掌握DNA分子的“车流速度”单分子操作实现近乎完美控制
瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL）研究人员多年来致力于改进纳米孔技术,该技术可让DNA分子通过膜上的小孔以测量离子电流,研究人员则可以通过分析核苷酸在电流通过时的扰动情况,来确定DNA的核苷酸序列。该研究19日发表在《自然·纳米技术》上。 分子的快速运动使得对其实现高精度分析具有挑战性。EPFL团队成员称,将纳米孔的灵敏度与扫描离子电导显微镜（SICM）的精度相结合,他们就能锁定特定的分子的位置并控制它们移动的速度。这种精巧的控制填补了该领域的一个巨大空白。 团队使用先进的扫描离子电导光谱（SICS）实现了这种控制。SICM利用流经探针尖端的离子电流的变化,可生成高分辨率3D图像数据。而其创新技术减缓了分子通过的速度,允许对同一分子甚至分子上的不同位置进行数千次连续读数。 研究人员用汽车类比这种方法举例说明：“想象一下,当你站在窗前看着汽车来回行驶。如果汽车减速并反复驶过,读取他们的牌照会容易得多。我们现在可决定是要每次......阅读全文
核苷酸序列的结构
核苷酸序列，就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A，T，G，C的排列顺序，或者mRNA中A，U，G，C的排列顺序，也包括rRNA，tRNA中碱基的排列顺序。
核苷酸序列的概念
核苷酸序列，就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A，T，G，C的排列顺序，或者mRNA中A，U，G，C的排列顺序，也包括rRNA，tRNA中碱基的排列顺序。
核苷酸序列的分析方法
根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”，提出采用调频Z变换的分析方法，定义了相应的表达式，同时构造了短时调频Z变换用于识别基因区域中的外显子部分和内含子部分。与已有的基因区域识别算法相比，该方法不需要依赖于训练样本序列。测试结果表明了该方法的有效性。
核苷酸序列的分析方法
根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”，提出采用调频Z变换的分析方法，定义了相应的表达式，同时构造了短时调频Z变换用于识别基因区域中的外显子部分和内含子部分。与已有的基因区域识别算法相比，该方法不需要依赖于训练样本序列。测试结果表明了该方法的有效性。
纳米孔测序技术
测序长度和准确率的快速提升使得纳米孔测序有望颠覆DNA测序市场。纽约威尔康奈尔医学院的计算生物学家Christopher Mason喜欢在会议上表演一个“绝活”：他和同事先从志愿者手机上收集DNA样本，然后就能在一个小时内现场进行谱系分析，甚至叙述志愿者一天的生活细节。“我们能从留在手机上的DNA信
DNA测序新突破：新纳米孔通过电流变化检测DNA序列
在个体化医疗前景的诱惑下，研究人员将研发出更有效的基因测序新方法视为首要任务。如今，宾夕法尼亚大学物理学家利用固态的纳米孔区分单链DNA分子，这一有前景的技术，在DNA穿过纳米孔时，通过检测电流变化进而读取DNA序列。相关研究发表在《ACS Nano》期刊上。 领导这项研究的是艺术与科学学院物
核苷酸序列的基本概念
由A、T、C、G四种字符组成的核苷酸序列本质上是生物分子的一种符号表示。在计算生物学中，常采用离散傅立叶变换进行频谱分析。
核苷酸序列的分析方法介绍
核苷酸序列，就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序。这意味着DNA中A，T，G，C的排列顺序，或者mRNA中A，U，G，C的排列顺序，也包括rRNA，tRNA中碱基的排列顺序。 根据核苷酸序列频率分布的特点和离散傅立叶变换所固有的“栅栏效应”，提出采用调频Z变换的分析方法，定义了相应的表达式，同
DNA核苷酸序列冈崎片段的介绍
冈崎片段是相对较短的DNA核苷酸序列（真核生物中大约有150到200个碱基对长），它们的合成是不连续的，并随后通过DNA连接酶连接在一起，形成DNA复制过程中的滞后链。冈崎片段是20世纪60年代两位日本分子生物学家、名古屋大学的一对校友夫妇冈崎令治和冈崎恒子共同发现的。
纳米孔ZL之争落下帷幕
美国国际贸易委员会近日发布文件称，Illumina公司和英国牛津纳米孔公司的官司已经庭外和解。纳米孔公司同意不再出口或售卖包含氨基酸序列纳米孔的产品，并销毁目前库存的产品。但该文件也明确表示，这些限制不会影响牛津纳米孔对CsgG的使用。CsgG是相关诉讼开始后不就，牛津纳米孔发布的另一种新孔，基于全
详解牛津纳米孔测序仪
牛津纳米孔测序仪在美国人类遗传学学会年会上公布技术参数 2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行，有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示，技术之创新，令人震惊!21日下午，牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会，讲解了纳米孔的
详解牛津纳米孔测序仪
2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行，有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示，技术之创新，令人震惊!21日下午，牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会，讲解了纳米孔的测试结果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
纳米孔测序技术发展简介
随着对DNA结构和序列的研究，DNA测序技术不断发展，成为生命科学研究的核心领域，对生物、化学、电学、生命科学、医学等领域的技术发展起到巨大的推动作用。利用纳米孔研究出新型的快速、准确、低成本、高精度及高通量的DNA测序技术是后人类基因组计划的热点之一。 纳米孔测序技术发展简介 纳米孔检测技
Nature Methods：纳米孔测序仪潜力无限
来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时，也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，称新开发的工具让纳米孔测
