高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究
肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种类型癌症中肿瘤免疫微环境的转录组、蛋白质组和代谢组，从这些方法获得的数据已与免疫组化和多参数分析相结合，以产生癌症进展的标记物。传统分析技术受样品空间分辨率以及分析灵敏度的限制，无法精准获取靶向部位，而对其中特异代谢物的差异表征就更加困难。组织切片伴随着显微镜技术等的发展而得到广泛的应用，而激光显微切割 (LMD, laser microdissection) 技术可以方便地对特定的组织区域的精确分离（图2）。结合高灵敏度的液质联用检测技术，基于ZenoTOF® 7600 系统，将空间定位准确的微区细胞代谢谱进行全面准确的表......阅读全文
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
组织微环境分析方案深度解析肿瘤免疫细胞分型
最近数十年以来肿瘤的免疫治疗相关研究取得了革命性的突破，特别是基于PD-1、CTLA-4等类似的免疫检查点抑制剂的治疗方案表现尤为突出。但是即便如此，肿瘤的免疫治疗领域仍然面临巨大的挑战，比如治疗效果的不确定性、患者反应的不可预估性、免疫治疗耐药抵抗及检测生物标志物缺乏等都制约了对肿瘤患者的精准有效
SUNYBuffalo－曲峻教授：3D打印微支架助力的空间蛋白质组学
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研讨会 由西湖大学Guomics实验室，西湖实验室iMarker实验室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同举办，并由
代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用（二）
案例三基于代谢组学技术挖掘病毒感染宿主后代谢动态变化情况2019年发表在Viruses杂志上的另一篇文章，采用基于Orbitrap 的非靶标和靶标代谢组学方式研究了麻痹病毒（Cricket paralysis virus, CrPV）感染昆虫Bm5细胞后宿主代谢的动态变化情况。研究人员发现，CrPV
代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用（一）
在疫情逐步可控的情形下，一线的医务工作者和科研人员将有更多精力和时间对冠状病毒进行更深一步的研究和认识。我们此次调研了基于Orbitrap超高分辨的代谢组学，脂质组学，以及药物治疗在病毒学研究中的应用。致敬白衣天使和深耕医学研究的学者。 目前的研究显示，新型病毒进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样，
学者系统总结植物空间代谢组学技术的进展与挑战
广东省农业科学院农业生物基因研究中心研究员晏石娟团队与德国马普分子植物生理研究所教授Alisdair R. Fernie合作，在广东省重点领域研发计划、广州市科技计划等项目的资助下，系统总结了植物空间代谢组学技术的进展与挑战。相关Perspective文章近日发表于《植物杂志》（The Plant
质谱仪在代谢组学和代谢研究中有着杰出表现
质谱仪以离子源、质量分析器和离子检测器为核心。离子源是使试样分子在高真空条件下离子化的装置。电离后的分子因接受了过多的能量会进一步碎裂成较小质量的多种碎片离子和中性粒子。它们在加速电场作用下获取具有相同能量的平均动能而进入质量分析器。质量分析器是将同时进入其中的不同质量的离子，按质荷比m/e大小分
Cell子刊：肿瘤微环境NK细胞代谢失调功能紊乱
越来越多的研究表明，肿瘤生长过程中，肿瘤细胞可以通过多种机制诱导NK细胞功能紊乱，从而逃避NK细胞的监视。肿瘤发生发展是一个漫长的过程，主要包括起始期、促进期和进展期三个阶段。而在这整个过程中，NK细胞与肿瘤细胞如何相互作用仍不得而知。 NK细胞是一种效应淋巴细胞，在机体抵抗肿瘤过程中发挥至关
