二级结构预测的
中文名称二级结构预测英文名称secondary structure prediction定 义预测大分子(核酸、蛋白质)可能具有的二级结构。现在已有多种计算机软件可以进行这类预测，如nnPREDICT、ZPRED Server等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）......阅读全文
《自然》封面：新方法根据结构预测功能
来自美国加州大学旧金山分校药理化学系，得克萨斯农工大学（Texas A&M University），Albert Einstein 医学院的研究人员利用一种变通的分子对接方法（一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法），设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。如果这一新方法也适用
蛋白质工程的结构、功能的设计和预测
根据对天然蛋白质结构与功能分析建立起来的数据库里的数据，可以预测一定氨基酸序列肽链空间结构和生物功能；反之也可以根据特定的生物功能，设计蛋白质的氨基酸序列和空间结构。通过基因重组等实验可以直接考察分析结构与功能之间的关系；也可以通过分子动力学、分子热力学等，根据能量最低、同一位置不能同时存在两个
原核和真核生物mRNA的二级结构与功能的关系
a-鹅膏蕈碱：抑制真核生物RNA聚合酶。 通常mRNA（单链）分子自身回折产生许多双链结构（ [噬菌体M RNA中成熟蛋白] RNA中成熟蛋白" class=image>[编码区的二级结构及外壳蛋白的起始密码子AUG的位置]）。原核生物，例如M 噬菌体RNA外壳蛋白编码区，经计算有66.4%的
新方法可预测化合物结构变体
俄罗斯萨马拉国立技术大学提出了一种计算任何化合物新结构变体的方法，并以碳为例进行了测试。此项研发成果对于基础研究以及新材料制造都非常重要，与其他类似研究不同的是，其可以在普通个人电脑上操作。相关研究结果发表在新一期《晶体学报》杂志上。 在外部因素影响下，物质结构可能会发生瞬间变化，即所谓的相变
Meta公司AI预测6亿蛋白质结构
ESM宏基因组图谱数据库包含6.17亿个蛋白质的结构预测。图片来源：ESM宏基因组图谱 谷歌旗下人工智能（AI）公司Deep Mind今年公布了2.2亿个蛋白质的预测结构，几乎涵盖了DNA数据库中已知生物的所有蛋白质。现在，另一个科技巨头正在填补蛋白质宇宙中的暗物质。 Meta公司（前
蛋白质结构预测和分子动力学
作为结构基因组研究的互补，蛋白质结构预测的目标是发展出有效的能够提供未知结构（未通过实验方法得到）蛋白质的可信的结构模型。目前最为成功的结构预测方法是同源建模；这一方法是利用序列相似的蛋白质（已知结构）的结构作为“模板”。而结构基因组的目标正是通过解析大量蛋白质的结构来为同源建模提供足够的模板
MOFormer：无需3D结构、基于Transformer的预测语言模型
金属有机框架（MOF）是具有高比表面积、高孔隙率和结构可设计的结晶性多孔材料，可用于气体吸附、气体储存、气体分离、催化剂等领域。 然而，MOF 的化学空间非常巨大。发现适合特定应用的最佳 MOF 需要对无数潜在候选材料进行高效、准确的搜索。快速且低成本地为特定任务选择性能最佳的 MOF 一直具有挑
b2型二级生物安全柜的组成及结构分析
b2型二级生物安全柜是当今微生物实验室之必要品，特别是那些对操作者需要采取保护措施的场合。如医疗、制药、科研等进行细菌培养时提供既无菌无尘又工作安全的环境。 生物安全柜一般由箱体和支架两部分组成。箱体部分主要包括以下结构： 1. 空气过滤系统 空气过滤系统是保证本设备性能*主要的系统，它由
b2型二级生物安全柜的组成及结构分析
b2型二级生物安全柜是当今微生物实验室之必要品，特别是那些对操作者需要采取保护措施的场合。如医疗、制药、科研等进行细菌培养时提供既无菌无尘又工作安全的环境。 生物安全柜一般由箱体和支架两部分组成。箱体部分主要包括以下结构： 1. 空气过滤系统 空气过滤系统是保证本设备性能*主要的系统，它由驱动
