《自然评论》：最佳密码子打破生物钟节奏
Microbial physiology: Optimal codons break the clock's rhythm 生物钟通过协调发生在24个小时周期内的具有昼夜循环的基因表达从而在生理学过程中控制每日的振荡。两项研究如今显示，在真菌粗糙脉孢菌和蓝藻聚球藻中，基因编码的生理节奏机制的核心组件表现出了一种不是最佳的密码子偏倚，并且这是对于保持一种适当的生理节奏的适应。 MACMILLAN 被丰富的tRNA(所谓最优密码子)解码的密码子在高度表达的基因中被过度表达，这被预测可以确保mRNA的快速和准确的转化，以实现高水平的蛋白质生。研究小组开始在生物钟基因中评估密码子的使用偏倚，进而发现粗糙脉孢菌frq和聚球藻kaiB及kaiC(这对于各自生物体中的生物钟功能而言是必不可少的)展示出了非最佳的密码子使用。 为了评估密码子最佳化对粗糙脉孢菌生物钟功能的影响，周等人构建了两个frq变异型：在第一个中，最佳密......阅读全文
起始密码子的运作原理
AUG是起始密码子，也就是说肽链起始于甲硫氨酸。这个氨基酸是甲基化的甲硫氨酸。起始密码子结合到一个与甲硫氨酸一tRNA相同的3’UAC5’反密码子的甲酰甲硫氨酸一tRNA上．也就是说，甲硫氨酸一tRNA和甲酰甲硫氨酸一tRNA都是由AUG编码．但是起始氨基酸的信号要比所有其他氨基酸的信号复杂得多。根
副密码子的特点介绍
（1）一种氨酰tRNA 合成酶可以识别一组同功tRNA （多达6个），它们的副密码子有共同的特征。（2）副密码子没有固定的位置，亦可能不止1个碱基对。（3）尽管副密码子不能单独与氨基酸发生作用，但副密码子可能与氨基酸的侧链基团有某种相应性。（4）并非所有的tRNA氨基酸柄上的G3·U70都是它的副密
反密码子臂的定义
中文名称反密码子臂英文名称anticodon arm定 义由反密码子茎和反密码子环构成，是转移核糖核酸高级结构中的一部分区域。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
简述简并密码子的表现
许多氨基酸的密码子的第1和第2个碱基相同，只有第3个碱基不同，密码子的简并性,特别是第三位的胞嘧啶和尿嘧啶或鸟嘌呤和腺嘌呤的简并性常常等同(右表),这说明为什么在不同生物的DNA中的AT/GC比率会有很大的变异,而其蛋白质的氨基酸相对比例却没有很大的变化。 对应于同一种氨基酸的不同密码子称为同
副密码子的特点介绍
（1）一种氨酰tRNA 合成酶可以识别一组同功tRNA （多达6个），它们的副密码子有共同的特征。（2）副密码子没有固定的位置，亦可能不止1个碱基对。（3）尽管副密码子不能单独与氨基酸发生作用，但副密码子可能与氨基酸的侧链基团有某种相应性。（4）并非所有的tRNA氨基酸柄上的G3·U70都是它的副密
密码子适应指数的概念
中文名称：密码子适应指数英文名称：codon adaptation index;CAI定义：密码子适应指数是反映编码区同义密码子与密码子最佳使用相符合的程度，取值范围在0—1之间。应用学科：遗传学（一级学科）；进化遗传学（二级学科）
终止密码子的发现过程
1964年Yanofsky在研究E.coli色氨酸合成酶A蛋白时推测无义密码子的存在。他的推测/是从两个不同的角度：一是为trp A编码的mRNA还编码了trpB，trpC，trpD和trpE。即一个mRNA 分子中可以作为不同多肽的模板，那么有可能在翻译时中途在某个位点（两个肽的连接处〕停止，然后
关于密码子的种类介绍
构成RNA的碱基有四种，每三个碱基的开始两个决定一个氨基酸。从理论上分析碱基的组合有4的3次方=64种，64种碱基的组合即64种密码子。怎样决定20种氨基酸呢？仔细分析20种氨基酸的密码子表，就可以发现，同一种氨基酸可以由几个不同的密码子来决定，起始密码子为AUG（甲硫氨酸），另外还有UAA、U
副密码子的概念介绍
