RNA蛋白免疫沉淀技术简介
RIP技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RNA结合蛋白免疫沉淀),是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip,帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。......阅读全文
分子克隆常用技术简介(核酸纯化、浓缩、电泳和DNA、RNA的...
分子克隆常用技术简介(核酸纯化、浓缩、电泳和DNA、RNA的定量)一、核酸的纯化在分子克隆的所有操作中,最基本的操作是核酸的纯化。其关键步骤是去蛋白质,通常只要用酚/氯仿。氯仿抽提核酸的溶液即可。每当需要把克隆有某一些所用的酶灭活或去除以便进行下一步时,可进行这种抽提。然而,如要从细胞裂解液等复杂的
RIP-技术——研究肿瘤发生和转移中microRNA失调的有力工具-二
但是miRNA具有成百上千个靶标,所以要完全理解一个miRNA和靶标的特异性反应与肿瘤发生之间的联系,是一项非常具有挑战性的工作,尤其是在癌症研究中鉴别出miRNA的准确靶点仍然是一大难题。现已知道miRNA的调节功能是通过结合不同的蛋白质或RNA来实现的,因此研究miRNA与蛋白的结合情况对于揭示
Cell特辑:免疫沉淀
“Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推荐文章集合手册,主要介绍某个生命科学研究领域最新的进展及突出成果。相关特辑内容包括研究论文,评论性文章以及snapshots,涉及了同一领域的方方面面,更为重要的是这些文章由赞助商赞助,可以免费获取。 蛋白与DNA之间
关于丙型肝炎RNA的简介
丙型肝炎病毒(hepatitis virus C,HCV)是一小的有囊膜的单股正链RNA病毒,属黄病毒科丙型肝炎病毒属。HCV基因组为一长的开放读码框架(ORF),在其两侧的5′和3′均有非编码区,从5′端开始,编码区由7个基因区组成,即C、E1、E2、NS1、NS2,NS3、NS4和NS5,C
关于小干扰RNA的简介
小干扰RNA(siRNA),有时称为短干扰RNA或沉默RNA,是一类双链RNA分子,长度为20-25个碱基对,类似于miRNA,并且在RNA干扰(RNAi)途径内操作。它干扰了表达与互补的核苷酸序列的特定基因的转录后降解的mRNA,从而防止翻译。 siRNA由双链RNA (double str
核糖体RNA的简介
rRNA的分子量较大,结构相当复杂,目前虽已测出不少rRNA分子的 一级结构,但对其二级、 三级结构及其功能的研究还需进一步的深入。 原核生物的rRNA分三类:5SrRNA、16SrRNA和23SrRNA。 真核生物的rRNA分四类:5SrRNA、5.8SrRNA、18SrRNA和28SrRNA
RIP技术简介
由于miRNA被发现在癌症机理中起重要的作用,尤其是与肿瘤转移相关联,因此对于miRNA的研究来说,最让人兴奋的是有希望应有于癌症治疗中的RNA 抑制疗法或模拟miRNA表达疗法,尤其是对于出现肿瘤转移的癌症病人的治疗。但是miRNA具有成百上千个靶标,所以要完全理解一个miRNA和靶标的特异性反应
RNA干扰技术的特点
1.高效性:Elbashir等在研究中发现分别为25 nmol/L与100 nmol/L的起始双链RNA产生的结果是一样的,只是高浓度起始的更有效些。将双链RNA浓度降低到1.5 nmol/L时产生的基因沉默效果变化不大,只有当浓度降低到0.05 nmol/L时,沉默的效果才消失。Holen等也证实
RNA干扰实验技术介绍
通过生化和遗传学研究表明,RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段,加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明;一个称为Dicer
RNA转录的技术特点