二级氢键的定义
中文名称二级氢键英文名称secondary hydrogen bond定 义核酸或蛋白质二级结构中的氢键。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），总论（二级学科）
“阿尔法折叠”首次大规模纳入蛋白结构预测数据
人工智能（AI）蛋白质结构预测工具“阿尔法折叠”迎来重要升级。17日最新发布的“阿尔法折叠”数据集首次大规模纳入蛋白质复合物结构预测数据，数百万个由AI预测的蛋白质复合物结构向全球科研人员开放。这一成果由欧洲分子生物学实验室的欧洲生物信息学研究所、谷歌旗下“深度思维”公司、英伟达和韩国首尔大学四方合
蛋白质三级结构预测－线索化法
线索化模型产生的背景及发展上面已经提到，两个自然进化的蛋白质如果具有30%的等同序列，则它们是同源的蛋白质，具有基本相同的三维结构。那么，其余的是否就不是同源的呢？实际并非如此。在最新的蛋白质数据库PDB中，有上千对蛋白质具有同源的空间结构，但它们的序列等同部分小于25%，即远程同源。许多结构相似的
直播预告－|－蛋白质结构与功能预测及设计
直播时间：2024年8月22日（周四）19:00——21:40 直播平台：科学网APP(科学网微博直播间链接)https://weibo.com/l/wblive/p/show/1022:2321325069047447289984科学网微博科学网视频号 【直播简介】8月22日（周四）晚19:0
从预测进化－AI能“构想”新蛋白质结构
半个世纪以来，科学家一直在寻找解决“蛋白质折叠问题”的方法。这是生物学领域的一项重大挑战，难倒了几代科学家。但现在，人工智能（AI）解决了这一问题。据《自然》杂志1日发表的论文，包括美国华盛顿大学、伦斯勒理工学院和哈佛大学的研究人员在内的研究小组描述了一种升级的阿尔法折叠系统，该系统由深度思维（
冷冻电镜分辨率的确定及二级结构的确定
分辨率的确定及二级结构的确定在模型优化的过程中，通常有很多指标给出结构的分辨率信息。目前一个较为广泛使用的分辨率信息参数是被称为傅里叶壳层关联函数(Fourier shell correlation，FSC)曲线，并通过在曲线上选取一个合适的阈值来判定分辨率。在模型优化中经常伴随着过拟合的问题。过拟
构建“整合AIR的序列和结构特征,预测免疫反应”学习框架
适应性免疫受体（AIR，包括 T 细胞受体，TCR；B 细胞受体，BCR）与其同源抗原之间的结构对接是适应性免疫中最基本的过程之一。然而，目前预测 AIR-抗原结合的方法很大程度上依赖于 AIR 的序列衍生特征，忽略了结合亲和力所必需的结构特征。 腾讯 AI Lab 的研究人员提出了一个名为
《机器智能》：秒级预测蛋白质结构的大模型上线
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510009.shtm
蛋白质三级结构(tertiary－structure－of－protein)的预测软件
由于用X光晶体衍射和NMR核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用生化方法研究蛋白质的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要，因此近几十年来许多科学家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能，经过多年努力取得了一定的成果。蛋白质三维结构的预测方法通常包括：同源性建模和从头开始
岛津红外光谱丨带您探索蛋白质二级结构的奥秘
导读 蛋白质是一类与生命相关的生物大分子，其许多特定的生理或药理活性在很大程度上和构象有关，蛋白质二级结构的基本类型有 α-螺旋、β-折叠、β-转角、Ω环和无规卷曲。蛋白质的结构与功能的关系对于生物学、医学和药学都具有非常重要的意义，蛋白质构象改变可引起疾病，如朊蛋白的二级结构α-螺旋变为β-折叠就
二级防护标准
