Science：新研究揭示短串联重复序列如何影响基因表达
几十年来，科学家们已经知道，“垃圾 DNA（junk DNA）”实际上起着至关重要的作用：尽管基因组中的蛋白编码基因提供了构建蛋白的蓝图，但是基因组中的一些非编码部分，包括以前被认为是 “垃圾DNA”的基因组区域，似乎可以提高或降低这些基因的表达。但人们一直不清楚某些非编码区域如何影响基因表达水平。 如今，在一项新的研究中，美国斯坦福大学医学中心生物工程副教授和遗传学副教授Polly Fordyce博士及其同事们揭开了其中的一些谜团。他们的发现可能有助于科学家们理解复杂的遗传疾病，包括自闭症、精神分裂症、癌症和克罗恩病。相关研究结果近期发表在Science期刊上，论文标题为“Short tandem repeats bind transcription factors to tune eukaryotic gene expression”。 Fordyce说，“我们早就知道短串联重复序列（short tandem rep......阅读全文
Science：新研究揭示短串联重复序列如何影响基因表达
几十年来，科学家们已经知道，“垃圾 DNA（junk DNA）”实际上起着至关重要的作用：尽管基因组中的蛋白编码基因提供了构建蛋白的蓝图，但是基因组中的一些非编码部分，包括以前被认为是 “垃圾DNA”的基因组区域，似乎可以提高或降低这些基因的表达。但人们一直不清楚某些非编码区域如何影响基因表达水
串联重复[序列]的定义
中文名称串联重复[序列]英文名称tandem repeat定 义首尾相连的重复序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
短散在重复序列的概念
中文名称短散在重复序列英文名称SHORT INTERSPERSED REPEATED SEQUENCE定 义以散在方式分布于基因组中的较短的重复序列。重复序列单元长度在50BP以下。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
多个短串联重复基因座的自动化检验
[实验原理]在一个PCR 体系中同时扩增多个基因座的方法叫做复合扩增（Multiplexing PCR）。STR的复合扩增增加了单次检测的信息量，提高了个人识别率，同时可降低成本和检材的消耗，因此显示出重要的法医学应用价值。其基本原理就是利用基因座内等位基因长度的不同；扩增的基因座之间片段长度范
分析细胞鉴定金标准STR（Short－TandemRepeat）短串联重复...
分析细胞鉴定金标准-STR（Short TandemRepeat）短串联重复序列STR（Short TandemRepeat，短串联重复序列）分析已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定。由于目前使用错误细胞情况非常严重，越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分析数据。经常有小伙
表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法
人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中，发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3～5％。基因组中绝大部
PacBio－HiFi助力破译高度复杂的LPA串联重复序列的变异
背景介绍Lp (a)脂蛋白是冠状动脉疾病风险的重要因素，其表达与LPA基因的长度有关。不同种族/民族之间血浆中 LP (a)的水平存在显著差异性。个体之间在LP (a)水平上的差异也是巨大的，其变化范围能达到平均水平的3倍。例如，非洲人后裔的血浆LP (a)水平是欧洲或亚洲人的2-3倍。之前的研究证
低度重复序列的概念
低度重复序列在单倍体基因组中只出现一次或数次，因而复性速度很慢。单拷贝顺序在基因组中占50-80%，如人基因组中，大约有60-65%的顺序属于这一类。单拷贝顺序中储存了巨大的遗传信息，编码各种不同功能的蛋白质。尚不清楚单拷贝基因的确切数字，但是是有其在单拷贝顺序中只有一小部份用来编码各种蛋白质，其他
反向重复[序列]的定义
存在于双链核酸分子中排列顺序方向相反的一段核苷酸序列。
中度重复序列的概念
中度重复序列(moderately repetitive sequence )一般是非编码序列，有十个到几百个拷贝，如 rRNA基因和 tRNA 基因等。这类重复序列的平均长度大约为 300bp ，往往构成序列家族，常以回文序列形式出现在基因组的许多位置上，有些同单一序列间隔排列。大部分中度重复序列
重复[DNA]序列的概念
中文名称重复[DNA]序列英文名称repetitive [DNA] sequence定 义DNA分子中重复出现的核苷酸序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
高度重复序列的概念
高度重复序列是一组基因序列，在基因组中重复频率高，可达百万(10^6)以上，因此复性速度很快。在基因组中所占比例随种属而异，约占10-60%，在人基因组中约占20%。
Alu重复序列的概念
中文名称Alu重复序列英文名称Alu repetitive sequence;Alu family定 义哺乳动物和人基因组中的一种中等重复序列，因该序列中有限制性内切酶Alu的切点而得名。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
简单重复序列的概念
简单重复序列（Simple Sequence Repeat，简称SSR），是指重复单位长度和碱基组成基本一致，只 有少数基因出现微小的差异的一类短串联重复序列。