基于单细胞测序绘制肿瘤微环境相关细胞代谢图谱
肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”，不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性，可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中，每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性，肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式（即“代谢重编程”）来适应不同的微环境，以满足其对能量
临床代谢组学研究常见问题（一）
分享一些我们举办完第一期微信公开课——临床代谢组学研究策略后，所收集到的常见问题，供大家学习和参考。 Q：如何设置验证集和测试集？ A：按我理解你想问的问题是：training set训练集和test set测试集的设置问题。我们做分析化学、生物化学或者分子生物学的初学者通常会混淆这
临床代谢组学研究常见问题（一）
分享一些我们举办完第一期微信公开课——临床代谢组学研究策略后，所收集到的常见问题，供大家学习和参考。 Q：如何设置验证集和测试集？ A：按我理解你想问的问题是：training set训练集和test set测试集的设置问题。我们做分析化学、生物化学或者分子生物学的初学者通常会混淆这
深度学习算法－助力精准诊断结直肠肿瘤
根据发表在《Life Science Alliance》杂志上的新研究，一种新的深度学习算法可以快速，准确地分析来自结直肠肿瘤的几种基因组数据，以进行更准确的分类，从而有助于改善诊断和相关的治疗选择。 大肠肿瘤的发展方式各不相同，需要接受的药物类型也不同，生存率也大不相同。通常，基于对基因表达
代谢组学的优势、应用及研究内容介绍
我们知道细胞内的生命活动由众多基因、蛋白质、以及小分子代谢产物来共同承担，而上游的（核酸、蛋白质等）大分子的功能性变化最终会体现于代谢层面，如神经递质的变化、激素调控、受体作用效应、细胞信号释放、能量传递和细胞间通讯等，所以代谢组处于基因调控网络和蛋白质作用网络的下游，所提供的是生物学的终端信息
代谢组学的优势、应用及研究内容介绍
我们知道细胞内的生命活动由众多基因、蛋白质、以及小分子代谢产物来共同承担，而上游的（核酸、蛋白质等）大分子的功能性变化最终会体现于代谢层面，如神经递质的变化、激素调控、受体作用效应、细胞信号释放、能量传递和细胞间通讯等，所以代谢组处于基因调控网络和蛋白质作用网络的下游，所提供的是生物学的终端信息
代谢组学的优势、应用及研究内容介绍
我们知道细胞内的生命活动由众多基因、蛋白质、以及小分子代谢产物来共同承担，而上游的（核酸、蛋白质等）大分子的功能性变化最终会体现于代谢层面，如神经递质的变化、激素调控、受体作用效应、细胞信号释放、能量传递和细胞间通讯等，所以代谢组处于基因调控网络和蛋白质作用网络的下游，所提供的是生物学的终端信息。如
大连化物所等肝癌代谢组学研究取得进展
近日，中科院大连化学物理研究所许国旺研究员领导的高分辨分离分析及代谢组学研究团队(1808组)与上海东方肝胆医院王红阳院士课题组合作，将基于液相色谱-质谱用于肝癌组织非靶标代谢组学研究并取得了重要进展，相关研究成果已经在线发表在Cancer Research杂志上。 原发性肝癌是全球最
分子育种革新未来农业：SCIEX代谢组学助力育种新篇章
背景“一粒种子可以改变一个世界，一项技术能够创造一个奇迹“。作物育种技术是保障国家粮食安全的核心，2024年中央一号文件中提出需要推动生物育种产业化扩面提速。近年来，以全基因组选择、基因编辑、合成生物及人工智能等技术融合发展为标志的新一轮生物技术革命，正深刻改变着全球农产品研发和生产格局，世界育种
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。 空间转录组测序运用方向（Trends Bi
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。空间转录组测序运用方向（Trends Biotechn