mRNA的核苷酸顺序与蛋白质的氨基酸顺序之间在结构上并没有直接的相应关系,二者也不发生直接的相互作用。在这两种不同的遗传语言之间,必须通过译员才能互相沟通。扮演这种译员角色的就是各种tRNA分子。如果没有tRNA的存在,也就无所谓密码子了。因此密码子的意义并不是单独由mRNA决定的,而是由mRN
副密码子的概念介绍
对于终产物为RNA的基因，只要进行转录并进行转录后的处理，就完成了基因表达的全过程；而对于终产物是蛋白质的基因，还必须将mRNA翻译成蛋白质。
什么是上游起始密码子？
约50%的智人（Homo Sapiens）基因带有上游起始密码子（上游AUG）。尽管真核细胞每条mRNA只表达一个蛋白，但其依然可以带有多个上游可读框和上游AUG，只是其并不翻译产生具有生物学意义的蛋白。理论上，真核细胞会翻译其mRNA上游到下游扫描遇到的第一个AUG，并且在翻译完成后解离。这意味着
密码子的概念和种类
密码子（codon）：mRNA（或DNA）上的三联体核苷酸残基序列，该序列编码着一个特定的氨基酸，tRNA 的反密码子与mRNA的密码子互补。起始密码子（iniation codon）：指定蛋白质合成起始位点的密码子。最常见的起始密码子是甲硫氨酸或缬氨酸密码。终止密码子（termination co
诺奖加持的生物钟可调节生物钟蛋白并将癌细胞饿死
前两天有个新研究，说值夜班的女性易得乳腺癌，奇点糕一下子就想到了 2017 年诺贝尔生理医学奖生物钟。生物钟可老重要了，人体宏观上的生物钟管着我们啥时候睡觉啥时候起床，细胞自己也有个小生物钟，管它啥时候吃饭啥时候消化呢！ 当然了，吃饭消化只是奇点糕的一个比喻，实际上，生物钟参与的是细胞的增
PNAS：炎症让生物钟暂停
刊登在国际杂志PNAS上的一篇研究论文中，来自宾夕法尼亚大学等处的研究人员通过研究揭开了机体生物钟和免疫细胞的关联，或为开发治疗机体炎症及感染性疾病的新型疗法提供一定的帮助。 文章中，研究人员阐明了当白细胞暴露于细菌中时其内部的生物钟被阻断的分子机制，而更重要的是，阻断白细胞的生物钟可以促进细
生物钟研究获重要进展
人类早已知道，某些生物的活动是按照时间的变化（昼夜交替、四季变更或潮汐涨落等）来进行的，具有周期性的节律，这种规律被称为生物钟（Circadian Clock）。由于生物钟在生物学的基础理论研究，以及治疗学等方面占据了独特的位置，因此一直以来都是科学家们研究的一个重点，本期《科学》（12月14日）和
PNAS：炎症让生物钟暂停
刊登在国际杂志PNAS上的一篇研究论文中，来自宾夕法尼亚大学等处的研究人员通过研究揭开了机体生物钟和免疫细胞的关联，或为开发治疗机体炎症及感染性疾病的新型疗法提供一定的帮助。 文章中，研究人员阐明了当白细胞暴露于细菌中时其内部的生物钟被阻断的分子机制，而更重要的是，阻断白细胞的生物钟可以促进细
延迟用餐有助调整生物钟
人体机能的运行会参照一个24小时生物钟，该时钟由人脑和外部环境所控制。近日，研究人员在《当代生物学》期刊上报告称，他们找到一种调节生物钟的简单方法。研究人员表示，倒时差其实很简单，只需改变吃饭时间就可以，这样做能够改变体内血糖水平波动周期，从而调整生物钟。该研究结果也显示，有规律的用餐时间或许能
PNAS：炎症可叫停生物钟
最近，宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院和都柏林三一学院的研究人员发现，人体生物钟和免疫系统之间的重要联系，对于我们理解炎症和感染性疾病有很大帮助。他们将相关研究结果发表在本周的《PNAS》，报道了一种关键的白血细胞（称为巨噬细胞），当接触细菌时，如何使巨噬细胞内的生物钟停止，从而让它发炎。 他们解
古代生物的生物钟揭秘
室温下的蓝藻生物钟，三个蛋白滴答滴答转个不停，我们很难理解它的发条机制。将它们冻住后，我们就可以仔细观察它们的外观和装配细节。 10年之前，蓝藻体内的生物钟仅由三种蛋白组成：KaiA,，KaiB和KaiC。2015年，日本科学家在Science杂志上报道：只要加一点能量（ATP），这三种蛋白在