转录时,细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA,通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成。与DNA的复制相比,转录有很多相同或相似之处,亦有其自己的特点。转录中,一个基因会被读取并复制为mRNA。就是说,以特定的DNA片段作为模板,以DNA依赖的RNA聚合酶作为催化剂,合成前体
中科院广州生物院开发RICK技术首次分离RNA结合蛋白
科学网广州2月13日讯 记者从中国科学院广州生物医药与健康研究院获悉,该院研究员米格尔•埃斯特班、张必良和副研究员鲍习琛领衔的科研团队开发RICK技术首次分离RNA结合蛋白。该技术是全面分析细胞内的RNA-蛋白相互作用的重要工具,有助于揭开基因组中的“暗物质”-非编码RNA的未知功能。相关研究2
探索RNA与蛋白的相互作用,你需要这两种检测
从DNA到蛋白质,这是一个相当复杂的过程。转录DNA的代码,这只是万里长征的第一步。随后,大量蛋白质编辑RNA,带领它从细胞核到细胞质,控制其稳定性,并指导其翻译。 据印第安纳大学的副教授Sarath Chandra Janga介绍,数百个RNA结合蛋白(RBP)参与了这个过程。Janga正在
染色质免疫沉淀(ChIP)技术的难点及应用1
序言随着人类基因组测序工作的基本完成,功能基因组学的研究逐渐成为研究的热点。而基因表达的调控又是功能基因组学的一个重要研究领域。研究某个蛋白因子的调控功能,可以通过对蛋白活性(激活或抑制其活性),蛋白数量(过表达Overexpression或基因缺陷型Knockout), 以及蛋白功能(功能缺陷
染色质免疫共沉淀研究
真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。与传统的EMSA技术相比,染色质免疫沉淀技术(ChIP)能真实完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白,是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的最佳方法。染色质免疫沉淀技术(chro
推动癌症发展的RNA结合蛋白
最近,一项关于白血病细胞基因表达的研究,发现了一种RNA结合蛋白,在推动癌症的发展过程中起着重要的作用。该蛋白通常活跃在胎儿组织,在成年人体内是关闭的,但它在一些癌细胞中被再度活化。这种表达模式使它成为抗癌药物的一个有吸引力的靶标,因为阻断它的活动,不太可能造成严重的副作用。 这项新的研究,发
超声波细胞破碎仪型号:-TSM150
超声波细胞破碎仪型号: T-SM150 【产品简介】: 超声波细胞破碎仪是一种利用超声波在液体中产生空化效应的多功能、多用途仪器;用于多种动植物、病毒、细胞、细菌及组织的破碎,同时可用来乳化、分立、裂解、匀化、提取、消泡、清晰、纳米材料的植被、分散及加速化学反应等。 超声波细胞破碎仪【技术参数】:
冷泉港实验方案关注CLIP
2012年11月,新一期的冷泉港实验方案《Cold Spring Harbor Protocols》发布。本期主要聚焦了双光子成像、淋巴管造影以及CLIP技术。 1. CLIP (Cross-Linking and Immunoprecipitation) Identification
免疫沉淀的方法步骤
说到实验,毕竟是“说”,重要的是动手“做”。其实我们所发布的一些过程步骤等相当于说明书,我们能够给出的是一些知识与提醒注意,一个实验是不能看会的,所以朋友们可通过来了解,需要的朋友们可以自己动手来实践的。我们今天说的这个实验呢是免疫沉淀的实验,过程还是比较简单的。 免疫沉淀一般用于分析抗
免疫沉淀的实验步骤
(1)收获细胞,加入适量细胞IP裂解缓冲液(含蛋白酶抑制剂),冰上或者4℃裂解30min, 12,000g离心30 min后取上清;(2) 取少量裂解液以备Western blot分析,剩余裂解液将1μg相应的抗体和10-50 μl protein A/G-beads加入到细胞裂解液,4°C缓慢摇晃
什么是免疫沉淀反应?