DNA微阵列检测基因表达水平及识别基因序列
Schena等1996年用拟南芥光调基因微阵列，以不同器官中的mRNA为探针，检测其基因表达水平，结果表明叶mRNA的表达水平是根的500倍。Shelon等1996年将酿酒酵母基因组DNA克隆制成微阵列，用6条最大染色体和10条最小染色体DNA探针分别标记上红，绿荧光标记进行杂交检测，结果表明9
生物基因组DNA的分类介绍
1、蛋白编码序列。以三联体密码方式进行编码。编码DNA在基因组中所占比例随生物而异,在人类细胞基因组中,这一比例只有1.5%左右。这类编码序列主要是非重复的单一DNA序列,一般在基因组中只有一个拷贝（单一基因）,然而,也有可能有两个或几个拷贝甚至多达上千个拷贝的情况,这些都来自于从基因家族里派生
人类生物基因组DNA可以分为哪几类？
1、蛋白编码序列。以三联体密码方式进行编码。编码DNA在基因组中所占比例随生物而异，在人类细胞基因组中，这一比例只有1.5%左右。这类编码序列主要是非重复的单一DNA序列，一般在基因组中只有一个拷贝（单一基因），然而，也有可能有两个或几个拷贝甚至多达上千个拷贝的情况，这些都来自于从基因家族里派生出来
生物基因组DNA的种类介绍
1、蛋白编码序列。以三联体密码方式进行编码。编码DNA在基因组中所占比例随生物而异，在人类细胞基因组中，这一比例只有1.5%左右。这类编码序列主要是非重复的单一DNA序列，一般在基因组中只有一个拷贝（单一基因），然而，也有可能有两个或几个拷贝甚至多达上千个拷贝的情况，这些都来自于从基因家族里派生出来
高度重复序列的结构特点
倒位（反向）重复序列这种重复顺序复性速度极快，即使在极稀的DNA浓度下，也能很快复性，因此又称零时复性部分，约占人基因组的5%。反向重复序列由两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上反向排列而成。变性后再复性时，同一条链内的互补的拷贝可以形成链内碱基配对，形成发夹式或“+”字形结构。倒位重复（即两个互
散在重复序列的定义
散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列,是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。
长末端重复序列的定义
长末端重复序列(long terminal repeats,LTRs)是相同的DNA序列,重复数百或数千次发现在两端retrotransposons或前病毒的DNA由反转录的RNA逆转录病毒。
散在重复序列的概念
散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列，是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。
简单重复序列的功能特点
SSR 标记具有高度重复性、丰富的多态性、共显性、高度可靠性等优点，但由于其需要对所研究物种的一系列微卫星位点进行克隆和测序分析，以便设计相应的引物，这是非常费时、费力和代价昂贵的工作，没有足够的投资、人力和时间，是不可能实现的，因而给它的利用带来了一定困难。
同向重复[序列]的概念
中文名称同向重复[序列]英文名称direct repeat定 义核苷酸排列次序一致的重复序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
末端反向重复[序列]的定义
中文名称末端反向重复[序列]英文名称inverted terminal repeat;ITR定 义排列顺序相反的、等同的或密切相关的核苷酸序列。常出现于某些转座子的末端。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
表达序列标签的方法
首先从样品组织中提取mRNA，在逆转录酶的作用下用oligo（dT）作为引物进行RT-PCR合成cDNA，再选择合适的载体构建cDNA 文库，对各菌株加以整理，将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序，这就是EST序列的产生过程。
表达序列标签的应用
EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、RAPD、SSR 等）相比更可能穿越家系与种的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用。同样，对于一个DNA序列缺乏的目标物种，来源于其
表达序列标签的作用
⑴ 用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；⑵ 作为探针用于放射性杂交；⑶ 用于定位克隆；⑷ 借以寻找新的基因；⑸ 作为分子标记；⑹ 用于研究生物群体多态性；⑺ 用于研究基因的功能；⑻ 有助于药物的开发、品种的改良；⑼ 促进基因芯片的发展等方面。正是因为EST 表现出了这些巨大潜能，使其得到了充分的利用
什么是表达序列标签？
表达序列标签从互补DNA（cDNA）分子所测得部分序列的短段DNA（通常300~500bp）。从cDNA文库所得到的许多表达序列标签集合组成表达序列标签数据库，代表在一定的发育时期或特定的环境条件下，特定的组织细胞基因表达的序列。可用于验证基因在特定组织中的表达，推导全长cDNA序列，或作为标签标志
组蛋白修饰分工调控基因表达水平和基因表达噪音
基因表达过程依赖于转录因子、染色质调控因子和染色质等生物大分子在布朗运动过程中的随机碰撞，因此，即使是基因型和分化类型完全相同的细胞在相同环境下也存在基因表达的差异，被称为基因表达噪音。研究基因表达噪音，对研究干细胞增殖分化、个体发育、病原菌的抗药性以及农作物的稳产有着重要的意义，而其在人类早期