生物钟紊乱如何导致疾病
如今，随着生活节奏越来越快，我们的作息已然构筑在人为划分的白天和黑夜上，以适应夜班、通宵、或因各种原因成了“空中飞人”。众所周知，这样一定会影响我们体内的生物钟（昼夜节律），对健康造成威胁。如果我们篡改自己的昼夜节律，我们的健康也会被篡改。 昼夜节律控制着我们的新陈代谢，甚至可以说体内所有器官
蜘蛛倒时差－重置生物钟
有些蜘蛛种类拥有很短的生物钟，比如每天早上它们都产生超过5个小时的时差。但不知何故，它们似乎并未因此产生不良影响。 小圆蛛是最常见的一种制作圆网的蜘蛛。它们在夜间活动捕食猎物，并在黎明前的几个小时内重建一张整洁的网。 为了研究这些蜘蛛的昼夜节律，美国东田纳西州大学生物学家Darrell M
颜色帮助调节人体生物钟
落日的漂亮的颜色可能并不仅仅是一副美景，可能是身体的一个信号“到了该重置我们生物钟的时候了”。生物的钟声支配着身体的一切，从睡眠模式到消化模式。一项在老鼠上新的研究显示，这些小的龋齿动物利用光线颜色的变化去设置他们自己的生物钟。科学家们期望这个结果也可以适用于人类。 虽然来自加州大学圣克鲁斯分
细胞化学词汇反密码子茎
中文名称：反密码子茎英文名称：anticodon stem定 义：转移核糖核酸中与反密码子环相连的茎区，通常是含有5对碱基的螺旋。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
密码子的应用翻译起始效应
mRNA浓度是翻译起始速率的主要影响因素之一，密码子直接影响转录效率，决定mRNA浓度。如单子叶植物在“翻译起始区”的密码子偏性大于“翻译终止区”，暗示“翻译起始区”的密码子使用对提高蛋白质翻译的效率和精确性更为重要，因此，通过修饰编码区5′端的DNA序列，来提高蛋白质的表达水平将有望成为可能。
细胞化学词汇反密码子环
中文名称：反密码子环外文名称：anticodon loop定 义：在氨基酸臂对面的单链环称反密码子环（anticodon loop）,该环含有由三个核苷酸残基组成的反密码子。
简述密码子的基因定位功能
密码子的使用模式在细胞核和细胞质遗传物质之间也存在差异，如核基因中的起始密码子只有ATG，而线粒体基因中的起始密码子为ATN；核基因中的终止密码子TGA在线粒体基因中用来编码色氨酸等。因此，可以通过比较密码子的使用模式，来进行真核生物核糖体在细胞内以及未知基因在基因组的定位。
终止密码子的实验方法
终止密码子实验方法不是对各种突变型的产物测序，而是先将野生型的头部蛋白用胰蛋白酶和糜蛋白酶来处理，消化后所产生的极复杂的混合物中，通过电泳能分离、鉴定出8个各有特征的头部蛋白蛋白片段，分别是Cys, T7C(His), C12b(Tyr), T6(Trp), T2a(Pro), T2(Trp), C
起始密码子的概念和特点
起始密码子，信使RNA（mRNA）的开放阅读框架区中，每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸，这种存在于mRNA开放阅读框架区的三联体形式的核苷酸序列称为密码子（codon）。由A、U、C、G四种核苷酸可组成64个密码子，其中有61个密码子可编码氨基酸。AUG既编码甲硫氨酸，又作为多肽链合成的起始
关于副密码子的基本介绍
对于终产物为RNA的基因，只要进行转录并进行转录后的处理，就完成了基因表达的全过程；而对于终产物是蛋白质的基因，还必须将mRNA翻译成蛋白质。 tRNA 分子上决定其携带氨基酸分子的区域称为副密码子。
eLife：“通读”终止密码子非常普遍
基因意味着开放性阅读框。在翻译特定基因的mRNA转录本时，从起始密码子AUG开始，以三个碱基为单位进行，直到核糖体遇到终止密码子，才完成蛋白质的延伸。以上这些都是生物教科书里的规则。 不过，人们常说“规则就是用来打破的”，核糖体也不例外。科学家们已经发现了一些“通读”(Read-throu