免疫沉淀反应(Immunoprecipitation)主要用于抗原或者抗体的定性检测。其原理是指可溶性抗原与相应抗体在有电解质存在的情况下,按适当比例所形成的可见沉淀物现象。据此现象设计的沉淀实验主要包括絮状沉淀试验,环状沉淀试验和凝胶内的沉淀试验。凝胶内的沉淀试验依所用的实验方法又可分为免疫扩散实
免疫沉淀实验——抗Ig血清免疫沉淀放射性标记抗原
实验材料蛋白质试剂、试剂盒SDS仪器、耗材离心机摇床实验步骤1. 按基本方案进行,但以下说明的操作步骤已经修改: (2a)按每毫升加入2 μl 正常血清的量对放射性标记抗原进行预澄清处理,加入适量的抗血清,于4℃放置12~18 h, 111 000 g 离心10 min,保留上清。 (4a)加入1
诱骗RNA结合蛋白不与癌细胞中的天然RNA分子结合
科学家也开始变得“狡猾”,开始用欺骗来对抗癌症。希伯莱大学的研究人员发明了一种诱饵,可以阻止癌症用于转移的RNA结合蛋白。 近年来,RNA结合蛋白在肿瘤生长中起着重要作用已经成为不争的事实。这些蛋白在所有细胞中都很活跃,尤其是在癌细胞中,它们与RNA分子结合,加速癌细胞的生长。不幸的是,目前还
RNA探针技术的应用介绍
这类RNA探针主要用于研究目的,而不是用于检测。例如,在筛选逆转录病毒人类免疫缺陷病毒(HIV)的基因组DNA克隆时,因无DNA探针可利用,就利用HIV的全套标记mRNA作为探针,成功地筛选到多株HIV基因组DNA克隆。又如进行中的转录分析(nuclear run on transcrip-tion
RNA干扰实验技术介绍(一)
通过生化和遗传学研究表明,RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段,加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明;一个称为Dic
反义RNA技术的注意要点
[1]长的反义RNA并不一定比短的反义RNA更为有效;[2]在原核生物中针对SD序列及其附近区域的反义RNA可能更有效;[3]在真核生物中,对应于5'端非编码区的反义RNA可能比针对编码区的反义RNA更有效;[4]尽量避免在反义RNA分子中出现自我互补的二级结构;[5]设计的反义RNA分子中
RNA干扰实验技术介绍(二)
dsRNA消化法的主要优点在于可以跳过检测和筛选有效siRNA序列的步骤,为研究人员节省时间和金钱(注意:通常用RNAse III通常比用Dicer要便宜)。不过这种方法的缺点也很明显,就是有可能引发非特异的基因沉默,特别是同源或者是密切相关的基因。现在多数的研究显示 这种情况通常不会造成影
RNA干扰技术获得新突破
来自一家名为“ALNYLAM”的生物技术公司的研究人员在11日出版的《自然》杂志上报告说,他们通过转基因技术在RNA(核糖核酸)干扰技术的研究上取得了突破,为治疗糖尿病、癌症等疾病带来了希望。 RNA干扰是一种由双链RNA诱发的“基因沉默”。在此过程中,致病细胞中与双链RNA有同源序列
RNA干扰技术的作用机制
病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内,并利用宿主细胞进行转录时,常产生一些dsRNA。宿主细胞对这些dsRNA迅即产生反应,其胞质中的核酸内切酶Dicer将dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的小片段RNA(大约21~23 bp),即siRNA。siRNA在细胞内R
RNA研究热点技术介绍总汇
头条消息:2019年8月16日,2019年国家自然科学基金评审结果发布,今年国自然重点资助项目743项,总金额达22.184亿,北京大学、浙江大学位居前两位,分别获得37项和34项,总计超过1亿元,而上海交通大学(30项)、复旦大学、清华大学、南京大学、中山大学、天津大学、华中科技大学、同济大学
常见RNA探针的技术特点
cRNA探针:是以cDNA为模板,通过体外转录而获得的。因为它是一种单链探针,因此也避免了应用双链cDNA探针做杂交反应时存在的两条之间的复性问题。cRNA与RNA之间形成的杂交体要比cDNA-RNA杂交体稳定。cRNA-RNA之间形成的杂交体不受RNA酶的影响。因此杂交反应后可用RNA酶处理,以除