二级防护标准：医用防护服、医用防护口罩、防护眼罩/面罩、医用乳胶手套、防护鞋、工作帽。适用于1、进入隔离留观室和专门病区的医务人员；2、接触从病人身上采集的标本、处理其分泌物、排泄物、使用过的物品和死亡病人尸体的工作人员；3、转运病人的医务人员和司机。
光栅二级衍射的概念
一种由密集﹑等间距平行刻线构成的光学器件.分反射和透射两大类.它利用多缝衍射和干涉作用﹐将射到光栅上的光束按波长的不同进行色散﹐再经成像镜聚焦而形成光谱.天文仪器中应用较多的是反射光栅﹐它的基底是低膨胀系数的玻璃或熔石英﹐上面镀铝﹐然后把平行线刻在铝膜上.图为高倍率放大的光栅刻槽面形状﹐光栅色散可用
UPLC－SYNAPT－二级质谱方法用于－siRNA－寡核苷酸结构确证
简介 RNA 干涉（ RNAi ）机制在转录后基因沉默中有根本性的作用，在已知序列的情况下，基因沉默常规实验可通过使用 ~21 个核苷酸（ nt ）长度的合成 RNAi 探针进行，此法也用于研发药物。合成 RNAi 寡核苷酸须纯化以防靶点外的基因沉默。 RNAi 药物需要良好的实验描述，以达到法规要
傅里叶变换红外光谱可快速有效测定蛋白质二级结构
分析测试百科网讯 蛋白质是生命的基石。它们在细胞的功能和结构中起着关键的作用，参与体内的运输、通讯和代谢。组成蛋白质的有20个氨基酸，这使得蛋白质的潜在结构、序列以及组合几乎是无限的。 每一个蛋白质特定的功能都取决于它的三维结构。精确地画出蛋白质的三维结构对于了解他们是如何工作的十分重要，这可
Nature、Science齐发：两款新型AI精准预测蛋白结构
去年，DeepMind公司开发的AlphaFold2人工智能系统，基于氨基酸序列，精确预测了蛋白质的3D结构。它的准确性与使用冷冻电子显微镜（CryoEM）、核磁共振或 X 射线晶体学等实验技术解析的3D结构相媲美。这一突破被誉为“变革生命科学和生物医学”的突破。 今日，DeepMind公司在
蛋白质序列分析及结构预测策略包括哪些步骤
序列分析通常就是指同源性分析、保守位点分析，motif分析和功能预测等，结构预测通常又包括二级结构三级结构甚至四级结构，二级结构目前预测还是比较准确的，三级结构最简单的可以直接将蛋白序列提交swissmodel在线进行预测，也可以采用一些其他软件，如modeller和一些商业软件，主要原理是同源
应用圆二色光谱研究电场对脂肪酶二级结构的影响
摘 要 脂肪酶被不同强度的电场处理5 min, 用圆二色光谱( cir cular dichr oism, CD) 研究电场对脂肪酶( Lipase) 二级结构的影响。研究结果表明: 在01 5~ 61 0 kV # cm- 1 范围内, 不同强度的电场对脂肪酶的A- 螺旋、B- 折叠、B- 转角及
钇高压相结构及超导转变温度的理论预测研究获进展
最近，沈阳材料科学国家（联合）实验室工程合金研究部陈粤博士、胡青苗研究员与杨锐研究员采用第一性原理方法结合进化算法，预测了压力高于100 GPa时钇的晶体结构，发现该条件下超导转变温度Tc随压力P增大而降低，与100 GPa以下时的Tc-P关系相反。 稀土金属元素钇在高压下发生
Science：利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
光合能力与水力结构特征可预测这种树木的生长速率
在我国，常绿阔叶林分布区分为两个亚区域，即东部常绿阔叶林亚区域和西部常绿阔叶林亚区域。在我国西南亚热带地区，常绿阔叶树林在中高海拔的山地呈连片分布。在云南中部哀牢山海拔2000米至2600 米范围内，分布有大面积的中山湿性常绿阔叶林，以壳斗科、樟科和茶科的常绿阔叶树种占优势，落叶树种约占15%，
圆二色谱分析对卵清蛋白二级结构的影晌
圆二色谱分析动态超高压微射流均质对卵清蛋白二级结构的影晌圆二色光谱(简称CD)是目前应用最为广泛的测定蛋白质二级结构的方法，是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单、较准确的方法。它可以在溶液状态下测定，较接近其生理状态。而且测定方法快速简便，对构象变化灵敏，所以它是目前研究蛋白质二级结构的主要手段