高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究
肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种类型癌症中肿瘤免疫微环境的转录组、蛋白质组和代谢组，从这些方法获得的数据已与免疫组化和多参数分析相结合，以产生癌症进展的标记物。传统分析技术受样品空间分辨率以及分析灵敏度的限制，无法精准获取靶向部位，而对其中特异代谢物的差异表征就更加困难。组织切片伴随着显微镜技术等的发展而得到广泛的应用，而激光显微切割 (LMD, laser microdissection) 技术可以方便地对特定的组织区域的精确分离（图2）。结合高灵敏度的液质联用检测技术，基于ZenoTOF® 7600 系统，将空间定位准确的微区细胞代谢谱进行全面准确的表......阅读全文
高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究
肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种
代谢组学——肿瘤研究的利器
细胞内许多生命活动是发生在代谢物层面的，代谢物更多地反映了细胞所处的环境，比如细胞现在是不是健康？药物是否起效？环境污染物是不是正在伤害细胞？等等。由此，20世纪90年代，衍生出了一门新学科：代谢组学。它回答了基因组学和蛋白质组学不能回答的问题：细胞到底发生了什么？ 1、肿瘤与代谢组学 肿瘤
LCMS8060助力广泛靶向代谢组学研究
mGWAS (metabolome Genome-Wide Association Study)指基于代谢组学的全基因组关联分析，是将代谢组数据作为表型，与基因型数据进行关联分析的一种方法。由于代谢组数据对表型鉴定更为精细，因此关联分析的精度比传统GWAS分析更高。 海南大学和华中农业大学的罗杰
布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略
摘要 * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学（SSCM）能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像； * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict
岛津超快速质谱助力靶向代谢组学研究
靶向代谢组学中，通常需要同时检测多个目标组分，这对质谱数据的采集速度提出了很高的要求。 岛津超快速质谱（UFMS）拥有业内首屈一指采集速度。以LCMS-8050为例，其驻留时间（Dwell time≥0.8 ms）、切换时间（Pause time≥1 ms）、扫描速度（Scan s
岛津超快速质谱助力靶向代谢组学研究
靶向代谢组学中，通常需要同时检测多个目标组分，这对质谱数据的采集速度提出了很高的要求。 岛津超快速质谱（UFMS）拥有业内首屈一指采集速度。以LCMS-8050为例，其驻留时间（Dwell time≥0.8 ms）、切换时间（Pause time≥1 ms）、扫描速度（Scan speed≤3
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
AFADESI空间代谢组学高级研修班
为做好AFADESI空间代谢组学技术服务工作，由中国科学院高能物理研究所测试中心和中国科学院-香港大学金属组学与健康和环境联合实验室共同承办的“AFADESI空间代谢组学高级研修班”将于2023年4月26日-4月27日在京召开。在这里，我们将竭诚为您提供丰富的前沿应用信息和与专家零距离交流的平台
Cell：肿瘤微环境中的代谢战争
肿瘤微环境是指肿瘤周围的细胞和组织，与癌症的发生和发展有着密切的关系。虽然目前的癌症治疗主要以肿瘤为目标，但人们已经逐渐意识到了肿瘤微环境的重要性。 华盛顿大学的科学家们最近在Cell杂志上发表文章指出，肿瘤细胞和T细胞在肿瘤微环境中进行着一场激烈的葡萄糖争夺战。这种代谢竞争会影响T细胞的杀伤
J－Proteome－Res:－代谢组学应用于微囊藻毒素代谢研究
微囊藻毒素(MCLR)，作为一种肝毒素，正在威胁着人类的公共卫生安全。在体内，肝脏是MCLR主要攻击的器官，然而具体代谢变化目前任然未知。近日，中国科学院水生生物研究所谢平等研究人员在与上海敏芯信息科技公司的合作下，通过对灌服MCLR的大鼠模型进行代谢组学的研究，向我们揭示了MCLR扰乱肝脏代谢
代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱
代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱
