维生素（二级学科）
RGD序列的结构和功能
RGD序列由精氨酸、甘氨酸和天冬氨酸组成，存在于多种细胞外基质中，可与11种整合素特异性结合，能有效地促进细胞对生物材料的粘附。