肿瘤微环境与免疫治疗研究进展
1、免疫微环境在肿瘤发生发展过程中，免疫系统主要经历以下三个过程的进化。免疫监测：肿瘤细胞被免疫细胞识别和清除，它们处于劣势一方；免疫平衡：肿瘤和免疫系统相互竞争，数量和强度处于平衡状态；免疫破坏：肿瘤细胞突破免疫防线，打开拉锯战的缺口并多处转移。其中，免疫系统呈现出独特的两面性。免疫细胞不仅在肿瘤
肿瘤干细胞的种类和相关微环境研究
1、癌症干细胞癌症干细胞不被视为肿瘤起始细胞，具有无限的自我更新、分化、增殖和肿瘤形成能力，是肿瘤复发和转移的根本原因。单克隆抗体的出现和细胞纯化技术的发展为癌症干细胞研究奠定了技术基础。Bonnet等人首次分离出与正常干细胞相似的白血病干细胞。体外培养和动物实验证明它们具有连续形成肿瘤的能力。类似
科学家提出AI“解码器”助力空间转录组研究
近日，记者从深圳华大生命科学研究院了解到，该院联合基因组多维解析技术全国重点实验室成功开发出一款名为SpaSEG的AI“解码器”，可处理多项核心任务，包括识别组织空间结构域、检测空间高变基因、整合多张组织切片以及解析细胞间的相互作用，为空间转录组分析提供了统一框架。相关研究成果发表于《基因组生物学》
中科院大化所代谢组学深度覆盖分析技术获新进展
近日，中科院大连化物所高分辨分离分析及代谢组学许国旺研究员团队在代谢组学深度覆盖分析技术研究方面取得新进展，相关工作在Analytical Chemistry《分析化学》杂志上连续发表3篇研究论文。 代谢组学是研究表型的重要工具，但现有技术在代谢组数据采集质量和数据解析方面仍存在很大瓶颈，
中科院大化所代谢组学深度覆盖分析技术获新进展
近日，中科院大连化物所高分辨分离分析及代谢组学许国旺研究员团队在代谢组学深度覆盖分析技术研究方面取得新进展，相关工作在Analytical Chemistry《分析化学》杂志上连续发表3篇研究论文。 代谢组学是研究表型的重要工具，但现有技术在代谢组数据采集质量和数据解析方面仍存在很大瓶颈，
代谢组学新工具：METLIN
METLIN是由美国Scripps研究院Gary J Patti和Gary Siuzdak开发出的新型数据库，将能用于解决代谢组学等领域研究中关于数据处理这个大问题。 超过上万个代谢物 目前METLIN包括有超过10,000个代谢产物中带有详细，高分辨率串联质谱信息的六万化合物，
Cell丨肿瘤免疫微环境的类器官模型，助力临床个体治疗
癌症之所以难以攻克，很大程度上因为肿瘤微环境的造成的海量细胞异质性，进而导致治疗失败【1】。同时由于目前针对肿瘤浸润免疫细胞的免疫治疗方案如雨后春笋般奔向市场，单细胞测序技术日新月异的进展，都对临床上原位模拟肿瘤微环境模型提出了迫切的需要和更高的要求【2】。 同时目前体外肿瘤培养系统很难还原体
GCMS－HRAM－代谢组学数据库－探索代谢组学的奥秘
盐城4公分厚外墙岩棉板报价 岩棉制品是以精选的优质玄武岩为主要原料、经冲天炉熔化后，采用的四辊离心制棉工序，将玄武岩高温熔体甩扭成4-7μm的非连续性纤维，再在岩棉纤维中加入一定量的粘结剂、防尘油、憎水剂，经过沉降、固化、切割等工艺，根据不同用途制成棉毡、半硬板、保温带、管壳等系列产品。
基因组学推进肿瘤研究未来发展
——访亿明达肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特 基因组学正在改变肿瘤研究，其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。 癌症通常按照形态进行分类，这指的是病理学家在显微镜下看到的内容。“如今，癌症分类依据已经开始从形态特征转变为更有效的治疗方式，其中的主要转变在很大程度上归功于基因组研
细胞衰老的溶酶体代谢组学研究的新突破
溶酶体对细胞代谢至关重要，并异质地参与各种细胞过程。测量溶酶体代谢异质性的能力对于理解它们的生理作用至关重要。 2021年6月14日，中国科学技术大学熊伟与仓春蕾共同通讯在Nature Methods 在线发表题为“Metabolomic profiling of single enlarge