纳米孔测序仪真机现身ASHG
英国Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上发布了一款便携式的基因组测序仪MinION，性能强劲，价格给力，引发市场轰动。然而，大半年过去了，纳米孔测序仪却迟迟不见踪影，连更早发布的GridION也未上市。于是，生物界开始议论
纳米孔技术有望颠覆DNA测序市场
Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机上收集的化验样本获取DNA，他和同事能在1个小时内现场进行谱系分析，甚至详细描述出捐赠者一天的生活细节。“我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示
石墨烯上成功制备可控纳米孔
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/9/387887.shtm俄罗斯国家研究型工艺大学（NUST MISIS）的专家，与其他国家物理学家组成的国际小组共同开展一系列快重离子辐照石墨烯实验。结果显示，可以通过这种方式在石墨烯上制备直径可控的纳米孔。
Oxford Nanopore：纳米孔测序仪开放试用
在上个月的美国人类遗传学协会年会上，英国Oxford Nanopore Technologies公司宣布将启动MinION测序仪的试用计划。这次，它果然没有食言。MinION试用计划于11月25日启动，将延续到2014年初，具体截止日期未定。 根据这项试用计划，参与者须支付1,000美
纳米孔测序的过去、现在和将来
纵观测序技术的发展历程，没有哪一个技术像纳米孔测序那样慢热，但也没有哪一个技术像纳米孔测序这么接近普罗大众。将单链DNA拉过蛋白孔，检测碱基穿过时电导的微小改变，纳米孔测序的这一基础理念已经有十几年历史了。 1996年哈佛大学的DanielBranton、加州大学的DavidDeamer及其同
两篇PNAS：蛋白纳米孔检测DNA甲基化
两个独立的研究团队利用通道蛋白实现纳米孔测序，成功鉴别了5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。这两篇文章发表在同一期的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 基因组所蕴含的编码信息，包括DNA序列和核苷酸修饰两个部分。其中，动态的DNA甲基化模式，是基因表达的重要调控者，与细胞分化、胚胎发育和癌症
5纳米石墨烯纳米孔精确制备技术研究取得进展
日前，中国科学院重庆绿色智能技术研究院精准医疗单分子诊断技术研究中心在5纳米石墨烯纳米孔精确制备技术研究方面取得进展，研究成果以Precise fabrication of a 5nm graphene nanopore with a helium ion microscope forbiomo
第三代高通量测序技术简介——纳米孔
第一代Sanger法为DNA测序打开了大门，但它高昂的费用限制了在大规模测序工程上的使用。当今发展迅猛的第二代高通量测序设备，包括Illumina的Solexa、Roche 454系列以及ABI的SOLiD系统等，使测序费用大幅降低到60-1美元/megabase。 它们共同的缺点是
测序研究获重大突破：充电石墨层可让DNA“跳芭蕾”
当美国伊利诺伊州大学的研究人员准备研究一种控制DNA如何在小型测序设备里移动的工具时，他们并不知道他们将见证一场分子体操秀。快速、精确、可负担的 DNA测序是朝个性化医疗迈出的第一步。在一片石墨薄膜层上让DNA分子经过一个小孔——纳米孔使得科学家们可以读取DNA序列；然而，他们对
纳米孔可成为DNA快速阅读器
据《每日科学》近日报道，由美国华盛顿大学物理学家领导的研究小组设计了一种新技术，可在纳米孔内对DNA进行快速测序，而且价格比较便宜。新方法可为癌症、糖尿病或某些成瘾患者量身绘制个性化基因测序蓝图，提供更加高效的个体医疗。 论文主要作者、华盛顿大学物理教授简斯·冈德拉克表示，
纳米孔测序搞定超级难搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一台MinION测序仪的。他所在的康涅狄格大学实验室是首批获得Oxford Nanopore Technologies测序仪的客户。尽管准确性不稳定，通量也不高，但Graveley和他的同事决定立刻就试试。 对于MinION，众多讨论
纳米孔测序搞定超级难搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一台MinION测序仪的。他所在的康涅狄格大学实验室是首批获得Oxford Nanopore Technologies测序仪的客户。尽管准确性不稳定，通量也不高，但Graveley和他的同事决定立刻就试试。 对于MinION，众多讨论
纳米孔测序技术有望颠覆DNA测序市场？
Scott Tighe（左）等研究人员利用MinION设备在南极泰勒谷测序微生物DNA。 “我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示。你们相信吗？Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机
武汉大学研发纳米孔靶向测序检测方法
记者从武汉大学获悉：该校组建的联合团队创新性开发的纳米孔靶向测序检测方法，能够大幅提升病毒阳性检出率，并能实现当天同时检测新冠病毒和其他10类40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变，有助于破解临床疑似病例难以确诊的问题。 据介绍，既往新冠病毒诊断依赖于qPCR核酸检测，但是该方法显示出较高的假阴性
纳米孔测序发现DNA损伤的新策略
最近，美国犹他大学的化学家们，设计了一种新的方法来检测DNA化学损伤，DNA损伤有时会导致基因突变，引发许多疾病，包括各种癌症和神经系统疾病。相关研究结果发表在十一月六日的《NatureCommunications》。 本文通讯作者、化学教授CynthiaBurrows说：“我们更进一步了解了
纳米孔测序仪为何迟迟不见踪影？
今年2月，英国Oxford Nanopore Technologies公司(以下简称Oxford)宣布推出一款便携式的基因组测序仪MinION，约摸只有U盘大小，价格低于900美元，立即引发市场轰动。同时，该公司另一测序平台GridION有望在15分钟内完成人类基因组测序，费用约为1,500