空间组学新技术破解肿瘤细胞早期空间侵袭模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队开发了一种空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌（RCC）两种亚型肿
肿瘤微环境的研究意义
肿瘤与环境，两者既是相互依存，相互促进，又是相互拮抗，相互斗争的。它是现代肿瘤生物学的一个关键和核心的问题。近年来由于肿瘤细胞学和分子生物学的进展，人们对于肿瘤和环境的相互关系有了更加深入的了解。这不仅对于认识肿瘤的发生、发展、转移等有着重要的意义，而且对于肿瘤的诊断、防治和预后亦有着重要的作用。除
代谢组学－|－肿瘤治疗之靶向葡萄糖代谢
能量代谢重编程是肿瘤的十大特征之一，其中葡萄糖代谢异常是肿瘤代谢最突出的特征。在氧气充足的情况下，肿瘤细胞依然倾向于进行糖酵解，将葡萄糖代谢为乳酸。肿瘤细胞有氧糖酵解能力是正常细胞的20 ～ 30倍，为肿瘤代谢提供 大量能量和中间产物。因此，靶向糖酵解等异常环节的代谢酶是抗肿瘤治疗的重点。一些研
做好代谢组学研究的关键
首先明确代谢组学的核心任务。对小分子代谢物的定性、定量分析并发现差异代谢物：（1）对生物体系中的内源性代谢物及其变化规律进行表征；（2）以差异代谢物作为核心对生命奥秘进行解析。而基于色谱/质谱联用的分离分析技术具有灵敏度高、选择性好、动态范围宽、信息丰富等优点，已成为代谢组学研究的主流技术平台。其次
“代谢组学”技术与方法研究
【基于质谱的分析方法联用对”代谢组学”进行研究】 代谢组学”研究可分为：“发现代谢组学”和“靶标代谢组学”，两者共同组成了“代谢组学”研究的“生态系统”。本文将介绍基于质谱的分析方法联合统计学分析法对“代谢组学”进行研究。质谱能在一个广泛的动态范围内保持极高的检测灵敏度、高度
“代谢组学”技术与方法研究
【基于质谱的分析方法联用对”代谢组学”进行研究】 代谢组学”研究可分为：“发现代谢组学”和“靶标代谢组学”，两者共同组成了“代谢组学”研究的“生态系统”。本文将介绍基于质谱的分析方法联合统计学分析法对“代谢组学”进行研究。质谱能在一个广泛的动态范围内保持极高的检测灵敏度、高度的稳定性、重现
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
关于肿瘤微环境的研究意义
肿瘤与环境，两者既是相互依存，相互促进，又是相互拮抗，相互斗争的。它是现代肿瘤生物学的一个关键和核心的问题。近年来由于肿瘤细胞学和分子生物学的进展，人们对于肿瘤和环境的相互关系有了更加深入的了解。这不仅对于认识肿瘤的发生、发展、转移等有着重要的意义，而且对于肿瘤的诊断、防治和预后亦有着重要的作用
许国旺AC发文——多维LCMS技术用于代谢组学深度覆盖研究
近日，中国科学院大连化学物理研究所高分辨分离分析及代谢组学研究组（1808组）在利用多维液相色谱-质谱技术用于代谢组深度覆盖研究中取得新进展，相关研究结果被Analytical Chemistry杂志收录。 酰基辅酶A是一类重要的代谢物，在许多生物过程中发挥作用。由于其性质差异较大，很难用一种
长寿的代谢特征代谢组学研究的启示
长生不老是人类自古以来的夙愿。 中国古代神话故事中，有菩提老祖的大品天仙诀，王母娘娘盛会上的蟠桃，太上老祖炼丹炉里的不老丹，还有妖怪们梦寐以求的唐僧肉都可以实现长生不老。在史学瀚海中，《史记》记载秦始皇东巡碣石，携童男童女入海求仙，寻求长生不老药；在现代科学中，衰老仍然是生物医学领域热门主题之
临床代谢组学研究常见问题
分享一些我们举办完第一期微信公开课——临床代谢组学研究策略后，所收集到的常见问题，供大家学习和参考。Q：如何设置验证集和测试集？A：按我理解你想问的问题是：training set训练集和test set测试集的设置问题。我们做分析化学、生物化学或者分子生物学的初学者通常会混淆这几个数据集概念，通常
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
中药基础物质、代谢及代谢组学研究方案
中药组成成分复杂、作用环节多样，中药药效物质基础以及临床疗效机理的阐明，已成为中医药现代化研究的重要内容。如何快速地从海量的质谱数据中获取有价值的信息，减轻繁重的数据处理工作量，成为广大中医药研究工作者的心声。 赛默飞的Compound Discoverer软件针对中药成分鉴定、体内代谢转化和
组织微环境分析方案深度解析肿瘤免疫细胞分型
最近数十年以来肿瘤的免疫治疗相关研究取得了革命性的突破，特别是基于PD-1、CTLA-4等类似的免疫检查点抑制剂的治疗方案表现尤为突出。但是即便如此，肿瘤的免疫治疗领域仍然面临巨大的挑战，比如治疗效果的不确定性、患者反应的不可预估性、免疫治疗耐药抵抗及检测生物标志物缺乏等都制约了对肿瘤患者的精准有效